Назначение выборов Президента РФ и отрешение его от также относится к ведению Совета Федерации.
Кадровые назначения, осуществляемые Советом Федерации, о которых говорится в п.п.«ж» и «з» ч.1 ст.102 (назначение судей Конституционного Суда РФ, Верховного Суда РФ и Высшего Арбитражного Суда РФ, назначение на должность и освобождение от должности Генерального прокурора РФ) входят в механизм сдержек и противовесов в отношениях между ветвями власти и в федеративных отношениях. Однако неурегулированность таких вопросов, как сроки предложения кандидатур Президентом, возможность или невозможность вторичного внесения отклоненной кандидатуры, порождает серьезные проблемы в сфере эффективного функционирования отдельных из указанных государственных органов и легитимности осуществления полномочий некоторыми должностными лицами. Так, например, долгий подбор Президентом РФ кандидатов на должность судей Конституционного Суда привел к тому, что этот орган приступил к работе более чем через год и два месяца после принятия Конституции 1993 г. Практически год (1994-1995it.)на должности Генерального прокурора (при этом кандидатура, предлагавшаяся на эту должность, неоднократно отклонялась Советом Федерации) находился так называемый исполняющий обязанности Генерального прокурора - должность, неизвестная Конституции и существующая вне легитимирующего ее порядка назначения.
Пункты «а» и «б» ч.1 ст. 103 Конституции раскрывают принцип ответственности Правительства перед нижней палатой парламента. Пункты «и» ч.1 ст. 102 и «г» ч.1 ст. 103 дают полномочия Совету Федерации и Государственной Думе формировать на паритетных началах Счетную палату. Пункт «ж» ч.1 ст.103 позволяет Государственной Думе выдвигать обвинение против Президента РФ.
Назначение на должность и освобождение от должности Председателя Центрального банка России отнесено к ведению Государственной Думы (п.«в» ч.1 ст.103) ввиду того, что данное должностное лицо призвано исходить из общефедеральных интересов при проведении кредитно-денежной политики и быть в значительной степени независимьм от субъектов РФ. В решении вопроса об освобождении от должности Председателя Центрального банка РФ Конституция предоставляет Государственной Думе существенно большую самостоятельность, чем Совету Федерации в вопросе об освобождении от должности Генерального прокурора РФ. В последнем случае Президент РФ «вносит в Совет Федерации предложение» об освобождении от должности (п.«е» ст.83 Конституции), а в первом Президент «ставит вопрос» об освобождении от должности Председателя Центрального банка (п.«г» ст.83). Причем ч.2 ст.129 Конституции ясно определяет, что Генеральный прокурор может быть освобожден от должности Советом Федерации только по представлению Президента. Аналогичного положения о Председателе Центрального банка Конституция не содержит. Таким образом, Конституция предполагает, что Председатель Центрального банка может быть освобожден от должности Государственной Думой не только по инициативе Президента.
Объявление амнистии (п.«е» ч.1 ст.103), назначение и освобождение от должности Уполномоченного по правам человека (п.«д» ч.1 ст.103) - это единственные вопросы, на решении которых палатой федерального Собрания (а именно - Государственной Думой) никак не отражаются полномочия других государственных органов, не требуется инициатива Президента, а решение может породить только те последствия, которые предусмотрены в самом решении.
Решение Государственной Думы об амнистии не нуждается в каком-либо дополнительном утверждении. На уровне субъектов РФ решения об амнистии приниматься не могут. Эти вопросы – исключительная компетенция Российской Федерации в лице Государственной Думы.
Другая группа полномочий Федерального собрания РФ связана с организацией деятельности палат. В соответствии со статьей 101 Конституции РФ Государственная Дума и Совет Федерации избирают из своего состава Председателей и их заместителей.
В соответствии с п. 3 ст. 101 Конституции РФ Совет Федерации и Государственная Дума образуют комитеты и комиссии, проводят по вопросам совего ведения парламентские слушания.
Практически все наиболее значимые вопросы , рассматриваемые палатами, проходят через их комитеты и комиссии. Деятельность комитетов и комиссий довольно подробно регулируется регламентами палат и иными внутренними актами палат. В настоящее время в Совете Федерации образованы 3 постоянные комиссии - по Регламенту и парламентским процедурам; Мандатная и Счетная - и 11 комитетов - по делам Федерации, Федеративному договору и региональной политике; по конституционному законодательству и судебно-правовьм вопросам; по бюджету, финансовому, валютному и кредитному регулированию, денежной эмиссии, налоговой политике и таможенному регулированию; по вопросам экономической политики; по делам Содружества Независимых Государств; по международным делам; по вопросам безопасности и обороны; по социальной политике; по аграрной политике; по науке, культуре, образованию, здравоохранению и экологии, по делам Севера и малочисленных народов.
