К началу 13 века в Болонье обучалось до 10 тысяч человек со всей Европы. Здесь были представлены почти все языки Европы. Школа стала называться генеральной. В Болонье впервые стали появляться нации (землячества).
Другой тип объединения представлен Парижским университетом. Здесь объединение начали не школяры, а преподаватели. Это были не простые преподаватели, а студенты старших факультетов, успевшие закончить подготовительный факультет. Они являлись одновременно магистрами семи свободных искусств и студентами. Новый университет развивался бурно, Объединение с другими факультетами происходило постепенно. Могущество университета выросло в ожесточенной борьбе с духовными и светскими властями. Основание университета датируют 1200 годом, когда вышли указ французского короля и булла папы Иннокентия III , освобождавшие университет от подчинения светской власти. Автономия университета была закреплена буллами пап 1209, 1212, 1231 годов.
В 13 веке возникает и Оксфордский университет . Как и Парижский университет, он возникает после массы конфликтов с городскими и церковными властями. После одной из таких стычек в 1209 году студенты в знак протеста ушли в Кембридж и там возник новый университет. Эти два университета настолько тесно связаны друг с другом, что часто объединяются под общим названием «Оксбридж». Здесь в меньшей степени были представлены богословские проблемы, зато гораздо большее внимание уделялось естественным наукам. Особенностью Оксбриджа является наличие так называемых колледжей ( от слова коллегия), где студенты не только учились, но и жили. Гордостью Испании является университет в Саламанке (1227г). О его основании окончательно было заявлено в грамоте короля Альфонса X в 1243 году. В XIII веке возникает и масса других университетов: 1220г. - университет в Монпелье( привилегии университета получил в конце 13 века); 1222г. - Падуанский; 1224г. - Неаполитанский; 1229г. - Орлеанский, Тулузский.
Много университетов появилось в 14-15 вв.: 1347г. – Пражский;1364г.- Краковский; 1365г. – Венский; 1386г. – Гейдельбергский; 1409г. - Лейпцигский. К 1500 году в Европе существовало уже 80 университетов, численность которых была самая разная. В парижском университете в середине 14 века обучалось около трех тысяч человек, в пражском к концу 14 века - 4 тысячи, в краковском - 904 человека.
В средние века не было отделения высшего образования от среднего, поэтому в университетах и существовали младший и старшие факультеты. После изучения латыни в начальной школе школяр в 15-16, а иногда в 12-13 лет поступал в университет на подготовительный факультет. Здесь он изучал семь свободных искусств, состоявшие из двух циклов- тривиум (грамматика, риторика, диалектика) и квадривиум (музыка, арифметика, геометрия, астрономия). После изучения философии предоставлялось право поступать на старшие факультеты: юридический, медицинский, богословский.
Учебные занятия в университете были рассчитаны на весь учебный год. Разделение на полугодия или семестры появляется только к концу средневековья в германских университетах. Учебный год делился на две неравных части: большой ординарный учебный период с октября, иногда с середины сентября и до Пасхи, а также малый ординарный учебный период) с Пасхи и до конца июня. В 13 веке университеты начинают накапливать рукописи, копировать их и создавать собственные образцовые тексты. Аудиторий в современном смысле слова не существовало. Каждый преподаватель читал определенному кругу своих учеников в любом нанятом помещении или у себя дома. Болонские профессора одни из первых стали устраивать школьные помещения, а с 14 века города стали создавать общественные здания для аудиторий. Средневековые университеты были сложным организмом, стоявшим в центре культурной жизни Европы.
К 15-16 вв. университетская схоластика и вся система средневекового университетского образования, строго регламентированная, подчиненная теологии, оторванная от жизни стала тормозом для дальнейшего культурного и научного развития. Гуманисты резко отрицательно относились к старому университетскому образованию и быту. Возникновение и развитие опытной науки, потребности зарождавшегося капиталистического производства требовали полной ломки средневековой системы образования, а университеты придерживались старой системы, их не устраивала новая наука. Расцвет естествознания, вызвавший к жизни многочисленные академии, научные общества, протекал, минуя университеты.
Периодом «научной революции» иногда называют время между 1543 и 1687 гг. Первая дата соответствует публикации Коперником работы «Об обращениях небесных сфер»; вторая дата - Ньютоном «Математические начала натуральной философии». Все началось с астрономической революции Коперника, Тихо Браге, Кеплера, Галилея, которая разрушила космологию Аристотеля - Птолемея, просуществовавшую около полутора тысяч лет; Коперник поместил в центр мира не Землю, а Солнце; Тихо Браге — идейный противник Коперника -движущей силой, приводящей планеты в движение, считал магнетическую силу Солнца, идею материального круга (сферы) заменил современной идеей орбиты, ввел в практику наблюдение планет во время их движения по небу; Кеплер, ученик Браге, осуществил наиболее полную обработку результатов наблюдений своего учителя: вместо круговых орбит ввел эллиптические, он количественно описал характер движения планет по этим орбитам.
Галилей показал ошибочность различения физики земной и физики небесной, доказывая, что Луна имеет ту же природу, что и Земля, и формируя принцип инерции. Обосновал автономию научного мышления и две новые отрасли науки: статику и динамику.
Данный ряд ученых завершает Ньютон, который в своей теории гравитации объединил физику Галилея и физику Кеплера.
В течение этого периода изменился не только образ мира. Изменились и представления о человеке, о науке, об ученом, о научном поиске и научных институтах, об отношениях между наукой и обществом, между наукой и философией, между научным знанием и религиозной верой. Согласно этого, можно выделить несколько основных моментов: Земля, по Копернику не центр Вселенной, созданной Богом, а небесное тело, как и другие. Если Земля - обычное небесное тело, то не может ли быть так, что люди обитают и на других планетах: наука становится не привилегией отдельного мага или просвещенного астролога, не комментарием к мыслям авторитета (Аристотеля), который все сказал. Теперь наука - исследование и раскрытие мира природы, ее основу теперь составляет эксперимент; наиболее характерная черта возникшей науки - ее метод. Он допускает общественный контроль, и поэтому наука становится социальной; начиная с Галилея наука намерена исследовать не что, а как, не субстанцию, а функцию.
Научная революция порождает современного ученого-экспериментатора, сила которого - в эксперименте, становящемся все более и более точным, строгим благодаря новым измерительным приборам. Новое знание опирается на союз теории и практики, который часто получает развитие в кооперации ученых, с одной стороны и техников и мастеров высшего разряда (инженеров, художников, гидравликов, архитекторов) - с другой.
Определенное значение на естествознание средневековья оказала схоластика. На самых начальных этапах своего развития схоластическая систематизация, предполагала расчленение и определение множества понятий, сыграла положительную роль.
В тот период необходимой формой развития знаний. Положительные результаты были получены схоластикой в процессе исследования теологических и космологических вопросов – смысл Троицы, бессмертия души, конечности и бесконечности мира.
В тех областях, где предмет познания непосредственно, эмпирически не представлен или представлен только частично, то разум остается единственным средством анализа предмета в соответствии с некоторыми логическими критериями. Важнейшая проблема схоластики – отношение знания и веры.
В русле решения этого вопроса Фома Аквинский создает теолого - философский синтез знания с позиций установки на то, что теология выше философии. Естественные науки, по мнению Фомы Аквинского имеют право на существование.
Задача этих наук состоит в том, чтобы подкреплять, детализировать, конкретизировать положения, содержащиеся в Библии, только сами эти науки (астрономия, физика, математика и другие) - ни каждая в отдельности, ни все вместе - не могут постигнуть основных начал мира, такая задача им не под силу.