Перший заступник і заступник Голови, головні контролери та Секретар Рахункової палати призначаються на посаду Верховною Радою України за поданням Голови Рахункової палати шляхом таємного голосування за списком терміном на 7 років у порядку, встановленому для призначення Голови Рахункової палати. На зазначені посади призначаються громадяни України, які мають вищу освіту та досвід професійної діяльності в галузі державного управління, державного контролю, економіки, фінансів, права. Заступник Голови Рахункової палати, головні контролери - керівники департаментів Рахункової палати виконують посадові обов'язки відповідно до затвердженого колегією Рахункової палати напряму діяльності департаментів та Регламенту Рахункової палати.
Згідно з Указом Президента України від 19 вересня 2000 р. з метою забезпечення законності та підвищення ефективності використання бюджетних коштів у 2001 р. розпочалося створення представництв Рахункової палати у регіонах.
До єдиної системи органів державного управління фінансами в Україні входять Міністерство фінансів України, Міністерство фінансів Автономної Республіки Крим, фінансові управління обласних, Київської і Севастопольської міських державних адміністрацій, фінансові відділи районних, міських і районних у містах державних адміністрацій, які діють у межах відповідних положень.
Міністерство фінансів України - центральний орган виконавчої влади, підпорядкований Кабінету Міністрів України. У своїй діяльності Мінфін України керується Конституцією України, законами України, актами Президента України, Кабінету Міністрів України та Положенням про Міністерство фінансів України, затвердженим Указом Президента України від 26 серпня 1999 р. № 1081/99. На Мінфін України покладено завдання забезпечення проведення єдиної державної фінансової, бюджетної, податкової політики, спрямованої на реалізацію визначених завдань економічного та соціального розвитку України, здійснення координації діяльності у цій сфері інших центральних органів виконавчої влади. Мінфін України також узагальнює практику застосування законодавства з питань, що належать до його повноважень, розробляє пропозиції щодо вдосконалення законодавства та у встановленому порядку вносить їх на розгляд Президентові України та Кабінету Міністрів України. У межах своїх повноважень Мінфін України організовує виконання актів законодавства та здійснює систематичний контроль за їх реалізацією.
Основними завданнями Мінфіну України є розробка та проведення єдиної державної фінансової, бюджетної, податкової політики; здійснення разом з іншими органами виконавчої влади аналізу сучасної економічної та фінансової ситуації в Україні, а також перспектив її розвитку; розробка стратегії щодо внутрішніх та зовнішніх запозичань держави і погашення та обслуговування державного боргу; розробка проекту Державного бюджету України та прогнозних показників зведеного бюджету України, забезпечення у встановленому порядку виконання Державного бюджету України, контроль за додержанням правил складання звіту про виконання Державного бюджету України та зведеного бюджету України; забезпечення концентрації фінансових ресурсів на пріоритетних напрямах соціально-економічного розвитку України; забезпечення ефективного використання бюджетних коштів та здійснення у межах своєї компетенції державного фінансового контролю та ряд інших.
У межах своєї компетенції Мінфін України виконує Державний бюджет України, складає звіт про виконання Державного бюджету України і зведеного бюджету України; бере участь у підготовці загальнодержавних національних програм, забезпечує у встановленому порядку їх цільове фінансування; координує в межах своїх повноважень діяльність центральних органів виконавчої влади, пов'язану із забезпеченням своєчасного і повного надходження податків, зборів (інших обов'язкових платежів) до Державного бюджету України та місцевих бюджетів.
Як орган, що визначає загальну державну податкову політику, Мінфін розробляє пропозиції щодо її формування, визначає порядок подання центральними та місцевими органами виконавчої влади необхідних матеріалів для проведення аналізу ефективності діяльності податкової системи та пропозицій щодо її удосконалення; проводить аналітичні дослідження впливу податкової політики на економічне зростання та ефективність дії системи оподаткування; прогнозує й моделює на поточний період та на перспективу податкові надходження до бюджету, готує пропозиції щодо ефективного розподілу фінансових ресурсів для забезпечення державних витрат. У передбачених законодавством випадках Мінфін здійснює ліцензування окремих видів підприємницької діяльності.
