Полномочия прокурора в данной отрасли установлены уголовно-процессуальным законодательством и другими законодательными актами. Так ст. 211 УПК выделяет следующие основные прокурорские полномочия: проверку уголовных дел, материалов и иных сведений о совершенных преступлениях; отмену незаконных и необоснованных постановлений следователей и лиц, производящих дознание; дачу письменных указаний о расследовании преступлений; санкционирование производства некоторых следственных действий; продление срока расследования и содержания под стражей в качестве меры пресечения; возвращение уголовных дел для дополнительного расследования; изъятие дела от органа дознания и передачу его следователю, передачу дела от одного следователя другому, возбуждение уголовных дел,их приостановление и прекращение и т.д.
С данной отраслью надзора близко соприкасается такое направление деятельности прокурора,как расследование преступлений. Прокурору предоставлено право участвовать в производстве дознания и предварительного следствия, в необходимых случаях лично производить отдельные следственные действия, а также, возбудив дело или изъяв его у органа дознания или следователя, расследовать его самостоятельно в полном объеме. Прокурор вправе принять к своему производству или поручить подчиненному, ему прокурору либо следователю расследование любого преступления.
Надзор за исполнением законов администрациями органов и учреждений, исполняющих наказание и назначаемые судом меры принудительного характера, администрациями мест содержания задержанных и заключенных под стражу — четвертая отрасль прокурорского надзора. Ее предметом является законность нахождения в местах содержания задержанных (изоляторах временного содержания — ИВС), предварительного заключения (следственных изоляторах — СИЗО), исправительных учреждениях, исполняющих наказания по приговорам судов (тюрьмы, колонии и др.), а также учреждениях, исполняющих решения о принудительных мерах воспитательного и медицинского характера и т.д. В местах лишения свободы прокуратура надзирает за установленным уголовно-исполнительным законодательством порядком и условиями содержания лиц в перечисленных выше учреждениях.
Полномочия прокурора в этой отрасли во многом сходны с полномочиями в отрасли общего надзора. Прокурор вправе в любое время посещать поднадзорные учреждения, опрашивать содержащихся вних лиц, знакомиться со всеми документами и материалами, проверять соответствие закону приказов и распоряжений администрации мест лишения свободы, в случае необходимости — опротестовать их.
Прокурору также дано право требовать от администрации создания условий, обеспечивающих права задержанных, заключенных под стражу, осужденных и лиц, подвергнутых мерам принудительного характера, проверять соответствие законодательству приказов, распоряжений, постановлений администрации ИВС, СИЗО, колонии, тюрем и других учреждений подобного рода, получать объяснения соответствующих должностных лиц, вносить протесты и представления, которые обязательно подлежат рассмотрению теми, кому адресованы, возбуждать уголовные дела или производства об административных правонарушениях. До рассмотрения протеста надлежащим должностным лицом действие опротестованного акта администрации названных учреждений приостанавливается. Прокурор может отменить незаконное дисциплинарное взыскание, наложенное на лицо, отбывающее наказание, немедленно освободить его своим постановлением из штрафного изолятора, помещения камерного типа, карцера, дисциплинарного изолятора. Если обнаруживается, что лицо содержится под стражей без законного основания, то он своим постановлением немедленно освобождает его из-под стражи.
С момента принятия Закона о прокуратуре 1995 г, потеряло значение отрасли Надзора и стало считаться особым направлением деятельности прокуратуры участие прокурора в рассмотрении дел судами. Это связано с последовательным проведением в жизнь разделения властей и с тем, что органы, осуществляющие судебную власть, самостоятельны и в своей деятельности не поднадзорны никаким другим органам государства.
Следует подчеркнуть, что суд и прокуратура при рассмотрении и разрешении уголовных и гражданских дел руководствуются сходными задачами: вынесение законного и обоснованного приговора или решения, обеспечение прав и законных интересов участников судебного разбирательства. Всей своей деятельностью в суде прокурор способствует выполнению этих задач, но осуществляет он это в соответствии с принципом состязательности, особыми методами.
Прокурор считается участником судебного разбирательства, но в силу специфики своей деятельности он, прежде всего, способствует выполнению требований закона о всестороннем, полном, объективном своевременном разбирательстве дела.
