Церковне життя, проте, у багатьох відношеннях і саме не могла не підпадати під вплив влади держави. Розподіл Русі, насамперед, відбився на єпархіальному розподілі. Перший розподіл Російської церкви на єпархії, як ми бачили, було зроблено в 992 році митрополитом Леонтієм. Всіх єпархій, улаштованих тоді, літопис нараховує шість: у Києві, Новгороді, Чернігові, Ростові, Володимирі Волинським та в Бєлгороді, але слід додати до цього переліку, що тоді були поставлені єпископи і в інші міста такі як Тмуторокань, Турів і Полоцьк, де князями сиділи діти Володимира. Протягом наступного часу до другої половини 12 ст. встановлено ще декілька єпархій, так що усіх стало аж 15, окрім Київської митрополії: Новгородська, Ростовська, Володимирська що на Волині, Бєлгородська, Чернігівська, Юр'ївська, Переяславська, Холмська, Полоцька, Турівська, Смоленська, Перемишльська, Галицька, Рязанська та Володимирська що на Клязьмі. Межи їх розповсюджень близько збігалися з межами відповідних їм князівств. Внаслідок старого релігійного ладу суспільства всяка суспільна спілка зосереджувалася звичайно біля якої-небудь святині, храму, і була, дивлячись за розміром, у формі або приходу, або єпархії. Новий уділ, відокремившись від старого, намагався зробитися самостійним і в церковному відношенні, завести в себе особливу єпархію, тому що цивільна самостійність без церковної здавалася неповною. Так, у 12 ст. після виділення нових князівств із старих, із Переяславського уділу – Смоленського, із Волинського – Галицького, із Чернігівського – Рязанського, явилися і нові єпархії: Смоленська – у 1137 році, Галицька – у 1157 році, Рязанська – у 1198 році. З падінням уділу знищувалася і єпархія; наприклад, наприкінці 11 ст. після зруйнування половцями Тмуторокані занепала і тамтешня єпархія. Піднесення уділу піднімало і її єпархію; у 1165 р. багатий Новгород виклопотав своєму владиці Іоанну титул архієпископа, – тоді ще перший і єдиний на Русі. Далі, якою б не міцною була єдність Російської церкви і як би вона не піклувалася про те, щоб зберегти цю єдність, звичайне прагнення кожного уділу до самостійності, до меншої залежності від Києва і до життя особняком нерідко відбивалося і на церковних відношеннях єпархіальних єпископів до митрополита і стискувало його законні права і повноваження.
Татарська навала 1237—1240 рр. мала величезні впливи як на політичне, так і церковне життя українських земель. Київ, що ще в другій половиш 12 ст. втрачає своє попереднє значення, тепер зовсім підупадає. Серед поодиноких земель Київської Русі зростають нові політичні й культурні осередки. Серед українських земель домінують Галич та Волинь. У північних краях поруч із Новгородом та Володимиром з 14 ст. починає зростати Москва, що поволі підбиває собі інші князівства понад Окою та Волгою. Білоруські землі та більшу частину українських забирає Литовська держава (в 14 ст.), а землю Галицьку – Польща за Казимира Великого. Отже, йдуть нові політичні впливи та взаємовідносини, яких не було до 1240 р. Територія Київської митрополії розбивається між Литвою, Польщею, Новгородом, Москвою та ін. Київському митрополитові доводиться мати справу не тільки з різноплемінною владою, а й різновірною. Така різниця й політична боротьба поміж зазначеними державами сильно утруднюють його положення. Близькість татарських кочовин та небезпечність життя в близьких до степів місцевостях примушують наших митрополитів шукати собі спокійного місцеперебування. Кирил ІІІ (1245-1281), Максим (1283-1305) та Святий Петро (1308-1326) не сидять на одному місці, а міняють свої осідки, найдовше перебуваючи на півночі у Володимирі-на-Клязьмі, а Петро – в Москві. Князі московські найбільше подобаються митрополитам, які від часів Петра енергійно підтримують московську політику,чим настроюють проти себе інші політичні центри, внаслідок чого з'являються спроби поділу єдиної митрополії.
