Следующим крупным предприятием Наполеона стало уничтожение Португалии, последнего европейского союзника англичан. По соглашению, тайно заключенному в Фонтенбло с испанцами, Португалия делилась на три части. Одну часть получал испанский министр Годой, вторую – сестра испанского короля, оставшаяся часть становилась марионеточным государством. В ноябре 1807 года генерал Жюно вошел в Лиссабон после изнурительного похода через всю Испанию. Португальцы даже не пытались сопротивляться, а королевская семья бежала в Бразилию. В феврале 1808 года Мюрат получил секретный приказ, в котором он назначался генерал-губернатором Испании. В марте 1808 года Годой лишился своего поста, а Карла вынудили отречься от престола. Мюрат с французскими «наблюдательными войсками» вошел в Мадрид 23 марта.
Маршал Бесьер окружил испанские войска у Рио-Секо 14 июля. К сентябрю 1808 года французы были оттеснены к северу от реки Эбро. После этого Наполеон вернулся в Париж, набрал стопятидесятитысячное войско и двинулся на Испанию. Испанцы вскоре были разбиты при Бургосе, Эспиносе и Туделе, прокладывая себе путь в Мадрид при помощи своего «польского легиона» и вошел в столицу 4 декабря.
На очереди стоял вопрос о Ватикане, войска Наполеона вошли в Рим в апреле 1808 года, а папа Пий VII был арестован в 1809, он отказывался признать Жозефа Бонапарта сначала короля Неаполя, а затем Испании. В дополнение ко всему Австрия вновь вооружилась и готовилась к нападению на Наполеона. После объявления Австрией войны 6 апреля 1809 года эрцгерцог Карт, лучший австрийский военоначальник, вторгся в Баварию с армией 175 000 солдат. Вскоре австрийцы были разгромлены армией Наполеона. По Венскому договору в октябре 1809 года австрийцы лишились своих юго-западных и восточных провинций.
Далее Наполеон сделал выгодный политический шаг – женился на дочери австрийского императора, тем самым имея в качестве союзников Австрию – сильную армию.
С Пиренеев стали приходить дурные вести. Сэр Артур Уэлсли разбил французов в Талавере в 1809 году а Массена не преуспел в попытках вытеснить англичан с линий их укреплений. В Голландии Луи Бонапарт правил настолько независимо, что Наполеон вынужден был лишить его престола, а его королевство было присоединено к Франции в 1810 году. В этом же году маршал Бернидот, которого Наполеон иногда подозревал в измене, был назначен официальным приемником шведского короля. Континентальную блокаду стало держать все труднее, учитывая ухудшение отношений с Россией.
К 1811 году у французов была твердая уверенность в том, что Континентальная блокада нанесла серьезный удар по британской экономике. Британия не только потеряла европейские рынки, но и латиноамериканские были нагружены настолько, что не в состоянии были принимать британские товары. Россия пострадала континентальной блокады почти так же сильно, как и Британия, будучи не в состоянии поставлять на английский рынок традиционные зерно, железо, медь, лес, кожу, пеньку, свечное сало. Отношение между Францией стали очень непрочные. В декабре 1811 года Александр формально вышел из Континентальной блокады. В течение 1811 года Наполеон подтягивал все большие и большие силы в Северную Германию и Великое княжество Варшавское. Они концентрировались у самих русских границ.
Император назначил августейшим особам встречу в Дрездене весной 1812 года. Среди прибывших туда были австрийский император, короли Пруссии, Баварии и Саксонии. Еще до начала Русской компании Наполеона оставили два важнейших союзника Турция, серьезно озабоченная предложением Наполеона отдать России Молдовию и Валахию, заключила мир в Бухаресте 28 мая, в результате чего большое количество войск высвободилось для противостояния Франции. Шведы отдали Финляндию России, своему традиционному врагу.
«Великая армия», собранная в Германии, насчитывала приблизительно 675 000 человек. Только треть ее были французы. 50 000 прибыли из Итальянского королевства, 30 000 из Неаполя, более 15 000 из Рейнского союза, 60 000 из Австрии. Там были шведы, датчане, хорваты и даже португальцы с испанцами. Всего эту армию сопровождали 150 000 лошадей, включая кавалеристских, 30 000 фургонов в 1 200 пушек. Австрийские войска находились на юго-востоке, где он не мог осуществить над ними должный контроль. Вторжение осуществлялось тремя армейскими группировками. Одной командовал сам император, другой Евгений Богарне, а третьей Жером Бонапарт под наблюдением маршала Даву.
Царская армия была гораздо слабее и насчитывала не более 200 000 человек, разделенных на две группировки под командованием военоначальников, едва ли сделанных из того же теста, что и наполеоновские маршалы.
Барклай да Толли защищал дорогу на Санкт-Петербург, князь Багратион защищал московское направление. Было чрезвычайно жаркое лето, и многие солдаты обоих армий теряли от жары сознание. Через две недели армия Наполеона сократилась до 182 000 человек из-за болезней, голода и отсутствия корма для лошадей.