В уголовном процессе прокурор выступает в суде в качестве государственного обвинителя. Он принимает участие в допросах подсудимого, потерпевшего, свидетелей, в исследовании заключений экспертов и вещественных доказательств. Он участвует в судебных прениях по уголовному делу, выступая с обвинительной речью, в которой анализирует исследованные доказательства, высказывает предложения по вопросам, которые суд будет обсуждать и решать в совещательной комнате при вынесении приговора. Объективность и независимость прокурора в суде подчеркивает установленная законом возможность для прокурора отказаться от поддержания государственного обвинения.
После постановления судом приговора прокурор обязан принять в установленном законом порядке меры по исправлению ошибок, если они были допущены. Для этого он наделен определенными полномочиями, независимо от того, вступил или не вступил приговор суда в законную силу. Кроме того, прокурор должен проверить своевременность обращения приговора к исполнению.
Участвуя в судебном разбирательстве гражданских дел, прокурор способствует строгому соблюдению материального законодательства и норм гражданского судопроизводства. Для этого он наделен рядом полномочий, которые специфичны именно для него: правом обратиться в суд с заявлением в защиту прав и интересов других лиц; вступить в дело в любой стадии процесса; давать заключения с точки зрения закона по существу рассматриваемого дела; знакомиться с материалами гражданского дела, даже если он не участвовал в процессе, и т.д. Обязательность участия прокурора в суде по гражданским делам определяется его усмотрением и приказами Генерального прокурора РФ.
Важнейшим полномочием прокурора, которым он обладает вне зависимости от того, участвовал он или не участвовал в рассмотрении конкретного уголовногоили гражданского дела, является принесение протеста на незаконное или необоснованное решение суда. Протесты прокурора подразделяются на кассационные, протесты в порядке надзора и частные. Прокурорили его заместитель в пределах своей компетенции вправе приносить в вышестоящий суд кассационный или частный протест на незаконное или необоснованное судебное решение. При этом помощник прокурора, прокурор управления или отдела могут приносить протест только по делу, в рассмотрении которого они участвовали.
Если приговор, решение, определение или постановление суда вступили в законную силу, все равно прокурор в пределах своей компетенции вправе истребовать из суда любое такое дело или категорию дел. Обнаружив, что истребованное судебное решение является незаконнымили необоснованным, прокурор (начиная с прокурора края, области и приравненных кним прокуроров) приносит протест в порядке судебного надзора или обращается с представлением к вышестоящему прокурору. Протест на перечисленные судебные решения может быть отозван прокурором, принесшим его, до начала рассмотрения его судом. В дальнейшем, при рассмотрении дела по протесту прокурора, он принимает участие в его разбирательстве.
10 февраля 1999 г. в ст. 1 Закона о прокуратуре было добавлено еще одно направление прокурорского надзора, находящееся в прямой связи с предыдущим, — надзор за исполнением законов судебными приставами. Это объясняется крайне благополучным положением, сложившимся с исполнением судебных решений, поскольку многие изних оставались неисполненными. Принятие законов об исполнительном производстве и о судебных приставах явилось базой для появления нового направления надзорной деятельности.
Наконец, важное направление прокурорской деятельности — координация работы правоохранительных органов по борьбе с преступностью. Это направление напрямую связано с резким ростом преступности в стране и необходимостью усилить борьбу с ней. Органы прокуратуры совместно с другими правоохранительными органами изучают современную динамику, состояние и причины преступности, разрабатывают и проводят согласованные мероприятия по предупреждению и раскрытию преступлений. У прокуратуры появилась возможность влиять на формирование следственной практики, независимо от ведомственной подчиненности органов дознания и предварительного следствия, обращая особое внимание на борьбу с организованной преступностью.
Указом Президента РФ от 18 апреля 1996 г. "О координации деятельности правоохранительных органов по борьбе с преступностью" утверждено упоминавшееся выше Положение о координации деятельности правоохранительных органов по борьбе с преступностью. Координация данной деятельности возложена непосредственно на Генерального прокурора РФ, прокуроров субъектов Российской Федерации, городов, других территориальных прокуроров, а также в приравненных к ним военных и иных специализированных прокуроров. Положение еще раз подтвердило, что координация деятельности органов внутренних дел, органов федеральной службы безопасности, федеральных органов налоговой полиции и других правоохранительных органов осуществляется в целях повышения эффективности борьбы с преступностью путем разработки и осуществления этими органами согласованных действий по своевременному выявлению, раскрытию, пресечению и предупреждению преступлений, устранению причин и условий, способствующих их совершению.