Из указанных особенностей логической структуры сравнительно-исторического языкознания вытекают не только его преимущества (среди них: относительная простота процедуры, если известно, что сравниваемые морфемы родственны; нередкая ситуация, когда реконструкция предельно облегчена или даже уже представлена частью сравниваемых элементов; возможность упорядочения этапов развития одного или нескольких явлений в относительно-хронологическом плане; приоритет формы над функцией, при том что первая нередко остается более устойчивой и надежной, чем последняя, и т.п.), но и его недостатки или ограничения, относящиеся к методу, применяемому в сравнительно-историческом языкознании. Последние связаны главным образом с фактором "яызкового" времени: данный язык, привлекаемый для сравнения, может отстоять от исходного языка-основы или от другого родственного ему языка на такое количество шагов "языкового" времени, при котором большая часть унаследованных языковых элементов (теоретически все элементы) оказалась утраченной ("вымытой" временем) и, следовательно, сам данный язык выбывает из сравнения или же становится для него ненадежным материалом; иной аспект того же ограничения - невозможность реконструкции тех явлений, древность которых превосходит способность языка к фиксации "языкового" времени, т.е. превышает временную глубину данного языка. В других случаях значительность "языкового" времени, отделяющего данный язык от родственных ему языков или от праязыка такова, что материал для сравнения (напр., морфемы) остается, но подвергается столь глубоким изменениям, что становится крайне ненадежным, в частности допускающим целый ряд разных сравнительно-исторических интерпретаций. Наконец, особую сложность могут представлять заимствования в языке. Слишком большое число заимствований - а известны языки, где число заимствованных слов превышает число исконных, - может существенно деформировать представление о соотношении "своей" и "чужой" лексики и дать основания для рядов "ложных" соответствий, которые, однако, обладают высокой степенью регулярности. При отсутствии внешних свидетельств заимствования определяются изнутри, лингвистически, как раз по отклонениям от действующей в данном языке или группе языков схемы соответствий. Но старые заимствования могут утрачивать фонетические знаки "чужого" происхождения и полностью ассимилироваться. Эти вкрапления могут смешать общую картину, притом что у исследователя нет средств для определения того, является ли это слово заимствованным или исконным и, следовательно, корректно или некорректно привлечение его для сравнения. Особую категорию сложностей составляют случаи "невзвешенного" сравнения, когда в качестве членов ряда соответствий выступают, например, два или более состояния одного и того же языка (причем исследователь полагает, что речь идет о разных языках) или, наоборот, один из членов ряда оказывается пустым из-за ненадежности материала. Нередки (особенно в случае недостаточного количества фактов) примеры "игры случая", когда возникают фантомные факты, которым реально ничего не соответствует, или "сдвинутые", как бы подстроенные факты, смещающие и затемняющие реальное положение вещей. В силу этих обстоятельств исследования в области сравнительно-исторического языкознания не могут опираться исключительно на предусмотренные процедуры (на "правила"); нередко обнаруживается, что подлежащая решению задача принадлежит к числу исключительных и нуждается в обращении к нестандартным приемам анализа и/или решается лишь с определенной вероятностью.
Тем не менее, благодаря установлению схемы соответствий между соотносимыми элементами разных родственных языков ("сравнительное" тождество) и схемы преемственности во времени (т.