Следующий, ставший наиболее масштабным, поход русских войск на Югру был предпринят в 1499—1500 годах. Всего в этой экспедиции приняло участие, согласно архивным данным, 4041 человек, разделённых на три отряда. Командовали ими московские воеводы: князь Семен Курбский (командуя одним из отрядов, он одновременно являлся и начальником всего похода), князь Петр Ушатый и Василий Гаврилов Бражник. В ходе этого похода были покорены различные местные племена, а в состав Московского государства вошли бассейны Печоры и верхней Вычегды. Интересно, что сведения об этом походе, полученные С. Герберштейном от князя Семёна Курбского, были включены им в его «Записки о Московии». На земли, подчинённые в ходе этих экспедиций, была наложена дань пушниной[33].
После присоединения в 1471 году Ярославского княжества на его территории начинается достаточно жёсткая унификация с общемосковскими порядками. Специально назначенный посланец великого князя поверстал на московскую службу ярославских князей и бояр, отняв у них часть земель. В одной из критически настроенных летописей того времени эти события описаны так: «У кого село добро, ин отнял, а у кого деревня добрая, ин отнял да записал на великого князя, а кто будет сам добр боярин или сын боярский, ин его самого записал»[34]. Схожие процессы происходили и в перешедшем под контроль Москвы Ростове. Здесь также наблюдался процесс поверстания местной элиты (как князей, так и бояр) на службу великому князю, причём ростовские князья сохранили в своих руках значительно меньшие по сравнению с ярославскими князьями вотчины. Ряд владений был приобретён как великим князем, так и московской знатью[35].
Присоединение Тверского княжества в 1485 году и его интеграция в Российское государство произошло достаточно мягко. Оно было фактически превращено в одно из удельных княжеств; Иван Иванович был поставлен «на великом княжении на тферском». При княжиче Иване был оставлен московский наместник В. Ф. Образец-Добрынский. Тверь сохранила многие атрибуты самостоятельности: княжескими землями управлял особый Тверской дворец; хотя некоторые тверские бояре и князья и были переведены в Москву, новый тверской князь управлял княжеством при помощи тверской же боярской думы; удельные князья, поддержавшие Ивана III, даже получили новые вотчины (впрочем, ненадолго; вскоре они были у них вновь отобраны). В 1490 году, после смерти Ивана Ивановича, Тверь на некоторый срок перешла ко княжичу Василию, а в 1497 году была у него отнята. К началу XVI века тверской двор окончательно слился с московским, а некоторые тверские бояре перешли в московскую думу.
Интерес представляет также интеграция в общегосударственную структуру Белозерского княжества. После его перехода в 1486 году под власть Москвы, в марте 1488 года была обнародована Белозерская уставная грамота. Среди прочего, она устанавливала нормы кормлений представителей власти, а также регламентировала судопроизводство[36].
Наиболее глубокий характер носили перемены, постигшие Новгородскую землю. Отличия общественного строя Новгородского государства от московских порядков носили куда более глубокий характер, нежели в прочих новоприсоединённых землях. В основе вечевых порядков лежало богатство новгородской боярско-купеческой аристократии, владевшей обширными вотчинами; огромными землями также располагала новгородская церковь. В ходе переговоров о сдаче города великому князю московская сторона дала ряд гарантий, в частности, было обещано не выселять новгородцев «на Низ» (за пределы новгородской земли, на собственно московскую территорию) и не конфисковать имущество[37].
Сразу после падения города были произведены аресты. Была взята под стражу непримиримая противница Московского государства Марфа Борецкая, огромные владения семьи Борецких перешли в руки казны; схожая участь постигла ряд других вождей пролитовской партии. Помимо этого, был конфискован ряд земель, принадлежавших новгородской церкви. В последующие годы аресты были продолжены: так, в январе 1480 года под стражу был взят архиепископ Феофил; в 1481 году попали в опалу недавно принятые на государеву службу бояре Василий Казимир, его брат Яков Коробов, Михаил Берденев и Лука Федоров. В 1483—1484 годах последовала новая волна арестов бояр по обвинению в государственной измене, в 1486 году из города было выселено пятьдесят семей. И, наконец, в 1487 году было принято решение о выселении из города всей землевладельческо-торговой аристократии и конфискации её вотчин. Зимой 1487—1488 года из города было выселено около 7 000 человек — бояр и «житьих людей». В следующем году из Новгорода было выселено ещё более тысячи купцов и «житьих людей». Их вотчины были конфискованы в казну, откуда частично были розданы в поместья московским детям боярским, частично переданы в собственность московским боярам, а частично составили владения великого князя[38][39]. Таким образом, место знатных новгородских вотчинников заняли московские переселенцы, владевшие землёй уже на основе поместной системы; простой народ переселение знати не затронуло[40]. Параллельно с конфискациями вотчин была проведена перепись земель, подведшая итог земельной реформы. В 1489 году таким же образом была выселена часть населения Хлынова (Вятки).
