По отношению к неродственным языкам (или языкам, находящимся в очень отдаленном родстве друг с другом) в большинстве случаев исконный лексический запас легко отделяется от результатов позднейших контактов тогда, когда языки имеют систему флексии (как правило, не заимствующуюся из одного языка в другой неродственный), поэтому соответствия, наблюдаемые между фонемами в составе грамматических морф, могут служить контрольным материалом для сравнения слов, относимых к общему исходному словарю (и соответственно не объясняемых заимствованиями). При отсутствии в данной группе языков системы флексий такого контрольного материала нет, и тогда вывод о принадлежности слои к общему исходному словарю остается гипотетическим. В качестве альтернативного объяснения в этом случае возможно вторично приобретенное (аллогенетическое, по Г. В. Церетели) родство языков. Гипотеза вторично приобретенного родства в особенности вероятна по отношению к явлениям синтаксического уровня языка (если они никак не связаны с морфологическими) и к фонетическим структурным сходствам: последние часто возникают при позднейшем ареальном контактировании языков в пределах одного языкового союза (например, балканского). Согласно взглядам ряда лингвистов (Е. Д. Поливанов, Н. С. Трубецкой, В. Пизани), языковые семьи, фиксируемые в генеалогической классификации языков часто (как в случае индоевропейской) в действительности и представляют собой языковой союз.
Если родственные языки или диалекты не полностью прекращают контакты друг с другим, то вторично возникающие межъязыковые (междиалектные) связи могут перекрывать более ранние, что затрудняет последовательное проведение генеалогической классификации языков по принципу родословного древа. Этот последний предполагает, что каждый общий язык (праязык) распадается на два или более праязыка, которые, в свою очередь, могут распадаться на два или более промежуточных праязыка, из которых (при допущении в принципе неограниченного числа промежуточных праязыков) могли развиться реально известные языки. Например, все известные славянские языки выводились из общеславянского (славянского праязыка) через посредство трех промежуточных праязыков (западнославянского, южнославянского и восточнославянского), причем можно предполагать и наличие промежуточных праязыков. Родословное древо по отношению к славянским, как и применительно ко многим другим языкам, является удобным схематическим упрощением, но оно в очень малой степени отражает реальные исторические процессы развития диалектов. В частности, по отношению к славянским языкам несомненно, что южнославянская подгруппа не представляет собой результатов развития реального промежуточного праязыка, а только служит обозначением всех тех славянских диалектов, которые после переселения носителей венгерского языка в Венгрию к концу 1-го тыс. до н. э. оказались отделенными от остальных славянских диалектов и позднее развивались в контакте с языками балканского языкового союза. До этого времени часть западнославянских диалектов, позднее развившихся в словацкий и чешский языки, была связана с тем диалектом, из которого развился словенский язык, другая же часть западнославянских диалектов, из которых развились лехитские языки, имела некоторые общие черты с северным диалектом древневосточнославянского языка, позднее давшим диалект, известный начиная с новгородских берестяных грамот 10-12 вв. Обозначая древние диалекты праславянского языка в соответствии с языками, в которые потом эти диалекты превратились, можно выделить не менее 7 таких диалектов, находившихся в контактных отношениях друг с другом в 1-м тыс.
| Пралехитский | Прасеверно-восточнославянский | |
| Пралужицкий | ||
| Прачешско-словацко-словенский | Праюжно-восточнославянский | |
| Працентрально-южнославянский | Прапериферийно-южнославянский |
Эта схема тоже является условной, но для определенного периода (около сер. 1-го тыс. и несколько ранее) она могла отвечагь определенной исторической реальности. Однако переосмысление традиционной генеалогической классификации языков в терминах таких схем, отвечающих принципам лингвистической географии, еще только начинается.
Согласно этим принципам, намеченным по отношению к генеалогической классификации языков уже в теории волн И. Шмидта, каждое новое языковое явление распространяется из определенного центра постепенно затухающими волнами. Каждый диалект, постепенно развивающийся в родственный язык, представляет собой сочетание ("пучок") таких волн (изоглосс). При исчезновении промежуточных звеньев (диалектов или языков) могут наблюдаться более четкие различия между родственными языками. При сохранении таких звеньев различия между родственными языками (например, западно-романскими: французским, провансальским и др.) являются непрерывными и родственные языки постепенно переходят друг в друга через ряд промежуточных диалектов, позднейшие контакты которых делают особенно сложным разграничение древних и более поздних диалектных связей.
