Главная проблема, поставленная писателем в романе, уже звучит в его названии: "Отцы и дети". Это название имеет двойной смысл. С одной стороны, это проблема поколений - вечная проблема классической литературы, с другой, - конфликт двух социально-политических сил, действовавших в России в 60-е годы: либералов и демократов. Действующие лица романа группируются в зависимости от того, к какому из социально-политических лагерей мы можем их отнести. Но дело в том, что главный герой Евгений Базаров оказывается единственным представителем лагеря "детей", лагеря демократов-разночинцев. Все остальные герои находятся во враждебном лагере.
Центральное место в романе занимает фигура нового человека - Евгения Базарова. Он представлен как один из тех молодых деятелей, которые "драться хотят". Другие - люди старшего поколения, которые не разделяют революционно-демократических убеждений Базарова. Они изображены мелкими, слабовольными людьми, с узкими, ограниченными интересами. В романе представлены дворяне и разночинцы 2-х поколений - "отцов" и "детей". Тургенев показывает, как действует демократ-разночинец в чужой ему среде. В Марьине Базаров - гость, который отличается своим демократическим обликом от хозяев-помещиков. И с Аркадием он расходится в главном -в представлении о жизни, хотя поначалу они считаются друзьями. Но их взаимоотношения все-таки нельзя назвать дружбой, потому что дружба невозможна без взаимопонимания, дружба не может быть основана на подчинении одного другому.
На протяжении всего романа наблюдается подчинение слабой натуры более сильной: Аркадия - Базарову. Но все-таки Аркадий постепенно приобретал свое мнение и уже переставал повторять слепо за Базаровым суждения и мнения нигилиста. В спорах он не выдерживает я выражает свои мысли. Однажды их спор дошел чуть ли не до драки. Разница между героями видна в их поведении в "империи" Кирсанова. Базаров занимается работой, изучением природы, а Аркадий сибаритствует, ничего не делает. То, что Базаров человек дела, видно сразу по его красной обнаженной руке. Да, действительно, он в любой обстановке, в любом доме старается заниматься делом. Главное его дело - естественные науки, изучение природы и проверка теоретических открытий на практике.
Увлечение науками является типичной чертой культурной жизни России 60-х годов, значит, Базаров идет в ногу со временем. Аркадий - совершенная противоположность. Он ничем не занимается, из серьезных дел его ни одно по-настоящему не увлекает. Для него главное - уют и покой, а для Базарова - не сидеть сложа рук, трудиться, двигаться. Совершенно разные суждения складываются у них в отношении к искусству. Базаров отрицает Пушкина, причем необоснованно. Аркадий пытается доказать ему величие поэта. Аркадий всегда аккуратен, опрятен, хорошо одет, у него аристократические манеры. Базаров же не считает нужным соблюдать правила хорошего тона, столь важные в дворянском быту.
Это сказывается во всех его поступках, привычках, манерах, речах, внешнем виде. Крупное разногласие возникло между "друзьями" в разговоре о роли природы в жизни человека. Здесь уже видно сопротивление Аркадия взглядам Базарова, постепенно "ученик" выходит из-под власти "учителя". Базаров ненавидит многих, а у Аркадия нет врагов. "Ты, нежная душа, размазня", - говорит Базаров, понимая, что Аркадий уже не может быть его сподвижником. "Ученик" не может жить без принципов. Этим он очень близок к своему либеральному отцу и Павлу Петровичу. Зато Базаров предстает перед нами как человек нового поколения, которое пришло на смену "отцам", не способным решить основные проблемы эпохи. Аркадий -человек, принадлежащий старому поколению, поколению "отцов".
Писарев очень точно оценивает причины разногласий между "учеником" и "учителем", между Аркадием и Базаровым: "Отношение Базарова к его товарищу бросает яркую полосу света на его характер; у Базарова нет друга, потому что он не встретил еще человека, который бы не спасовал перед ним. Личность Базарова замыкается в самой себе, потому что вне ее и вокруг нее почти нет вовсе родственных ей элементов". Аркадий хочет быть сыном своего века и напяливает на себя идеи Базарова, которые решительно не могут с ним срастись. Он принадлежит к разряду людей, вечно опекаемых и вечно не замечающих над собой опеки. Базаров относится к нему покровительственно и почти всегда насмешливо, он понимает, что их пути разойдутся.