Київська митрополія зоставалася єдиною й охоплювала свою домонгольську територію до половини 15 ст., коли Москва рішуче сепарувалася від Києва. Приводом до того послужила поява в Київській митрополії грека Ісидора, прихильника унії з Римом. Константинопольський патріарх користався своїм правом призначати київських митрополитів, і в цій справі інколи на нього впливав візантійський імператор. З початку 15 ст. Візантія перебувала у страшній небезпеці: турки-османи збиралися покласти кінець її політичній самостійності. Імператор Іоанн VІІІ Палеолог (1425-1448) шукав собі порятунку на Заході в папи і, щоб схилити його на свою сторону, погоджувався на умію, себто на підбиття східної церкви владі римського єпископа. Для здійснення своїх планів імператор підбирав собі серед православного духовенства прихильників своєї ідеї. Патріархом він зробив однодумця Іосифа, а той і призначив київським митрополитом Ісидора, що з-за свого грецького патріотизму дав згоду брати участь у соборі у Флоренції. Справді, вів був там, стояв за унію й повернувся до своєї пастви вже як представник папи з титулом кардинала. В Москві вів зустрів сильний опір, а тому й мусив тікати звідти й тримався деякий час в межах Литви та Польщі, хоч і тут він не зустрічав собі прихильників, незважаючи на підтримку світської влади та латинського духовенства. Влаштувавшись в Італії, Ісидор добився призначення на київського митрополита теж прихильника унії Григорія Болгариновича, що потім відмовився від унії. Москва тим часом добивалася затвердження вибраного в митрополити собором єпископів Іони, єпископа рязанського. Заходи Ісидора в Царгороді та пізніше політичні події перешкоджали такому затвердженню. Тоді Московський собор 1458 р. ухвалив самостійно, без патріарха, проголосити Іону митрополитом, при чому йому було дано титул "митрополит Московський і всея Русі", між тим як попередні митрополити, й ті, що жили в Москві, всі титуловалися "митрополит Київський і всея Русі". Від цього часу на території єдиної Київської Русі бачимо вже дві митрополії: Московську та Київську. Перша з них охоплювала Московську державу (претендуючи і на Новгород), а друга – православну людність Литви та Польщі. Тут знаходилися такі єпархії: Смоленська, Чернігівська, Полоцька, Холмська, Перемишльська, Львівська, Володимиро-Берестейська, Луцько-Острозька та Турово-Пінська. До цих дев'яти треба ще додати єпархію самого митрополита. Смоленська та Чернігівська єпархії, як прикордонні, часом належали до Москви, а Львівська в 1414-1538 рр. підлягала безпосередньо митрополитові.
У 13 ст. інтенсивно провадять місіонерську діяльність на території Малої Русі ченці Домініканського ордену, але без жодних наслідків. Вони обслуговують лише те католицьке населення, яке з'явилося на Малій та Білій Русі вже в 14 ст. в містах, яким українські та литовські князі надавали німецьке (Магдебурзьке) право. В цих містах католики (німці, поляки та ін.) перебували в упривілейованому положенні в порівнянні з руськими (православними). Ягайло та Вітовт збільшували католицьку людність, підтримували старі та заводили нові латинські єпархії та парафії (в Києві, Вільно, Перемишлі, Львові, Луцьку). Дві церкви жили спокійно, кожна сама по собі, й справа з'єднання їх у формі Флорентійської унії не мала ніяких наслідків. Найбільший прихильник такої унії митрополит Ісидор вибрався до Італії, а його наступник і учень Григорій сам мусив був відмовитися від унії в 1458 р. і вмер православним. Мало говорить на користь унії й так званий “Лист митрополита Михаїла до папи Сикста IV” (1476 р.). Оцінювати ці явища церковного життя необхідно з огляду на політичну ситуацію середини 15 ст., бо православне населення від верхів до низів не думало відмовлятися від своєї віри, в противному разі всі спроби унії залишили б по собі виразний слід.
