Соединение фрагментов с вектором
Предлагаемый метод пригоден для лигирования частичных гидролизатов Sau3Alв вектор Lorist2.
1. Добавьте вместе 1 мкл BamHI-обработанного де-фосфорилированного Lorist2; 2 мкл приготовленных 5аиЗА1-фрагментов; 2 мкл 10 X лигазного буферного раствора; 2 мкл 10 мМ АТР, рН 7,4; 2 мкл 0,1 М дитиотрей-тола; 10 мкл воды и 1 мкл лигазы. Для достижения максимально возможного лигирования поместите смесь в закрытый капилляр.
2. Инкубируйте 16 ч при 14°С.
3. Осторожно упакуйте, руководствуясь соответствующей методикой.
4. Храните библиотеку при 4°С под хлороформом.
5. Разведите 5 мкл упакованной библиотеки в 0,1 мл раствора для разведения.
Добавьте 0,2 мл стационарной культуры клеток. Мы используем для этих целей линию 1046. Ее следует регулярно пересевать через отдельные колонии, контролируя признак reck.
Инкубируйте 20 мин при 37°С. Добавьте 0,5 мл раствора CY и проинкубируйте дополнительно 50 мин. Высейте разные объемы на чашки с канамицином. Ожидаемый выход – 105–106 рекомбинантов на 1 мкг вставочной ДНК.
Заключение
В настоящее время около 90% генома С. elegansклонировано в космидах. Количество клонов, благодаря космидным стыковкам упало с 900 до 700 и снизилось еще при использовании YAC-стыковок. Одна треть кажущихся разрывов между космидными цепочками на самом деле представляет собой еще невыявленные небольшие петли; существует большое количество реальных разрывов, для которых космидные клоны очень редки или недоступны для получения. В этом случае многие исследователи надеются решить проблему с помощью больших цепочек. Мы осознаем всю важность и актуальность скорейшего заполнения разрывов.
Наш опыт подсказывает, что использование космид для картирования геномов эукариот не лишено недостатков, хотя этот метод оказался очень удачным, по крайней мере для одного прокариота. Весьма вероятно, что быстрое заполнение разрывов в карте будет обеспечено методом YAC. Скорее всего, удастся получить Я-клоны, необходимые для более точного заполнения брешей в космидной карте.
Прописи растворов
1. ТЕ: 10 мМ трис-HCl рН 7,4, 0,1 мМ ЭДТА.
2. 10X лигазный буфер: 0,5 М трис-HCl рН 7,4, 0,1 М MgCl2.
3. 10X средне-солевой рестрикционный буфер: 500 мМ NaCl, 100 мМ трис-HCl рН 7,4, 100 мМ MgCl2, 10 мМ дитиотрейтола.
4. 10 X ТВЕ в г/л: 108 г. трис-основания, 55 г. борной кислоты, 9,3 г ЭДТА.
5. 50 X ТАЕ: 242 г. трис-основания, 57,1 мл ледяной уксусной кислоты, 100 мл 0,5 М ЭДТА рН 8,0, вода до 1 л.
6. 4%-ный денатурирующий гель: 480 г. мочевины, 38 г. акриламида, 2 г бисакриламида, воды примерно 800 мл. Растворить при незначительном нагревании. Добавить 20 г. смолы Амберлит МВ-3, медленно перемешивать 1 ч. Профильтровать через стеклянный фильтр N2. Добавить 100 мл 10х ТВЕ и воды до 1 л.
7. Краситель с формамидом: 100 мл деионизованного формамида, 0,1 г ксиленцианола FF, 0,1 г бромфенолового синего, 0,3 г ЭДТА.
8. Прокипяченная РНКаза: 100 мг РНКазы А, 10 мл 10 мМ трис-HCl рН 7,4, 15 мМ NaCl. Инкубировать при 100°С 15 мин. Охладить, разлить по пробиркам, хранить образцы при –20°С.
9. 2Х TY-среда в г/л: 16 г. триптона, 10 г. дрожжевого экстракта, 5 г NaCl. Довести рН до 7,4. 10. CY-среда в г/л: 10 г. казаминокислот, 5 г дрожжевого экстракта, 3 г NaCl, 2 г КС1. Довести рН до 7,0.
11. 20Х SSPE: 104 г. NaCl, 15,6 г NaH2P04X2H20; 3,7 г ЭДТАх2Н20; 25 мл 4 М NaOH и воды до 500 мл.
12. Буфер для разведения фага К:10 мл 1 М трис-HCl рН 7,4, 5 мл 1 М MgS04, 11,7 г NaCl, 1 г желатины, воды до 1 л.