Президент вносит законопроекты в Государственную Думу, т.е. обладает правом законодательной инициативы; наделен полномочиями обращаться в Конституционный Суд с запросами о соответствии Конституции РФ предусмотренных в ст. 125 нормативных актов, о толковании Конституции. Президент имеет право, наряду с другими субъектами, указанными в ст. 134 Конституции, вносить предложения о поправках и пересмотре положений Конституции.
Для определения порядка реализации права законодательной инициативы Президента и его участия в законотворческом процессе при принятии федеральных законов Указом Президента от 13 апреля 1996 г. утверждено Положение о порядке взаимодействия Президента Российской Федерации с палатами Федерального Собрания Российской Федерации в законотворческом процессе (с изменениями и дополнениями). В названном Положении определены задачи Администрации Президента, ее структурных подразделений, задачи полномочных представителей Президента в палатах Федерального Собрания по разработке проектов законов, предполагаемых Президентом к внесению в Государственную Думу, по представлению законопроектов на заседаниях палат; по обоснованию позиции Президента при отклонении им федеральных законов; по обоснованию кандидатур, вносимых Президентом на соответствующие, предусмотренные Конституцией должности, и проч.
Президент назначает также своего полномочного представителя в Конституционном Суде Российской Федерации, Положение об обеспечении деятельности которого утверждено Указом от 31 декабря 1996 г. .
3. Наибольший объем полномочий закреплен за Президентом в сфере, связанной не только с формированием, но и с деятельностью исполнительной власти.
Президент по Конституции не является главой исполнительной власти. Поэтому действовавшая ранее конституционная норма о том, что Президент «руководит деятельностью Совета Министров», не воспринята в Конституции 1993 г. Однако специфика полномочий Президента и Правительства, связь и соотношение этих полномочий таковы, что делают неизбежными достаточно активные каналы влияния Президента на деятельность Правительства. Кроме решения вопросов о составе Правительства, Президент имеет право председательствовать на его заседаниях, принимает решения об отставке Правительства. Постановления и распоряжения последнего в установленных Конституцией случаях могут быть отменены Президентом. Перед вновь избранным Президентом Правительство слагает свои полномочия.
В соответствии с ч. 1 ст. 112 Конституции Председатель Правительства после своего назначения представляет Президенту предложения о структуре федеральных органов исполнительной власти, т.е. их перечне. Длительное время в советской России перечень министерств и государственных комитетов закреплялся непосредственно в Конституции РСФСР. Затем он был из Конституции устранен и закреплялся в Законе РСФСР «О Совете Министров РСФСР». В настоящее время законодательно перечень федеральных исполнительных органов не устанавливается. Установление системы и структуры названных органов отнесено к полномочиям Президента. Под системой понимается определение видов этих органов. Так, Указом от 14 августа 1996 г. «О системе федеральных органов исполнительной власти» (с изменениями и дополнениями, внесенными Указами от 22 августа и 6 сентября 1996 г.) установлено, что в эту систему входят министерства, государственные комитеты, федеральные комиссии, федеральные службы, российские агентства, федеральные надзоры, а также Управление делами Президента.
Федеральные органы исполнительной власти создаются только с такими наименованиями и статусом, которые предусмотрены настоящим Указом.
Президент определяет не только систему, но и структуру федеральных органов исполнительной власти, т.е. устанавливает конкретный их перечень. Эта структура утверждается каждым новым Президентом при решении вопроса о формировании Правительства. В указе о структуре федеральных органов исполнительной власти определяются те изменения, которые вносятся в структуру этих органов, т.е. устанавливается, какие органы упраздняются, каким органам передаются их полномочия, какое наименование придается органам, каково число заместителей Председателя Правительства. Этим же указом фиксируется конкретный перечень действующих Министерств, Государственных комитетов, федеральных комиссий, федеральных служб и других органов. Последний Указ такого рода был принят Президентом 17 мая 2000 г. (в редакции от 1 декабря 2000г.).
