Следующим шагом в лишении крестьян свободы был Судебник 1550 года. В нем подтверждалось положение о Юрьевом дне, но при этом увеличивалась сумма пожилого, уплачиваемого крестьянами, на 2 алтына. В целом этот Судебник не сыграл значительной роли в закрепощении крестьян, но он поддержал наметившуюся тенденцию, как бы «закручивал гайки».
Основной законодательный материал конца XVI века сравнительно хорошо сохранился до наших дней. Имеется много приговоров, посвященных не только первостепенным, но и маловажным сюжетам. Среди самых значительных законов XVI века определенно отсутствует лишь один, оказавший огромное влияние на весь ход экономического развития России. Это указ о закрепощении крестьян.
Законодательство по крестьянскому вопросу прослеживается с конца XVI века до Соборного уложения 9 марта 1607 года, но в этой цепи недостает одного (возможно, самого важного) звена — закона об отмене Юрьева дня.
Многие известные историки (В. Н. Татищев, Н. М. Карамзин, С. М. Соловьев, Н. И. Костомаров, В. И. Сергеевич) сходятся во мнении о том, что в 1592 году был принят специальный указ, отменявший Юрьев день. По мнению С. М. Соловьева, законодательное прикрепление крестьян к земле было приведено ради государственной пользы ввиду обширности и малонаселенности территории России, недостатка рабочих рук на землях помещиков и обеспечения обороны страны. Однако сам указ не был найден, и эта теория не имеет документального подтверждения.
Критиками такого «указного» закрепощения крестьян выступали М. П. Погодин, В. О. Ключевский, М. А. Дьяконов, М. П. Милюков. Они отрицали значение правительственных распоряжений в деле закрепощения крестьян и сформулировали теорию безуказного закрепощения крестьян. В. О. Ключевский видел экономические истоки закрепощения в крестьянской задолженности, чрезвычайно усилившейся во второй половине XVI века. По его мнению, долговая зависимость сближала русского крестьянина с кабальным холопом и лишала его права выхода в Юрьев день. Взятые в кредит деньги крестьянин не мог вернуть своему кредитору, его долг нарастал как снежный ком. Поэтому он прикреплялся не к земле, а к личности землевладельца. Государство заботилось лишь о том, чтобы процесс закрепощения не нарушал крестьянского тягла и не ущемлял интересов казны. Крепостное право, утверждал В. О. Ключевский, было создано не государством, а только при его участии. Теория «безуказного» закрепощения приобрела законченность только тогда, когда М. П. Милюков сформулировал три основных фактора закрепощения: прикрепление крестьян к тяглу, «старожильство» и рост крестьянской задолженности. Еще один сторонник «безуказного» закрепощения М. А. Дьяконов в специальной работе «Заповедные и выходные лета» подтвердил сделанный ранее вывод о том, что крестьянский выход и правила перехода, установленные Судебником 1550 года, отмирали без законодательной отмены. Он считал, что в начале 90-х годов XVI века общим законом оставалась статья Судебника о крестьянском выходе, а, следовательно, правило о заповедных летах имело лишь частное, или местное, применение: действие общего закона о Юрьеве дне временно отменялось для отдельных лиц по особо важным пожалованиям и для отдельных местностей специальными распоряжениями.
В советской историографии проблема заповедных лет была досконально исследована в трудах многих историков. Например, Б. Д. Греков представлял конкретный ход закрепощения следующим образом. При Иване Грозном, в самом начале 80-х годов XVI века, правительство издало указ о заповедных годах, в силу которого все крестьяне лишались права переходить от одного хозяина к другому в Юрьев день. С. Б. Веселовский согласился с выводом Б. Д. Грекова, но высказал предположение о том, что при Иване Грозном заповедные годы действовали на определенной, ограниченной территории. А согласно теории Б. Д. Грекова, заповедные годы сразу приобрели значение общегосударственной меры.
Одним из основных источников, на котором базируется традиционная хронология заповедных лет, являются приходно-расходные книги Иосифо-Волоколамского монастыря. В построениях Б. Д. Грекова показаниям иосифо-волоколамских книг отведено исключительно важное место. В них зафиксировано множество крестьянских переходов в период с мая 1573 по сентябрь 1581 года. Максимальное число переходов приходится на период с 1579 по 1580 год. Но с осени 1581 года сведения о крестьянских переходах полностью исчезли со страниц монастырских книг. Этот факт Б. Д. Греков рассматривает как доказательство отмены Юрьева дня в начале 1580-х годов. Однако обширная документация монастыря тех лет не знает термина «заповедные годы».
