Основные задачи и функции территориальных органов определяются исходя из задач и функций соответствующих ведомств Российской Федерации с учетом конкретных особенностей регионов, которых они осуществляют свою деятельность.
Положения о территориальных органах федеральной исполнительной власти, как правило, содержат предписания, закрепляющие правовое положение их органов в субъектах Федерации. Однако статус федеральных органов исполнительной власти и их подразделений в субъектах Федерации регулируется не только в подзаконных актах, но и в положениях, утверждаемых, в зависимости от подведомственности соответствующего органа, указами Президента или постановлениями Правительства.
Функции и полномочия федеральных органов иногда закрепляются непосредственно в законах, например, в законах, регламентирующих деятельность ФАПСИ, ФСБ и др. Сфера правового регулирования таких законов значительно шире, в них закрепляется статус сотрудников органов и социально-правовые гарантии их деятельности. Как правило, они регулируют статус так называемых силовых министерств и ведомств, т.е. федеральных органов исполнительной власти, в систему которых входят подчиненные им воинские формирования.
Законы определяют правовое положение всей системы соответствующих органов - вышестоящего федерального министерства или ведомства и подчиненных ему структур в субъектах Федерации. В законах обычно употребляются обобщающие понятия "органы правительственной связи", "органы федеральной службы безопасности", не совпадающие с наименованиями соответствующего федерального органа - ФАПСИ, ФСБ, и др.
Недостатки и проблемы в правовой регламентации деятельности территориальных органов в федеральном законодательстве в период с 1994 по 1996 годы привели к нежелательным последствиям. Субъекты Федерации неправомерно расширили свои полномочия в этой сфере.
Так, за главами исполнительной власти субъектов Федерации были закреплены полномочия по осуществлению контроля за деятельностью территориальных органов федеральной исполнительной власти.
Противоправность подобных предписаний очевидна, поскольку в вышеуказанных случаях процесс создания, реорганизации и ликвидации территориальных органов инициируют не вышестоящие федеральные министерства и ведомства, как это и предусмотрено частью 1 статьи 78 Конституции, а губернаторы (главы администраций) областей.
Разрушение единства федеральной правовой системы, противоречие отдельных норм конституций и уставов субъектов Федерации многим положениям федеральной Конституции поставил под сомнение конституционный принцип верховенства и высшей юридической силы федеральных законов, имеющих прямое действие на всей территории России.
Это произошло из-за того, что действующее федеральное законодательство недостаточно четко определяет правовые основы взаимоотношений министерств и ведомств (соответственно и их территориальных подразделений) с органами исполнительной власти субъектов Федерации. Конституция России предусматривает возможность создания в субъектах Федерации неподчиненных федеральному центру органов исполнительной власти лишь в пределах полномочий, отнесенных к ведению субъектов Федерации (ч.2 ст.77).
Статьи 71 и 72 Конституции определяют лишь федеральную компетенцию и полномочия, отнесенные к совместному ведению Федерации и ее субъектов. По существу, единственным правовым источником, закрепляющим предметы ведения субъектов Федерации, являются конституции и уставы самих субъектов. Как правило, большинство этих актов относит к исключительному ведению субъектов Федерации правовое регулирование в сферах местного законотворчества, социально-экономического и культурного строительства.
Однако непосредственная угроза статусу территориальных органов федеральной исполнительной власти возникает в случае присвоения предметов ведения и полномочий.
В уставах субъектов Федерации наиболее распространена практика противоправного отнесения к компетенции субъектов Федерации полномочий совместного ведения, прежде всего полномочий в сфере международных и внешнеэкономических связей.
Конечно, субъекты Федерации имеют право осуществлять внешнеэкономические и международные связи, однако пункт "о" части 1 статьи 72 Конституции предусматривает определенные ограничения в их реализации. Координация международных и внешнеэкономических связей субъектов федерации отнесена к предметам совместного ведения. Координационная функция может заключаться в этом случае в разработке специального федерального закона, определяющего формы и методы реализации указанных полномочий (ч.2 ст.76 Конституции), в создании территориальных органов, непосредственно подчиненных Министерству иностранных дел и Министерству внешних экономических связей России.
