Первый том был перепечатан с издания «Свободного слова», второй и третий – с издания Элпидина. Последняя, заключительная, глава (быть может, по цензурным соображениям) перепечатана не была.
В том же 1906 г. петербургский издатель Е.В. Герцик предпринял издание «Полного собрания сочинений Л.Н. Толстого, ранее запрещенных».
Е.В. Герцик выпустил все три тома произведения Толстого. Петербургским комитетом по делам печати было возбужденно против Герцика судебное преследование по статье 73 Уголовного уложения (хула православной веры и кощунство), прекращенное определением Петербургского окружного суда от 22 августа 1909 г.
В 1907 г. анонимным издательством в Петербурге было перепечатано «Изложение Евангелия с примечаниями», выпущенное издательством «Свободное слово» в 1901 г. Издание было конфисковано.
В том же 1907 г. московским издательством «Посредник» был перепечатан с издания «Свободного слова» первый том «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Книга вышла в количестве 6200 экземпляров и была отпечатана в сентябре, а уже 3 октября Московский комитет по делам печати наложил на нее арест. Однако ко времени получения постановления комитета значительное количество экземпляров издания было уже получено издательством из типографии и распределено по книжным магазинам. Оставшиеся экземпляры были арестованы и препровождены в канцелярию московского градоначальника. Вместе с тем комитет направил книгу судебному следователю Московского окружного суда для возбуждения уголовного преследования против издателя по статье 73‑й.
Судебный следователь Московского окружного суда по важнейшим делам, ознакомившись с содержанием первого тома книги Толстого, изданного «Посредником», не нашел возможным согласиться с мнением Комитета по делам печати «по вопросу о квалификации преступления». Судебный следователь нашел, «что все евангельские повествования, а также все учение Иисуса Христа в книге графа Толстого получает совершенно иной характер, соответствующий основной идее автора и решительно противоречащий не только воззрениям православной церкви, а вообще всех христианских вероучений. По мысли автора, основным началом его истинного христианского вероучения служит совершение дел Христа, то есть дел добра, единение людей и всеобщая любовь между ними, а первым и главным догматом этого вероучения является разумение, которое заменило Бога и которое и есть Бог. Эти главные положения автора книги и легли в основу его нового вероучения, все же догматы православной церкви, начиная от признания существования Бога как творца всей вселенной и кончая внешним богопочитанием, признаны им вымыслом и совершенно опровергнуты. Таким образом, все положения и мысли автора, инкриминируемые Комитетом по делам печати, не соответствуют понятию того преступного деяния, которое характеризуется текстом 73 статьи Уголовного уложения. Здесь нет ни хулы, ни кощунства в их тесном смысле; хульные и кощунственные выражения автора составляют естественное последствие той основной идеи, которая проводится в книге и которая заключается в полном, бесповоротном отрицании всего христианского вероучения и всех догматов православной церкви, начиная с отрицания бытия Бога, Отсюда книга автора должна быть признана заключающею в себе пропаганду нового еретического вероучения и выпущенную для совращения из православия».
В июне 1908 г. в издательстве «Посредник» вышли в свет в одной книге второй и третий тома «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий».
25 июня 1908 г. типографией Кушнерева были представлены в Московский комитет по делам печати экземпляры отпечатанных второго и третьего томов «Соединения, перевода и исследования четырех Евангелий». Комитет сейчас же наложил арест на книгу, так что издательством была получена только некоторая часть из общего количества пяти тысяч экземпляров. 3 июля Комитет направил заявление – теперь уже прокурору Московской судебной палаты – о том, что он просит возбудить против автора названной книги графа Л.Н. Толстого, а также против представителя книгоиздательства «Посредник» судебное преследование по статьям 73 и 129 (возбуждение к ниспровержению существующего строя) Уголовного уложения. Путем приведения ряда цитат Комитет доказывал, что «книга является таким же, как и первый том, дерзостно‑кощунственным произведением печати, направленным к разрушению в народе веры христианской и главным образом православной и к уничтожению в нашем отечестве и в других христианских государствах всякого общественного и государственного строя».
Толстой, "задавшись преступной мыслью поколебать все устои, на которых зиждется государственный и общественный строй, и главным образом веру христианскую , «искажает, под предлогом научного исследования, текст и смысл св. Евангелия четырех евангелистов, толкуя их так, чтобы толкование подтверждало его буйственные затеи».
В то время (летние месяцы 1908 г.) приближался 80‑летний юбилей Толстого, о котором много писала прогрессивная печать. Это несомненно оказало влияние на позицию, занятую в данном деле Московской судебной палатой. Товарищ прокурора Московской судебной палаты в заключении своем от 11 августа 1908 г. находил, что содержание книги не дает оснований для привлечения автора и издателя по 129 статье; что же касается обвинения по статье 73, то привлечение к ответственности по этой статье должно исходить от прокурора Московского окружного суда, которому и должно направить переписку по этому делу. Московская судебная палата в заседании от 18 октября 1908 г. утвердила мнение прокурора.