В Государственной Думе первого созыва (1994-1995 гг.) действовала 1 постоянная комиссия - мандатная - и 23 комитета - по законодательству и судебно-правовой реформе; по труду и социальной поддержке; по охране здоровья; по экологии; по образованию, культуре и науке; по делам женщин, семьи и молодежи; по бюджету, налогам, банкам и финансам; по экономической политике; по собственности, приватизации и хозяйственной деятельности; по аграрным вопросам; по промышленности, строительству, транспорту и энергетике; по природным ресурсам и природопользованию; по обороне; по безопасности; по международным делам; по делам Содружества Независимых Государств и связи с соотечественниками;по делам национальностей; по делам Федерации и региональной политике; по вопросам местного самоуправления; по делам общественных объединений и религиозных организаций; по организации работы Государственной Думы; по информационной политике и связи; по вопросам геополитики. В Государственной Думе второго созыва осталась та же постоянная Мандатная комиссия и было сформировано 28 комитетов. По сравнению с первым созывом Думы, появились новые комитеты - по делам ветеранов; по конверсии и наукоемким технологиям; по туризму и спорту; по проблемам Севера один Комитет (по образованию, культуре и науке) разделился на два (по образованию и науке и по культуре). Два комитета Государственной Думы во втором созыве несколько изменили свои названия: Комитет по труду и социальной поддержке стал называться Комитетом по труду и социальной политике, а Комитет по организации работы Государственной Думы стал называться Комитетом по Регламенту и организации работы Государственной Думы.
Кроме того, в палатах создаются комиссии для специального изучения какого-либо вопроса или для расследования какого-либо дела. Например, в Совете Федерации сформированы Временная комиссия по регламенту, Постоянная наблюдательная комиссия и др. В Государственной Думе были созданы: Комиссия по анализу итогов приватизации в 1992-1996 годах и ответственности должностных лиц за ее негативные результаты, Комиссия по делам беженцев и вынужденных переселенцев и др.
Каждая из палат принимает свой регламент и решает вопросы внутреннего распорядка своей деятельности.(п.4.ст.101).
Часть 5 ст. 101 Конституции содержит норму о Счетной палате - контрольном органе. В феврале 1995 г. вступил в силу Федеральный закон «О Счетной палате Российской Федерации», который подробно регулирует ее деятельность. В соответствии со статьей 1 Федерального закона «О счетной палате РФ» счетная палата является постоянно действующим органом государственного финансового контроля, образуемым Федеральным собранием РФ и подотчетным ему. Счетная палата осуществляет контроль за исполнением федерального бюджета и с этих позиций вправе проводить проверку любого государственного органа, финансируемого за счет федерального бюджета (в том числе и по запросам, поступающим из Совета Федерации и Государственной Думы). Счетная палата дает также общую оценку исполнения федерального бюджета.
Согласно ст.2 указанного Федерального закона. Счетная палата решает следующие задачи:
а) организация и осуществление контроля за своевременным исполнением доходных и расходных статей федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов по объемам, структуре и целевому назначению;
б) определение эффективности и целесообразности расходов государственных средств и использования федеральной собственности;
в) оценка обоснованности доходов и расходных статей проектов федерального бюджета и бюджетов федеральных фондов;
г) финансовая экспертиза проектов федеральных законов, а также нормативных правовых актов федеральных органов государственной власти, предусматривающих расходы, покрываемые за счет средств федерального бюджета, или влияющих на формирование и исполнение федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов;
д) анализ выявленных отклонений от установленных показателей федерального бюджета и бюджетов федеральных внебюджетных фондов и подготовка предложений, направленных на их устранение, а также на совершенствование бюджетного процесса в целом;
е) контроль за законностью и своевременностью движения средств федерального бюджета и средств федеральных внебюджетных фондов в Центральном банке РФ, уполномоченных банках и иных финансово-кредитных учреждениях РФ;
ж) регулярное представление Совету Федерации и Государственной Думе информации о ходе исполнения федерального бюджета и результатах проводимых контрольных мероприятий.