Всего в той операции 3-4 октября 1993го года, американцы потеряли 18 человек погибшими и 73 ранеными, а одного пленным (позднее обмененный). Погиб также малайзийский военнослужащий а 7 малайзийцев и пакистанцев было ранено.
Милиция генерала Айдида потеряла до полутысячи убитыми, с тем что часть из них составили гражданские лица, жившие в этих кварталах.
Собственно говоря данная операция послужила основой для голливудского фильма «Black Hawk down», но так как в данном случае сюжет был лишь относительно основан на реальных фактов, то можно было их описать еще раз. В результате президент США Билл Клинтон дал приказ тогдашнему председателю Комитета начальников штабов Дэвиду Джеремии остановить все операции. Затем Клинтон провозгласил что американские войска не позднее 31 марта 1994го года покидают Сомали. Министр обороны США Лес Аспин 15 декабря подал в отставку.В Сомали осталось лишь около тысячи американского военного и гражданского персонала под защитой миротворческих сил ООН,с тем что авиация ВВС и ВМС США продолжали миротворцам оказывать подержку.Для обеспечения полной эвакуации американцев в Могадишо был послан батальон 24ой пехотной дивизии армии США и к марту 1994го года американцы из Сомали полностью эвакуировались.
Немаловажную роль сыграла и пропаганда правозащитных организаций. Хотя в стране царила анархия, и в год гибло несколько тысяч человек, а еще больше умирало от голода, правозащитники из африканского представительства «Human right watch», острие обвинений направили против миротворческих войск ООН.
Когда же в марте 1995 года силы UNITAF из Сомали были полностью выведенны и страна погрузилась в еще большую анархию, интерес правозащитников к событиям в ней угас.
В результате во внешней политике США произошли большие перемены так что до войны в Афганистане 2001 года американская армия боевых наземных операций больше не проводила.
Гражданская война в Сомали с уходом миротворцев ООН еще больше разгорелась. 17 сентября силы генерала Айдида начали наступление на юго-восток Сомали, захватив город Худдур а затем и Байдоу. Местное правительство бежало, но 13 октября 1995 году в Джафе, под Байдоу была созданна Rahanweyn Resistance Army во главе с полковником Хассаном Мухамедом Нуром Шатигадудом начавшее боевые действия против войск Айдида. В начале 1996 года начались бои за Худдур.
После смерти Айдида, убитого в Могадишо в июне 1996 года, его наследовал его сын и Хассан Мухамед Нур Шатигадуд отказался с ним вести переговоры. В октябре 1998 года силы Rahanweyn Resistance Army, взяли Худдур, а в ноябре Байдоу. Для защиты от нападений милиции Айдида силы Rahanweyn Resistance Army часто использовали установку минных полей.
В 1998 часть Сомали граничащая с Сомалилендом и находящаяся на острие Рога, также провозгласила свою автономию (фактически независимость в отношении к Сомали) как государство Пунтленд. Пунтленд был образован усилиями клана Харти на северо-востоке Сомали и во его главе встал майор Абдулах Юсуф Ахмед, заместитель главы движения Somali Salvation Democratic Front, возвратившийся из эмиграции в Эфиопии. В 2001 году между ним и групировкой Джама Али Джама началась гражданская война, в которой Абдулах Юсуф Ахмед победил. Однако ему в пришлось согласиться на проведение в октябре 2004 года президентских выборов, на которых победил Мухамед Абди Хаши. Последнего же в январе 2005 сменил парламент, избравший на его место генерала Мухамеда Мусе Херси.
В 2004 году побережье Сомали оказалось под ударами цунами, а затем в стране начались проливные дожди. В итоге страна оказавшаяся в хаосе, стала возвращатся к своим традиционным ценостям, в первую очередь к исламу.
В Сомали ислам глубоко укоренен в обществе, но что типично для исламских народов, он переплетен с национальными обычаями, что породило своеобразный сомалийский ислам. Так как никакое политическое движение без финансовой подержки невозможно, то прибывавшие в Сомали арабские проповедники как раз в данном «национально-племеном» влиянии усмотрели препятствие, и так же как в других регионах мира (Афганистан, Чечня, Босния, Косово) повели с ним борьбу.
Тем самым движение исламского фундаментализма здесь, так же как и в Афганистане, Боснии и на Северном Kавказе означает возврат к чистому исламу, времен пророков.
Сам исламский фундаментализм в Сомали появился в 60ых годах в лице организаций Вахда эль-Шабааб эль-Ислам и Джама эт эль-Ислами однако Сиад Барре прийдя к власти в 1969 году запретил деятельность этих организаций. Многие их члены бежали в ОАЭ и другие страны Персидского залива где за долгие годы смогли установить тесные связи.
В 80ых годах однако Сиад Барре опять разрешил их деятельность, что совпало с началом большого внутреннего кризиса в Сомали и способствовало быстрому росту влияния исламского фундаментализма.