е. a1 > a2 >... an), сравнительно-историческое языкознание приобрело совершенно самостоятельный статус. Языкознанию традиционного типа как описательной и/или предписывающей дисциплине оно противопоставлялось как дисциплина объясняющая. В этом отношении сравнительно-историческое языкознание напоминало естественные науки. В обоих случаях эмпирические данные, отраженные в соответствующих описаниях, нуждались в причинном объяснении; установление же причин и следствий в принципе объясняло историческое развитие объекта, изучаемого в этих науках. Высшим выражением принципа "исторической" причинности и одновременно методологической строгости (своего рода "математичности") сравнительно-исторического языкознания было открытие понятия фонетического закона. роль фонетики в сравнительно-историческом языкознании оказалась совершенно иной, чем в описательном языкознании; если в последнем фонетика оставалась вспомогательной дисциплиной, а звуки, как и буквы, трактовались только как средство выражения, то в сравнительно-историческом языкознании фонетика стала ведущей его частью, в частности потому, что в ней наиболее полно и объективно раскрывались исторические процессы, не нарушаемые, как на других уровнях, коррекцией со стороны осознаваемых говорящим элементов содержания. На первых порах в сравнительно-историческом языкознании довольствовались признанием соответствий и не настаивали на их закономерности и неукоснительности в той степени, в какой это принято в естественных науках. Во всяком случае, предполагалось, что на язык оказывает влияние нечто более сильное, нежели лингвистические законы (Бопп). Но уже А. Шлейхер, одержимый идеями естествознания и рассматривавший язык как естественный организм, пытался увидеть в языковых закономерностях реализацию законов природы. Шлейхер был, пожалуй, первым, кто пытался установить как частные фонетические законы, действующие в пределах данного языка, так и всеобщие (универсальные) законы языка. Шлейхеровская реконструкция индоевропейского праязыка, по сути дела, уже предполагает всевластие лингвистических законов. Но сама трактовка этих законов Шлейхером не могла быть принята следующим поколением компаративистов, хотя убеждение в исключительной важности фонетических законов стало в 70-80-х гг. 19 в. общим тезисом младограмматического направления в сравнительно-историческом языкознании. Соответственно росла непримиримость ко всем тем утверждениям в области сравнительно-исторической грамматики, которые основывались не на законе, а на исключении из него. В 1878 в своих "Морфологических исследованиях" Г. Остхоф и К. Бругман формулируют принцип постоянства фонетических законов, которому было суждено сыграть выдающуюся роль в сравнительно-историческом языкознании. Большую методологическую ценность имели законы-предсказания, подтверждавшиеся лишь впоследствии, ср. реконструированные Ф. де Соссюром "сонантические коэффициенты", отражением которых было хеттское h, как позже показал Е. Курилович; ср. также романские реконструкции Ф.К. Дица и их подтверждение фактами народной латыни. Известная категоричность и максимализм в формулировке положения о постоянстве фонетических законов вызвала позже дискуссию, внесшую много нового в понимание условий действия закона. Прежде всего, потребовались объяснения для тех языковых фактов, которые не могли быть выведены из данного фонетического закона и выглядели исключениями. Первой попыткой наиболее общего объяснения отклонений в действии лингвистических законов была ссылка на аналогию, психологическая теория которой была изложена уже Г. Паулем в "Принципах истории языка" (1880). Многие конкретные исключения в сравнительно-исторической грамматике индоевропейских языков (а отчасти и других языковых семей) были более или менее удачно объяснены. но опыт обращения к аналогии как важному фактору языкового развития привел к двум существенным выводам: во-первых, само действие аналогии есть результат взаимоотношения членов языковой системы со своей особой иерархией этих членов, которая и определяет направление аналогии (в этом случае более чем констатация аналогии оправдано обращение к исследованию самой системы и принципов ее функционирования); во-вторых, аналогия (даже при обращении к ее исходным механизмам, коренящимся в системе языка) все-таки оставляет многие языковые факты необъясненными вовсе или же объясненными недостаточно удовлетворительно. В этом случае наибольший прогресс и в сравнительно-историческом языкознании в целом, и в сравнительно-исторической грамматике конкретных языков или языковых групп, и в самом понимании пределов действия фонетических законов был достигнут в тех многочисленных и, по сути дела, разнородных, внутренне обычно не скоординированных исследованиях, где положения сравнительно-исторического языкознания