Однако новое правительство НФA во главе с A.Эльчибеем стремилось во что бы то ни стало вернуть Карабах. Начавшийся в тот момент раздел имущества Советской Армии доставил ему большое количество вооружения, обеспечив превосходство в вооружении над армянами. Так, согласно директиве МО России 4-я армия должна была передать Азербайджану 237 танков, 325 БТР и БРДМ, 204 БМП и 70 артиллерийских установок; Армения же получила от дислоцировавшейся на её территории 7-й Танковой армии 54 танка, 40 БМП и 50 артиллерийских орудий[242]. Согласно армянским оценкам, в Карабахе у армян было 8 тыс. человек (из них 4,5 тыс. карабахцев)150 единиц бронетехники (в том числе 30 танков) и около 60 единиц артиллерийско-миномётных систем. 12 июня азербайджанцы неожиданно для армян начали наступление на северном направлении (на Шаумяновский район). Район был занят в течение двух дней; согласно армянским данным 18.000 человек превратились в беженцев, 405 чел. (в основном женщины, дети и старики) пропали без вести. По занятии Шаумяновского района азербайджанская армия, перегруппировавшись, нанесла удар на Мардакерт и 4 июля заняла его. Заняв значительную часть Мардакертского района, азербайджанцы вышли к Сарсангскому водохранилищу, где к 9 июля после месячного наступления фронт стабилизировался. 15 июля армяне перешли в контрнаступление и вышли к пригородам Мардакерта, но затем вновь были отброшены азербайджанцами, которые в начале сентября дошли до реки Хачен, взяв под контроль до 1/3 территории НКР. Это был момент наибольших успехов Азербайджана в войне.
В Карабахе со своей стороны было объявлено чрезвычайное положение и мобилизация, которая 12 августа превратилась во всеобщую мобилизацию лиц в возрасте от 18 до 45 лет. В Карабах спешно перебрасывались подкрепления из Армении.
18 сентября азербайджанцы начали новое наступление, нанеся сразу три удара: в направлении на Лачин, на райцентр Мартуни (на юге) и на Шушу (через Карабахский хребет, силами воздушного десанта и горных стрелков). Лачинское направление было основным, а коридор — главной целью азербайджанцев. Азербайджанцы приблизились вплотную к Лачину (на расстояние 12 км.) и Мартуни; но поставленных целей не добились. К 21 сентября их наступление выдохлось, и перешедшие в контрнаступление армяне отбросили их на исходные позиции. Тот факт, что армяне сумели отстоять Лачин, оказался решающим.
К этому времени Армения в свою очередь завершила вооружение и формирование национальной армии, значительные силы которой были переброшены в Карабах. К концу года, армянские силы в Карабахе насчитывали 18 тыс. человек, из них 12 тыс. карабахцев; они имели 100 танков и190 единиц ББМ.[243].
15 января 1993 г. Азербайджан начал новое наступление на северном фронте (в направлении Чалдырана), пытаясь создать плацдарм для наступления на Степанакерт. Идея состояла в том, чтобы сковав силы армян на Мардакертском направлении, отсечь их ударом от Агдама. Однако наступление завершилось провалом. Это было прелюдией к весенне-летним поражениям азербайджанской армии.
5 февраля армяне, измотав азербайджанцев оборонительными боями, перешли в наступление и нанесли удар на Чалдаран (Мардакертское направление), который и был ими занят в тот же день. К 8 февраля азербайджанцы были отброшены на 10 км. К 25 февраля армяне полностью овладели Сарсангским водохранилищем и взяли под контроль участок дороги Мардакерт-Кельбаджар, прервав таким образом связь Кельбаджарского района с остальным Азербайджаном. Попытки продвинуться далее и отбить Мардакерт не удались.
Армянское наступление поставило в безнадежное положение Кельбаджарский район, который оказался в полублокаде между Арменией, НКР и занесёнными снегом горными перевалами, связывавшими его с «большой землей». 27 марта армяне начали операцию по овладению Кельбаджаром. Удары наносились с трёх сторон: от Армении, от Карабаха и из Лачина. В течение 72 часов после начала наступления армяне заняли райцентр. Население было эвакуировано вертолётами или ушло через горные перевалы, претерпев массу лишений; азербайджанские части также отступили через перевалы, бросив застрявшую в снегу технику. Овладение Кельбаджаром значительно улучшило стратегическое положение армян, сократив линию фронта, ликвидировав угрозу Лачину с севера и установив, вместо «коридора», прочную и надёжную связь между НКР и Арменией.
