Однако в своей трактовке молекулярной природы точечных мутаций Фриз не учел того, что наряду с транзициями и трансверсиями могут быть мутации, изменяющие количество оснований в гене. Этот промах был исправлен Кембриджской школой молекулярных генетиков, которые в 1961 г. сначала предсказали (Бреннер, Барнет, Крик и Оргель), а затем экспериментально доказали, что наряду с заменами существуют такие точечные мутации, когда один или несколько нуклеотидов внедряются или, наоборот, выпадают из структуры ДНК. Такие мутации изменяют чтение всего последующего участка гена от точки изменения, и они получили название «мутации сдвига чтения».
Исключительно важными для молекулярной теории мутагенеза оказались работы по изучению аминокислотных замен в мутантных белках, выполненные на моделях бактериальных и растительных вирусов и белков кишечной палочки.
Наконец, в последнее время появилась надежда с молекулярных позиций объяснить загадку возникновения полных и мозаичных мутаций. Долгое время генетики не могли представить убедительных объяснений, почему в некоторых случаях поврежденными оказываются сразу обе нити ДНК (полная мутация), в то время как в других случаях изменению подвергается только одна из нитей (мозаичная мутация). Открытие ферментных систем, исправляющих повреждения ДНК, нанесенные физическими и химическими агентами, и выяснение молекулярного механизма их действия позволило обосновать тезис о том, что именно репарирующие системы переносят повреждение с одной нити ДНК на другую ее нить, вызывая появление полной мутации (Н. П. Дубинин и В. Н. Сойфер). Этот же принцип был использован для объяснения причин появления хромосомных, а не хроматидных мутаций стадии G1, когда ДНК хромосом остается не реплицирующейся при воздействии на клетки агентами, вызывающими репарируемые повреждения.
В первых же экспериментах по изучению действия радиации наследственные структуры — хромосомы было обнаружено, что хромосомы могут разрываться, образуя фрагменты. Впоследствии разрывы хромосом были описаны и в тех случаях, когда организмы или отдельные клетки обрабатывали химическими мутагенами. Но природа возникновения разрывов, оставалась непонятной до самого последнего времени.
В жизненном цикле клетки можно отметить следующие основные этапы: в фазе G1 клетка готовится к удвоению ее генетических структур. В этой фазе хромосомы большинства клеток содержат одну двунитевую молекулу ДНК. В фазе S происходит удвоение генетического материала — репликация молекул ДНК, и клетки вступают в фазу G2, когда их хромосомы содержат уже две копии — хроматиды, каждая из которых несет по одной двунитевой молекуле.
В результате многочисленных работ по изучению химии взаимодействия мутагенов с ДНК было установлено, что, как правило, повреждению подвергается только одна нить ДНК, а другая остается неповрежденной. Если это так, то ДНК, поврежденная в фазе G1 или G2, могла бы нести только хроматидные мутации. После репликации повреждение одной нити ДНК передалось бы ее дочерней копии — хроматиде, а вторая хроматида, синтезированная на неповрежденной нити ДНК, оставалась бы нормальной. Однако в экспериментах было найдено, что нередко повреждение захватывает обе нити ДНК и обе хроматиды сразу. В этом и заключалась основная трудность в понимании природы мутагенеза. В 1968 г. Н. П. Дубининым и В. Н. Сойфером была предложена модель, объясняющая эту основную трудность и позволяющая понять молекулярный механизм этого явления.
За последние годы были открыты особые ферментные системы, следящие за сохранением целостности генетического материала клетки и названные репарирующими системам. Наибольший интерес представляют ферменты так называемой темновой репарации.
Если в ДНК возникает повреждение, которое может бытьузнано репарирующими ферментами, то прежде всего происходит надрез ДНК вблизи места повреждения. Вслед за этимучасток, заключающий в себе повреждение, вырезается из структуры ДНК, а образовавшаяся брешь расширяется подобно тому, как при операциях хирурги вычищают некоторый участок здоровой ткани вокруг удаленного повреждения. Два последующих этапа — застройка образованной бреши здоровым материалом и соединение застроенного участка со старойнитью ДНК. Такая репарация может происходить на любой стадии клетки и, что самое главное, — в отсутствие репликации ДНК.
В 1968 г. два американских исследователя Фрэд Рапп и Пауль Говард-Фландерс экспериментально показали, что при некоторых типах поражения ДНК (при соединении двух рядом расположенных в ДНК тиминовых остатков в так называемый димер тимина), против них при синтезе ДНК остается настроенная брешь, и эта брешь оказывается долго живучи Таким образом, система «повреждение — оппозитная брешь» может существовать в ДНК длительное время.
Это интересное наблюдение Раппа и Говарда-Фландерса было учтено при создании модели хромосомных перестроек и полных генных мутаций.
