Необхідно зазначити, що складовою частиною судової системи доби Гетьманщини були й інші судові органи. Н.П.Сиза слушно віднесла до них духовні, цехові, ярмаркові, митні, третейські суди та суд грецького Ніжинського братства. В аспекті дисертаційного дослідження потрібно вказати, що ці суди мали елементи спеціалізації з точки зору їх компетенційних ознак: духовні суди розглядали судові справи духовенства та деякі категорії цивільних справ світського населення; цехові суди мали компетенцію по вирішенню внутрішніх конфліктів, що виникали серед членів цехового товариства; суд грецького Ніжинського братства був створений для розгляду справ осілих у м. Ніжині грецьких купців та їх челяді, а ярмаркові суди вирішували справи, що виникали під час проведення ярмарків. До компетенції митних судів відносилося розв’язання цивільних спорів, що виникали з питань торгівлі та сплати митних зборів, а до відання третейських судів належало вирішення цивільних та дрібних кримінальних справ.
Ще за часів Речі Посполитої органи міського самоврядування поряд з адміністративно-управлінськими функціями виконували і судові. За гетьманства Б.Хмельницького (1648—1657 р.р.) колишні польські суди в містах були замінені на магістратські і ратушні. Магістратські суди створювалися в полкових містах та в містах, у яких діяло магдебурзьке право, а в непривілейованих сотенних містах - ратушні суди. Зазначені суди здійснювали цивільне і кримінальне судочинство, вирішуючи справи міщан та посполитих. Вільні селяни судилися в ратушних судах непривілейованих міст, якщо знаходилися під їх юрисдикцією. До складу ратушного суду входили бургомістр і радники або війт із бургомістрами і ратушний писар. Магістратські суди складалися з війта і “градської колегії”, до якої входили бургомістр, радники і лавники (присяжні). Мінімальна чисельність ратушної колегії була визначена три особи, а магістратської - п’ять. Апеляції на рішення ратушних судів у другій половині XVII - на початку XVIII ст.ст. подавалися до магістратських або полкових судів, а на рішення останніх - до гетьманського суду. Як правило, гетьман доручав їх розгляд генеральному судді і судовому писарю. Найвищою ж апеляційною інстанцією щодо рішень міських судів з часів гетьманства І.Брюховецького став російський цар [18] [17]).
Козацька старшина намагалася підпорядкувати собі міщанські суди, спираючись на військову силу козацтва та його провідну роль у політичному житті Гетьманщини. Це значною мірою їй вдавалося, оскільки часто полковники безпосередньо головували в судових засіданнях магістратів або надсилали до них своїх представників. У ратушних судах аналогічно діяли сотники та городові отамани, які очолювали міських козаків. Участь козацької старшини у міському судочинстві Гетьманщини помічається вже у 1660 році [19][18]). Так, у 1771 році полковий суддя обіймав посаду війта магістрату Переяслава [20][19]). Відзначалася і більша оперативність козацьких судів, пов’язана із значно вищим освітнім рівнем козацької старшини у порівнянні з міщанською, але тотального підпорядкування міщанських судів козацьким не відбулося.
Відносна відокремленість міщанських судів знайшла юридичне відображення в ”Правах, по которым судится малороссийский народ” (1743 р.) - першому проекті загального кодексу українського права. “Права...” передбачали наявність магістратських судів у містах магдебурзького права і ратушних судів у непривілейованих містах. Ратушні і магістратські суди виступали також як суди другої інстанції щодо рішень сільських судів. Апеляційна інстанція для магістратського суду визначалася залежно від ступеня привілейованості магістрату. В середині XVIII ст. магістрати були виведені з-під юрисдикції полкових судів і канцелярій, тому апеляції на рішення магістратів почали подаватися до Генерального військового суду.
Переважна тенденція до підпорядкування міських судів козацькій старшині все ж не призвела до повної заміни міщанських судів козацькими. Це пояснюється значущістю міщанства у соціально-економічному житті Гетьманщини, що зумовлювало певний ступінь його політичної автономії. Царське самодержавство побоювалося надмірного політичного посилення козацтва, вбачаючи в ньому загрозу своїм спрямуванням щодо України [21] [20]). Втручання козацької старшини в діяльність міщанських судів пояснювалося і тим, що власне полкові та сотенні суди формувалися після 1648 року поступово, тому козацтво початково судилося у міських судах. З утворенням козацьких судів магістратські та ратушні суди втратили колишнє значення і знову замкнулися в тісних станових рамках [18] [21]).
