В июне 2006 года милиция Ботана Исы Алина заключила союз с Rahanweyn Resistance Army, подержав Переходное федеральное правительство.
Полевые командиры и согласилось создать новое правительство Сомали в ходе встречи в городе Беидоу в 2004 году. Главной объединительной силой в данном случае были американцы, точнее ЦРУ, так как правительство США не желало посылать свои войска в Сомали. Американцы увидев опасность исходившую от Организации исламских судов заставили полевых командиров объединится в организацию, с довольно идиотским названием для полевых командиров, по сути являвшихся бандитами и террористами - «Alliance for the Restoration of Peace and Counter Terrorism» (Союз за восстановление мира и борьбы с терроризмом). В виду недостатка сил, данное правительство обратилось к Африканскому союзу с просьбой послать свои миротворческие войска.
В 2004 году под давлением США на конференции Африканского союза было одобренно признание нового Переходного правительства Сомали и отправка на его подержку контингента африканских миротворцев.
Однако противотеррористическая операция шла со скрипом. Получив в данном правительстве посты, эти полевые командиры на деле свои отряды объединять под общим командованием не захотели, да и полностью оставались самостоятельными. В мае силы Организации исламских судов, которой весной 2006 года начались массовые поставки из Эритреи грузов со стрелковым оружием, противотанковыми средствами и зентитными орудиями, начали бои за Могадишо. В боях погибло несколько сот человек. 5 июня город был взят силами Организации исламских судов. После этого ее силы продолжили наступление, в районе Могадишо, захватив у полевых командиров большую часть их тяжелого вооружения. Преследуя отступающего противника, 14 июня силы Организации исламских судов вошли в город Йовхар.
В 27 июле 2006 года в Могадишо прибыли представители армий и спецслужб Эритреи, Египта и Ливии, встретившиеся с руководством Организации исламских судов. Была организованна перепроска добровольцев из Пакистана, а так же из числа боевиков, действующего в Эфиопии «Oromo Liberation front», действовавшего в среде местной этнической группы оромо.
В июле шейх Юсуф Мохамед Сиаад лично встретил иранский корабль с грузом оружия в том числе с РПГ югославского производства и ПЗРК. Поразительно, но находившееся под контролем американо-британских войск правительство Ирака в середине 2006 года не только отправила в Сомали для Организации исламских судов груз оружия (стрелкового и гранатометов), но и послало своих инструкторов. В июле в Сомали с грузом оружия прибыл корабль и из Ливии. Грузы оружия прибывали и самолетами из Саудовской Аравии.
С помощью иностранных военных советников была организованна подготовка до четырех тысяч боевиков Организации исламских судов в казарме Хилвейне города Балаад, к северу от Могадишо. В июле две сотни боевиков Организации исламских судов было послато в Сирию на обучение. Показательно что Организация исламских судов хотя и была напрямую связанна с Аль-Каидой, в том числе в деле организации терактов против американцев и европейцев (например в Кении и Танзании), но получала помощь и от ливанского Хезболлаха. В ходе израильской операции в Ливане в 2006 году, Организации исламских судов, послала Хезболаху отряд в свыше чем 700 своих боевиков.
При столь широкой военной помощи неудивительно, что начав генеральное наступление в марте 2006 года, уже в июне 2006 года силы Организации исламских судов поставили под свой полный контроль Могадишо, в ходе боев с разрозненными отрядами полевых командиров.
К осени 2006 года лишь город Баидоу оставался вне контроля Организации исламских судов, и то лишь благодаря воинскому контингенту Эфиопии (до 6-8 тысяч солдат и офицеров) оборонявших этот город.
К этому времени Организация исламских судов распространило частично свое влияние на Пунтленд и отчасти на Сомалиленд населенном представителями клана Ишаак, благодаря многочисленным симпатизирующим ей,элементам в местных вооруженных силах.
В приграничном с Пунтлендом районе Галкайо клан Сакад в августе 2006 года провозгласил создание Галмудуга во главе с президентом Мухамедом Варсаме Али-«Киимко».
В ноябре 2006 года силы Союза исламских судов у вооруженных сил Пунтланда захватили город Бандирадли и начали наступление на город Галкайо.
Когда в районе Бандирадли начались бои сил Организации исламских судов и местного полевого командира, бывшего «министра обороны Сомали» то хотя армия Пунтленда послала в этот район свои силы, в соеднем в пограничном городе Галкайо был создан «исламский суд», а прибывший сюда президент Пунтленда одобрил существование этого суда. Делу помешало введение эфиопских войск в этот город.
Организация исламских судов оказывала подержку сомалийским повстанцам в Огадене,ведших партизанскую войну против Эфиопии, и стала использовать сомалийский национализм для распространения своего влияния вне Сомали-в первую очередь в Эфиопии а так же в Кении. Свыше четырех тысяч добровольцев из Кении вступило в ряды Организации исламских судов в Сомали принимая ежемесячную плату в 400 долларов.
