После роспуска Учредительного собрания большинство его членов оказалось в восточных районах страны. 8 июня 1918 г. в Самаре был образован Комитет членов Учредительного собрания (Комуч) во главе с эсером В.К. Вольским. Комуч объявил себя временной властью, соединяющей законодательные, исполнительные, судебные и военные функции. Он декларировал демократические свободы, принял государственный красный флаг, оставил 8-часовой рабочий день, но осуществил денационализацию промышленности и восстановил земства и городские думы. Было объявлено о формировании «народной армии». Власть Комуча была признана на территории Саратовской, Самарской, Симбирской, Казанской и Уфимской губерний, Оренбургским и Уральским казачеством. В сентябре 1918 г. армия Комуча потерпела поражение и правительство перебралось в Уфу, где еще 8-23 сентября прошло Государственное совещание представителей Комуча, Временного сибирского правительства и др. органов. На нем как временное всероссийское правительство была образована Директория во главе с эсером Н. Д. Авксентьевым. Комуч был переименован в Совет членов Учредительного собрания и отказался от притязаний на всероссийскую власть. Директория 9 октября перебралась в Омск и была признана областными правительствами как всероссийский орган, но 18 ноября в Омске произошел государственный переворот, в результате которого Директория была ликвидирована. После этого меньшевики и эсеры отошли от тактики союза с буржуазными силами в попытках найти «третий» (демократический) путь развития страны и объявили войну белому движению.
С этого момента всероссийские правительства формировали только представители белого движения. В 1918 г. на юге России была сформирована Добровольческая армия под командованием А.И. Деникина, в январе 1919 г. она объединилась с белоказачьей Донской армией в Вооруженные силы Юга России (ВСЮР), а к осени 1919 г. Деникину удалось установить контроль над территорией Северного Кавказа, Левобережной Украины и Центра России. Роль правительственного органа при нем выполняло Особое совещание из военных и гражданских лиц с предоставлением в нем ключевых мест кадетам. Особое совещание являлось совещательным органом диктатора. Только главнокомандующий мог издавать законы и указы. На контролируемой Деникиным территории сохраняли силу законы, изданные до 25 октября 1917 г.
Осенью 1918 г. наступил новый этап гражданской войны. После захвата власти в Омске А.В. Колчак провозгласил себя Верховным правителем России, и под давлением Антанты его полномочия признали Деникин и Юденич. Система управления была определена «Положением о временном устройстве государственной власти в России». Согласно ему действовали Совет Верховного правителя, Совет министров, Правительствующий Сенат и министерства. Территория делилась на губернии во главе с губернаторами. Экономическая политика направлялась через Государственное экономическое совещание. В ноябре 1919 г. Колчак издал указ о выборах в Государственное земское совещание, которое обещал наделить законодательной властью, но осуществить это уже не успел. 14 ноября Омск был занят Красной армией, а 4 января 1920 г. Колчак сложил свои полномочия Верховного правителя, передав их Деникину, который в апреле ушел с поста верховного главнокомандующего ВСЮР. Созданное его преемником П.Н. Врангелем Правительство Юга России фактически контролировало только Крым и некоторые южные районы Украины, а в ноябре 1920 г. оно пало.
Гражданская война завершилась, руководители антибольшевистских сил потерпели поражение, т. к. они проиграли «красным» не только военно, но политически и морально. Они не смогли выдвинуть руководителя общенационального масштаба, не сумели предложить программу, которая увлекла бы народ и превзошла большевистское понимание будущего России. Одним из факторов победы большевиков в гражданской войне было выдвинутое ими новое представление о государстве. В отличие от белых, которые защищали старые порядки, красные выдвинули идею новой, советской государственности как власти рабочих и крестьян, существующей на основе классовых принципов. Они обеспечили ликвидацию разделения властей и народовластия через механизм Советов. Гражданская война наложила серьезный отпечаток на работу государственного аппарата, привела к его укреплению и бюрократизации, установлению вместо диктатуры рабочих диктатуры большевистской партии и оформлению однопартийной политической системы.