Уполномоченные прокуроры на осуществление прокурорского надзора за исполнением законов в сфере оперативно-розыскной деятельности определяются приказами соответствующих руководителей прокуратур. Копия приказа с перечнем уполномоченных прокуроров и лиц, ответственных за сведение делопроизводства по документам оперативно-розыскной деятельности, или выписка из него направляется для сведения руководителям органов, осуществляющих оперативно-розыскную деятельность.
Для осуществления прокурорского надзора в сфере оперативно-розыскной деятельности уполномоченные прокуроры должны иметь для работы с документами допуск, оформленный в соответствии с положениями Инструкции «О порядке допуска должностных лиц и граждан РФ к государственной тайне», утв. Постановлением Правительства РФ от 28 октября 1995 г. № 1050.
В органах прокуратуры должно быть налажено надлежащее делопроизводство по документам оперативно-розыскной деятельности, содержащим секретные сведения, которое исключало бы утрату или разглашение этих сведений. За умышленное разглашение содержания данных сведений или их утрату предусмотрена уголовная ответственность (ст. ст. 283, 284 УК РФ).
Заключительным этапом организации прокурорского надзора является оформление его результатов в отчете, который состоит из двух разделов (проверка оперативно-розыскных материалов и рассмотрение жалоб на действия органов, осуществляющих оперативно-розыскную деятельность), заполняется по правилам секретного делопроизводства и дважды в год (за первое полугодие и год) представляется в вышестоящую прокуратуру.
Прокуроры — руководители прокуратур несут персональную ответственность за организацию прокурорского надзора. Уполномоченные прокуроры несут персональную ответственность за несоблюдение установленных ограничений по ознакомлению со сведениями, составляющими государственную тайну.