Однако данной линии не было суждено реализоваться полностью. События, последовавшие после реформы 1922—1924 гг., для органов юстиции тоже характеризовались, как отмечено выше, насаждением административно-командных приемов и методов реализации их функций. Это проявилось, например, в том, что Наркомюст РСФСР шаг за шагом становился учреждением, в котором вновь оказалась сосредоточенной вся работа не по общему, а прямому и вседневному руководству судами. Более того, 30 января 1928 г. было принято Постановление ВЦИК и СНК РСФСР, предусмотревшее, что Народному комиссару юстиции Республики непосредственно подчиняются в качестве заместителей как Прокурор РСФСР, так и Председатель Верховного Суда РСФСР. Еще более четко такая линиявыразилась в Положении о Народном комиссариате юстиции РСФСР, утвержденном 26 ноября 1929 г. 2-й сессией ВЦИК XIV созыва, где было записано, что Верховный Суд РСФСР входит в состав аппарата Наркомюста РСФСР.
По Положению о Наркомате юстиции СССР, утвержденному постановлением ЦИК и СНК СССР от 8 декабря 1936 г., он и его местные органы (наркоматы юстиции союзных и автономных республик, а также крайоблгорюсты) наделялись чрезмерно широкими полномочиями в отношении судов. В частности, могли давать им указания в целях обеспечения правильности и единообразия судебной практики, руководить выборами судей, ревизовать всю их деятельность, давать обязательные указания по вопросам применения закона и т.п. И культивировалась такая линия по отношению к судам вопреки официальному декларированию принципа независимости судей и подчиненияих только закону, который был сформулирован даже на конституционном уровне — в Конституции СССР 1936 г.
Такое построение взаимоотношений судов и органов юстиции было явно противоестественным. В течение длительного времени оно подвергалось заслуженной критике и послужило одним из поводов для упразднения в 1956—1963 гг. Министерства юстиции СССР и его органов на территории всей страны. Данная акция, очень похожая на "выплескивание из тазика вместе с водой и ребенка", внешне эффектно и радикально покончила с одним из источников незаконного воздействия на отправление правосудия и перманентного недовольства судей тем, чтоими "командуют" органы юстиции и мешаютим быть независимыми и объективными при принятии решений по конкретным делам.
Последующие события показали, что это было явно волюнтаристское решение, не учитывавшее объем и степень важности всей работы, выполнявшейся органами юстиции в сфере создания условий, необходимых судам дляих нормальной деятельности. Функции этих органов передали Верховным судам союзных и автономных республик, краевым, областным и приравненным к ним судам (вопросы руководства судами и нотариатом), местным Советам (общее руководство адвокатурой, материально-техническое обеспечение судов, подбор кадров судебных и других работников и т.д.). Для прошения работ в области совершенствования законодательства, его систематизации и кодификации были созданы соответственно Юридическая комиссия при Совете Министров СССР и юридические комиссии при Советах Министров союзных республик, в том числе при Совете Министров РСФСР.
Такое решение проблемы привело к ряду отрицательных последствий для судов. Оно лишило суды того существенного содействия их деятельности, которое оказывалось органами юстиции (например, материально-технического, ресурсного, кадрового, организационного и т.п. обеспечения). Уже вскоре стало совершенно очевидно, что правоохранительная система, и в первую очередь суды, не в состоянии функционировать нормально без органов юстиции.
Суды, основное и единственное назначение которых — осуществление полномочий судебной власти, были не в состоянии делать значительную часть того, что ранее делалось органами юстиции. Сверх того они начали в еще большей мере утрачивать свою независимость, ибо им (в первую очередь руководителям судов) пришлось в роли "просителей" вступать в тесные контакты прежде всего с центральными или местными исполнительными органами, соответствующими должностными лицами "в поисках" надлежащего финансирования, подходящих помещений для судов,их строительства или ремонта, решения бытовых проблем судейи их семей, обеспечения транспортом, связью и т.д.
