Федеративный договор подписали 87 субъектов (все, за исключением Татарстана и Чечни), что бросало вызов территориальному единству России. Они провозгласили себя полностью независимыми государствами, не входящими в состав федерации. Кроме Федеративного договора, многими республиками были подписаны договоры, оговаривающие в приложениях дополнительные полномочия.[15] Федеративный договор лишь приостановил нарастание открытого всеобщего конфликта и перевел его на очень короткое время в локальные формы, отражая хрупкий и изменчивый баланс сил.
Третий этап (с марта 1992 г. по декабрь 1993 г.) - период от подписания Федеративного договора до принятия Конституции РФ. Ослабление централизованного контроля над субъектами федерации не могло не стимулировать их дальнейших усилий по занятию более высокой статусной позиции. С весны 1992 г. по декабрь 1993 г. свои новые основные законы принимают шесть республик РФ (Башкортостан, Калмыкия, Татарстан, Тыва, Чечня, Якутия). В этих республиках этноэлитам удалось на сессиях Верховных Советов республик провести решения о верховенстве своих конституций над российской, а также закрепить право на выход из федерации. В Башкортостане, Татарстане, Тыве, Чечне, Якутии принимается право самостоятельно определять всю внутреннюю и внешнюю политику.
Многие субъекты федерации отказывались перечислять средства в федеральный бюджет, требуя особого режима налогообложения или дополнительных федеральных субсидий. Предпринимались попытки руководства некоторых субъектов федерации добиться повышения своего статуса через Конституционный Суд и даже незаконным путем, как это случилось, когда Глава администрации Свердловской области заявил об образовании Уральской Республики. Хотя в отличие от республик области не использовали в своем движении за самостоятельность и независимость от центра национальные лозунги, опасность дезинтеграции России была очевидной. Попытка распространять на республики действие института представителей Президента встретила жесткое сопротивление.
Четвертый этап (с декабря 1993 г. по февраль 1994 г.) - период от принятия Конституции РФ до подписания договора с Республикой Татарстан. Федеративное устройство в этот момент занимало особое место среди конституционных проблем, ставших предметом противоборства различных политических сил. На смену договорной модели федерации вновь приходит конституционная. Принятие в декабре 1993 г. Конституции РФ ознаменовало качественно новый этап в развитии конституционно-правового процесса в России в целом и ее субъектах.
В тексте Основного Закона примерно треть статей посвящена описанию норм российского федерализма. Российская Федерация определяется как демократическое, федеративное,правовое государство с республиканской формой правления; суверенитет Российской Федерации распространяется на всю ее территорию; субъекты РФ равноправны; государство строится по национально-территориальному и территориальному принципу; создана «палата субъектов» - Совет Федерации и др. Конституцией осуществляется регулирование федеративных отношений путем установления системы федеральных органов законодательной, исполнительной и судебной власти, порядка их организации и деятельности, формирования федеральных органов государственной власти.
Конституция РФ заложила основу политико-правового регулирования федеративных отношений. Одновременно Основной Закон стал фундаментом для разработки этой проблемы в специальных, сосредоточенных на решении данного комплекса проблем, документах управленческого характера. В дальнейшем свое юридическое оформление российский федерализм получил в федеральных законах, указах Президента РФ, договорах между органами государственной власти РФ и ее субъектов, законах субъектов федерации, а также нормативных актах и инструкциях федеральных органов власти о деятельности их подразделений в субъектах федерации и некоторых других документах.
Пятый этап (с февраля 1994 г. по май 2000 г.) - период заключения договоров между центром и субъектами РФ. В России складывается конституционно-договорная модель федерализма, когда некоторые субъекты федерации выстраивают свои отношения с федеральным центром не только на основе Конституции РФ, но и при помощи заключенных с ним договоров, зачастую во многом не соответствующих действующей Конституции. Первым подобным документом стал договор РФ и Республики Татарстан «О разграничении предметов ведения и взаимном делегировании полномочий между органами государственной власти РФ и органами государственной власти Республики Татарстан».[16] В результате принцип равенства оказался нарушен и российская модель федерации принимает иную форму: все субъекты равны, но одним позволено больше, нежели другим. Кроме того, конституции и другие нормативные документы, принимаемые субъектами, во многом не соответствовали федеральным законодательным актам. На фоне углубляющегося экономического кризиса росло стремление субъектов отдалиться от экономической политики центра. Дезинтеграции способствовали также борьба за собственность и право распоряжаться ресурсами. В частности, предметом самого активного торга между центром и субъектами стали вопросы собственности на производимую и добываемую продукцию.
