Наибольшей сложностью отличается процедура принятия решений квалифицированным большинством голосов. Ее значение особенно велико, поскольку общей тенденцией эволюции Сообществ и Союза является расширение круга вопросов, решаемых на основе квалифицированного большинства. При применении этой процедуры каждое государство-член обладает в Совете таким числом голосов, которое отражает его вес и значение в составе самих интеграционных образований. Это так называемые взвешенные голоса, учитывающие количество населения, экономические показатели и ряд других факторов. Они конкретно фиксируются непосредственно в самом учредительном акте. Все 15 государств — членов Европейского Союза имеют в сумме 87 голосов. Они распределяются следующим образом: Германия, Великобритания, Италия и Франция — по 10 голосов, Испания — 8, Бельгия, Греция, Португалия и Нидерланды — по 5, Австрия и Швеция — по 4, Дания, Ирландия и Финляндия — по 3 и Люксембург — 2 голоса. Конечно, распределение количества взвешенных голосов не вполне соответствует установленным критериям. Достаточно сказать, что применительно к Германии один голос приходится примерно на 8 млн. человек населения, в то время как в Люксембурге он приходится примерно на 200 тыс. человек. При голосовании квалифицированным большинством голосов решение считается принятым, если за него подано 62 голоса и при условии, что предложение внесено Комиссией. Если решение принимается не на основании предложения Комиссии необходимо, чтобы «за» было подано не менее 62 голосов при условии, что решение поддерживает не менее десяти государств-членов. Квота, установленная для определения квалифицированного большинства голосов, была исчислена с таким расчетом, чтобы крупные державы, такие как Англия, Франция, Германия, Испания, не могли навязать своего одностороннего решения малым и средним странам и, наоборот, чтобы последние не могли навязать свою точку зрения ведущим государствам Союза.
Вопрос о количестве взвешенных голосов оказался одним из камней преткновения при рассмотрении вопроса о реформе институтов Союза в ходе подготовки и подписания Амстердамского договора. Франция и ряд других государств-членов выступили за пересмотр установленных квот с учетом того, что предстоит изменение численного состава Комиссии. Однако достичь соглашения по этому вопросу не удалось, и в результате решение всей проблемы реформы институциональной структуры Союза было отложено.
Особый порядок действует при принятии решений Совета в рамках второй и третьей опор. Решения по вопросам общей внешней политики и политики безопасности принимаются на основе принципа единогласия. Каждый член Совета, воздержавшийся при голосовании, может сделать по этому поводу официальное заявление. Его автор не обязан применять принятое Советом решение, однако он соглашается с тем, что решение обязывает Союз в целом. В этом случае соответствующее государство-член должно воздержаться от любых акций, способных нанести ущерб действиям Союза, основанным та принятом решении, или оказаться препятствием для соблюдения принятого решения другими государствами-членами. В случае, если число взвешенных голосов государств, сделавших подобное заявление, превышает 1/3, положительное решение принято быть не может. Однако если речь идет об одобрении совместных действий или общих позиций, основанных на утвержденной Европейским Советом общей стратегии, соответствующее решение может приниматься квалифицированным большинством голосов. В этом последнем случае, если одно из государств-членов заявит об особой важности данного Решения для национальной политики, решение должно быть сложено и передано на рассмотрение Европейского Совета.
Применение голосования квалифицированным большинством голосов не может иметь место в тех случаях, когда принимаемое решение влечет за собой последствия военного характера или затрагивает сферу обороны. При необходимости заключения международного договора Совет принимает решение единогласно. Эти договоры заключаются и вводятся в действие при условии их одобрения на основе принципа единогласия. Если одно из государств-членов заявит о том, что оно не может участвовать в одобрении Советом, поскольку должно подчиняться особым правилам национального законодательства остальные государства-члены могут в рамках Совета принять решение о его применимости на временной основе. Решение, принимаемое в этом случае Советом, носит политический, а не правовой характер, и на него не распространяется контроль, осуществляемый Судом ЕС.
Изложенная выше процедура, применяемая в рамках второй опоры, в основных чертах воспроизводится применительно к третьей опоре Союза. Следует, однако, иметь в виду, что Амстердамский договор исключил принятие Советом решения о совместных действиях. За Советом сохранено правомочие определять общую позицию Союза. Решение в этом случае принимается на основе принципа единогласия по инициативе одного из государств-членов или Комиссии.
