Шоқанның Петербургке барған кезі 1861 жылғы басыбайлылық тәртіпті жою жөніндегі реформаның қарсаңы еді. Шаруларды патшаға қарсы үндеген, қоғамды сынаған т.б. Чернышевский, Добролюбов, Некрасов сияқты алдыңғы қатарлы ақын-жазушылардың "Современник" журналында жарияланған мақалалары Шоқанға қатты әсер етіп, саяси әлеуметтік көзқарасының қалыптасуына негіз болды.
Петербургте Шоқан достары П.П.Семенов-Тянь-Шанский мен Ф.М. Достоевскийді кездестіреді, көрнекті орыс ғалымдары А.И. Бекетовпен, шығыс зерттеушілері: Ф.Р. Отен-Сакенмен, И.И. Захаровпен, Е. Кавалевскиймен, ақындар А. Манасов Қ. Курачкин, Я. Полонскиймен танысып, араласады. Бұлардың бәрі оның идеялық жағынан көп толып өсуіне бірден-бір себеп болғанын көреміз. Ресейдің әлеуметтік өміріндегі өзгерістер, орыстың революцияшыл демократтарының пікірлері оның демократтық көзқарасын тереңдете түседі. Қазақ халқының, әсіресе, оның төменгі тобының ауыр халі мен оның жағдайларына жан ашырлықпен қарап, түсініп көре білді.
1861 жылдың көктемінде денсаулығы төмендеуіне байланысты туған еліне оралды. Ол қазақ халқының тыныс-тіршілігін жақсартып, көмектесуді ойлап, әділеттілікті жақтап, халықтың мұң-мұқтажын түсіне білу мақсатымен Атбасар уезіне аға сұлтан болуды да ойлады. Сайлауға қатысып, көпшілік дауыс алғанымен, Сібір әкімшілігі оны аға сұлтандыққа бекітпеді. Себебі, демократтық бағыттағы озық ойлы зерттеуші ғылым билеуші топ үшін қауіпті адамдардың бірі еді.
1862 жылы Потанинге жолдаған хатында: "Мұндағы мақсатым – өзі халқымды әкімдер мен зорлықшыл бай қазақтардан қорғау еді", – деп ашық жазды. Ал, А.Г.Майковқа жазған хатында Шоқан бұл пікірін тереңдете түсіп: "Жергілікті сұлтандармен және қара сүйек қазақтардан шыққан байлармен қазір аразбын", – дейді ол, – мен оларға жалшыларды жақсы ұстаңдар, еңбек ақысын дұрыс төлеңдер дегенді талай рет талап еттім. Мен даланың пролетариатымен жақсы доспын, өйткені бір-бірімізді жақсы ұғамыз".
1863-64 жылдары Шоқан Омбыға барып, Сібір қазақтары үшін жасалып жатқан сот реформасын дайындау ісіне қатысып, бұл реформаның елге тиімді, пайдалы болу жағынан қарастырады. Осы кезде Шоқан "Сот реформасы туралы жазбалар" атты өзінің атақты еңбегін жазды. Оның: Біздің заманымыз халықтың нағыз мұң-мұқтажына тікелей қатысы бар, халыққа ең маңызды, ең керекті реформа – экономикалық және әлеуметтік реформа. Ал саяси реформа сол экономикалық реформаларды жүзеге асырудың құралы есебінде жүргізілмек, өйткені әрбір адам және бүкіл адам баласы өзінің өрлеу жолында түпкілікті бір мақсатқа ұмтылады. Ол мақсат – өзінің тұрмысын жақсарту.
Прогресс дегеніміздің негізінің өзі – біз осы тұрғыдан алып қарасақ, адамның тұрмысын жақсартуға жағдай туғызатын реформалар ғана керекті де, ал осы мақсатқа қандай болса да кедергі келтіретін реформалар болса, ондайлар халыққа зиянды, керексіз реформа болып табылады" – деп жазды. Бұл пікірдің біздің заманымыздың бүгіні мен ертеңі үшінде қашанда құнды, бағалы болып қала беретініне дау жоқ. Сол кездің өзінде Шоқанның миллиондаған халық тағдырына ерекше жанашырлықпен қарап, мәселенің дұрыс шешілуін армандағанын көрсетеді.