С января 1996 г. договорный процесс вступил в новую фазу. Интенсивность его ведения приобретала нарастающий характер. Субъекты федерации считали свои правомочия выше Конституции РФ, которая не действовала в полном объеме, что ставило вопрос о суверенитете российского государства. В этот период было заключено около 50 договоров, подписано от 5 до 15 соглашений к каждому. Сложившиеся договорные отношения между федеральным центром и субъектами федерации носили неоднозначный характер. С одной стороны, они создавали предпосылки для разрешения многих проблем, которые тормозили развитие федеративных отношений, с другой - они, создавая асимметрию в рамках РФ, разрушали основы государственности страны и трансформировали ее в конфедерацию.
В. Р. Филиппов, оценивая договорный процесс, ставший российской реальностью в 1990-е гг., отмечает, что «не затухающая в течение ряда лет полемика по поводу конституционно-статусных различий субъектов РФ обусловлена во многом этнической природой федеративного устройства. Именно этнополитические катаклизмы 90-х годов привели к появлению новой (договорной) детерминанты асимметрии отечественной модели федеративных отношений. Теперь равноправные субъекты различаются не только в силу различного конституционного статуса. Субъекты даже с единым статусом разнятся между собой в правах и полномочиях и силу договорной практики».[17]
Это отразилось на взаимодействии участников федеративных отношений в России. Конфликтогенность этих отношений все больше возрастала, и было очевидно, что российский федерализм в том его виде не был способен предотвратить дальнейшее обострение конфликтов между центром и субъектами федерации. Необходимо было предпринимать меры по изменению положения вещей.
Шестой этап (с мая 2000 г. по август 2004 г.) - централизация и упорядочение федеративных отношений. На этом этапе созданы семь федеральных округов с введением в них института полномочных представителей Президента РФ. Эта мера внесла изменения в структуру территориального управления страной. Между представителями властных структур федерального и регионального уровней появилось еще одно назначаемое управленческое звено. Возможность создания подобных территориальных структур не оговорена ни в Конституции, ни в федеральных законах. Тот факт, что границы федеральных округов не совпадают с границами экономического взаимодействия субъектов РФ, по мнению некоторых исследователей, должен обеспечить независимость полномочных представителей Президента в этих округах от региональных элит и подчеркнуть принципиальную новизну созданного управленческого звена.
Полпреды и федеральные округа, как определенные структуры предназначались на роль «важных элементов вертикали власти» и «инструментов усиления властной конструкции».[18] В настоящее время функции полпредов в федеральных округах можно свести к трем основным: надзорно-контрольная, организационная и посредническая.
Второй шаг на пути реформирования российской государственности был связан с изменением порядка формирования Совета Федерации Федерального Собрания РФ, что стало одним из наиболее существенных моментов федеративной реформы. Президентом РФ В. В. Путиным подписан Федеральный закон от 5 августа 2000 г. 113-Ф3[19] «О порядке формирования Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации», в соответствии с которым членами Совета Федерации становятся представители законодательного и исполнительного органов власти субъекта РФ. Представитель от законодательного органа избирается законодательным органом региона на срок полномочий этого органа, а представитель от исполнительного органа государственной власти субъекта РФ назначается главой региона на срок его полномочий. Таким образом, в результате реформы из состава Совета Федерации были выведены региональные лидеры и заменены представителями законодательной и исполнительной власти субъектов.[20] Эта мера входила в состав инициатив В. В. Путина, отражающих линию, связанную с укреплением вертикали власти, а в более широком плане - с укреплением государства.