Центральный двор был вымощен плитками из известняка 37, поверх которых проложили дорожки, ведущие из города к западному входу, и на север — к театральному району и царской дороге. Как правило, двор был обнесён портиками, в которых чередовались столбы и колонны (так выше описан реконструируемый портик из столбов Кносского дворца) 38. Пропорциональные соотношения между частями плана во всех дворах, присутствующих в критской архитектуре, почти одинаковы. Исходя из этого, Дж. Грехем отмечает, что дворы могли использоваться для неких действий, требовавших большого пространства и площадки определённых размеров. По мнению Дж. Грехема, таким ритуалом могла быть тавромахия (игры, борьба с быком). Зрители размещались в портиках или наблюдали за действием из окон верхних этажей. Промежутки между столбами или колоннами портиков были загорожены гипсовыми блоками высотой около метра, предохранявшими зрителей от нападения быков (образцы подобных блоков найдены в центральном дворе в Малии). Археологический материал, происходящий из Феста свидетельствует о том, что все проходы в центральный двор имели двери, которые, вероятно, во время игр закрывались, чтобы животные не ворвались во дворец. Часть западных складов Феста Дж. Грехем атрибутирует как стойла, где перед играми содержали быков. В северо-западной части центрального двора в Фесте найдена конструкция, которая представляла собой высокую платформу со ступенькой, по изображению на печати из Маллии известно, что подобная конструкция использовалась во время игр с быком 39. В силу этих данных можно предположить, что находящееся в центре западного фасада центрального двора кносского ансамбля трёхчастное святилище, также могло иметь значение места, где происходили жертвоприношения быков после игр и в криптах выполнялся ритуал пролития крови жертвы 40.
Второй крупный комплекс дворцовых помещений, был расположен на восточной стороне двора на трёх уступах холма, также разделялся на две половины длинным перпендикулярным двору коридором и включал в себя Царские покои ("Зал Двойной секиры или Мегарон царя" и "Мегарон царицы") со Святилищем Двойных секир, Большой Восточный зал и Комплекс мастерских. Одной из особенностей восточного крыла кносского дворца, отличавшей его от других его частей, является отсутствие развитой системы входа с внешней стороны. В восточном фасаде есть небольшая дверь, ведущая в коридор, который разделяет блоки помещений восточного крыла. Восточный вход отмечен поздним бастионом, который реконструировал А. Эванс. Этот вход использовался для хозяйственных нужд и единственный из всех не был оформлен портиком. Другой особенностью этой части дворца является то, что она сохранилась на высоту двух этажей, благодаря тому, что уровень помещений понижен на девять метров относительно центрального двора, благодаря врезке в склон холма.
Архитектура этой части дворца сильно отличается своими конструкциями от помещений западного и северного крыльев. Вероятно, вход в основные помещения крыла был со стороны центрального двора. Сохранилась главная лестница, связанная с Комплексом царских покоев. Она освещалась через световой двор, обнесённый портиком. Ступени лестницы сложены их алебастровых блоков. Нижние пролёты лежат на земле, верхние поддерживают деревянные колонны, между которыми были перекинуты балки. Выходы деревянных балок в кладке отмечены розетами. Лестница освещается большим световым колодцем, окружённым колоннадами. От Большой Лестницы сохранилось четыре лестничных участка.
Северо-восточная часть дворца, расположенная на севере от коридора, сохранилась плохо. Возможно, здесь находились хозяйственные помещения (которые, как считает Б.Р. Виппер, "можно было бы назвать техническими, индустриальными и художественными мастерскими"41) и склады с найденными здесь пифосами. Здесь было помещение, где централизовалась сложная и очень совершенная система водопровода, была давильня для масла, мастерская скульпторов, резчиков по камню, горшечников 42, нечто вроде оружейной мастерской. На втором этаже северо-восточной части Дж. Грехем и Р. Кастледен реконструируют большую залу (т. наз. Большой Восточный зал), которая выходила на центральный зал и имела культовое значение 43. Существование этой залы подтверждается более толстыми стенами, окружающими группу складских и служебных помещений нижнего этажа, имеющих прямоугольные очертания, а также находками фрагментов упавших сверху рельефов и фресок 44. Р. Кастледен фиксирует две стадии существования этого помещения в период Новых дворцов. Первоначально полы зала находились на уровне центрального двора, позже уровень пола был поднят, со двора вели 12 ступеней, а перекрытие зала поддерживали восемь колонн, стоявших в два ряда 45. Стены зала были украшены фресками с мифологическими сюжетами и изображениями идущих грифонов. Возможно это помещение имело два яруса декорации, или над ним находилось ещё одно парадное помещение. На том же этаже, в одном из небольших помещений бала найдена не менее знаменитая "Мозаика города" — фаянсовые плитки, изображающие фасады критских домов, эти плитки служат ценным свидетельством для реконструкции критской архитетктуры. На нижнем этаже, практически под Большой Восточной Залой, находился склад пифосов, где находилась знаменитая фреска "Дама в голубом".
За Большим Восточным залом находятся обращённые в строну склона холма склады и мастерские вотивных предметов. Среди этих помещений выделяется комната, которую А. Эванс определил как "Школьная", со знаменитой фреской, изображающей игры с быком.