Совет может принимать рамочные решения, имеющие целью сближение законодательных и регламентарных актов государств-членов. По своему характеру такие рамочные решения близки к директиве. Они определяют, каковы конечные результаты, подлежащие достижению, оставляя за национальными властями полномочия в том, что касается выбора формы акта и средств его реализации. Весьма важное отличие этих актов состоит в том, что они не имеют прямого действия. Решения по вопросам, не связанным с гармонизацией национального законодательства, принимаемые Советом, обязательны для государств-членов, но также не имеют прямого действия. Наконец, важно также подчеркнуть, что меры, необходимые для осуществления принятых решений, устанавливаются Советом путем голосования на основе квалифицированного большинства.
Совет утверждает на своих заседаниях и рекомендует к одобрению государствами-членами в соответствии с их конституционными нормами конвенции, которые заключаются в рамках третьей опоры. Совет фиксирует сроки, в течение которых должно быть осуществлено рассмотрение проектов соответствующих конвенций государствами-членами на основе собственных конституционных процедур.
Квалифицированное большинство, применяемое в Совете предполагает наличие не менее 62 голосов, поданных «за», пой обязательном позитивном голосовании не менее 10 государств-членов. Решение о действительности и интерпретации рамочных решений, а равно толкование соответствующих конвенций могут входить в юрисдикцию Суда ЕС. Конкретное решение этого вопроса зависит от заявления, сделанного государством-членом относительно признания юрисдикции Суда ЕС при подписании Амстердамского договора. Принятие решений Советом, особенно в тех случаях, когда речь идет о нормативно-правовых актах, имеет место на основе предложений, вносимых Комиссией или при ее активном участии.
Весьма важную роль в подготовке и реализации решений Совета играет специализированный аппарат, призванный обеспечивать его работу. Одним из таких наиболее важных вспомогательных органов является Комитет постоянных представителей (для его обозначения часто используют аббревиатуру от французского — Корепер). Каждое государство — член Союза имеет свое постоянное представительство, аккредитованное в Брюсселе. Постоянные представители государств-членов в ранге посла образуют в своей совокупности Комитет постоянных представителей. В рамках этого Комитета обсуждаются, рассматриваются и утверждаются проекты почти всех решений, принимаемых Советом. Наиболее важные вопросы обсуждаются самими постоянными представителями. Это Комитет постоянных представителей по формуле II. Вопросы второстепенного или технического порядка рассматриваются заместителями постоянных представителей, образующими Комитет по формуле I. Члены этих Комитетов поддерживают постоянную повседневную связь с правительством своей страны, получают непосредственные указания и директивы со стороны ведомства иностранных дел и реализуют их в ходе своей повседневной практической деятельности. Исключительно важная роль Комитета постоянных представителей в подготовке решений Совета, что подтверждается самими учредительными договорами. Существование и функциональное назначенного Комитета получили закрепление в Маастрихтском, а затем и Амстердамском договорах.
В соответствии с пересмотренной ст. 151 Договора о ЕС устанавливаются состав и функциональное назначение Комитета. Одновременно в той же статье в редакции Амстердамского договора предусматривается, что помощь Совету оказывает Генеральный секретарь Совета, который получил статус Верховного представителя по вопросам внешней политики и политики безопасности. Ему помогает заместитель Генерального секретаря, на которого возложено руководство аппаратом генерального секретариата. Генеральный секретарь и его заместитель назначаются на основе принципа единогласия самим Советом.
В рамках второй и третьей опор Союза созданы еще два весьма важных органа, которые играют существенную роль в подготовке и реализации решений Совета. Это, во-первых, Политический комитет, который состоит из руководителей политических департаментов министерств иностранных дел государств-членов и в ведении которого находится рассмотрение вопросов общей внешней политики и политики безопасности, а равно осуществление контроля за реализацией этой политики. Второй, схожий с ним комитет, образован в рамках третьей опоры. Этот комитет объединяет высших должностных лиц, занимающихся вопросами борьбы с преступностью и обеспечением сотрудничества судебных органов.