Президент в соответствии с Конституцией, федеральными конституционными законами, федеральными законами руководит деятельностью целого ряда федеральных органов исполнительной власти. Среди них: МВД, МЧС, МИД, Министерство обороны, Министерство юстиции, а также федеральные службы: фельдъегерская; разведки; железнодорожных войск; безопасности; налоговой полиции; охраны; пограничная; специального строительства и некоторые иные органы: Управление делами Президента; Комитет Российской Федерации по военно-техническому сотрудничеству с иностранными государствами; Главное управление специальных программ Президента, Государственная техническая комиссия при Президенте . Президент утверждает по представлению Председателя Правительства положения о них и назначает их руководителей, а также осуществляет иные полномочия как Верховный Главнокомандующий Вооруженными Силами Российской Федерации и Председатель Совета Безопасности. Правительство координирует деятельность названных органов.
4. Президент как глава государства совместно с Правительством обеспечивает в соответствии с Конституцией РФ осуществление полномочий федеральной государственной власти на всей территории Российской Федерации (ч. 4 ст. 78 Конституции РФ).
В реализации этих функций Президента важное значение имеет такой орган, как Государственный Совет Российской Федерации, а также институт полномочных представителей Президента в федеральных округах.
Государственный Совет Российской Федерации был образован в связи с изменением порядка формирования Совета Федерации Федерального Собрания Российской Федерации с тем, чтобы обеспечить участие глав исполнительной власти, высших должностных лиц субъектов Федерации, переставших быть членами Совета Федерации, в решении важных вопросов государственной жизни, обеспечить наиболее эффективный учет интересов и потребностей субъектов Федерации.
Указом Президента от 1 сентября 2000 г. было утверждено Положение о Государственном Совете Российской Федерации . По своему статусу Государственный Совет является совещательным органом, содействующим реализации полномочий Президента по вопросам обеспечения согласованного функционирования и взаимодействия органов государственной власти. На его заседаниях обсуждаются проблемы, имеющие особое государственное значение, касающиеся взаимоотношений Федерации и ее субъектов, важнейших вопросов государственного строительства, укрепления основ федерализма. По результатам обсуждения вносятся предложения Президенту. По предложению Президента Совет рассматривает проекты Указов, имеющих общегосударственное значение, вопросы исполнения Конституции РФ, федеральных законов, Указов. Совет оказывает содействие Президенту в использовании согласительных процедур, рассматривает проект федерального бюджета.
В состав Государственного Совета входят Председатель и члены - на общественных началах. Председателем Совета является Президент, членами - по должностям высшие должностные лица (руководители высших исполнительных органов государственной власти) субъектов Федерации.
Для решения оперативных вопросов формируется Президиум Государственного Совета из семи его членов. Его состав определяется Президентом, причем ротация состава осуществляется один раз в полгода. Учреждена и должность Секретаря Государственного Совета. На общественных началах им является один из заместителей руководителя Администрации Президента. Секретарь не входит в состав Государственного Совета. Решения Совета осуществляются путем достижения консенсуса в ходе обсуждения. По решению Председателя может проводиться голосование.
В обеспечении Президентом осуществления его полномочий на всей территории Российской Федерации ответственная роль принадлежит полномочным представителям Президента в федеральных округах.
Институт полномочных представителей за все время функционирования в России Президента претерпел определенные изменения. Первоначально была учреждена должность полномочного представителя в субъекте Российской Федерации. Затем она была преобразована в полномочного представителя в регионе (охватывающем несколько субъектов). Указом Президента от 13 мая 2000 г. было произведено изменение и учрежден институт полномочного представителя Президента в федеральном округе . Этим Указом было утверждено Положение о полномочном представителе Президента в федеральном округе.
Необходимость указанного преобразования была вызвана потребностями создания лучших условий для реализации Президентом своих конституционных полномочий, повышения эффективности деятельности федеральных органов государственной власти и контроля за исполнением их решений.
Образовано семь федеральных округов: Центральный, Северо-Западный, Южный, Приволжский, Уральский, Сибирский, Дальневосточный.
Полномочный представитель назначается и освобождается Президентом, ему подчинен. По своему статусу представитель является должностным лицом, представляющим Президента в федеральном округе, обеспечивающим в нем его полномочия. Полномочный представитель и его заместители - федеральные государственные служащие, входят в состав Администрации Президента. Заместители назначаются и освобождаются Руководителем Администрации.