Изученный опыт лег в основу тюремной реформы, юридическим основанием которой стал Закон от 11 декабря 1879 года «Об основных положениях, имеющих служить руководством при преобразовании тюремной части и при пересмотре Уложения о наказаниях». Закон не содержал каких-либо конкретных указаний о сроках тюремной реформы и подчеркивал необходимость «постепенного устройства новых карательных учреждений и исправления существующих мест заключения», то есть позволял осуществлять намеченные мероприятия по модернизации системы мест заключения неопределенно долгое время. Это положение объяснялось недостатком средств и заранее обрекало тюремную реформу на длительный, затяжной процесс. Тем не менее, некоторые положения закона имели позитивное значение, что позволяло добиться значительной реорганизации мест заключения. Так, предполагалось изменить типологию тюрем и систему управления ими, а так же усилить исправительно-воспитательную направленность в деятельности пенитенциарной системы в целом.
В рамках общегосударственной тюремной реформы проводилась реорганизация мест заключения. Реформирование имело два направления. Первое — сохранение и расширение системы пересыльных пунктов, что было обусловлено постоянно увеличивавшимся потоком пересыльных, проходивших через Сибирь в 1880-1890 гг., хотя официально правительство взяло курс на сокращение ссылки. Вторым направлением реформирования было основание в Сибири регионе новых мест заключения, ранее не свойственных региону. Это было необходимо для размещения срочных арестантов и дифференциации тюрем, что позволило бы индивидуализировать наказания и создать благоприятные условия для исправления преступников. Закон от 11-го декабря 1879 г. "Об основных положениях, имеющих быть руководством при преобразовании тюремной части и при пересмотре Уложения о наказаниях" свел все места заключения империи к четырем основным видам: каторжным тюрьмам, исправительным домам, тюрьмам (губернским, уездным) а арестным домам[106].
Каторжные тюрьмы должны были заменить прежнюю систему каторги с разделением работ на рудничные, крепостные и заводские. Общая реформа каторги предполагала два направления: создание новых, более отдаленных, зон для высылки преступников (например, о. Сахалин) и расширение числа постоянных каторжных тюрем, в которых преступники отбывали бы весь срок наказания. Некоторое время тюрьмы не имели не только статуса каторжных, но вообще не считались отдельными местами заключения, в результате чего не пользовались предусмотренными для каторжных тюрем правами: дополнительным финансированием, увеличением штата охраны и другими.
Официальное учреждение названных тюрем произошло лишь в конце 1870-х гг., однако это мало повлияло на процесс реконструкции отведенных зданий под содержание заключенных. В течение всего периода функционирования тюрьмы пережили несколько реорганизаций, в результате чего более четко оформились их предназначение и дифференциация.
Тюремные замки должны были разделяться на три изолированные друг от друга отделения с различным режимом содержания: срочное, следственное и пересыльное. Эта реорганизация проводилась только в центре (в частности, в Санкт-Петербурге) и не коснулась отдаленных губерний даже при постройке совершенно новых тюрем.
Следующим направлением в реформировании было создание исправительных арестантских отделений, которые должны были заменить исправительные роты, работные и смирительные дома и иные пенитенциарные учреждения. В них отбывали срок заключения мужчины в возрасте от 16 до 60 лет, годные к тяжелым физическим работам.
Четвертым направлением в реорганизации мест заключения было строительство арестных домов, предназначенных для временного содержания нарушителей общественного порядка.
В процессе тюремной реформы оформился еще один вид исправительно-трудового учреждения - колония для несовершеннолетних преступников. Эта заведения давали воспитанникам начальное образование и навыки земледелия, скотоводства и ремесла с целью образовать из них сведущих сельских работников и ремесленников и тем обеспечить им средства к существованию.
Несовершеннолетние преступники были полностью изолированы от взрослых арестантов. Хотя при колонии не было своей церкви, воспитанники посещали не тюремный храм, а одну из городских церквей. Заболевших детей помещали и университетскую клинику и в местную больницу, а не в тюремный госпиталь. Кроме этого, при препровождении в колонию, при вызове в суд или в иных подобных обстоятельствах они следовали отдельно от арестантских партий, под надзором отдельно командированных чинов полиции. Считалось, что внутренняя жизнь колонии не должна отличаться от быта небогатых крестьян и ремесленников, поэтому все хозяйственные работы выполняли сами воспитанники. Воспитатели, как родители, жили вместе с воспитанниками. Дети младшего возраста находились изолированно от старших, а наиболее "трудные" подростки помещались в отдельную семью, которой руководил самый опытный воспитатель и которая находилась под постоянным наблюдением врача. В случае систематического нарушения дисциплины подростки переводились на более жесткий режим содержания, включая наказания, предусмотренные для взрослых осужденных.
Система управления местами заключения состояла из двух механизмов: ведомственного, действовавшего по вертикали, и территориального, распространявшего свое действие по горизонтали. Так как в дореформенный период дознание, следствие и пересылка арестантов входили в компетенцию полицейских органов, а тюрьмы рассматривались как место временного содержания заключенных, то накануне тюремной реформы ведомственную систему управления возглавлял Департамент полиции исполнительной Министерства Внутренних Дел. Управление местами заключения в губернских городах осуществлял полицмейстер, а уездными тюремными замками - местные полицейские исправники, имевшие полномочия непосредственных начальников мест заключения. По признанию центральных властей, «между местными органами управления и центром не было постоянной и неразрывной связи, которая давала бы центральному органу возможность следить за правильностью действий подчиненных ему учреждений»[107].
Значительное участие в управлении местами заключения принимало Общество попечительное о тюрьмах - общественная организация, получившая в результате огосударствления широкие полномочия в административной и контрольной сферах. Таким образом, вертикальная система управления была разделена между полицией и Обществом попечительным о тюрьмах.
Территориальная система управления представляла сложный 3-уровневый механизм. Первый уровень возглавлялся генерал-губернатором региона. Второй включал, во-первых, губернское правление, различные комитеты которого ведали отдельными вопросами функционирования тюрем (например, строительный комитет рассматривал вопросы строительства новых или реконструкции старых мест заключения); во-вторых, три специфических органа управления: Тобольский приказ о ссыльных (1822-1868 гг.) и губернские экспедиции о ссыльных (1823-1895 гг.), действовавшие в структуре Приказа[108].
Таким образом, дореформенная система управления местами заключения не представляла единого, гармоничного механизма.
Эти проблемы возможно было решить передачей тюрем в ведение Министерства юстиции: во-первых, вводилось единоначалие; во-вторых, появлялась возможность для формирования штата профессиональных надзирателей, которые могли не просто осуществлять охрану, но и воздействовать на осужденных с целью исправления; в-третьих, внутренние войска освобождались от влияния преступников. Таким образом, предполагалась реорганизация системы управления пенитенциарными учреждениями на всех рассмотренных уровнях. Вследствие этого реформирование проводилось в трех основных направлениях.
Первое направление предполагало создание нового центрального ведомственного органа. В соответствии с этим 27-го февраля 1879 г, при Министерстве Внутренних Дел было учреждено Главное тюремное управление, перешедшее 13-го декабря 1895 г. в ведение Министерства Юстиции[109].
Второе направление реформирования заключалось в изменении системы управления на губернском уровне. С этой целью предполагалось введение государственной тюремной инспекции, а также ограничение полномочий Общества попечительного о тюрьмах и полиции.