Першапачатковую адукацыю Ф. Скарына атрымаў у Полацку, які меў шматвяковыя кніжна-пісьмовыя традыцыі, славіўся багатымі бібліятэкамі і высокаадукаванымі людзьмі. Азы царкоўна-славянскай граматы Францішак асвойваў, найбольш верагодна, дома або пры адным з полацкіх праваслаўных манастыроў. У Полацку або ў Вільні будучы асветнік набыў грунтоўныя веды па лацінскай мове, без чаго нельга было марыць пра далейшае навучанне ва універсітэтах Заходняй Еўропы, дзе лаціна была тады мовай асветы, навукі, літаратуры, грамадскіх зносін. Як мяркуюць, яму ў гэтым дапамагалі полацкія бернардзінцы.
Каб атрымаць вышэйшую адукацыю, летам 1504 г. Скарына, відаць, разам з купецкім абозам накіраваўся ў Кракаў, тагачасную сталіцу Польшчы, дзе быў вядомы ў Еўропе і найбольш блізкі ад Полацка Ягелонскі універсітэт. Заплаціўшы два грошы ўступных, што сведчыла пра небагаты стан бацькоў, там ён паступіў вучыцца на факультэт мастацтваў, або свабодных навук, які даваў шырокую, энцыклапедычную падрыхтоўку. Толькі скончыўшы яго, можна было працягваць вучобу на адным са спецыяльных факультэтаў – багаслоўскім, юрыдычным ці медычным, і атрымаць адпаведную прафесію. Навучальны год тады пачынаўся ў сярэдзіне кастрычніка і складаўся з двух семестраў – зімовага і летняга, паміж якімі былі канікулы. Заняткі праводзіліся ў спецыяльных аўдыторыях і працягваліся з раніцы да вечара. Жылі студэнты ў інтэрнатах-бурсах, дзе харчаваліся і рыхтаваліся да заняткаў. За два гады напружанай працы Скарына асвоіў поўны курс так званых сямі свабодных навук, які складаўся з трывіума (граматыка, рыторыка, логіка) і квадрывіума (арыфметыка, геаметрыя, астраномія, музыка). Ён навучыўся не толькі свабодна выкладаць свае думкі на лацінскай мове, майстэрству дыскусіраваць, але і атрымаў грунтоўныя ў гэтых навуках веды, штудзіруючы класічныя працы і творы антычных вучоных і пісьменнікаў, якія былі пакладзены ў аснову навучання, а таксама каментарыі да іх сярэдневяковых аўтараў. Так, лацінскую граматыку ён спасцігаў па падручніку рымскага вучонага 4 ст. Э. Даната, рыторыку – паводле твораў Цыцэрона, геаметрыю – па Эўкліду, астраномію – па «Касмаграфіі» Пталамея. Аднак найбольшым аўтарытэтам тады карыстаўся Арыстоцель. Амаль палову часу на факультэце свабодных навук аддавалася вывучэнню і тлумачэнню «Паэтыкі», «Рыторыкі», «Фізікі», «Этыкі», прац па логіцы славутага антычнага філосафа. Фактычна большасць прадметаў на гэтым факультэце выкладалася па Арыстоцелю, таму невыпадкова яго часам называюць яшчэ і філасофскім. Чыталі лекцыі і праводзілі семінарскія заняткі знакамітыя вучоныя, сярод якіх асабліва вылучаліся Ян з Глагова, аўтар шматлікіх прац па філасофіі, логіцы, мовазнаўству, а таксама Мацей Мяхоўскі, рэктар універсітэта ў 1505–1506 навучальным годзе, будучы аўтар славутага «Трактата пра дзве Сарматыі». Важнае значэнне для фарміравання мастацкага густу, літаратурных ведаў і гуманістычнага светапогляду беларускага асветніка мела даволі шырокае яго знаёмства ў сценах універсітэта з творчасцю выдатных паэтаў старажытнасці Гамера, Вергілія, Гарацыя, Авідзія. Восенню 1506 г. Скарына паспяхова завяршыў навучанне на факультэце свабодных навук і 14 снежня атрымаў першую навуковую ступень бакалаўра. Вучоба ў Кракаўскім універсітэце, жыццё ў сталічным еўрапейскім горадзе ў перыяд актыўнага станаўлення рэнесанснай культуры, кантакты з прадстаўнікамі розных краін і народаў шмат далі беларускаму асветніку для паглыблення ведаў, пашырэння кругагляду, фарміравання яго рознабаковай асобы. Менавіта яшчэ ў Кракаве, дзе меліся багатыя бібліятэкі, кнігарні і друкарні і дзе зусім нядаўна, у канцы 15 ст., выдаваў кірылічныя кнігі Ш. Фіёль, Скарына пазнаёміўся з друкаванай кнігай і тэхнікай кнігадрукавання і, магчыма, ужо тады ў яго запала думка пра выданне кніг і для сваіх суайчыннікаў.
