Другие исследователи высказывают предположения, что реформа была необходима для создания общей религии для более тесного сплочения обширной Египетской державы, где в каждом городе почитался свой бог, нередко являющийся враждебным по отношению к богу другого города. Такое многобожие мешало объединению египетского народа в единое целое.
Пытаясь укрепить свою самодержавную власть, Аменхотеп IV, опираясь на неродовитых служилых людей, так называемыхнемху (что означало «сироты», конечно, в переносном смысле), выступил против жречества и в первую очередь против жречества главного бога Амона-Ра. Сила жречества и тесно связанной с ним знати, естественно, зиждилась на религии. Чтобы ослабить противника, необходимо было лишить его этого идеологического влияния. Сначала Аменхотеп, по-видимому терпел старый порядок вещей; на первых памятниках своего царствования он ещё молится Амону. Затем Аменхотеп постепенно стал выдвигать, в противовес фиванскому богу Амону, культ ранее малоизвестного бога Атона (Йати), олицетворяющего солнечный диск. Провозгласив себя первосвященником нового бога, Аменхотеп на 3-м году своего правления начал строить в Фивах в его честь храм. На 4-м году началась отделка стен нового храма. Атон изображался в образе человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом.
На конец 4-го года правления приходится резкий перелом в отношении царя с одной стороны к Атону, с другой — к старым богам. Эхнатон провозгласил себя абсолютным божеством, вечным существом, спасающим и приводящим к вечной гибели. Солнечный диск, Атон, считался небесной, природной «иконой» самого царя. Поэтому меняется и само изображение Атона. Прежний образ человека с головой сокола, увенчанной солнечным кругом, заменился новым — круг с солнечной или царской змеёй (уреем) спереди и множеством устремлённых вниз лучей с кистями человеческих рук на концах. Но, несмотря на это, фараон, видимо, ещё не порвал со старым жречеством. В конце того же 4-го года, уже после «воцарения» Атона, верховному жрецу Амона Маи царь поручал добычу камня для его (фараона) изваяния в каменоломнях Восточной пустыни.
По-видимому, на 6-ом году царствования Аменхотепа IV борьба резко обостряется и вскоре достигает апогея. Фараон вместе со своим двором покидает ненавистные и враждебные ему Фивы и, в 300 км к северу от этого центра почитания Амона-Ра, приказывает основать новую столицу — Ахет-Атон (Ах-Йати, «Горизонт Атона», ныне городище Тель эль-Амарна). Несколько раньше фараон переименовывает себя в Эхнатона (Их-не-Айти, «Полезный для Атона»). Новые личные имена получают также члены его семьи и его сановники.
До 8-го года царствования фараона усиленно отстраивается новая столица. Там был сооружен огромный дворец Эхнатона, построенный в основной своей части из белого камня. Этот дворец считают самым большим из всех гражданских зданий древности. Достаточно сказать, что длина восточного фасада официальной части Главного дворца равнялась почти 700 м. Стены дворца были покрыты сюжетными и орнаментальными росписями, отделаны цветными изразцами; полы, потолки, и лестницы красочно расписаны; колонны со сложными капителями раскрашены и инкрустированы цветным фаянсом. Кроме главного дворца в Ахет-Атоне было построено ещё несколько дворцов, меньших по размеру, но также пышно отделанных. В Ахет-Атоне был построен и главный храм Атона, получивший название «Дом Атона». Он состоял из двух громадных каменных сооружений внутри прямоугольной ограды, вытянутой в длину на расстояние 800 м. Все это было окружено особняками царских сановников и обширными садами.
К 9 — 10 годам правления Эхнатона относятся первые известные нам случаи преследования бога отверженной столицы — Амона. Незадолго до начала 12-го года фараон объявил войну не только Амону, но и всем старым богам. Атон был провозглашен единственным богом, культ всех прочих богов был отменен, храмы закрыты, а жрецы, возможно, разогнаны. Стремясь стереть даже память об именах прежних богов, Эхнатон приказал повсеместно их уничтожать. Особенно тщательно стиралось и соскабливалось имя Амона, жрецов которого больше всего ненавидел фараон, а также имена Мут и Хонсу — составляющие вместе с Амоном, так называемую фиванскую триаду. Даже имени отца не пощадил фараон и изуродовал его, истребив его составную часть — имя Амона, или заменял его личное имя «Аменхотеп» царским именем «Ниб-маат-Ра». Слово «мать» (мут) в гробнице Тии он писал фонетически, чтобы избежать правописания при помощи знака коршуна, которым писалось имя богини Мут.
Зато Атону возводились храмы по всему Египту (Фивы, Ахет-Атон, Гем-Атон, Гелиополь, Мемфис, Гермополь, Фаюм). Эти храмы наделялись большими земельными массивами, охотничьими и рыбными угодьями, скотом, пастбищами, обеспечивались рабочей силой. Был учрежден большой штат жрецов — служителей нового культа фараона. Они, как это видно из памятников той поры, были в основном представителями новой служилой знати.