проверялись анализом форм развития языка в пространстве. постулирование праязыка, как и гипотезы о промежуточных языках-основах, о членении праязыка и преимущественных связях между отдельными его ветвями, строго говоря, скрывали в себе неизбежный вопрос о пространственно-временной интерпретации этих чисто лингвистических конструкций. "Волновая" теория И. Шмидта (1871), полемически заостренная против теории "родословного древа" Шлейхера, фиксировавшей последовательность этапов распадения языка, но игнорировавшей как проблему локализации праязыка и его последующих продолжений, так и все сколько-нибудь сложные случаи многосторонних языковых связей, была, по сути дела, одним из первых вариантов определения пространственного соотношения родственных языков и, главное, объяснения пространственным фактором (т.е. способом существования языка в пространстве) языковых особенностей, в частности и тех, которые выглядели как исключение. Соотнесенность двух тем - фонетических законов и пространственного аспекта языка и языкового родства - рельефнее всего была обозначена в трудах Г. Шухардта, выступавшего против тезиса непреложности фонетических законов и как бы компенсировавшего их дискредитацию объяснениями, вытекающими из фактора пространства и происходящего на нем постоянного и постепенного взаимодействия (вплоть до смешения) языков (ср. его работы "О фонетических законах", 1885, "О классификации романских диалектов", 1900, "К вопросу о языковом смешении" и т.п.). Близкие идеи высказывались и И.П. Бодуэном де Куртенэ. В той или иной мере оппозиция тезису о непреложности фонетических законов и слишком упрощенным представлениям о схемах развития языка или родственных языков, о причинах и формах "переходных" явлений обнаружилась вскоре в наиболее развитых областях сравнительно-исторического языкознания, прежде всего в романистике, несколько позже в германистике. В частности, эта оппозиция была связана с опытом работы над диалектологическими атласами (специально - география слов) и в области лингвистической географии (Ж. Жильерон, позже Ф. Вреде, Г. Венкер, К. Яберг и др.), показавшей несравненно более сложную картину фонетических (и вообще языковых) изменений (в частности, было показано постепенное действие фонетических законов в отношении отдельных слов, дополнительно усложненное разным темпом распространения слов с фонетической инновацией в лингвистическом пространстве). Идеи пространственной детерминации (или, по крайней мере, важности этого аспекта) языковых изменений постепенно находили свое отражение в сравнительно-историческом языкознании: ср. исследования Мейе о диалектах индоевропейского языка, продолженные позже в работах о членении индоевропейских языков у В. Порцига, Х. Краэ, у представителей итальянской "пространственной" (ареальной) лингвистики - М. Дж. Бартоли, Дж. Бонфанте, В. Пизани, Дж. Девото и др. с их интересом к качественному различию ареалов (центральные, латеральные, маргинальные), к определению центров инноваций и путей их распространения, к анализу того слоя лексики, который ускользает из ведения сравнительно-исторической фонетики (ср. "культурные", иначе "странствующие" слова), к языковым связям внутри родственных и неродственных языков и т.п. Наконец, в 20-30-х гг. 20 в. выдвигается теория языковых союзов (ср. работы Н.С. Трубецкого, Р.О. Якобсона, К. Сандфельдта и др.), определяющая такой тип взаимоотношения, при котором пространственная смежность способствует формированию "вторичного" родства, проявляющегося прежде всего в выработке сходных лингвистических типов, во-первых, и создании своего рода системы пересчета для перехода от одного языка к другим (в пределах языкового союза), во-вторых. Внимание к пространственному аспекту языка привели к существенному углублению проблематики сравнительно-исторического языкознания; в частности, заставило исследователей во многом по-новому взглянуть на проблему праязыка, его дилектного членения (ср. понятие диалектного континуума), выделения устойчивых ("консервативных") зон и зон, в которых появляются инновации, на метод изоглосс, на роль конвергентных процессов (в сравнительно-историческом языкознании до сих пор господствует установка на преимущественное или даже исключительное значение дивергенции) и т.п.