В середине августа силы Организации исламских судов захватили порт Хобио,в 500 километрах от Могадишо выбив оттуда местных полевых командиров. В июле была организованна чистка улиц Могадишо от мусора, накопившегося там годами. 15 августа 2006 года был взят порт Хардера, являвшийся базой морских пиратов, а 25 августа был открыт порт Могадишо, до этого закрытый годами.
Хотя 5 сентября на встрече в Хартуме представителей Переходного правительства и Организации исламских судов было договорено перемирие, оно не соблюдалось. Уже 18 сентября 2006 года, глава Переходного правительства Сомали Абдулах Юсуф был подорван машиной управляемой смертником, за которым стояла скорее всего Организация исламских судов, так же как и организации сличного толка в Ираке и Афганистане, практиковавшая использование смертников для проведения терактов.
Главной силою Переходного правительства Сомали стали кланы долины реки Юба на юге страны, объединенные в Союз долины Юбы. В ноябре 2006 году, силы Организации исламских судов, вступили в столкновения с вооруженными силами Пунтленда в боях за город Бандирадли. Организация подготовила и несколько убийств чиновников администраций как Пунтленда, так и Сомалиленда. В то же время игралось на раскол в данных администрациях. В боях за Бандирабле однако силы Организации исламских судов были поражены.
Новые бои начались между силами Организации исламских судов с одной стороны и войсками Переходного правительства Сомали и эфиоопскими войсками с другой стороны начались 8 декабря в районе бывших военных баз Даинуунай и Лидал.
В итоге единственным городом где смогли удержатся до декабря полевые командиры стал город Баидоу, где находился контингент эфиопских войск. 4 декабря 2006 года Баидоу был окружен, а 12 декабря Организация исламских судов дала ультиматум тамошним полевым командирам сдастся.
Единственной силой в данных условиях стала Эфиопия. Хотя, после новой войны против Эритреи в 1998 году, армия Эфиопия начала получать оружие из России, откуда в Эфиопию прибывали также летчики и инструкторы для сил специального назначения, но с началом победоносного шествия сил Организации исламских судов США достаточно быстро взяли подготовку эфиопской армии в свои руки.
Под давлением США, Эфиопия являвшаяся традиционным противником Сомали, увеличило в декабре численость войск в Сомали до десяти тысяч.
Руководство Организации исламских судов эфиопам предъявили ультиматум: в течение семи дней покинуть Сомали. Затем в ночь с 19 на 20 декабря силы исламистов начали наступление на позиции эфиопских войск и сил Переходного правительства под Байдоа с двух направлений: с юго-востока из Бур Хакабы на населенные пункты Дайнунай и Мудо-Муде, с юго-запада из Динсура на Идаль.
Хотя наступление на Дайнунай и Мудо-Муде провалилось, но Идаль исламисты захватили в ходе трехдневных боев.
В ответ эфиопская армия начала 20 декабря наступление на Идаль и 24 декабря захватили его, нанеся противнику потери в пару сотен убитых.
24 декабря эфиопская армия при содействии авиации нанесла удары на Белетвейн и Бандирадлей и 25 декабря захватила их, тогда как город Буулобарде был захвачен силами местного полевого командира Переходного правительства.
Хотя 27 декабря 2006 года руководство Организации исламских судов - шейх Хассан Дахир Авейса, шейх Шериф шейх Ахмад и Абдарахман Янакоу провозгласили джихад до победы, 28 декабря эфиопские войска взяли Могадишо, а силы Организации исламских судов отступили в город Кисмайо, и после боев под Джилибой, 5 января ушли и из Кисмайо. В ходе боев декабря 2006-января 2007 года эфиопы взяли в плен несколько десятков эритрейцев, арабов и пакистанцев.
В начале 2007 года силы Галмудуга с помощью войск Эфиопии и Пунтленда захватили у сил Союза исламских судов города Харардере и Хобьё.
В феврале 2007 года в Сомали началось размещение миротворческих войск Африканского союза - AMISOM. Хотя их численность планировалась в 8000 человек, но на самом деле лишь Уганда и Бурунди отправили в Сомали по пехотному батальону, и по одному пехотному батальону должны были в дальнейшем послать Нигерия и Гана тогда как Малави, Руанда, Танзания лишь пообещали это сделать.
В боевых действиях приняла активное участие и авиация ВВС и ВМС США как и авиации Сил специального назначения США, и так 2 марта 2008 года самолет АС-130 атаковал в Южном Сомали в городе Добли, два дома, где находился руководитель организации исламских судов Эль-Турки, который согласно указу 13224 президента США находился в списке международных террористов.