Хронология событий как в московской, так и в ершалаимской частей играет ключевую роль в идейном замысле и композиции. Однако в тексте романа прямо точное время действия нигде не названо. В романе нет ни одной абсолютной датировки событий, однако ряд косвенных признаков позволяет однозначно определить время действия как древних, так и современных сцен. В первой редакции и в ранних вариантах второй современная часть датирована 12935 или 45 годами, но позднее Булгаков абсолютную хронологию устранил и изменил время действий. В окончательном тексте романа говорится лишь, что Воланд и его свита появляется в Москве майским вечером в среду, а покидают город вместе с Мастером и Маргаритой в конце той же майской недели – в ночь с субботы на воскресенье. Именно в это воскресенье встречаются с Иешуа и Пилатом, и становится очевидным, что это – светлое Христово воскресенье, христианская пасха. Следовательно, события в Москве происходит на страстную неделю. Православная пасха приходилась по новому стилю не ранее чем на пятое мая. Такому условию после 1918 года удовлетворяет всего один год – 1929, когда православная пасха как раз и была пятого мая.
Начало действия московских сцен приходится на первое мая – День международной солидарности трудящихся, но именно солидарности, взаимопомощи, христианской любви к ближнему не достает людям в булгаковской Москве, и визит Воланда быстро обнажает это. Очень важна также, точная хронология присутствует и в ершалаимских сценах романа. Их действие тоже начинается в среду 12 нисана, с прихода Иешуа Га-Ноцри в Ершалаиме и его ареста в доме Иуды из Кириафа, а завершается на рассвете субботы 15 нисана, когда Пилат узнает об убийстве Иуды и беседует с Левием Матвеем. Истинный же финал – прощение, дарование Мастером Пилату в пасхальную ночь. Таким образом, здесь сливаются воедино древний и современный мир «Мастера и Маргариты», и это слияние происходит в третьем мире романа – в мире потустороннем, вечном. И не случайно такое совмещение трех романных пространств происходит фактически в один и тот же день, который одновременно совмещает действие и ершалаимских древних, и московских новых сцен. При воссоздании истории Иешуа и Пилата Булгаков пользовался многими историческими работами. Так, в его архиве сохранились выписки из книги французского ученого Ренана «Жизнь Иисуса». Ренан указывал, что казнь Иисуса могла произойти либо 29-м, либо 33-м году, но сам историк склонялся к 33 году. У Булгакова год действия в древней части романа не указан, но назван возраст Иешуа – около 27 лет. Если принять традиционную дату рождения Христа – 1 год новой, христианской Эры, то получается, что булгаковский Иешуа умер в 28-м или 29-м году. Проповедь Иешуа Га-Ноцри, в отличие от евангельского Иисуса Христа, продолжалась неделю – всего несколько месяцев. Ведь до ареста римские власти ничего не успели узнать о его проповеди, да и ученика в тот момент Иешуа имел всего одного – Левия Матвея, тогда как при более продолжительном времени проповеди число учеников должно было быть большим, поскольку даже Пилат признавал притягательность учения Га-Ноцри для народа. Вслед за Евангелием от Луки и Ренаном Булгаков ориентировался на 28 год как время начала деятельности Христа. Писателю была нужна яркая, как солнечный луч, и короткая, как вспышка молнии, жизнь проповедника, призванная оттенить несовершенство и темные пятна современной жизни. Поэтому Иешуа в «Мастере и Маргарите» значительно моложе Иешуа евангилий и Ренана, а его жизнь до мучительной жизни на кресте практически лишена каких-либо запоминающихся, значительных событий. Главным для Булгакова было показать внутреннее, гуманистическое содержание жизни и смерти Иешуа, нравственную высоту его учения, а не какие-то выдающиеся проявления его способностей проповедника чудотворца. В редакции 1929 года Иешуа прямо говорил Пилату, что «1900 лет пройдет, прежде чем выяснится насколько они наврали, записывая за мной». Если действия московских сцен разворачиваются в 1929 году, то промежуток в 1900 лет, который разделяет древнюю и современную части романа, играет в структуре «Мастера и Маргариты» чрезвычайно важную роль. Дело в том, что 1900 краткое 76, в 76 лет знаменитый лунно-солнечный цикл, содержащий равное число лет по солнечному, юлианскому, лунному календарям. Через каждые 76 лет по юлианскому календарю фазы луны попадают на одни и те же числа и дни недели. Поэтому Пасхальная пятница 14 нисана (Иудейская пасха) и в 29-м и в 1929 году падала на одно и то же число – 20 апреля по юлианскому календарю, и 22 апреля 28 года, и 16-е число месяца нисана древнееврейского календаря те лунные годы, которые падают на 22 апреля 1928 и 29 годов юлианского календаря. В этот день православной пасхи происходит воскресение мастера и воскресение Иешуа, а мир евангельской легенды сливается с потусторонним миром. Именно в сцене последнего полета сливается воедино не только временная, но и весьма сложная пространственная структура «Мастера и Маргариты». Евангельское время формирует, таким образом, один поток с тем временем, когда Булгаков и его мастер начали работу над романом о Иешуа и Пилате, и действие созданного Мастером романа соединяется с ходом современной московской жизни, где автор гениального романа, заканчивает свою земную жизнь, застреленный гонителями, чтобы в вечности потустороннего мира обрести бессмертие и долгожданный покой.
