Основними завданнями Національної комісії є: аналіз міжнародного та вітчизняного законодавства і розроблення пропозицій щодо удосконалення законодавства у сфері безпечності та якості харчових продуктів; гармонізація вітчизняного законодавства з міжнародним у зазначеній сфері; продуктів і вантажів, підконтрольних санітарній службі, що імпортуються та перебувають в обігу; за погодженням з Головним державним ветеринарним інспектором України переліку харчових продуктів, які становлять високий і низький рівень ризиків для здоров'я людей, та критеріїв розроблення програми розширеного контролю харчових продуктів і вантажів, підконтрольних ветеринарній службі, що імпортуються та перебувають в обігу. Головному державному санітарному лікарю України рекомендації щодо визначення: належного рівня захисту здоров'я людини від ризиків; умов використання і максимальних меж залишків у харчових продуктах та мінімальних специфікацій належної якості допоміжних матеріалів для переробки.