Категоричне заперечення викликав Статут Генерального секретаріату, який був затверджений ЦР і названий першою конституцією України. Тимчасовий уряд відхилив його, замінивши новим документом під назвою: «Тимчасова інструкція Генеральному секретаріатові Тимчасового уряду на Україні». Повноваження Генерального секретаріату значно обмежувалися і поширювалися лише на Київську, Волинську, Полтавську, Подільську та частково Чернігівську губернії. Кількість секретарств скорочувалась з 14 до. З компетенції Генерального секретаріату вилучалися військові, продовольчі та судові справи, шляхи сполучення, пошта і телеграф. Відповідно до інструкції ЦР могла лише висувати кандидатів на посади генеральних секретарів, яких призначав Тимчасовий уряд.
Українська делегація протестувала проти зайнятої Тимчасовим урядом позиції, вимагала затвердити Статут, відстоювала кожне його принципове положення. Вже після перших засідань В. Винниченко і члени делегації хотіли перервати переговори і їхати до Києва. Проте Володимир Кирилович добре розумів, що саме цього й домагаються в урядових колах Петрограда, провокують їх, щоб руками українців поставити крапку у переговорному процесі і взагалі зняти з порядку денного питання про надання автономії Україні.
З огляду на вибуховий характер В. Винниченка продовження переговорів у такій обстановці давалися нелегко. «З якої речі я маю на собі переносити найгірші сторони соціальної істоти сих людей? – писав він. – Розуміється, коли б ішло про мою особисту справу, мої відносини з цими людьми кінчились би цілком інакше, так само, як і відносини инчих членів делегації. Але справа йшла не про інтереси тої чи инчої людини. Отже, не особисті почування й взагалі не п оч у в а н н я повинні були вирішувати наше поводження. Ми бачили, що нас провокували, що нас навмисно, брутально й цинічно висміювали, ображали й викликали на обурення, на реакцію чуття».
Але українська делегація не піддалася емоціям, і врешті-решт прем’єр О. Керенський підписав «Інструкцію Генерального секретаріату Тимчасового уряду на Україні», скріплену також підписом міністра юстиції, що надавало їй статусу нормативно-правового акта, обов’язкового до виконання місцевими органами в Україні.
О. Керенський жодного разу не прийняв В. Винниченка, всіляко уникаючи зустрічі з ним. Згодом Володимир Кирилович з гіркотою напише: «Замість конституції – інструкцію» отримала Україна від Тимчасового уряду і Керенського, який, перебуваючи у Києві два місяці до того, давав широкі обіцянки лідерам ЦР.
Виснажлива боротьба з російськими демократами, які після повалення царизму люто вчепилися у відстоювання «єдиної і неділимої» влади, приводить В. Винниченка до висновку: там, де виникає українське питання, закінчується російська демократія.
З поверненням до Києва на В. Винниченка чекали нові випробування. Більшість членів ЦР негативно сприйняла «інструкцію». Навіть Генеральний секретаріат поділився на дві частини. В центрі гострої критики опинилася українська делегація і в першу чергу сам В. Винниченко. На них була покладена значна частина вини за невдачу на переговорах, сипалися дошкульні й часто безпідставні звинувачення в нетвердості, невмінні, недостойному поводженні в міністерських передпокоях, навіть таємній зраді. Дебати в Малій раді тяглися два дні. 5 серпня розпочалася шоста сесія ЦР, яка майже повністю була присвячена обговоренню «Інструкції Тимчасового уряду» і пошуку виходу з ситуації, що склалася. А справу вирішити дійсно було надзвичайно важко. Одна з найбільших у ЦР фракція українських соціалістів-революціонерів запропонувала розірвати стосунки з Тимчасовим урядом і явочним порядком запровадити Статут Генерального секретаріату.
Перелом в ході дискусії відбувся 7 серпня, коли з великою промовою на засіданні виступив В. Винниченко. На початку виступу він заявив про свою відставку з посади голови Генерального секретаріату і готовність передати свої функції тому, хто більше відповідав би настроям і позиції більшості членів ЦР. Далі, виступаючи як член соціал-демократичної фракції, він наводив переконливі докази необхідності прийняття «інструкції».
