Державне управління територіями та об'єктами природно-заповідного фонду здійснюється органами загальної, галузевої (спеціальної) і міжгалузевої компетенції. Так, Президент України визначає порядок створення територій та об'єктів природно-заповідного фонду, здійснює заходи щодо вдосконалення їх мережі і за погодженням з компетентними органами приймає рішення про створення чи оголошення територій, об'єктів природно-заповідного фонду та їх охоронних зон зонами загальнодержавного значення (ст. 53 Закону). Обласні, Київська, Севастопольська міські ради приймають рішення про організацію територій та об'єктів природно-заповідного фонду місцевого значення та здійснюють контроль за додержанням їх правових режимів. Певні повноваження у цій галузі має Кабінет Міністрів України.
Спеціально уповноваженим органом державного управління в галузі організації, охорони та використання природно-заповідного фонду є Міністерство екології та природних ресурсів України, а саме, спеціальний його підрозділ — Головне управління національних природних парків і заповідної справи Мінекоре-сурсів України'.
Значну роль у здійсненні управлінських функцій відіграє Академія наук України, наукові, науково-дослідні установи. Так, зокрема, вони вправі готувати та подавати клопотання про створення чи оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду з науковим обгрунтуванням необхідності такого створення чи оголошення території чи об'єкта природно-заповідного фонду певної категорії, характеристики її цінності. На Національну академію наук України покладається обов'язок координувати основні напрями наукових досліджень на територіях та об'єктах природно-заповідного фонду, при цьому затверджувати програми і плани науково-дослідних робіт.
Управління територіями та об'єктами природно-заповідного фонду загальнодержавного значення здійснюється їх спеціальними адміністраціями. Спеціальні адміністрації можуть створюватися також для управління окремими об'єктами природно-заповідного фонду місцевого значення за рішенням органів, у віданні яких вони перебувають. До складу спеціальної адміністрації з управління територіями та об'єктами природно-заповідного фонду входять дирекції, наукові підрозділи, служби державної охорони, господарського, рекреаційного та іншого обслуговування.
Управління територіями та об'єктами природно-заповідного фонду, для яких не створюються спеціальні адміністрації, здійснюється підприємствами, установами та організаціями, у віданні яких перебувають ці території та об'єкти. Наприклад, мисливські та лісові заказники перебувають у віданні органів Державного комітету лісового господарства України, гідрологічні або болотні заказники — у віданні сільськогосподарських підприємств, сільськогосподарських асоціацій, фермерських господарств та інших.
Участь в управлінні територіями та об'єктами природно-заповідного фонду вправі також брати об'єднання громадян, статути яких передбачають діяльність у галузі охорони навколишнього природного середовища, зокрема: шляхом внесення пропозицій щодо організації та оголошення нових територій та об'єктів природно-заповідного фонду; забезпечення їх охорони, ефективного використання і відтворення природних комплексів та об'єктів; сприяння державним органам у їх діяльності в цій сфері; участі у проведенні екологічної експертизи об'єктів, що негативно впливають чи можуть негативно впливати на стан територій та об'єктів природно-заповідного фонду; участі у контролі за додержанням режиму таких територій та об'єктів, здійснення інших заходів (ст. 13 Закону).
Основними функціями управління у цій сфері є прогнозування розвитку заповідної справи на державному та регіональному рівнях, організація створення і оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду, розподіл і перерозподіл природних ресурсів у межах територій та об'єктів природно-заповідного фонду, проведення екологічної експертизи об'єктів, що негативно впливають чи можуть негативно впливати на стан територій та об'єктів, введення до державного кадастру територій та об'єктів природно-заповідного фонду, контроль за додержанням режиму територій та об'єктів природно-заповідного фонду, координація наукової діяльності в його межах.
Розгляньмо деякі функції управління детальніше. Так, організація, створення і оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду складається з певних етапів. Перший етап — підготовка і подання клопотань про створення чи оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду (ст. 51 Закону). Ці дії можуть здійснюватися як безпосередньо спеціально уповноваженим органом державного управління у цій галузі, тобто Мінеко-ресурсів України, так і науковими установами, природоохоронними громадськими об'єднаннями або іншими зацікавленими підприємствами, установами, організаціями та громадянами.