В Азербайджане поражения вызвали новый политический кризис, в июне приведший к падению Эльчибея и правительства НФА и замене его Гейдаром Алиевым. Армяне же стремились развить успех. 12 июня, в годовщину азербайджанского наступления, они начали массированное наступление на направлениях Агдам и Мардакерт. На Агдамском направлении они сумели достичь лишь небольшого успеха; но, перебросив основные силы на северный фронт, они 26 июня вернули Мардакерт.
После этого армянские силы вновь были переброшены на агдамское направление и после 42 суток боев, в ночь на 24 июля овладели Агдамом. Дальнейший план армян состоял в том, чтобы нанести удар в южном направлении (на Физули) и выйти к иранской границе в районе Горадиза, что автоматически отрезало бы и отдало в их руки Зангеланский и Кубатлинский районы. Наступление на южном фронте началось 11 августа; к 25 августа были заняты райцентры Джебраил и Физули, после чего, после короткой паузы для перегруппировки, армяне начали наступление на Кубатлы и 31 августа заняли его. 23 октября армяне заняли Горадиз (на иранской границе), таким образом окончательно отрезав Зангеланский район и оставшуюся в руках азербайджанцев часть Кубатлинского и Джебраильского районов; бывшие там азербайджанцы (военнослужащие и жители) ушли через Аракс в Иран. Таким образом, южный фронт был практически ликвидирован, и стратегическое положение Карабаха, ещё недавно находившегося в полуокружении, резко улучшилось. За восемь месяцев армянского наступления, армяне сумели установить контроль над территорией в 14.000 кв. км.
15 декабря азербайджанцы, в отчаянной попытке восстановить своё положение, перешли в наступление на всех пяти направлениях (физулинском, мартунинском, агдамском, мардакертском, кельбаджарском). Основной удар наносился на юге: азербайджанцы 8 января вернули Горадиз и к 26 января вышли к Физули; там они были остановлены.
Одновременно на Кельбаджарском направлении две из трёх задействованных там бригад прорвались через Муровдагский хребет и заняли 14 населённых пунктов, выйдя на шоссе Мардакерт-Кельбаджар. Однако 12 февраля армяне перешли в наступление и взяли 701 бригаду в клещи, из которых она сумела вырваться с большим трудом и серьёзными потерями. Азербайджанцы вновь были отброшены за Муровдаг.
В ночь на 10 апреля 1994 г. армяне начали массированное наступление на северо-восточном участке фронта, получившее у них название «Тертерской операции». План был масштабный: прорвав оборону азербайджанцев в районе Тертера, развить наступление на Барда-Евлах, выйти к Куре и Мингечаурскому водохранилищу и таким образом отрезать весь северо-запад Азербайджана вместе с Гянджой подобно тому, как ранее был отрезан юго-запад. Предполагалось, что после такой катастрофы Азербайджану не останется иного, как заключить мир на предписанных Арменией условиях. Однако успехи армян были скромные: к середине апреля было занято 4 села; за последующие три недели, до 6 мая, в результате пяти ожесточённых атак было занято несколько населённых пунктов к северу от Агдама и к западу от Тертера. Эти события продемонстрировали, что ни армяне, ни азербайджанцы более не в состоянии наступать; сложилось равновесие сил.[244] 6 мая представители Азербайджана, НКР и Армении подписали в Бишкеке при посредничестве России соглашение о прекращении огня; 12 мая это соглашения вступило в силу.
Бишкекское соглашение положило конец острой фазе конфликта. Оно действует до сих пор. Армянские силы продолжают контролировать территорию, в основном совпадающую с территорией НКАО, и также так называемую «зону безопасности». Находящиеся в ней этнически неармянские районы официально считаются временно оккупированными территориями, подлежащими возврату в случае достижения мира; исключение составляет Лачин, который, ввиду его критической важности для армян, провозглашён частью НКР и отдавать который армяне не согласны ни при каких обстоятельствах. С другой стороны, Шаумяновский район и некоторые части Мардакертского и Мартунинского районов остаются под контролем Азербайджана.