Старая судебная система и судопроизводство в Японии перестраивались медленно. Ещё до принятия конституции японскими политическими деятелями, юристами было проведено широкое изучение судебных и правовых систем западных стран. Этому способствовала деятельность таких научных центров, как Франко-правовая школа (1879), Профессиональная правовая школа Мэйдзи (1881), Английская школа права (1885) и пр.
С 1872 г. в суды стали допускаться представители прессы, было запрещено применение пыток при решении гражданских дел, формально уничтожены сословные различия, запрещена кровная месть. В 1874 г. ограничиваются, а затем полностью запрещаются пытки в уголовном судопроизводстве.
В 1880 г. на основе Закона об организации судов приходит упорядочение судебной системы Японии, создаются местные, окружные, апелляционные суды и Большой суд правосудия, которому принадлежало право толковать законы, выступать в качестве высшей апелляционной инстанции. Из судей апелляционных судов и Большого суда правосудия образовывались коллегии административных судов. Закон в соответствии с конституцией формально закрепил принцип несменяемости и независимости судей, предусмотрев возможности смещения, понижения судьи в должности только в случае привлечения его к уголовной ответственности или наказания в дисциплинарном порядке. С этой целью в этом году был принят Закон о дисциплинарной ответственности судей.
Непосредственные рычаги давления на судей сохранились у министра юстиции, обеспечивающего общий административный надзор за японским правосудием, обладающем правом выдвижения судей на высшие судебные и административные посты.
Для замещения должности судьи, согласно Закону 1890 г., требовались юридические знания и профессиональный опыт. Судьями становились лица, сдавшие соответствующие экзамены и успешно прошедшие испытательный срок службы в органах суда или прокуратуры в течение трёх лет. Законом 1890 г. предусматривалось также создание высшего публичного департамента прокуратуры со штатом местных прокуроров, подчиняющихся строгой субординации. К прокурорам предъявлялись те же квалификационные требования, что и к судьям, на них также распространялся контроль министра юстиции, которому принадлежало право давать указания прокурорам по тем или иным судебным делам.
В 1893 г. был принят Закон об адвокатуре. Адвокаты стали участвовать в работе суда. Адвокатский корпус находился под жёстким контролем, как министра юстиции, так и прокуратуры. Адвокаты также попадали под юрисдикцию судов. Право привлекать их к дисциплинарной ответственности принадлежало прокурорам.