В кінці 16 ст. сталася подія, що внесла розкол і довголітню запеклу боротьбу в лоно православної церкви й українського та білоруського народів; це – Берестейська церковна унія. Їй, звичайно, приділяють багато уваги всі дослідники минулого Польщі та України, причому її пояснюють одні політичними мотивами того часу, інші – непорядками в православній церкві. І той, і другий погляд треба вважати однобоким. Таке складне явище, як Берестейська церковна унія, викликане багатьма причинами як внутрішнього (для церкви), так і зовнішнього характеру. Тут мають місце історичні обставини, соціально-економічці умови, напрям державної політики, культурно-освітній стан православної ієрархії, моральний рівень її, внутрішні взаємовідносини у православній церкві – все це разом зі специфічними особливостями доби та настроєм пануючих чинників Польсько-Литовської держави після Люблінської унії 1569 р. і викликало згадану церковну унію. За думку про неї, не без впливу латинської ієрархії, вхопилися єпископи: луцько-острозький єпископ Кирил Терлецький та львівський єпископ Гедеон Балабан; незабаром останній відстав від тої думки, а замість нього явився володимирсько-берестейський єпископ Іпатій Потій, мабуть, одинокий ідейний прихильник унії. Вони, власне, й провели цю справу, бо тодішній митрополит київський Михаїл Рагоза та інші єпископи були пасивними людьми. Кирил Терлецький та Іпатій Потій поїхали в Рим (1695 р.) і там дали згоду за унію від імені всієї православної церкви. Такий вчинок двох єпископів викликав сильне обурення на Україні-Русі. Прихильники унії зібралися в Бересті для урочистого проголошення єднання з Римом у жовтні 1596 р. Туди ж прибули й православні: єпископ Гедеон Балабан (львівський) і Михаїл Копистенський (перемишльський), багато представників чорного й білого духовенства, братств і поодиноких земель. Православні утворили свій собор під головуванням патріаршого екзарха архімандрита Никифора. Таким чаном, одночасно в Бересті відбувалося два собори – уніатський (що складався тільки з вищого духовенства) і православний, постанови яких були цілком протилежні. Король Сигізмунд ІІІ був на стороні уніатів, визнав їх постанову і проголосив унію з Римом доконаним фактом, а на протести й постанову православних уваги звернено не було. Опираючись на прихильність короля, енергійну підтримку католицького духовенства та польсько-латинського громадянства, архієреї-уніати поволі забирали собі церковні й монастирські маєтки, твориш кадри підвладного їм духовенства, поступово знаходили собі прихильників серед міщанства й серед селянства. Поширення унії викликало безкінечні судові процеси та заколоти в масах. На другого уніатського митрополита Іпатія Потія підготовлявся атентат, який скінчився тільки тим, що в нього було відрубано кілька пальців. У Вітебську місцевий уніатський архієпископ Іосафат Кунцевич настільки настроїв проти себе православних міщан, що вони його замордували (1623). За це Вітебськ було позбавлено Магдебурського права, 19 особам одрубано голови, близько сотні міщан, що втекли від суду, заочно присуджено до смерті, а майно їх забрано до скарбу. Заколоти були і в інших містах. Взагалі між православними та уніатами йшла вперта боротьба, недарма унію названо було “костію роздору”. Перш за все почалася боротьба літературна, з'явилося багато полемічних творів, де одна сторона боронила себе й нападала на другу. З боку православних виступали найкращі вчені сили, й їх твори й досі зостаються цінними пам'ятниками українського письменства, як “Апокрисис” Христофора Філалета, “Тренос” Мелетія Смотрицького, “Палінодія” Захарії Копистенського. Братства видавали ці полемічні твори. Одночасно з літературною боротьбою йшла й боротьба правова, на грунті сеймового законодавства. Тут виявляли сильну акцію православні магнати та шляхта, які нерідко виступали спільно з протестантською шляхтою. На грунті правовому було зроблено дуже багато, бо до половини 17 ст. не проходило жодного сейму, де б не ставилася справа "греків-дізунитів", себто православних, і наслідки були дуже важливі. Так, в 1609 р. православним пощастило юридично одмежуватися від уніатської ієрархії, а в 1632-34 рр. православні добилися своєї власної, визнаної державою (упривілейованої) ієрархії з київським митрополитом Петром Могилою на чолі. Йому підлягали єпархії: Луцька, Львівська, Перемишльська, Холмська та новоутворена Білоруська.