Особенно выделяется т. наз. Комплекс царских покоев ("Резиденция"). Основным помещением этого комплекса является т. наз. Зал двойных секир 46 (или "Мегарон 47 царя"). Это название дано по знакам лабриса (обоюдоострого топора), выбитых на блоках стен светового колодца зала, что указывает на культовое значение помещения 48. Помещение состояло, по определению Б.Р.Виппера, из трёх пространственных элементов: наружного портика на колоннах, окружавшего зал с двух сторон и выходящего на открытую террасу; главного помешения, имеюшего только одну сплошную стену (с трёх других сторон зал отделялся столбами, к которым были прикреплены двери; если эти двери открыть, они входят в углубления столбов, изчезая внутри дверных косяков, и зал делается совершенно сквозным); вестибюля с двумя колоннами и двумя дверьми, который выходит в световую шахту (её пространство занимает примерно ¼ пространства большого зала), проходящую сквозь три этажа (окно, пробитое в одной из стен этой шахты, входит в главный коридор и служит для него основным источником света)49. Прием, используемый при планировке главного помещения Зала Двойной секиры, называется политюрон (разделение зала поперёк продольной оси рядом столбов, в пазах которого крепились двери. Обычно политюрон связан с портиком). Применение политюрона позволяло менять размеры и конфигурацию зала, по–разному использовать источники света (так при полностью закрытом зале могло использоваться только искусственное освещение с помощью ламп). Кроме того, политюрон мог изменять количество и расположение входов в центральную часть зала, а также его ориентацию — он мог быть открыт в световой колодец или в угловой портик, или в тот или другой участок зала одновременно. Политюрон Зала Двойной секиры является одним из самых развитых примеров этой конструкции. В западном портике Зала найдены остатки трона, который был придавлен алебастровой глыбой. Трон был деревянным и окружён небольшими колоннами, поддерживающими балдахин. Также, возможно, деревянный трон стоял у северной стены. Стены Зала, верхнего этажа и веранды были украшены сохранившимися фрагментами фресок с изображением щитов виде восьмёрок, быка и т. наз аргонавтов.
Узкий, изгибающийся под прямым углом коридор (т. газ коридор "собачьей ноги") ведёт из вестибюля Зала Двойной секиры в другую группу помещений, обрамлённых с двух сторон световым колодцем, которые получили название "Мегарон царицы"50. Он состоит из помещения с многопроёмными окнами и скамьями (собственно сам "Мегарон"), а также вспомогательных помещений (комнатой для омовений с глиняной ванной, "спальней", "уборной" и "косметическим кабинетом"). Главное помещение "Мегарона царицы" не имеет, как отмечал Б.Р. Виппер, "…ни выхода, ни свободного выхода на пейзаж, но зато с двух сторон обрамлено световыми шахтами"51. Но зато, помещение снабжено большими окнами, в качестве рамы для которых могли использоваться гипс или штукатурка. Столбы, отделяющие сам мегарон от портика, стоят не на полу, а на некотором возвышении (стилобате), к которому с обеих сторон были прикреплены деревянные скамьи, которые могли играть роль алтарей. В задней стене "Мегарона царицы" пробиты две двери. Одна из которых ведёт в ванную комнату, другая – через узкий коридор – в спальню, где стояла кровать на четырёхугольном гипсовом возвышении и к которой примыкала маленькая уборная, оборудованная со всеми удобствами. "Мегарон царицы" украшали прекрасные настенные росписи ("Дельфины", "Танцовщица", а также орнамент в виде спирали). Первоначально А. Эванс определил эти помещения как жилые покои, этой гипотезы придерживался и Дж. Грехем, реконструируя помещения с планом люстрального бассейна как ванные комнаты. Вместе с тем, он оговаривал, что большие залы (т.е. "Зал Двойной секиры") могли использоваться для торжественных приёмов и церемоний. В последние годы высказываются мнения, что комплекс Резиденции, скорее всего, имеет сакральный характер. На связь этих помещений с сакральной практикой указывают ряд признаков: знаки двойного топора, выбитые на стенах Зала Двойной секиры, сюжеты стенных декораций, предметы, найденные в комнатах и используемые в ритуальных действах. В связи с вышесказанным возникает ещё один вопрос — являлась ли ванная комната собственно ванной или люстральным бассейном. Это помещение отделено от зала невысоким парапетом, что делает уровень пола "ванной" ниже, чем залы. Кроме того, ванна не была найдена непосредственно в этом помещении, из чего следует, что она вообще там стояла, как предполагает реконструкция А. Эванса. Дж. Грехем предполагает, что в Кноссе под нынешним мощением пола из алебастра мог находиться на более глубоком уровне ранний пол 52. С. Алексиу полагает, что все помещения с планом люстральных комнат использовались в ритуальных целях, связанных с возлияниями (люстрациями) и магией дождя. В пользу этого свидетельствуют находки в люстральных комнат каменных ритонов. А для мытья использовались ванны 53. Как ещё одно доказательство культовой роли люстральных комнат Комплекса Резиденции говорит и то, что росписи подобной комнаты во дворце в Загросе изображают алтарь и белые рога посвящения на красном фоне54.