Начнем изложение модели с того момента, когда одна из нитей ДНК получила повреждение. Если это повреждение может быть узнано репарирующими ферментами, то могут быть принципиально две возможности — либо само повреждение будет вырезано и затем зарепарировано с восстановлением нормальной структуры, либо — фермент закономерно или по ошибке вырежет не сам поврежденный участок, а противоположный ему. Принципиальным отличием поражений, узнаваемых репарирующими ферментами, от тех, которые остаются не идентифицированными ими, является нарушение правильности спирали ДНК Уотсона—Крика. Подтверждение этого предположения было получено автором этой статьи в опытах с мутагеном — гидроксиламином. Этот агент действует на цитозиновые основания в ДНК, и мутагенное последствие обработки гидроксиламином заключается в переводе цитозина за счет дезаминирования (отрыва аминной группы) в урацил. Поскольку урацил спаривается не с гуанином, как это делал цитозин, а с аденином, то происходит замена пары гуанин—цитозин на пару аденин—тимин, иными словами, возникает точечная мутация. Переход цитозина в урацил может не сопровождаться нарушением конфигурации ДНК, и согласно нашему предположению повреждения от гидроксиламина не Должны узнаваться репарирующими ферментами. Это было зарегистрировано в опытах с бактериофагом лямбда. Фаги обрабатывались раствором гидроксиламина, и по степени инактивации фага судили о репарируемости генетических повреждений. Совпадение кривых выживаемости фага в нормальных бактериальных клетках и мутантных клетках свидетельствовало об отсутствии репарации.
Таким образом, репарация тех повреждений, которые нарушают вторичную структуру ДНК, должна сопровождаться вырезанием или самого поврежденного участка или противоположного ему. Однако последствия этих двух актов будут совершенно различными. Участок ДНК, в котором повреждение, вырезано, будет быстро зарепарирован. Но как было показано американскими биохимиками Раппом и Говард-Фландерсом в 1968 г., молекула ДНК, несущая брешь против и поврежденного участка, будет долгое время оставаться незалеченной из-за того, что повреждение будет мешать репарирующим ферментам заделывать брешь в молекуле. В таком случае любое повторное «прохождение» блока репарирующих ферментов, следящих за «правильностью» молекул ДНК, приведет к вырезанию оставшегося не вылеченным поврежденного участка. Но в силу того, что первое вырезание оставалось незалеченным, второе вырезание закончится распадом молекулы ДНК на фрагменты. Распад молекулы ДНК повлечет за собой развал и самой хромосомы. Следствием всего процесса будет возникновение хромосомной перестройки в молекуле, первично поврежденной только в одной нити.
Изложенная идея позволяет понять многие экспериментальные факты, касающиеся возникновения хромосомных и хроматидных разрывов. Наибольшая частота хромосомных разрывов наблюдается как раз с теми мутагенами, которые вызывают нарушение вторичной структуры ДНК, а наибольшая частота хроматидных разрывов — с теми мутагенами, которые не нарушают спирали Уотсона—Крика
Какова же судьба оторвавшегося фрагмента ДНК? Во-первых, он может быть утерян, и это приведет к гибели клетки, например, за счет нарушения деления клеток. Во-вторых он может перейти в другую хромосому, образовав транслокацию. Этот способ генетического обмена осуществляется счет процесса кроссинговера, или рекомбинации, как его принято сейчас называть. Процесс перехода оторванного куска хромосомы к новой хромосоме можно представить следующим образом. Если в оторвавшемся фрагменте имеется последовательность оснований, комплементарная к последовательности оснований в другой хромосоме, то фрагмент сможет соединиться с этой хромосомой и затем образовать транслокацию.'
Принципиально тот же механизм может быть предложен для случаев полных генных мутаций. Хотя, как показали Рапп и Говард-Фландерс, скорость застройки брешей в поврежденной молекуле ДНК низка, но все же застройка имеет место.
При такой застройке, несомненно, синтезируемый участок будет отличаться от исходной структуры. Это произойдет потому, что матрицей для репаративного синтеза будет служить поврежденный участок оппозитной нити, что и закончится вставкой неверных оснований. Само явление вставки неверных оснований сразу после облучения ультрафиолетом наблюдалось в ряде экспериментов. Американские генетики Сетлоу, Каррир и Боллум в экспериментах с ДНК, облученной ультрафиолетовым светом, обнаружили, что в синтезируемых на такой ДНК молекулах информационных РНК имеется гораздо меньше АА-последовательностей (т. е. расположенных рядом двух адениловых остатков), чем в и-РНК, построенных на необлученных матрицах. Американский биохимик Яновский и сотрудники также отметили, что после повреждения цитозиновых нуклеотидов, расположенных рядом в гене щелочной фосфатазы кишечной палочки, происходит синтез измененной и-РНК, что заканчивается подстановкой в белок неверной аминокислоты.