Погоджуючись з тим, що інструкція є жалюгідним папірцем, який може лише викликати обурення у кожного українця, цілком погоджуючись з критикою цієї інструкції, Винниченко закликав уважно розмірковувати над тим, як до неї поставитись. «Порівнюючи з тим, чого ми домагалися два місяці тому, коли хотіли признання тільки принципу автономії та призначення комісара для України, то тепер ми маємо фактичну автономію і Генеральний секретаріат, – наголошував В. Винниченко. – В такім самім розумінні трактується наша справа, автономія України, у французьких та німецьких газетах». Доводячи корисність такої установи, як Генеральний секретаріат, В. Винниченко переконував, що за його допомогою легше буде проводити консолідацію національно-демократичних сил, вести боротьбу з контрреволюцією, яка досить сильна в Україні, і допомагати проведенню виборів до Всеукраїнських установчих зборів, які й визначать майбутню долю України – автономність чи самостійність.
Аргументованість промови В. Винниченка, його заява про готовність відставки справили враження на членів ЦР. Більшість з них, в тому числі із фракції соціалістів-революціонерів, зрозуміли нереальність успішного протистояння Тимчасовому урядові і, можливо, його згубність. Було віддано перевагу резолюції, запропонованій соціал-демократами: заявити Тимчасовому урядові про негативне ставлення до його «інструкції» як недемократичної і навіть імперіалістичної, але при цьому залишити ґрунт для співробітництва.
Домігшись підтримки більшості ЦР при затвердженні «Інструкції», Винниченко вже не наполягав на своїй відставці. Але, враховуючи новий статус Генерального секретаріату, він з формальних мотивів подав заяву про відставку секретаріату у повному складі, з продовженням виконання обов’язків, доки Мала рада сформує новий уряд.
Ситуацією, що склалася внаслідок формальної відставки уряду, скористалися політичні конкуренти УСДРП з українських партій, насамперед соціалісти-революціонери, які все більше тяжіли до російських лівих есерів. Вони розгорнули проти В. Винниченка широку кампанію політичної компрометації, маючи на меті домогтися його відставки. Пристрасті розгорілися 10 серпня на засіданні Малої ради. Есер М. Ковалевський подав запит до голови Генерального секретаріату В. Винниченка з приводу його інтерв’ю кореспондентам французьких газет у Петрограді про український національно-визвольний рух. Свідомо або випадково у газетах було перекручено його зміст. Йшлося про те, начебто більша частина членів ЦР має германофільську орієнтацію. Після М. Ковалевського з цього приводу до В. Винниченка звернувся з запитом від фракції націонал-революціонерів М. Любинський з оголошенням заяви своєї партії, яка слова В. Винниченка «…рахує глибокою образою для Української Центральної Ради і просить Комітет Центральної Ради запропонувати тов. Винниченкові дати пояснення у цій справі і вказати тих членів Центральної Ради або ті факти, які він мав на увазі при розмові з кореспондентами газет».
Ця далекосяжна провокація набула такого розголосу, що В. Винниченкові довелося дати пояснення не лише в ЦР, а й Тимчасовому урядові. В телеграмі до Петрограда він рішуче заявив, що не висловлював таких думок, які накидає йому кореспондент французької газети. Пояснював це Винниченко або злим умислом, або ж поганим знанням журналістом російської мови.
Заслухавши пояснення В. Винниченка, есери нібито погодилися з ним, але вже наступного дня знову внесли на розгляд Малої ради проект постанови про відставку Генерального секретаріату. Більшістю голосів пропозиція есерів була відхилена. В. Винниченко погодився забрати свою заяву і приступити до реконструкції уряду.
Здавалося, що нарешті настав час для конструктивної роботи Генерального секретаріату, розв’язання проблем, які катастрофічно навалювалися на Україну, гальмували поступ української революції, передусім у консолідації національно-демократичних сил, утворення місцевих органів влади, проведення соціально-економічних реформ.