22-23 июня 1812 года «великая армия» Наполеона уже вышла к берегам Немана, заняла Ковно, Вильно, как раз ту сторону, которую держал Барклай де Толли.
15 августа произошла битва под Смоленском.
17 августа пал Смоленск – подожженный русскими для отступления к Москве.
14 сентября «великая армия» вошла в Москву. Опять начались ночные пожары, организованные по-видимому, по приказу губернатора, и за несколько дней четыре пятых города сгорело дотла. Наполеон обосновался в Кремле, ожидая, что потерявший столицу царь попросит пощады. Александр просто переехал в другую столицу – Санкт-Петербург, бывшую в безопасности благодаря союзу со Швецией, и стал ждать зимы. 13 октября ударил первый мороз. Неделей позже император покинул Москву с армией в 80 000 человек. 24 октября Кутузов попытался преградить ему путь у Малоярославца, в 70 милях от Москвы, но это ему не удалось. Надежда на пополнение в Смоленске запасов провианта и обмундирования не оправдались из-за некомпетентности администрации. Кошмарный марш должен был продолжаться. Не переставая валил снег, а температура безжалостно падала. 25 ноября голодная «великая армия» достигла Березина. Наполеон оставил армию в Молодечно 5 декабря и вернулся во Францию на перекладных.
«Великая армия» потеряла 380 000 человек. Оставшиеся в живых были сломлены свалившимися на них невзгодами. Наполеон совершил несколько серьезных ошибок: не восстановил Польское королевство, слишком надолго задержался в Москве.
24-25 октября 1812 года были переломными для армии Наполеона, для хода компании 1812 года, для судьбы империи. Русская армия переела от обороны к наступлению. Отступление «великой армии» превратилось в бегство и закончилось ее гибелью. Поражение и гибель наполеоновской армии были предрешены. Позже, добравшись до Парижа, Наполеон первым создал легенду, охотно подхваченную другими побежденными генералами, о страшном противнике – «генерале-зиме». Хотя по записям погода стояла теплая в Москве.
Наполеон продолжал наивно считать в числе резервов, которые он сможет привести в движение прусскую, баварскую, саксонскую армии, армии своих вассалов и союзников. Но едва лишь стало известно о поражении и гибели наполеоновской армии в России, как все изменилось. Еще остатки наполеоновской армии не добежали до Немана, как прусская армия генерала Иорка фон Вартенбурга, находившегося под командованием маршала Макдональда, вышла из повиновения и повернула штыки против французов. 30 декабря в Тургоне было подписано соглашение о перемирии между прусскими и русскими войсками.
Разгром наполеоновской армии в России должен был стать сигналом к общеевропейскому восстанию угнетенных народов против французского владычиства.
29-й бюллетень «великой армии», помеченный Молоденко, 3 декабря 1812 года, как ни приуменьшал и ни приукрашивал потери, произвел во Франции и в Европе потрясающее впечатление. 29-й бюллетень раскрыл глаза на действительное положение вещей; в нем не были названы цифры, но во Франции поняли, как велики жертвы. Через два дня после обнародования 29-го бюллетеня, 5 декабря, Наполеон в сопровождении Коленкура умчался в Париж, оставив армию на Мюрата. В Париже ему стали известны подробности дела генерала Моне. Общественному мнению оно было представлено как бредовая авантюра, человека умолишенного. Но Моне сохранил полную ясность мысли. Моне осуществил переворот 23 октября. К началу 1813 г. Наполеон собрал новую армию в 500 000 бойцов.
28 марта 1813 года Фридрих Вильгельм III объявил войну Франции, а Евгений Богарне, вместо того, чтобы сжечь Берлин, отвел свои войска за Эльгу. По всей Германии поднялась война национализма. Пруссия и Россия начали мобилизацию весной. Это навело Бонапарта на мысль, что можно попытаться отомстить старому обидчику. Швеция – «балтийская Пруссия» - поставляла отличных солдат, 35 000 которых и высадились при Штральзунде, чтобы пройти через Меклинбург и присоединиться к союзникам.
Император был готов к концу апреля 1813 года, собрав войска в Майнус. Двигаясь быстро, как всегда, он пересек Заале и вошел в Саксонию, где союзники оккупировали Дрезден – столицу короля Фридриха Августа. 6 мая император вошел в Дрезден и восстановил Фридриха Августа. 4 июня император заключил в Плейсвице перемирие на два месяца, совершив этим роковую ошибку. Он рассчитывал на подкрепление из Италии – в основном кавалерию. Прибыло 65 000 пехотинцев и всего 2 000 всадников. Вскоре Австрия заключили в Рейхенбархе тайное соглашение с Россией, Пруссией, Швецией и Британией об объявлении Франции войны, если она не согласится на мирное урегулирование. В июле союзники собрались на совет в крепости Грахистер в Селезе, для того, чтобы обсудить стратегию и тактику. Они собрались наступать на Французскую армию широким полукругом, атакуя фланги, но отходя от тех мест, где император сам руководил сражением.