Росту политического влияния исламского фундаментализма способствовала смерть Сиада Барре, так как после его смерти в Сомали началась анархия.
В условиях хаоса гражданской войны единственной общественной силой в Сомали остались, помимо кланов, исламские суды, существовавшие при тех или иных мечетях. Эти суды были самостоятельны в своих действиях, в первую очередь в толковании и применении хадит Мухамеда, но были тесно связанны силою исламской религии.
После распада правительственной системы эти суды взяв в начале под контроль систему образования и здравоохранения, создали и собственную правоохранительную систему. Эта система стала пользоватся популярностью у местных бизнесменов, так как оказалась достаточно эффективной в борбе против распространившегося криминала.
В данных условиях имамы создавали и собственные вооруженные отряды. Так такие отряды появились у исламского суда в северном Могадишо в 1994 году, а затем в 1996 у суда города Белетвейн. В конечном итоге духовенство обьединило свои вооруженные отряды, решением сначала судов округов Ифка, Халан, Цирколо, Варшадда, Хараряале. В 1999 году их сила и влияние стали быстро расти. Уже в апреле 1999 года они контролировали торговлю на главном рынке Могадишо, а в июле 1999 года установили свои посты на дороге из Могадишо в Афгон. В итоге решением 11 исламских судов Сомали было созданна Организация исламских судов(Islamic Courts Union).
Во главе ее встал шейх Хассан Абдуллах Херси(или Хассан Дахир Авейс)- «Эль-Турки» - духовный лидер этой организации и глава шуры, бывший по сути главой правительства Организации исламских судов. Выходец из клана Рир-Абдил племени Огаден он участвовал в боевых действиях 1977-78 годов против эфиопских и кубинских войск а затем бежал в Сомали где стал со временем лидером исламской фундаменталисткой организации Эль Итихад эль-Ислами.
Другим важным руководителем Организации исламских судов являлся Фазул Абдалах Мухамад, шеф спецслужбы Организации исламских судов.
Рожденный на Коморах, он говорил коморански, арабски, английски, французски и малагасийски и в1994 году закончил университет в Морони на Коморах.
В 1990 году он побывал в Пакистан, где познакомился с исламскими фундаменталистам, отправившись добровольцем воевать в Афганистан. Там став телохранителем Саифа эль-Ади эль-Масри в Джалалабаде, он вошел в состав Аль-Каиды, был инструктором в лагере Эль-Фарук в Афганистане в июне 2000 года. В Афганистане Харун Фазул, как его еще называли, познакомился с Бин-Ладеном.Именно он участвовал в планировании террористических актов против посольств США в Дар-эс-Саламе и в Найроби,а в январе 2001 года прибыв в Момбасу,участвовал в планировании и организации терактов в отеле Парадиз и на самолет израильской компании «Israel Arkia Flight».
На территориях под своим контролем Организация исламских судов устанавливала достаточно жесткий порядок, что привлекало на ее сторону людей местного бизнеса. При этом женщины заставлялись носить чадру, закрывались кинотеатры, запрещался футбол и даже позднее стали запрещать кат, местный наркосодержащий порошок, что вызвало протесты, в первую очередь женщин им торговавших.
В 2000 году Организация исламских судов стала уже ведущей силой в стране и в течении нескольких лет получали помощь стран исламского мира, в первую очередь арабских стран Залива. Военная поддержка шла главным образом через Эритрею, которая традиционно воспринимала Сомали как союзника против «христианской» Эфиопии, однако оказывали им военную помощь Иран, Египет, Ливия, Саудовская Аравия, Сирия и Джибути.
В ноябре 2001 года администрация США запретила все финансовые операции организации Эль-Барракат, являвшейся главным оператором по переводу денег в Сомали, и тем самым тамошние бизнесмены оказались в полной зависимости от арабских стран.
Единственным противником Организации исламских судов было Переходное федеральное правительство (Transition Federal Government) Сомали, созданное в 2004 году в Момбасе (Кения) силами ООН. Создано это было путем давления на сомалийских полевых командиров, дабы они до этого постоянно воевавшие между собой, объединились перед общей угрозой.
В 2002 году на юго-востоке Сомали, в регионах Средней и Нижней Джубы, Бая, Бакуи и Гедо, силы местной вооруженной группировки Rahanweyn Resistance Army провозгласили автономию.
Правда сразу же между ее командующим Хассаном Мухамедом Нуром Шатигадудом и его двумя замами Адан Мухамедом Нур Мадобе и Мухамедом Ибрагимом Хабзаде началась вооруженная фракционная борьба в которой противники Шатигудуда захватили даже его столицу город Байдоу.
Тем не менее как раз эта автономия стала главной опорой Переходного федерального правительства Сомали созданного под давлением ООН и США, в котором Шатигадуд стал министром финансов, один его зам Адан Мухамед Нур Мадобе стал председателем парламента, а другой зам Мухамед Ибрагим Хабзаде стал министром транспорта.