Председатель Совета Федерации осуществляет общее руководство аппаратом Совета Федерации и контролирует его деятельность; дает поручения комитетам и комиссиям, а также членам Совета Федерации. Он отдает распоряжения и дает поручения по вопросам, отнесенным к его компетенции, закрепленной в Регламенте Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации.
Органы при Председателе Совета Федерации: Научно-экспертный совет при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Общественная комиссия при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по обеспечению равных прав и равных возможностей мужчин и женщин в России, Совет по развитию малого и среднего предпринимательства при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Совет при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по вопросам агропромышленного и рыбохозяйственного комплекса России, Координационный совет по социальной стратегии при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Координационный совет при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по социальной защите военнослужащих, сотрудников правоохранительных органов и членов их семей, Совет по делам инвалидов при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Экспертный совет по проблемам законодательного обеспечения развития оборонно-промышленного комплекса при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Совет по местному самоуправлению при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Совет по федеральным и региональным программам при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Совет при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по вопросам жилищного строительства и содействия развитию жилищно-коммунального комплекса, Совет по государственной культурной политике при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Совет по региональному развитию при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Экспертный совет при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по созданию портретной галереи председателей Государственного совета Российской империи и Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Совет при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации по вопросам поддержки соотечественников, проживающих за рубежом, Межрегиональный банковский совет при Совете Федерации Федерального Собрания Российской Федерации, Экспертный совет по Арктике при Председателе Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации.
Заместители Председателя замещают Председателя в его отсутствие, а также осуществляют другие полномочия по вопросам внутреннего распорядка деятельности палаты в соответствии с распределением обязанностей между ними.
Председатель Совета Федерации и его заместители могут быть освобождены от занимаемых должностей решением Совета Федерации, принимаемым большинством голосов от общего числа членов палаты.
В соответствии со ст. 101 Конституции РФ Совет Федерации и Государственная Дума образуют комитеты и комиссии, являющиеся постоянно действующими органами соответствующих палат.
Согласно Регламенту (ст. 30) Совет Федерации образует комитеты и постоянные комиссии. Комитеты и постоянные комиссии Совета Федерации имеют равные права и несут равные обязанности по реализации полномочий палаты.
Состав комитетов Совета Федерации утверждается палатой большинством голосов от общего числа членов палаты. Председатель комитета, его заместители избираются на его заседании большинством голосов от общего числа членов комитета. Председатель комитета утверждается Советом Федерации большинством голосов от общего числа членов палаты. Председатель комитета, его заместители не могут быть представителями от одного субъекта Федерации. Численный состав каждого комитета определяется Советом Федерации, но не может быть менее восьми членов палаты.
Все члены Совета Федерации входят в состав комитетов, за исключением Председателя палаты и его заместителей. При этом член Совета Федерации может быть членом только одного комитета палаты.
Совет Федерации вправе создавать постоянные и временные комиссии. Деятельность временных комиссий ограничивается определенным сроком и (или) конкретной задачей. Задачи комиссии, срок ее деятельности, полномочия и персональный состав определяются постановлением палаты.
В настоящее время в Совете Федерации функционируют следующие комитеты и комиссии: Комитет Совета Федерации по конституционному законодательству, Комитет Совета Федерации по правовым и судебным вопросам, Комитет Совета Федерации по делам Федерации и региональной политике, Комитет Совета Федерации по вопросам местного самоуправления, Комитет Совета Федерации по обороне и безопасности, Комитет Совета Федерации по финансовым рынкам и денежному обращению, Комиссия Совета Федерации по взаимодействию со Счетной палатой Российской Федерации, Комитет Совета Федерации по международным делам, Комитет Совета Федерации по делам Содружества Независимых Государств, Комиссия Совета Федерации по Регламенту и организации парламентской деятельности (эта Комиссия является постоянно действующим органом Совета Федерации), Комитет Совета Федерации по социальной политике и здравоохранению, Комитет Совета Федерации по образованию и науке, Комиссия Совета Федерации по делам молодежи и туризму, Комитет Совета Федерации по экономической политике, предпринимательству и собственности, Комитет Совета Федерации по промышленной политике, Комиссия Совета Федерации по естественным монополиям, Комитет Совета Федерации по природным ресурсам и охране окружающей среды, Комитет Совета Федерации по аграрно-продовольственной политике и рыбохозяйственному комплексу, Комитет Совета Федерации по делам Севера и малочисленных народов, Комиссия Совета Федерации по информационной политике, Комиссия Совета Федерации по контролю за обеспечением деятельности Совета Федерации, Комиссия Совета Федерации по национальной морской политике, Комиссия Совета Федерации по культуре, Комиссия Совета Федерации по жилищной политике и жилищно-коммунальному хозяйству, Комиссия Совета Федерации по вопросам развития институтов гражданского общества, Комиссия Совета Федерации по физической культуре, спорту и развитию олимпийского движения.
Комитеты палат по вопросам, отнесенным к их ведению, осуществляют предварительное рассмотрение законопроектов; организуют проводимые палатами парламентские слушания и их подготовку к рассмотрению палатой; решают вопросы организации своей деятельности; рассматривают иные вопросы, относящиеся к ведению палат.
Кроме того, комитеты Совета Федерации осуществляют подготовку заключений по принятым Государственной Думой федеральным законам и способствуют реализации положений Конституции РФ и федеральных законов.
Для обеспечения деятельности комитетов и комиссий палат создаются рабочие аппараты комитетов, действующие на постоянной основе. Формирование аппаратов комитетов осуществляется соответствующими комитетами.
Рабочий аппарат комитета палаты осуществляет правовое, организационное, информационное, документационное и другое обеспечение деятельности соответствующего комитета палаты, проводимых им парламентских слушаний. Аппарат комитета участвует в подготовке законопроектов, проектов решений комитета и экспертных заключений по законам, подлежащим рассмотрению комитета, в пределах своих полномочий ведет делопроизводство комитета, готовит и рассылает необходимые для членов комитета материалы, справки, обеспечивает техническую обработку его документов.
Для подготовки и рассмотрения вопросов деятельности Совета Федерации образуется Совет палаты, являющийся постоянно действующим коллегиальным органом. В его состав входят Председатель Совета Федерации, его заместители, председатели комитетов и постоянных комиссий Совета Федерации, которые обладают правом решающего голоса по всем вопросам, рассматриваемым Советом палаты. Председатель Совета Федерации созывает заседания Совета Федерации; формирует проект их повестки дня; ведет заседания палаты; подписывает ее постановления; ведает внутренним распорядком деятельности палаты; распределяет обязанности между своими заместителями; представляет палату во взаимоотношениях с федеральными органами государственной власти, органами государственной власти субъектов Федерации, органами местного самоуправления, общественными объединениями, а также с парламентами иностранных государств, международными организациями, государственными и общественными деятелями иностранных государств; решает иные вопросы организации деятельности Совета Федерации в соответствии с Регламентом Совета Федерации и другими нормативными правовыми актами.
Обеспечение деятельности Совета Федерации осуществляет Аппарат, который состоит из Секретариата Председателя Совета Федерации, секретариатов заместителей Председателя Совета Федерации, аппаратов комитетов и постоянных комиссий Совета Федерации, подразделений правового, информационного, аналитического, организационного, документационного и финансово-хозяйственного обеспечения, кадровой службы.
Основными задачами Аппарата Совета Федерации являются правовое, информационное, организационное, аналитическое, документационное и финансовое, материально-техническое и хозяйственное обеспечение деятельности Совета Федерации и его органов, членов Совета Федерации; правовое, организационное, информационно-аналитическое, протокольное и паспортно-визовое обеспечение.