Зазначимо, територія Києва від часу створення у 1708 році Київської губернії адміністративно підпорядковувалася монастирям (Верхнє місто), губернатору (Печерськ) і магістрату (Нижнє місто). Земельні спори між монастирями і магістратом вирішувалися спільною судовою комісією, яку створювали гетьман і губернатор. З 1737 року Київський магістрат був вилучений російським самодержавством з підпорядкування гетьмана, а з 1760 року апеляційною інстанцією для магістратського суду м. Києва став Урядовий Сенат.
Після Полтавської битви і так званої “справи Мазепи” тиск на Україну з боку російського самодержавства набув цілком виразних форм. Показовим було ставлення російської адміністрації і особисто імператора Петра І до інституту гетьманства – вищої державної, адміністративної, військової та судової влади у Війську Запорізькому: в 1722 році управління Україною з Колегії закордонних справ було передано до Сенату, що означало відмову самодержавства визнати Україну окремим державним організмом, і було створено Малоросійську колегію, якій надавалися повноваження вищої судової апеляційної інстанції [22] [22]).
У 1760 році було проведено судову реформу, наслідком якої став поділ гетьманської України на 20 судових повітів, у кожному з яких створювалися земський суд по розгляду цивільних справ та підкоморський суд, який розглядав земельні спори. Кримінальні справи вирішувалися гродськими судами, що діяли в кожному полковому місті. Суддів обирала місцева старшина, а найвищою судовою інстанцією відповідно до реформи став Генеральний військовий суд, що обирався із представників полкової старшини.
Аспекти спеціалізації земського суду вбачаються у вирішенні цивільних справ, сторонами в яких були як козаки, так і мешканці даного судового повіту. Згідно з реформою підкоморські суди розглядали земельні спори щодо прав спадщини на землю, правового статусу вільних і кинутих земель та межові спори. Внаслідок цього, розгляд справ даної категорії виводив на перший план спеціалізацію такого суду за галузевою ознакою. Така ж ситуація після реформи виникла і з гродськими судами, які діяли в кожному полковому місті і розглядали кримінальні справи як щодо козаків і старшини, так і стосовно представників селянства, міщанства і шляхти.
До ХVІІІ ст. загальна система російського права на Україну не поширювалася, а самодержавство не втручалося в систему української судової організації. З перетворенням Росії в абсолютну монархію деякі суспільні відносини почали регулюватися російським законодавством. Однак воно не змогло витіснити місцеві правові традиції, відповідно до яких здійснювалося судочинство в Україні, оскільки збірники Магдебурзького права діяли до 1835 р., а Литовські статути - до 1840 р. З кінця ХVІІІ ст. все частіше використовувалося загальноімперське російське законодавство, і до початку ХІХ ст. в Україні поступово ліквідовується національна система судів. Зважаючи на те, що у 1775 р. за Указом Катерини ІІ Запорізька Січ була зруйнована, а територія Січі, Правобережної та Лівобережної України увійшла до складу Російської імперії, з цього часу в Україні почали діяти російські імперські суди.
Досліджуючи аспекти судової спеціалізації доби Гетьманщини, зауважимо, що період 1648-1783 р.р. був позначений існуванням першого українського державного утворення з елементами військової козацької республіки. Відповідно до цього в гетьманській державі були створені різні державні органи, які крім управлінських функцій наділялися й функцією здійснення правосуддя. Судова система часів Гетьманщини будувалася, виходячи з суб’єктної компетенції, хоча в подальшому для неї стало властивим створення і судових установ за галузевою ознакою, про що свідчить діяльність митних судів, які мали компетенцію по розгляду справ у галузі митної справи, а також підкоморських судів, що вирішували спори, які виникали з земельних правовідносин. Це зумовлювалося потребою в захисті тих правовідносин, які державницькі структури визначали пріоритетними і вважали за необхідне поставити під захист суду, а їх доля мала визначатися шляхом винесення судового рішення.
Близькість європейських правових джерел і традицій та усталеність норм звичаєвого права зумовили наявність у судовій системі Гетьманщини таких прогресивних принципів судоустрою як виборність суддів, гласність розгляду, колегіальність вирішення справи, а також право на апеляційне оскарження судового рішення. Крім того, велике значення для розбудови системи судів мало проведення судової реформи 1760 року, яка хоч фактично і поновлювала стару польську систему судів, але, разом з тим, відокремила судову владу в Гетьманщині від адміністративної. Виходячи з наведеного, Україна в цей період своєї історії вперше здобула право на власне судочинство, відповідним чином побудувавши судову систему.