Имя Семёна Спиридонова впервые появилось на страницах специального историко-искусствоведческого издания ещё в 1895 году. Его обнаружили в лицевом иконописном подлиннике, составленном в 17 веке иконописцем и архимандритом Антониево-Сийского монастыря Никодимом, известный исследователь древнерусского искусства профессор Н.В. Покровский. В 1910 году другой известный историк древнерусской живописи - А.И. Успенский опубликовал в своём капитальном Словаре художников 17 века отзыв Симона Ушакова о Семёне Спиридонове, данный в связи с выдвижением на место жалованного царского изографа. Но только спустя почти полвека в фондах Ярославского музея были, наконец, выявлены произведения мастера. Нашли их замечательный исследователь творчества Андрея Рублёва Н.А. Дёмина и видный реставратор и искусствовед В.В. Филатов. Директор Ярославского художественного музея В.П. Митрофанов многое сделал, чтобы иконы письма Семёна Спиридонова заняли достойное место в экспозиции древнерусского отдела. В течении десяти долгих лет реставраторы Государственной Художественной реставрационной мастерской имени И.Э. Грабаря и государственного русского музея освобождали работы Холмогорца от потемневшей олифы и поздних поновительских правок. Реставратор и исследователь древнерусского искусства Брюсова обнаружила в архивных документах важные сведения о жизни Семёна Спиридонова. О творчестве художника с конца 1950-х годов появилось несколько публикаций
Теперь невозможно говорить о живописи Ярославля второй половины 17 века, не упомянув оригинальных произведений Семёна Спиридонова Холмогорца. Его творчество представлено 12 иконами. На пяти из них имеются даты и подпись мастера. В Сийском иконописном подлиннике были обнаружены три перевода, обозначенных как произведения " Сенки Спиридонова иконника". Найденные в переписных книгах города Холмогоры Записи 1646-1647 и 1702 годов позволили установить даты жизни и некоторые другие факты биографии художника.
Он родился в 1642 году и прожил пятьдесят три года. Его брат Василий также был иконописцем. Судя по надписям на иконах, Спиридонов Семён Холмогорец работал в Ярославле не менее тринадцати лет. Первая из его подписных работ датирована 1674 годом, последняя - 1687 годом. Спиридонов приехал в Ярославль уже сложившимся мастером, заслужившим признание в родных местах. Ярославские заказчики по достоинству оценили его редкое дарование. Художнику поручали писать иконы, которые устанавливали в нижнем - местном ряду иконостасов. Он писал образа в церкви Николы Мокрого, Иоанна Златоуста в Коровниках, Иоанна Богослова и другие
В августе 1677 года ярославских иконописцев царским указом затребовали в Москву. Их вызвали принять участие в работе по украшению миниатюрами огромного Евангелия, которое начали писать в Посольском приказе Фёдор Евтихиев Зубов, Сергей Рожков, Павел Никитин и другие жалованные царские изографы. Ярославцы направили своих мастеров в Москву, назначив старшим Семёна Холмогорца. К исполнению миниатюр вызвали и костромских мастеров во главе с известным Гурием Никитиным. В марте 1678 года роскошное иллюстрированное тысячью двумястами миниатюрами Евангелие приподнесли царю Алексею Михайловичу. Иконописцев, подьячих и златописцев, участвовавших в работе, наградили сукнами и шелками. Гурий Никитин и Семён Спиридонов, по видимому, особо отличившиеся в составлении композиций миниатюр были выдвинуты на замещение вакантных мест жалованного царского изографа. По словам Симона Ушакова и других старших иконописцев царской Оружейной палаты, Семён Спиридонов "иконное письмо пишет самое доброе мастерство…и мастерством своим против Никиты Павловца стоит". Этим талант Холмогорца приравнивался к таланту Любимого ученика Симона Ушакова - Никиты Павловца. Подобной же похвалой был отмечен и Гурий Никитин. Но ни тот не другой в штат Оружейной палаты взяты не были. Из Москвы Семён Спиридонов возвратился в Ярославль.
Годы пребывания Спиридонова в Ярославле совпали с периодом наивысшего расцвета в искусстве волжского города.. На глазах художника возводили знаменитую "ярославскую свечу" - колокольню церкви Иоанна Златоуста в Коровниках, строили величественную церковь Иоанна Предтечи в Толчковской слободе, Фёдоровскую церковь. На родине Спиридонова в Холмогорах каменных церквей ещё не было, а каменные храмы Антониево-Сийского монастыря, которые он, возможно, видел, были не столь нарядно и красочно декорированы, как посадские церкви Ярославля. Особенно, по-видимому, поразило воображение приехавшего с севера иконника в наружной отделке ярославских церквей нарядное сочетание красной кирпичной кладки с зелёными "муравлёными" изразцами и золотом глав. Огромное впечатление, безусловно, произвели на него росписи церкви Николы Надеина, только что написанные фрески церкви Николы Мокрого. Он виде, как ярославские художники-монументалисты пишут фрески в городском Успенском Соборе. Всюду Спиридонов ощущал радость созидательной творческой работы, его приветливо встретили местные иконописцы, он смог получить интересные и выгодные заказы.