Три мира «Мастера и Маргариты» соответствую трем родам персонажей, причем представители различных миров формируют своеобразные триады, объединенные функциональным подобием и сходным взаимодействием с персонажами своего ряда. Продемонстрируем это положение на примере первой и наиболее значительной триады романа. Ее составляют: прокуратор иудеи Понтий Пилат – «Князь тьмы» Воланд – директор психиатрической клинки профессор Стравинский. В ершалаимских сценах бытия развиваются благодаря действиям и распоряжениям Пилата. В московской части действие происходит благодаря Воланду, у которого, как и у прокуратора иудеи, есть с воя свита. Также и Стравинский, пусть в пародийном, сниженным виде, повторяет функции Пилата и Воланда. Стравинский определяет судьбу всех трех персонажей современного мира, которые попали в клинику в результате случайного контакта с сатаной и его слугами. Кажется, что ход событий в клинике направляется действиями Стравинского – смеженного подобия Воланда. В свою очередь – в чем-то смеженное подобие Пилата, сниженное уже потому, что «Князь тьмы» почти начисто лишен каких-либо психологических переживаний, которыми так богато наделен терзаемый муками совести за свою минутную трусость прокуратор иудеи. Воланд как бы пародирует Пилата – человека, стоящего во главе всего ершалаимского мира. Ведь от Пилата зависят судьбы Каифы, и Иуды, и Иешуа, и, как и у Воланда, у него есть своя свита – Афраний, Марк Крысобой, верный Банга. Пилат пытается спасти Иешуа, но, вынужденный, в конце концов, отправить его на смерть, невольно обеспечивает им обоим бессмертие в веках.
И в современной Москве вечный Воланд спасает мастера и дает ему награду. Но здесь тоже сначала должна наступить смерть творца и его преданной возлюбленной – воздаяние они получают в потустороннем мире, и бессмертие дает Мастеру написанный им гениальный роман, а Маргарите ее неповторимая любовь.
Стравинский также спасает Мастера и других, ставших жертвой нечистой силы, только спасение это откровенно пародийно, поскольку профессор может предложить Мастеру всего лишь абсолютный, бездеятельный покой психолечебницы. Власть каждого из могущественных персонажей этой триады оказывается мнимой. Пилат не в силах изменить ход событий, предопределенный независящими от него обстоятельствами, в конечном счете, из-за собственного малодушия, хотя внешне все в древней части романа происходит по его приказу. В, свою очередь, лишь предсказывается будущее тех людей, с которыми соприкасается, но будущее это все-таки определяется исключительно длинными обстоятельствами. Так, Берлиоз гибнет под колесами трамвая не потому, что сатана подарил непредвиденное обстоятельство в виде трамвайных колес и разлитого Аннушкой на рельсы масла, а потому что просто поскользнулся на этом масле. А доносчик Мастгель, погибающий на балу Воланда от пули Азазелло, все равно через месяц неизбежно должен был поплатиться жизнью за свое предательство, и вмешательство потусторонних сил лишь ускоряет развязку. Власть же Стравинского над Мастером и другими пациентами оказывается призрачной. Он не в состоянии лишить Ивана Бездомного воспоминаний о Пилате и о смерти Иешуа, и Мастере и его возлюбленной, не в состоянии предотвратить земную смерть Мастера и переход его вместе с Маргаритой в потусторонний мир и в Бессмертие.
Перечислим остальные семь триад «Мастера и Маргариты»: Афраний – первый помощник Пилата, - Фагот Коровьев, первый помощник Воланда, - врач Федор Васильевич, первый помощник Стравинского; кентурион Марк Крысобой, Азазелло, демон безводной пустыни, - Арчибальд Арчибальдович, директор ресторана дома Грибоедова; пес Банга – кот Бегемот – милицейская собака Тузбубен; Киза, агент Афрания, - Гелла, служанка Фагота – Коровьева, - Наташа, служанка и доверенное лицо Маргариты; председатель Синфриона Иосиф Каифа – Председатель МАССОЛИТа, Берлиоз – неизвестный в торгсине, выдающий себя за иностранца; Иуда из Кириафа, барон Майгель, - журналист Алозий Могарыч, Левий Матвей, единственный последователь Иешуа, - поэт Иван Бездомный, единственный ученик Мастера – поэт Александр Рюхин.
Из главных персонажей романа лишь три не входят в состав триад. Это, прежде всего два таких важных героя, как Иешуа Га-Ноцри и безымянный Мастер, образующие кару, или диаду. Остается героиня, чье имя вынесено в названии романа. Образ Маргариты олицетворяет не только любовь, но и милосердие (она добивается прощения для Фриды и Пилата). Маргарита действует во всех трех мирах романа: современном, потустороннем и историческом. Этот образ не всегда являет собой идеал. Став ведьмой, Маргарита ожесточается и громит дом Драмлита, где живут главные недруги Мастера. Но угроза гибели невинного ребенка становится тем порогом, который никогда не сможет переступить истинно нравственный человек, и наступает отрезвление. Другой грех Маргариты - участие в бале сатаны вместе с величайшими грешниками «всех времен и народов». Но этот грех совершается в потустороннем мире, действия Маргариты здесь никому не приносят никакого вреда и не требуют искупления. И любовь Маргариты остается для нас вечным идеалом.