Мінфін України очолює Міністр, якого призначає на посаду та звільняє з посади Президент України у встановленому законодавством порядку. Міністр має заступників, які призначаються на посаду та звільняються з посади відповідно до законодавства. Міністр фінансів України здійснює керівництво міністерством, несе персональну відповідальність перед Президентом України і Кабінетом Міністрів України за виконання покладених на Міністерство завдань. Також на Міністра фінансів покладено погодження призначення на посади та звільнення з посад керівників Головного управління Державного казначейства України, Головного контрольно-ревізійного управління України, Державної пробірної палати, Комітету у справах нагляду за страховою діяльністю, Комітету України з монополії на виробництво та обіг спирту, алкогольних напоїв і тютюнових виробів.
Для погодженого вирішення найважливіших питань, що належать до компетенції Мінфіну України, обговорення напрямів його діяльності у Міністерстві утворюється колегія у складі Міністра (голова колегії), заступників Міністра за посадою, інших керівних працівників. Членів колегії затверджує та звільняє від виконання обов'язків Кабінет Міністрів України за поданням Міністра. У Мінфіні України з урахуванням специфіки його діяльності можуть утворюватися дорадчі та консультативні органи. Склад цих органів і положення про них затверджує Міністр. Структуру центрального апарату Мінфіну України затверджує Прем'єр-міністр України. До складу Мінфіну з 2003 р. входять три держсекретарі.
Через Мінфін України Кабінет Міністрів України спрямовує і Координує діяльність Державного казначейства України, Головного Контрольно-ревізійного управління України, Державної пробірної Палати, Комітету у справах нагляду за страховою діяльністю, Комітету України з монополії на виробництво та обіг спирту, алкогольних напоїв і тютюнових виробів.
Мінфіну України підпорядковуються Державне казначейство України, Головне контрольно-ревізійне управління України, Державна пробірна палата. У 2002 р. у складі Мінфіну України був створений спеціалізований орган - Державний департамент фінансового моніторингу, якому фінансово-кредитні установи повинні передавати інформацію щодо здійснюваних сумнівних операцій або операцій у великих розмірах відповідно до критеріїв, визначених чинним законодавством. Голова Державного департаменту фінансового моніторингу призначається Президентом України, водночас він є держсекретарем Мінфіну. Діяльність цього органу набула значної актуальності після прийняття законів, що регулюють питання запобігання використанню банків та інших фінансових установ для легалізації (відмивання) доходів, одержаних злочинним шляхом.
Державний департамент фінансового моніторингу весною 2003 р. підписав угоду з Генеральною прокуратурою України про обмін інформацією. Держдепартамент передаватиме Генпрокуратурі матеріали щодо всіх сумнівних операцій, а також операцій з ознаками відмивання брудних грошей та фінансування тероризму.
Мінфін України в межах своїх повноважень на основі та на виконання актів законодавства видає накази, організовує і контролює їх Виконання. У разі потреби він може видавати разом з іншими центральними і місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування спільні акти. Нормативно-правові акти Мінфіну України підлягають державній реєстрації у порядку, встановленому законодавством. У випадках, передбачених законодавством, рішення Мінфіну України є обов'язковими для виконання центральними та місцевими органами виконавчої влади, органами місцевого самоврядування, підприємствами, установами, організаціями усіх форм власності та громадянами.
Державне казначейство України, утворене при Міністерстві фінансів України, діє на основі Указу Президента України від 27 квітня 1995 р. № 335/95. Систему Державного казначейства України становлять Головне управління Державного казначейства України та його територіальні органи - управління Державного казначейства України в Автономній Республіці Крим, областях, містах Києві та Севастополі з відділеннями у районах, містах і районах у містах.
Основні завдання Державного казначейства України:
- організація виконання Державного бюджету України і здійснення контролю за цим;
- управління наявними коштами Державного бюджету України, у тому числі в іноземній валюті, коштами державних позабюджетних фондів і позабюджетними коштами установ та організацій, що утримуються за рахунок коштів Державного бюджету України;
- фінансування видатків Державного бюджету України;
- ведення обліку касового виконання Державного бюджету України, складання звітності про стан виконання Державного бюджету України;