Чем ближе разделение родственных языков к историческому времени и чем больше число памятников, отражающих древнюю диалектную дробность этих языков, тем более реалистической может быть картина их исторических соотношений, фиксируемая в генеалогической классификации языков. При отсутствии же древних текстов и при большой удаленности времени разобщения родственных языков схемы их соотношений, фиксируемые в генеалогической классификации языков, остаются более условными (например, по отношению ко многим языкам Юго-Восточной Азии или Южной Америки).
Особенно много трудностей вызывает проблема реальности промежуточных праязыков (и соответствующих им членений на подгруппы в генеалогической классификации языков) при объединении четко выявляемых языковых семей, разделившихся (как, например, семитские или индоевропейские языки) во время, отделенное от современности 5-7 тысячелетиями, в большие "макросемьи", время разделения которых древнее в два или более раза и относится соответственно к историческому периоду до "неолитической революции", осуществлявшееся после 10-го тыс. до н. э. По отношению к такой макросемье, как ностратическая, проблематична необходимость сохранения всех промежуточных делений, ранее предполагавшихся в генеалогической классификации языков до выявления этой макросемьи. Например, к числу восточно-ностратических языков относят корейский и японский, но пока еще не удалось установить, входили ли они в число языков, образовавшихся из промежуточного алтайского праязыка, или же их (как, возможно, и другие восточно-ностратич. языки, относимые к алтайским) можно прямо возвести к восточно-ностратическому праязыковому диалекту. Аналогичные трудности возникают и по отношению к возможности возведения семитских и других афразийских языков (и ряда других языков Африки, возможно, с ними родственных) к западно-ностратическому праязыковому диалекту без промежуточного афразийского праязыка; в последнее время предположено, что афразийские языки образуют особую семью, праязык которой родствен праностратичсскому, но не произошел от него. Допускается и наличие промежуточных диалектов, делающее различие между западно- и восточноностратическим не столь существенным. Промежуточные праязыки являются некоторой схематизацией, полезной при формулировке выявленных генеалогической классификацией языков соотношений, но не обязательно отвечающей некоторой исторической реальности. Но как промежуточные могут рассматриваться и праязыки отдельных макросемей в связи с постановкой вопроса о возможном моногенезе (общем происхождении) всех языков мира. Путем последовательного сравнения всех реконструированных праязыков древнейших макросемей, чему препятствует количественная ограниченность общих слов, которые могли сохраниться от столь далекого времени, проверяется возможность наличия древнейших родственных связей между языками. Часть наблюдаемых сходств в словаре восстанавливаемых макроязыков для больших семей может объясняться контактами после разделения предполагаемого общего языка всех сравниваемых макросемей. А это, в свою очередь, крайне затрудняет выделение исконно родственных элементов словаря. Поэтому при углублении временной перспективы определение степени языкового родства становится все менее надежным. Следовательно, в генеалогической классификации языков наиболее достоверными следует признать выводы, относящиеся к основным языковым членениям времени после "неолитической революции". Заключения негативного характера (об отсутствии родственных связей между языками), возможно, не являются вполне корректными. Точнее было бы говорить о предельно малом числе доводов в пользу допущения родственных связей (поскольку пока для наиболее древнего периода остается возможной и гипотеза моногенеза). При очевидности основных поздних объединений языков в семьи, фиксируемой в генеалогической классификации языков, она не гарантирует пока точности деления семей на подгруппы, происходящие из промежуточных праязыков, в случае, если языки не разделились в пространстве и времени достаточно рано (но в этом случае родство иногда определяется в меньшей надежностью). Наконец, генеалогическая классификация языков фиксирует только происхождение некоторой основной части грамматических и лексических (корневых) морф, не предполагая, что известен источник всех остальных морф. Например, в таких хорошо известных индоевропейских языках, как германские и греческий, только в настоящее время начинает выясняться происхождение значительного числа субстратных слов, в конечном счете предположительно родственных северокавказским. По всем указанным причинам генеалогическая классификация языков может до сих пор считаться находящейся лишь на предварительной стадии своей разработки. Существенное уточнение ее происходит, с одной стороны, благодяря выявлению ареальных связей между современными контактирующими диалектами, с другой - благодаря выявлению более древних отношений между "макросемьями".