Поэтому семь лет спустя после упразднения органов юстиции состоялось решение оих восстановлении на всех уровнях. В августе 1970 г. в связи с рассмотрением мер по дальнейшему улучшению работы судов и других правоохранительных органов было признано целесообразным вновь учредить Министерство юстиции СССР, министерства юстиции союзных и автономных республик, систему их учреждений на местах. 30 августа 1970 г. Президиум Верховного Совета СССР издал соответствующий Указ, положивший начало воссозданию этих органов. В Российской Федерации полностью структура и функции Министерства юстиции оформились к середине 1972 г., после принятия Советом Министров РСФСР (Постановление от 21 июня 1972 г.) Положения о Министерстве юстиции РСФСР.
Во всех актах, возрождавших органы юстиции, с учетом ошибок прошлого, подчеркивалось, что эти органы ни в коем случае не должны действовать в ущерб независимости судов и подчинению их только закону.
Однако и этот благой порыв не был осуществлен полностью. За органами юстиции сохранялось, хотя и в ограниченных пределах, право производить проверку деятельности судов. Например, в п. 3 ч. 4 ст.19 Закона о судоустройстве отмечалось, что Министерство юстиции РСФСР и его органы могут проверять "организацию работы" судов. На практике реализация данного положения выражалась в совершении органами юстиции действий, наносивших ущерб независимости судов, — под видом проверки организации работы ревизовалась вся деятельность судов со всеми вытекающими из этого последствиями.
В ноябре 1989 г. при принятии Основ законодательства Союза ССР и союзных республик о судоустройстве (см. ст. 22) произошел отказ от предоставления органам юстиции возможности производить подкаким бы то ни было предлогом проверки деятельности судов. В этом законе вместо термина "организационное руководствосудами" был использован другой — "организационноеобеспечение деятельности судов". Тем самым было подчеркнуто, что органы юстиции во взаимоотношениях с судами должны ориентироваться не на руководство (командование), а на оказание содействия им. Подобной ориентации придерживался принятый почти три года спустя (в июне 1992 г.) Закон о статусе судей (см. ч. 3 ст. 9).
После возрождения в 1970 г. Министерство юстиции РФ и его органы сделали немало полезного для судов общей юрисдикции. В частности, можно было бы, не умаляя ни в коей мере усилия в данной области руководителей судов разных уровней, напомнить о большом вкладе органов юстиции в формирование судейского корпуса людьми, способными достойно олицетворять судебную власть. Уместно также напомнить о предпринимавшихся органами юстиции совсем недавно усилиях по улучшению обеспеченности судов помещениями, оснащениюих современной оргтехникой, расширению штатов, подготовке и повышению квалификации кадров судебных работников и т. д. Широко известны также многочисленные и активно использовавшиеся судьями и сотрудниками аппаратов судов нормативные акты Министерства юстиции РФ по вопросам организации работы в судах (к примеру, инструкции по делопроизводству в судах, по приемке, учету и хранению вещественных доказательств, о статистической отчетности судов, об учете и систематизации законодательства и иных правовых актов, нужных для успешной деятельности судов, а также руководства и рекомендации по вопросам доставления списков присяжных заседателей, хранения судебных документов, по ряду других организационных вопросов).
Вместе с тем все сделанное органами юстиции для организационного обеспечения судов общей юрисдикции не положило конец длившемуся многие годы антагонизму между судами (судьями) и этими органами,их должностными лицами. В первой половине 90-х гг. он вновь обострился. Одной из основных причин послужили широко известные трудности с финансированием судов, а вместе с этим и своевременной выплатой заработной платы судьям и работникам аппаратов судов. Получило широкое распространение мнение, что эти трудности — результат бездействия или неумелых действий органов юстиции и их работников, в первую очередь Министра юстиции РФ. Об этом прямо заявлено в Постановлении Президиума Совета судей Российской Федерации от 20 июня 1996 г.
По логике сторонников данного мнения единственный путь к преодолению таких трудностей — передача функции организационного обеспечения судов общей юрисдикции "из рук" органов юстиции какому-то другому органу, который подчинялся бы не Правительству РФ, а Верховному Суду РФ, поскольку он стоитна вершине пирамиды судов общей юрисдикции, попавших в трудное положение.
В такой обстановке и состоялось принятие 31 декабря 1986 г. Закона о судебной системе, предусмотревшего образование нового для российской практики органа — Судебного департамента при Верховном Суде РФ, а 8 января 1998 г. — специального закона об этом департаменте.