У клопотанні повинно міститися обгрунтування необхідності створення чи оголошення території або об'єкта природно-заповідного фонду певної категорії, характеристика природоохоронної, наукової, естетичної та іншої цінності природних комплексів та об'єктів, що пропонуються для заповідання, відомості про місцезнаходження, розміри, характер використання, власників та користувачів природних ресурсів, а також відповідний картографічний матеріал. До клопотань додаються документи, що підтверджують або доповнюють обгрунтування необхідності створення чи оголошення територій або об'єктів природно-заповідного фонду.
Другий етап — попередній розгляд клопотань про створення чи оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду (ст. 52 Закону).
Клопотання про необхідність створення чи оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду подаються і попередньо розглядаються у місячний термін відповідно:
— щодо територій та об'єктів загальнодержавного значення — Мінекоресурсів України;
— щодо територій та об'єктів місцевого значення — органами цього міністерства на місцях.
У разі схвалення клопотання Мінекоресурсів України та його органами на місцях проводиться їх погодження з власниками та первинними користувачами природних ресурсів у межах територій, рекомендованих до заповідання.
На підставі результатів погодження клопотань Мінекоресурсів України забезпечує розробку спеціалізованими проектними та науковими установами проектів створення природних заповідників, біосферних заповідників, національних природних парків, заказників, пам'яток природи, парків-пам'яток садово-паркового мистецтва загальнодержавного значення.
Розробка проектів створення регіональних ландшафтних парків, заповідних урочищ, а також заказників, пам'яток природи та парків-пам'яток садово-паркового мистецтва місцевого значення забезпечується органами Мінекоресурсів України на місцях.
Забезпечення розробки проектів створення ботанічних садів, дендрологічних парків та зоологічних парків може бути доручено зацікавленим державним органам чи установам.
Проекти створення територій та об'єктів природно-заповідного фонду підлягають державній екологічній експертизі. У разі позитивного висновку екологічної експертизи щодо проектів створення територій та об'єктів природно-заповідного фонду всі матеріали передаються Мінекоресурсів України чи його органами на місцях до державних органів, уповноважених приймати рішення про створення чи оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду.
Третій етап — прийняття рішень про створення чи оголошення територій, об'єктів природно-заповідного фонду та їх охоронних зон (ст. 53 Закону).
Так, рішення про створення та відведення земельних ділянок природним заповідникам, національним природним паркам і щодо інших територій та об'єктів природно-заповідного фонду загальнодержавного значення приймаються Президентом України. Прикладом таких рішень є Указ Президента України від 25 лютого 1993 р. № 62/93 «Про створення Азово-Сиваського національного природного парку».
Рішення про створення біосферних заповідників приймається Президентом України після вирішення цього питання відповідно до міжнародних угод. На правове забезпечення питань створення біосферних заповідників спрямований і Указ Президента від 26 листопада 1993 р. № 563/93 «Про біосферні заповідники в Україні».
Рішення про організацію чи оголошення територій та об'єктів природно-заповідного фонду місцевого значення та встановлення охоронних зон територій та об'єктів природно-заповідного фонду приймається обласними, міськими (міст загальнодержавного значення) радами, обласними, Київською та Севастопольською міськими державними адміністраціями.
Порядок відведення земельних ділянок природним заповідникам, біосферним заповідникам, національним природним паркам, а також ботанічним садам, дендрологічним паркам і видачі документів на право користування землею визначається Земельним кодексом України.
Заказники, пам'ятки природи, заповідні урочища, парки-пам'ятки садово-паркового мистецтва й інші території та об'єкти природно-заповідного фонду, які створюються без вилучення земельних ділянок, що вони займають, передаються під охорону підприємствам, установам, організаціям і громадянам органами Мінекоресурсів України з оформленням охоронного зобов'язання.