"Бізге, қазақтарға, облыстық бастықтар үстірт қарауды әдетке айналдырған", – деп көрсете келіп, Шоқан реформа мәселесіне аса зор жауапкершілікпен қарап, бұған қарапайым (дәулетсіз) қазақтарды қеңінен қатыстырып, олардың пікірлерімен санасу керек екендігін, реформаны ақсүйектер емес, қалың бұқараның тілек-мүддесіне сай жүргізу керектігін талап етеді. Бұл еңбегінде Шоқанның қазақ қоғамының экономикалық, саяси, рухани жағдайлары және қазақ халқының болашақ даму негіздері мен жолдарына терең талдаулар бере отырып, ең бастысы өз халқының болашағына үлкен сеніммен қарағанын көреміз. 1864 жылы наурыз айында Ш.Уәлиханов Оңтүстік Қазақстанды Ресейге қосу жөніндегі полковник М.Т.Черняевтің әскери экспедициясына шақырылады. Бірақ, жергілікті халықтарға Черняевтің, оның әскери қызметкерлерінің көрсеткен озбырлығы мен қаталдығына наразы болып, бөлініп кетеді. Верный (қазіргі Алматы 1 қаласына келіп, Албан руының аға сұлтаны Тезек төренің ауылына тоқтайды. Мұнда да жергілікті тұрғындардың хал-жағдайларымен танысып, аңыз-әңгіме, ертегі-жырлар жинап, зерттеушілік жұмыстарымен шұғылданады. Сол кездегі Батыс Қытайдағы қоғамдық-саяси жағдайдың шиленесуіне байланысты болған дүнгендер көтерілісіне көңіл бөледі. Жұмыс бабымен Қапалға оқта-текте келіп жүген бір сапарында Ш.Уәлиханов әскери газетіне Құлжадағы жағдай, дүнген қозғалыстарына байланысты мақала жариялайды. Демек, қай уақытта болмасын ел ішіндегі жағдайларға ерекше мән беріп отырғанын көреміз. Ол өзінің қысқа ғұмырында қоғамдық ғылымдардың алуан саласында, тарих, география, этнография, экономика филологияда, өнертануда – көптеген құнды еңбектер қалдырды. Сондай-ақ, Орталық Азияның түркі тілдес халықтарының, қазақтың, қырғыздың, өзбектің, ұйғырдың, түркіменнің тарихы мен сол кездегі әлеуметтік жағдайы, тілі мен әдебиетін саралап терең зерттеуімен шығыстың ғылымына зор үлес қосты. "Қазақтың шежіресі", "Жоңғарлар очерктері", "Қазақтар туралы жазбалар", "Абылай", "Көне замандағы қазақтың қару-жарақ, сауыт-саймандары", "Далалық мұсылмандық", "Қазақтағы шаман дінінің қалдықтары", "Қазақтың көші-қоны", "Оңтүстік Сібір тайпаларының тарихы туралы пікірлер", "Ыстықкөл күнделіктері" т.б. еңбектерінде Орта Азиядағы түрік халықтарының көптеген келелі мәселелеріне ғылыми тұрғыдан жан-жақты зерттеулер жүргізіп, талдаулар жасады. Бұл еңбектердің кейінгі зертеушілер үшін ғылыми мәні жоғары болды. Шоқан өзінің жан-жақты мол білімінің арқасында зерттеулерді комплексті түрде жүргізіп, тарихшы, географ, этнограф, публицист, әдебиетші, жазушы болып қатарластыра алып отырғанын анық байқауға болады.
XIX ғ. орта шенінде ірі ғалымдардың бірі П.И.Небельсон Шоқан туралы: "Петербургте қырғыздар сирек кездеседі, бес-алты адам жинала қояр ма екен? Солардың ішінде өмірде мен бармын деп ерекшеленбейтін бір ғана адам бар. Ол өте жас, кавалерия офицері, сұлтан Шоқан Шыңғысұлы Уәлиханов", – деп жазса, Платников: "Мен Уәлихановпен Петербургте өте жақын таныстым және бірнеше кеш бірге болып көңілді өткіздім, оның қабілеттілігіне Мұхамед-Ғани Бабажанов, біз Небельсон екеуіміз де тең келмеспіз", – деген пікірлері Шоқан білімінің жан-жақтылығын, тереңдігін дәлелдей түсері хақ.
Шоқаннан қалған асыл мұралардың бірі – бейнелеу өнері саласындағы еңбектері оның қазақтың тұңғыш профессионал суретшісі екенін танытады. Сурет өнерін жас кезінен-ақ жақсы көрген. Ол портрет, табиғат көрінісі, пейзаж, халықтың тұрмыс-салтын бейнелеу жанрымен айналысқан. Суреттерінің біразы 1860 жылдардың басында "Всемирная иллюстрация", "Сакра", "Русский художественный лист" журналдарында, "Орыс география қоғамының хабаршысында" жарияланған.
Ш.Уәлихановтың көп салалы әр қырлы бай мұрасы оның дүниетанымы, қоғамдық философиялық, ағартушылық, демократтық көзқарастары өз заманының биік деңгейінде болғанын айқындайды.
Шоқан Уәлиханов 1865 жылы сәуір айында қайтыс болды. Алтынемел тауының баурайындағы Көшентоған деген жерге қойылады. Қазіргі Алматы облысы Шоқан атындағы шаруашылықта "Алтынемел" мемориалдық комплексі бар. Шоқан қазасы қазақ елі үшін және оның орыс достарына аса ауыр тиді. Орыстың географиялық қоғамы басып шығарған (1904) Шоқан шығармаларына жазған алғы сөзінде академик И.И.Веселовский: "Шоқан Уәлиханов шығыстану әлеміне құйрықты жұлдыздай жарқ етіп шыға келгенде, орыстың Шығысты зерттеуші ғалымдары оны ерекше құбылыс деп түгел мойындап, түркі халықтарының тағдыры туралы одан маңызы зор, ұлы жаңалықтар ашуды күткен еді. Бірақ Шоқанның мезгілсіз өлімі біздің бұл үмітімізді үзіп кетті", – деп жазды. Шығысты зерттеуші әйгілі ғалым Е.И.Ковалевский Шоқанды "Асқан данышпан жас жігіт", "Тамаша ғалым", "Қазақ халқының ең жақсы досы әрі орыстың мемлекеттік мүддесін қадір тұтушы" деп атады. Г.И.Потанин: "Шоқан қазақ ішінен оқырман қауымын тапқан болса, ол өз халқының шын мәніндегі асқан данышпаны болар еді", – дейді.