В девяностых годах XVI века заповедные годы стали превращаться из временной меры в меру постоянную. Как ни удивительно, правосознание девяностых годов не только не усвоило выработанное приказной практикой восьмидесятых годов понятие «заповедные годы», но и окончательно отбросило его. После 1592 года упоминания о «заповедных летах» не было.
В целом проведенный историками анализ не подтверждает гипотезу о законодательной отмене Юрьева дня в начале 80-х годов XVI века. Термин «заповедные годы» не упоминается ни одним источником, датированным первой половиной 80-х годов. Проверка помещичьих исков того времени с помощью писцовой книги также не подтверждает существования указа об отмене Юрьева дня в 1581 году. Анализ ранних документальных источников следует дополнить исследованием более поздних источников о закрепощении крестьян, среди которых наиболее важное значение принадлежит летописному свидетельству, сохранившемуся в составе Бельской летописи 17 века. Можно сопоставить Бельскую летопись (30-е годы 17 века) и Уложение 1607 года. В Уложении написано: «...при царе Иоанне Васильевиче ...крестьяне выход имели вольный, а царь Федор Иоаннович ...выход крестьянам заказал...». А в Бельской летописи записано: «...Того же года (7110 г. — по старому летоисчислению) на зиму царь Борис Федорович ...нарушил заклятье блаженные памяти царя Иоанна Васильевича всеа Русии и дал христианом волю, выход между служилых людей...».
Таким образом, у нас есть две версии. Согласно одной из них, выход крестьян запретил царь Федор Иоаннович, а с другой — Иван Васильевич Грозный. Однако сопоставление Бельской летописи и Уложения 1607 года говорит не в пользу первого. Запись в Бельской летописи была сделана, по крайней мере, на 25 лет позже, чем создано Уложение 1607 года, следовательно, не менее половины века отделяли время составления летописной статьи от предполагаемого времени установления заповедных лет. Кроме того, об авторе статьи ничего не известно, его заметка о «заклятье» царя Ивана Васильевича носит сугубо литературный характер. В ней нет и намека на то, что ее автор использовал какие-либо документы о крестьянском закрепощении. В Уложении же содержится прямое указание на то, что его текст был составлен в Поместном приказе, который подготавливал и хранил все законы по крестьянскому вопросу. В компетентности авторов Уложения едва ли можно сомневаться.
Уложение 1607 года, составленное в разгар Крестьянской войны, было призвано убедить всех в незаконности возобновления крестьянских переходов во время правления царя Бориса Годунова (голод 1601 – 1602 годов) и в необходимости полного запрета крестьянских переходов. Оно окончательно отменило Юрьев день и удлинило сроки сыска крестьян с 7 до 15 лет. Понятие «заповедные годы» не приобрело устойчивого и всеобщего значения. Приказы редко и неохотно пользовались этим термином и чаще всего обходились без него. Объяснить это можно, по-видимому, тем, что нормы заповедных лет так и не стали формулой закона, иначе говоря, никакого специального указа о заповедных летах в виде мотивированного закона не существовало. Прикрепление к тяглу осуществлялось путем практических распоряжений.
Для контроля за переходами крестьян с целью создания эффективной системы налогообложения государство проводило переписи населения. Общая перепись, предпринятая после завершения разрушительной 25-летней Ливонской войны, имела целью учесть все тяглое платежеспособное население, без чего невозможно было восстановить налоговую систему и привести в порядок расстроенные войной и разрухой государственные финансы. Однако из-за массового бегства крестьян с тяглых земель писцовые книги устаревали еще до того, как Поместный приказ успевал их исправить и утвердить. Общие законодательные установления о прикреплении крестьян к тяглому не издавались, вероятно, потому, что соответствующие распоряжения рассматривались как временные. Однако отсутствие законодательства не мешало суду на практике удовлетворять дворянские иски о возвращении тяглых крестьян на старые наделы — сначала в единичных случаях, а затем и в массовом порядке.
Меры по ограничению выходов тяглых крестьян носили характер временного регулирования вплоть до начала девяностых годов XVI века. Был ряд случаев, когда крестьяне уходили от своих землевладельцев, невзирая на режим заповедных лет. Одним их важнейших путей ухода крестьян с тягловых земель был уход на службу в казачьи войска. Государство ничего против этого не имело, но помещики пускали в ход любые средства, чтобы вернуть своих крестьян. Это особенно проявлялось в южных землях, расположенных в непосредственной географической близости к Украине, которая считалась и считается центром казачества. Служилые люди буквально заваливали Посольский приказ исками о возвращении беглецов.