За годы, проведённые в Ярославле, Семён написал житийные иконы Василия Великого, Иоанна Златоуста, Ильи Пророка, Николая Чудотворца. Он создал также две иконы Богоматери в клеймах Акафиста, икону Христа в клеймах, большой образ Богоматери на престоле, медальоны для царских врат иконостаса церкви Николы Мокрого. По-видимому, перечисленные произведения, известные в настоящее время и хранящиеся теперь в музеях Ярославля и в Русском музее в Санкт-Петербурге, - далеко не полный перечень работ, выполненных художником за 13 лет. К сожалению, первоначальное местонахождение большинства из названных икон при передаче из церквей в музеи в 1920-х годах не было зафиксировано, а некоторые из работ художника, известные по старым фотографиям, оказались утраченными. Не все образа, написанные Спиридоновым, помечены авторскими свидетельствами и датами. Подобное обстоятельство объясняется тем, что художники 17века оставляли свои автографы не на каждом произведении, а на вполне определённых. Например, если мастеру или группе мастеров поручалось написать образа для иконостаса, то подпись художники ставили на какой-нибудь одной из икон этого большого живописного ансамбля. Обычно подписывали иконы нижнего - местного ряда, но и среди них выбирали либо иконы Христа и Богоматери, либо местную - храмовую икону или крайние в ряду левую и правую иконы. При поновлениях и переделках древних иконостасов в 18-20 веках многие подписные произведения исчезали.
Все произведения Семёна Спиридонова построены по традиционной схеме "образа в житии": на каждом их них крупное изображение святого в середине окружено рядами мелких клейм. Но его произведения не выглядят архаичными. Любая из его икон выдержит сравнение с написанными "живоподобно" образами изографов Оружейной палаты и с замысловатыми, похожими на портреты с пейзажными фонами житийными иконами ярославских мастеров.
За годы жизни в Ярославле Холмогорец усложнял и совершенствовал многовековую схему "образа в житии", сумел выработать свою оригинальную композицию для таких изображений.
Самая ранняя работа художника - икона "Василий Великий в сорока двух клеймах жития". Она датирована 1674 годом. Композиция её решена ещё вполне традиционно, но уже с присущей всем остальным произведениям мастера пышностью. Василий Великий представлен на нейтральном светлом голубовато-зелёном фоне, облаченным в "многоценные ризы". Над головой святого изображена Новозаветная Троица, которой поклоняются Богоматерь, Иоанн Предтеча и ангелы, предводительствуемые архангелами Михаилом и Гавриилом. По сторонам золотого нимба, окружающего голову Василия, расположены характерные для искусства барокко картуши . В них золотой вязью написано имя святого. На этой сильно вытянутой в высоту иконе художник поместил по верхнему и нижнему краю доски два ряда клейм.
Лучшее своё произведение - икону "Илья Пророк в двадцати шести клеймах жития" Семён Спиридонов Холмогорец написал в 1678 году - в год выдвижения на место царского жалованного изографа. Эта икона по праву должна быть названа не только шедевром мастера, но и всей русской иконописи второй половины 17 века. По-видимому, подобное значение произведению придавал и сам художник, замысливший его образцом "свободы иконного воображения" , как свидетельство, подтверждающее справедливость высокой оценки, данной его творчеству лучшими изографами царской Оружейной палаты.
Впервые на этой иконе Семён Спиридонов вводит в композицию центральной части житийной иконы золотую узорчатую арку на тонких фигурных колонках. Такие арки стали в дальнейшем характерным элементом декорировки средников и на других произведениях мастера.
Композиционное решение иконы "Илья Пророк" отличается чёткостью. Строго разграничивается средник, рамка с текстом, ряды клейм. Клейма не сливаются друг с другом, а отделены одно от другого довольно широкими полосками золотых фонов. Но не смотря на обособленность каждой из перечисленных деталей, при рассмотрении иконы издали всё кажется объединённым в одно целое и служит роскошным обрамлением центрального изображения в среднике. Живописное решение икон Спиридонова столь великолепно, что их никогда не декорировали металлическими окладами, венцами и цитатами, даже когда спустя столетия живопись потемнела, когда краски образов под олифой стали не такими яркими.
Присматриваясь к лучшим творения мастера - датированным житийным иконам, можно заметить, что Холмогорец всегда с большим мастерством писал не крупные фигуры в средниках, а мелкие в клеймах. Его истинным призванием была миниатюра. В этом виде живописи он был признанным авторитетом, и мало кто из современных художнику мастеров даже среди ярославских иконописцев второй половины 17 века мог соперничать с ним в умении рисовать крохотные фигурки людей, строить замысловатые архитектурные композиции, сочинять на тексты житий святых разнообразные сцены в клеймах икон.