Ликвидация господства старой землевладельческо-торговой аристократии Новгорода шла параллельно с ломкой старого государственного управления. Власть перешла в руки наместников, назначавшихся великим князем, и ведавших как военными, так и судебно-административными делами. Потерял значительную часть своей власти и новгородский архиепископ. Им после смерти в 1483 году архиепископа Феофила (арестованного в 1480 году) стал троицкий инок Сергий, сразу восстановивший против себя местное духовенство. В 1484 году его сменил назначенный из Москвы архимандрит Чудова монастыря Геннадий Гонзов, сторонник великокняжеской политики[41]. В будущем архиепископ Геннадий стал одной из центральных фигур в борьбе против ереси «жидовствующих».
Объединение прежде раздробленных русских земель в единое государство настоятельно требовало помимо политического единства создать также единство правовой системы. В сентябре 1497 года в действие был введён Судебник — единый законодательный кодекс.
Относительно того, кто мог быть составителем Судебника, точных данных нет. Господствовавшее в течение долгого времени мнение о том, что его автором был Владимир Гусев (восходящее к Карамзину), в современной историографии рассматривается как следствие ошибочной интерпретации испорченного летописного текста. По мнению Я. С. Лурье и Л. В. Черепнина, здесь мы имеем дело со смешением в тексте двух разных известий — о введении Судебника и о казни Гусева[42].
В качестве известных нам источников норм права, отражённых в Судебнике, обычно называют следующие памятники древнерусского законодательства:
Вместе с тем, часть текста Судебника составляют нормы, не имеющие аналогов в предшествующем законодательстве.
Круг вопросов, отражённых в этом первом за долгое время обобщающем законодательном акте, весьма широк: это и установление единых для всей страны норм судопроизводства, и нормы уголовного права, и установления гражданского права. Одной из наиболее важных статей Судебника стала статья 57 — «О христьянском отказе», вводившая единый для всего Российского государства срок перехода крестьян от одного землевладельца к другому — за неделю до и неделей после Юрьева дня (осеннего) (26 ноября). В ряде статей затрагивались вопросы землевладения. Значительную часть текста памятника занимали статьи о юридическом статусе холопов.
Создание в 1497 году общерусского Судебника стало важным событием в истории законодательства России. Стоит отметить, что подобного единого кодекса не существовало даже в некоторых государствах Европы (в частности, в Англии и во Франции). Перевод ряда статей был включён С. Герберштейном в его труд «Записки о Московии»[43]. Издание Судебника явилось важной мерой укрепления политического единства страны путём унификации законодательства.
Объединение страны не могло не сказаться благотворно на культуре России. Масштабное крепостное строительство, возведение храмов, расцвет летописания в эпоху Ивана III являются зримым свидетельством духовного подъёма страны; при этом немаловажным фактом, свидетельствующим об интенсивности культурной жизни, является появление новых идей. Именно в это время появляются концепции, составившие в будущем весомую часть государственной идеологии России.
Большой шаг вперёд при Иване III сделало русское зодчество; немалую роль в этом сыграло то, что по приглашению великого князя в страну прибыл целый ряд итальянских мастеров, познакомивших Россию с архитектурными приёмами бурно развивавшегося Возрождения.
Уже в 1462 году начинается строительство в Кремле: был начат ремонт требовавших починки стен. В дальнейшем масштабное строительство в великокняжеской резиденции продолжилось: в 1472 году по указанию Ивана III на месте обветшавшего собора, построенного в 1326—1327 годах при Иване Калите, было решено возвести новый Успенский собор. Строительство было поручено московским мастерам; однако, когда до окончания работ осталось совсем немного, собор рухнул. В 1475 году в Россию был приглашён Аристотель Фиораванти, который сразу же взялся за дело. Остатки стен были снесены, на их месте был выстроен храм, неизменно вызывавший восхищение современников. 12 августа 1479 года новый собор был освящён митрополитом Геронтием.