Тем временем, внешнеполитические дела Египта шли неважно. Отношения с крупными государствами Ближнего Востока расстроились. Эхнатон уже не хотел посылать туда золото с отцовской щедростью. Оно было нужно ему самому, как для отделки новых зданий, так и для раздачи послушным сановникам. Вавилонский царь Бурна-Буриаш II жаловался на то, что его египетский «брат» неоднократно отпускал вавилонских послов без ответных подарков, а когда прислал золото, то оно оказалось неполновесным: «Если ты не можешь быть столь же щедрым, как твой отец, то пришли хоть половину». Вместо золотых изображений, обещанных Аменхотепом III царю Митанни Тушратте и даже показанных его послам, Эхнатон отправил позолоченные деревянные. Царь Митанни Тушратта пишет Аменхотепу IV: «Итак, пусть брат мой пришлет мне золото, в таком большом количестве, которого нельзя было бы и исчислить… Ведь в стране моего брата много золота, столько же, сколько и земли. Боги да устроят так, чтобы его было ещё больше в десять раз». Со своей стороны Тушратта готов оказать фараону какие угодно услуги и прислать всякие дары. «Если брат мой чего-либо пожелает для своего дома, я отдам в десять раз больше, чем он требует. Моя земля — его земля, мой дом — его дом». Не чувствуя твердой руки фараона, распоясавшиеся представители египетской власти в Сирии и Палестине, и тамошние властители нападали на вавилонских купцов и грабили их караваны. Дочь вавилонского царя, отданную в жены фараону, Эхнатон оскорбительным образом послал сопровождать всего-навсего 5 колесниц, тогда как при Аменхотепе III вавилонскую царевну, его будущую жену, сопровождали 3 тысячи колесниц. К тому же, Эхнатон заключил дипломатические отношения с Ассирией, что также вызвало недовольство Вавилонии, которая сохраняла свои притязания на верховную власть в Ассирии, хотя давно её уже не осуществляла. Бурна-Буриаш II в одном из своих писем даже заявил протест фараону, но безрезультатно. После этого Бурна-Буриаш II разорвал союз с Египтом и начал ориентироваться на враждебное ему Хеттское царство. А отношения Эхнатона с митаннийским царём испортились настолько, что, как пишет царь Библа Риб-Адди фараону, Тушратта двинул свои войска на Финикию, но отступил вследствие недостатка воды.
Впрочем, неудивительно, что Эхнатон мало заботился о поддержании добрососедских отношений с большими царствами Ближнего Востока, если его не слишком волновала даже опасность потери значительной части своих сирийских владений. При содействии изменивших египетскому фараону царя Амурру сына Абди-Аширты, Азиру и князя Кадеша-Айта-камы, хетты овладели равниной Амки (в долине Оронта, южнее Кадеша). Три верных вассальных князя из соседних областей выступили против них, чтобы вернуть фараону утраченные земли, но были встречены Аитакамой во главе войска хеттов и отброшены назад. Все трое немедленно написали фараону о смуте и жаловались на Аитакаму. А сам Айтакама в свою очередь обвинял Бириавазу, правителя Дамаска, который окружил себя отрядами хапиру, отнял у него землю и опустошил города.
Азиру, тем временем, продолжал расширять свои владения в Амурру. Довольно продолжительный период ему удавалось выдавать себя за защитника интересов фараона. Он захватил Тунип, который к тому времени уже попал под влияние Митанни, и подобная акция, возможно, была одобрена наместником Эхнатона в провинции Амурру. Затем Азиру захватил финикийские и северо-сирийские прибрежные города вплоть до Угарита, причём убил их царей и присвоил себе их имущество. Когда хетты продвинулись в Нухашше, Азиру в союзе с ними взял Нийа и убил его царя. Осознав свою силу и чувствуя за своей спиной поддержку хеттского царя Суппилулиумы I, Азиру двинул свои отряды против резиденции египетского наместника в Амурру, города Симиры, осадил её, в союзе с флотом города Арвада, и быстро довёл до отчаянного положения. Царь Сидона Зимрида тоже отпал от Египта, заключил союз с Азиру и двинулся на Тир, царь которого Абимилки немедленно пишет Эхнатону, умоляя о поддержке. Царь Библа Риб-Адди также слал письмо за письмом к фараону с просьбами о помощи. Эхнатон, в конце концов, поручил нескольким египетским уполномоченным ознакомиться с положением Симиры, но им ничего не удалось сделать и город пал. Азиру убил местного египетского наместника и, разрушив город, получил полную возможность двинуться на Библ. Риб-Адди, приведенный в ужас случившимся, пишет фараону, сообщая, в частности, что египетский резидент в Кумеди, в Северной Палестине, находится в опасности. Но Азиру, который имел влиятельных друзей при дворе Эхнатона, сумел оправдаться перед фараоном. Последнего успокоили обещания Азиру платить ему такую же дань, которую вносили захваченные им города, и он не принимает мер.
Планы мятежных царьков были столь искусно замаскированы, что египетские резиденты, по-видимому, не знали, кто верные вассалы, а кто скрытые мятежники. Так, Бихуру, египетский наместник в Галилеи, не понимая отношения Библа, посылает туда своих наёмников-бедуинов, которые избивают всех его защитников. Риб-Адди, положение которого ещё более усложнилось восстанием горожан, вызванным своевольным поступком египетского резидента, едет в Берит, искать поддержки у местного правителя Аммуниры. Но, вернувшись в Библ, находит там ворота запертыми, так как его брат захватил во время его отсутствия власть в свои руки, и выдал его детей Азиру. Аммунира, царь Берита, какое-то время ещё притворялся другом Египта, но, в конце концов, вместе с правителем Тира Абимилки примкнул к Азиру. А сам Азиру порвал всякие отношения с Эхнатоном и уже открыто перешёл на сторону хеттского царя Суппилулиумы I. Риб-Адди всё же удалось захватить Библ, и он ещё некоторое время удерживал его. Но город, в конце концов, пал, а Риб-Адди, видимо, был убит.