Дакладна невядома, дзе і чым займаўся беларускі асветнік, атрымаўшы вышэйшую адукацыю, бо дакументальныя звесткі, звязаныя з яго асобай за 1507–1511 г., пакуль не выяўлены. Адно несумненна, што ён не губляў час дарэмна, а працягваў паглыбляць свае веды ў розных навуках шляхам самаадукацыі, слуханнем лекцый знакамітых прафесараў, а, магчыма, і сам выкладаў. Прынамсі, каб быць дапушчаным да экзаменаў на атрыманне ступені доктара навук, яму неабходна было дзесьці асвоіць поўны універсітэцкі курс у адпаведнай галіне і адбыць год практыкі. За гэтыя гады Скарына ў адным з еўрапейскіх універсітэтаў здабыў вучоную ступень магістра, а затым доктара навук «вызваленых» (свабодных). Шмат сілы беларускі асветнік аддаў таксама на грунтоўнае вывучэнне медыцыны, якой сур'ёзна захапіўся, на асваенне прац славутых лекараў мінуўшчыны Гіпакрата, Галена, Авіцэны, шматвяковага вопыту народнага лекарства.
У 1507–1511 гг. Скарына, напэўна, наведваў сваіх родных на Бацькаўшчыне, пабываў у Вільні і Полацку. Яму давялося тады думаць не толькі пра адукацыю, але і пра хлеб штодзённы, бо сям'я Скарынаў была незаможнай, і таму значнай дапамогі ад родных нельга было чакаць. Тым больш, што ў гэты час памёр яго бацька. Не выпадкова ў адным з падуанскіх дакументаў 1512 г. ён названы бедным чалавекам. Каб здабыць сабе сродкі на пражыццё і забяспечыць магчымасць вучыцца далей, у 1511 ці 1512 гг. Скарына паступіў на службу ў якасці «сакратара караля Дацыі», як ён атэстуецца ў адным з дакументаў 1512 г. Пад Дацыяй адны разумеюць Данію, на думку іншых – гэта тэрыторыя сучаснай Румыніі, якая тады складалася з Малдовы і Валахіі, але па традыцыі з глыбокай старажытнасці іменавалася Дакіяй. Хутчэй за ўсё, ён быў сакратаром ваяводы Валахіі, дзе якраз у 1508–1512 гг. пачалося славянскае кнігадрукаванне. Валахія размяшчалася непадалёку ад Італіі, куды і накіраваўся Скарына ў 1512 г. У старажытным італьянскім горадзе Падуя перад Вучонай калегіяй славутага універсітэта ён бліскуча здаў экзамен на годнасць доктара лекарскіх навук. Экзамен адбываўся ў саборы св. Урбана на працягу двух дзён, 6 і 9 лістапада. Як сведчаць дакументы, у заключны дзень «сын нябожчыка пана Лукі Скарыны з Полацка, русін, быў экзаменаваны асобным і строгім чынам па пытаннях, прапанаваных яму раніцай гэтага дня. Ён праявіў сябе настолькі слаўна і дастойна ў час гэтага свайго строгага экзамену, калі выкладаў адказы на зададзеныя яму пытанні і калі абвяргаў прапанаваныя яму доказы, што атрымаў аднадушнае ўхваленне ўсіх прысутных вучоных без выключэння, і было прызнана, што ён мае дастатковыя веды ў галіне медыцыны. Вышэйназваны яснавяльможны пан віцэ-прыёр [Тадэй Мусаці] абвясціў яго ўстаноўленым чынам доктарам медыцынскіх навук. Пасля гэтага выдатны доктар мастацтваў і медыцыны пан магістр Барталамей Барызон, прамотар, ад свайго імя і калег… уручыў яму знакі медыцынскай годнасці». Так наш суайчыннік, бліскуча прадэманстраваўшы перад аўтарытэтнымі вучонымі свае глыбокія веды, быў заслужана далучаны да кагорты выдатных мужоў еўрапейскай навукі.