Постановление судебной палаты не затрагивало, однако, судьбу книги, изданной «Посредником». Эта судьба была решена постановлением Московского окружного суда от 8 декабря 1910 г. Суд постановил: уголовное преследование против редактора «Посредника» И.И. Горбунова – Посадова по 73 и 90 статьям Уголовного уложения (статья 90 говорила о привлечении к ответственности за совращение православных в секту) прекратить, а изданную им книгу уничтожить. Тот ореол, которым в первые месяцы после смерти Толстого было окружено его имя в русском обществе, давал И.И. Горбунову – Посадову надежду добиться пересмотра приговора об уничтожении книги. Им была подана апелляция. Московский окружной суд, пересмотрев дело в двух заседаниях, 8 марта и 14 октября 1911 г., утвердил прежний приговор в части, касающейся прекращения преследования против Горбунова и отменил приговор об уничтожении книги.
Постановлением суда остался недоволен товарищ прокурора, который и подал в Московскую судебную палату апелляционный протест. Московская судебная палата рассмотрела дело 10 декабря 1912 г. и нашла, что «рассматриваемое сочинение графа Толстого заключает в себе возбуждение к переходу православных в секту, то есть признаки преступления, предусмотренного 90 ст. Угол, улож., так как Толстой во вступлении к исследованию Евангелия говорит, что та вера, которую исповедует наша иерархия и которой она учит народ, есть не только ложь, но и безнравственный обман; что свободно мыслящие люди доказали ясно, что вся эта христианская вера со всеми ее разветвлениями давно отжила, что пришла пора новой веры; что теперь, когда толкование церкви о сыне Божием и Боге, о Боге в трех лицах, о деве, родившей без повреждения девства, о теле и крови Бога, съедаемом в виде хлеба и т.п. не может вместиться в здоровую голову, довод церкви о том, что нельзя допустить толкование писания для каждого, не имеет никакого смысла. Отрицая как ветхозаветную Библию как богооткровенный закон, так и новозаветные книги, Толстой говорит, что книги еврейские могут быть занятны для нас как объяснение тех форм, в которых выразилось христианство; чуждая нам вера евреев занимательна для нас, как вера, например, браминов. Церковь погрешила тем, что желая сильнее отринуть не признанное ею и придать больше веса тому, что она признала, она положила огулом на все признанное печать непогрешимости. Все свято: и чудеса, и деяния апостольские, и советы Павла о вине, и бред Апокалипсиса. Приняв все на словах, церковь должна была на деле отказаться от некоторых книг. Таковы вполне Апокалипсис и отчасти Деяния апостолов, часто не только не имеющие ничего поучительного, но прямо соблазнительное. Очевидно, что чудеса писались Лукою для утверждения в вере, но теперь нельзя найти более кощунственной книги, более подрывающей веру. Послание апостола Павла Толстой называет безобразным. Крест Толстой называет виселицей, говоря: „поразительно недоразумение об учении Христа, начавшееся при его жизни, приведшее его на виселицу и продолжающееся до сих пор“. Воскресение Христово, равно как и его чудеса, Толстой называет басней и бессмыслицей. Ложь о воскресении Христа была во времена апостолов и мучеников первых веков главным доказательством истинности учения Христа; правда, эта же басня о воскресении и была главным поводом к неверию в учение. Язычники во всех житиях первых мучеников христианских называют их людьми, верующими в то, что их распятый воскрес, и совершенно законно смеются над этим. Но христиане не видали этого, также как не видят теперь попы в Киеве, что их набитые соломой мощи суть, с одной стороны, поощрение веры, с другой – главные преграды для веры. О рождестве Иисуса Христа Толстой говорит: „Была девица Мария; девица эта забеременела неизвестно от кого. Обрученный с нею муж пожалел ее и, скрывая ее срам, принял ее. От нее‑то и неизвестного отца родился мальчик. Мальчика назвали Иисус. Значение этого места то, что оправдывается позорное рождение Иисуса Христа от девы“. Изгнание Иисусом Христом из храма продавцов и менял Толстой называет двукратным исполнением Христом полицейских обязанностей насчет чистоты храма, толкуя соответствующие тексты Евангелия в том смысле, что Иисус Христос пришел в храм и выбросил все то, что нужно для молитвы, точно так же как теперь бы сделал тот, кто, придя в нашу церковь, выкидал бы все просвиры, вино, мощи, кресты, антиминсы и все те штуки, которые считаются нужными для обедни. Действия и слова Иисуса в храме выражают: „Ваше богослужение есть мерзкая ложь, вы не знаете настоящего Бога. И обман вашего богослужения вреден, и его надо уничтожить“. Отрицая таинства, Толстой именует Иоанна Крестителя „Иоанн Купало“, а относительно таинства причащения говорит: „зачем нужно пить вино и есть хлеб, называя это телом и кровию; как ни толкуй, это останется не только непонятным, но, очевидно, чем‑то безобразным“. По поводу толкования слов Спасителя: „что вы свяжете на земле“ – Толстой говорит: „и вдруг оказывается, что Иисус этими словами попам велел исповедывать и собирать яйца. Это было бы смешно, если бы не было так грустно...“‑...что, таким образом, изданное фирмою „Посредник“ сочинение гр. Толстого под заглавием „Соединение, перевод и исследование четырех Евангелий“, как заключающее в себе признаки преступления, предусмотренного 90 ст. Угол, улож., подлежит, согласно 36 и 38 ст. Угол. улож. уничтожению полностью, так как, кроме вышеприведенных выписок из этого сочинения, все три тома его наполнены не только толкованиями, возбуждающими к переходу православных в секту, но и в высшей степени кощунственными выражениями».