Очевидно, что в субъектах Федерации не могут быть созданы находящиеся в их ведении органы в сферах внешнеполитической деятельности и внешнеэкономических связей. Функции координации в осуществлении субъектами Федерации указанных полномочий должны быть возложены на территориальные органы МИД и МВЭС России.
Противоправное расширение компетенции субъектов Федерации, полное или частичное присвоение ими федеральных полномочий закрепляют неконституционную деятельность органов исполнительной власти субъектов Федерации и препятствуют созданию федеральными министерствами и ведомствами территориальных органов, а зачастую полностью исключают эту возможность.
Однако следует признать ошибочным мнение, что с развитием рыночных отношений в России сфера деятельности исполнительной власти сокращается и ослабевает ее роль в целом, в том числе и на уровне территорий. Наоборот, очевидным становится всемерное укрепление исполнительной власти в области контроля и надзора для того, чтобы обеспечить полное управление экономическими и общественными процессами.
В отсутствие специализированного и законодательно закрепленного перечня органов исполнительной власти, наделенных контрольно-надзорными полномочиями, наиболее полными можно считать сведения, приведенные в Кодексе РФ об административных правонарушениях от 30 декабря 2001 года.
Такими органами являются:
1. Органы внутренних дел (милиция)
2. Органы и учреждения уголовно-исполнительной системы
3. Налоговые органы
4. Органы, ответственные за исполнение федерального бюджета
5. Таможенные органы
6. Органы и войска пограничной службы
7. Военные комиссары
8. Федеральная инспекция труда и подведомственные ей государственные инспекции труда
9. Органы государственной санитарно-эпидемиологической службы
10. Органы, осуществляющие государственный ветеринарный надзор
11. Органы, осуществляющие государственный карантинный фитосанитарный контроль
12. Органы, осуществляющие государственный контроль и надзор в области защиты растений
13. Органы, осуществляющие государственный контроль за химизацией и использованием химических веществ в сельском хозяйстве
14. Органы, осуществляющие государственный контроль за качеством и рациональным использованием зерна и продуктов его переработки
15. Государственные семенные инспекции
16. Органы, осуществляющие государственный надзор и контроль в области мелиорации земель
17. Органы, осуществляющие государственный контроль за использованием и охраной земель
18. Органы, осуществляющие государственный геологический контроль
19. Органы, осуществляющие государственный контроль за использованием и охраной водных объектов
20. Органы, уполномоченные в области использования, охраны и защиты лесного фонда
21. Органы охраны территорий государственных природных заповедников и национальных парков
22. Органы, уполномоченные в области охраны, контроля и регулирования использования объектов животного мира, отнесенных к объектам охоты, и среды их обитания
23. Органы рыбоохраны
24. Органы гидрометеорологии и мониторинга окружающей среды
25. Органы, осуществляющие государственный экологический контроль
26. Органы государственного энергетического надзора
27. Органы государственного горного и промышленного надзора
28. Органы, осуществляющие государственный контроль за безопасностью взрывоопасных производств
29. Органы, осуществляющие государственное регулирование безопасности при использовании атомной энергии
30. Органы, осуществляющие государственный пожарный надзор
31. Органы, осуществляющие государственный надзор за техническим состоянием самоходных машин и других видов техники
32. Органы российской транспортной инспекции
33. Органы автомобильного транспорта
34. Органы морского транспорта
35. Органы внутреннего водного транспорта
36. Органы государственной инспекции по маломерным судам
37. Органы железнодорожного транспорта
38. Органы, осуществляющие государственное регулирование в области авиации
39. Органы единой системы организации воздушного движения Российской Федерации
40. Органы, осуществляющие государственный надзор за связью и информатизацией
41. Органы, осуществляющие контроль за обеспечением защиты государственной тайны
42. Органы, осуществляющие государственный контроль в области обращения и защиты информации
43. Органы, уполномоченные в области рынка ценных бумаг
44. Федеральный антимонопольный орган, его территориальные органы
45. Органы государственной инспекции по торговле, качеству товаров и защите прав потребителей
46. Органы, осуществляющие государственный контроль за производством и оборотом этилового спирта, алкогольной и спиртосодержащей продукции