Атрыманне найвышэйшай вучонай ступені дало Скарыне не толькі маральнае задавальненне. Дыплом доктара лекарскіх навук павышаў яго грамадскі прэстыж як асобы вельмі адукаванай, незвычайных ведаў і таленту і адкрываў перад уладальнікам шлях да грамадскага прызнання і матэрыяльнага дабрабыту. Аднак атрыманне і гэтага дыплома не стала канчатковай мэтай Скарыны. Ён не мог спыніцца на дасягнутым, бо добра ведаў, наколькі далёкае яшчэ развіццё асветы, навукі, культуры на Беларусі ад надзённых духоўных патрэб народа. Менавіта ў кнізе, якая тады была цяжка даступнай простаму чалавеку, беларускі асветнік слушна ўбачыў адзін з найважнейшых сродкаў культурнага прагрэсу сваіх суайчыннікаў. Напэўна ў Італіі, калысцы рэнесанснага гуманізму, краіне высокаразвітага кнігадрукавання, не толькі завяршылася фарміраванне гуманістычнага светапогляду Скарыны, але і канчаткова выспела яго вялікая асветніцкая задума – даць свайму народу друкаваную кнігу. Там ён навочна пераканаўся, як дзякуючы друкарскаму станку кніга становіцца агульнадаступнай для розных слаёў насельніцтва. Будучы ў Італіі, беларускі асветнік не мог абмінуць блізкую Падуі Венецыю, дзе працаваў выдатны кнігадрукар Альд Мануцый і дзе ў 1506 г. надрукавана Чэшская Біблія, якая стала адной з крыніц Скарынавай. Ажыццяўленне яго вялікай задумы патрабавала незвычайных намаганняў. Неабходна было здабыць немалыя сродкі, каб арандаваць памяшканне і друкарскі станок, купіць паперу і фарбы, заказаць шрыфты, знайсці кваліфікаваных майстроў кнігадрукарскай справы. Гэтыя і іншыя цяжкія праблемы, звязаныя з заснаваннем кнігадрукавання ва Усходняй Еўропе, давялося вырашаць Скарыне. Ён пабываў у розных гарадах Вялікага княства Літоўскага, Польшчы, іншых краін, наладжваў кантакты і сувязі, шукаў падтрымкі. Асабліва яму дапамаглі заможныя віленскія беларусы: радца Багдан Онкаў (Анковіч) і бурмістр Якуб Бабіч. Шмат часу і сіл аддаў асветнік, каб сабраць неабходныя пісьмовыя крыніцы, дакладна перакласці і падрыхтаваць да друку сотні старонак Бібліі, якую ён вырашыў даць простаму чалавеку для самастойнага чытання. Скарына вельмі хацеў пачаць кнігадрукаванне і выдаць сваю першую кнігу ў тагачаснай літоўска-беларускай сталіцы – горадзе Вільні, у грамадскім і культурным жыцці якой ужо адчуваліся моцныя рэнесансна-гуманістычныя павевы. Аднак адсутнасць неабходных умоў прымусіла яго адмовіцца ад першапачатковай задумы. Выбар паў на чэшскую Прагу, дзе была значная паліграфічная база, вопытныя майстры кнігадрукарскай справы, багатыя традыцыі перакладу і выдання Бібліі на роднай мове. Прага геаграфічна блізка размяшчалася ад такіх буйных цэнтраў тагачаснага еўрапейскага кнігадрукарства, як Аўгсбург і Нюрнберг. Важнае значэнне мела і агульная талерантная атмасфера ў гусіцкай Чэхіі. Тут атмасфера была больш спрыяльная, чым у каталіцкім Кракаве, для такой вальнадумнай, наватарскай акцыі – першага выдання Свяшчэннага пісання для праваслаўнай Русі ў перакладзе на яшчэ адну славянскую, некананічную мову – старабеларускую. Для свайго вялікага пачыну Скарына выбраў менавіта Біблію, выдатны помнік сусветнай культуры, найбольш аўтарытэтную і папулярную ў хрысціянскім свеце кнігу, у якой людзі імкнуліся знайсці адказы на хвалюючыя пытанні жыцця. Ф. Скарына бачыў у ёй не толькі кодэкс хрысціянскай веры і маралі, але і каштоўную крыніцу разнастайных ведаў, важны сродак духоўнага ўзбагачэння і маральнага ўдасканалення чалавека, «лекі для душы». У гэтай кнізе, сцвярджаў ён у прадмове, – «усяе народнае мудрасці пачатак і канец», «навучанне сямі свабодных навук дастатковае». Сваім агульначалавечым характарам, багаццем зместу і глыбінёю думкі, а таксама высокімі літаратурнымі вартасцямі і прывабіла Скарыну Біблія. З поўным тэкстам выдатнага помніка старажытнага пісьменства і вырашыў пазнаёміць усходнеславянскага чытача беларускі асветнік.