Каля 1520 г. беларускі асветнік вярнуўся на радзіму. Ён прыехаў не толькі са сваімі кнігамі, але і з друкарскім варштатам, які набыў у Празе. Скарына спыніўся ў сталіцы літоўска-беларускай дзяржавы Вільні, дзе заснаваў першую ва Усходняй Еўропе друкарню. Тут у 1522 г. выйшла яго «Малая падарожная кніжка», якая складаецца з Псалтыра, Часаслоўца, акафістаў і канонаў, Шасціднеўца і Саборніка. У 1525 г. з'явілася яго апошняе выданне – Апостал, які ўключае апостальскія дзеі і пасланні. Як і пражскі Псалтыр 1517 г., віленскія выданні Скарыны былі надрукаваны на царкоўнаславянскай мове беларускай рэдакцыі і таксама багата ўпрыгожаны. На гэтым абарвалася яго кнігавыдавецкая дзейнасць. Самыя розныя прычыны, матэрыяльныя і ідэалагічныя, перашкодзілі беларускаму асветніку ажыцдявіць задуманае – завяршыць выданне ўсёй Бібліі, надрукаваць іншыя кнігі. Патрэбны былі немалыя сродкі і падтрымка ўплывовых асоб. Аднак дзейснай дапамогі беларускі першадрукар не атрымаў ні ад багатых свецкіх мецэнатаў, ні ад вышэйшага духавенства, якое з недаверам ставілася да яго выданняў, бачыла ў яго дзейнасці падрыў сваёй манаполіі. Не спрыялі Скарыне і асабістыя абставіны. Каля 1526 г. ён ажаніўся з удавой Маргарытай, былой жонкай віленскага радцы Юрыя Адверніка, які памёр у 1525 г. З'явіліся дзеці, новыя клопаты. У 1529 г. Ф. Скарына вымушаны быў займацца судовымі справамі, звязамымі з прэтэнзіямі сваякоў Маргарыты на яе дом у Вільні, а таксама ўдзельнічаць у судовым падзеле тавараў, што засталіся ў Познані пасля смерці купца Івана Скарыны, яго роднага брата.
Нягледзячы на цяжкасці і складанае становішча, Скарыну не пакідала думка прадоўжыць кнігавыдавецкую дзейнасць. У канцы 1520-х – пачатку 1530-х гг. ён паспрабаваў зацікавіць сваімі выданнямі і кнігадрукарствам маскоўскае грамадства. Але гэтая спроба аказалася дачаснай. Беларускага асветніка ў Расіі не зразумелі і не падтрымалі, а яго кнігі загадам маскоўскага цара былі публічна спалены як ерэтычныя. У 1530 г. Скарына падаўся ў Каралевец (Кёнігсберг) да прускага герцага Альбрэхта. Уражаны і захоплены шырокай эрудыцыяй, рознабаковасцю інтарэсаў, незвычайнымі ведамі і талентам беларускага гуманіста, той прыняў яго да сябе на службу. Аднак неадкладныя маёмасныя справы і іншыя невядомыя нам прычыны прымусілі Скарыну, па сутнасці, патаемна ўцячы назад у Вільню. Выказвалася меркаванне, што ў сярэдзіне 1520-х гг. ён наведаў г. Вітэнберг і сустракаўся там з М. Лютарам, аднак яно слаба абгрунтавана. Больш верагодна, што ён сустракаўся з вядомым медыкам і прыродазнаўцам Парацэльсам і дыскутаваў з ім, калі той прыязджаў у Літву. У віленскі перыяд свайго жыцця Скарына быў знаёмы з іншымі знакамітымі людзьмі таго часу – з К. Астрожскім, А. Гаштольдам, Жыгімонтам I Старым. Служачы пэўны час асабістым сакратаром і лекарам віленскага біскупа Яна, ён быў у цесных сувязях з многімі высокаадукаванымі дзеячамі культуры і навукі, якія акружалі гэтага каталіцкага іерарха і складалі своеасаблівае гуманістычнае таварыства.
У 1532 г. Ф. Скарыну чакалі новыя непрыемнасці і прыгоды. Варшаўскія ліхвяры несправядліва абвінавацілі яго ў тым, што, атрымаўшы спадчыну свайго брата-нябожчыка Івана, ён не хоча аддаваць ім даўгі апошняга, і дамагліся ад караля Жыгімонта ўказа (ад 5 лютага) аб яго турэмным зняволенні. Гэты ўказ быў прыведзены ў выкананне ў сакавіку ці на пачатку красавіка 1532 г., і Скарыну пасадзілі ў турму ў г. Познані, куды ён прыехаў па справах віленскага біскупа Яна. Толькі дзякуючы заступніцтву апошняга і хадайніцтву пляменніка Рамана 24 мая 1532 г. кароль выдаў указ аб вызваленні Ф. Скарыны з турмы, адкуль ён, прасядзеўшы там каля трох месяцаў, быў выпушчаны на волю ў сярэдзіне чэрвеня. Каб абараніць сябе ад новых напасцяў, першадрукар дамогся спецыяльных прывілейных грамат (ад 21 і 25.10.1532), паводле якіх сам кароль браў яго пад сваю апеку і абарону. Аднак не вельмі дапамаглі і гэтыя прывілеі. У цэлым абставіны для Скарыны ў пачатку 1530-х гг. складваліся неспрыяльна. Ён часта пакідаў Вільню, пераязджаў з месца на месца не толькі з-за сваёй няўрымслівай натуры, але і каб пазбегнуць розных праследаванняў. Апрача ўсяго іншага, у 1530 г. у час вялікага пажару ў Вільні настолькі моцна пацярпела яго друкарня з абсталяваннем, што аднавіць кнігадрукарства тут сталася немагчыма. Дзесьці ў гэты ж час памерла яго жонка Маргарыта, і яе сваякі з новай сілай пачалі прэтэндаваць на дом нябожчыцы. Да сярэдзіны 1530-х гг. прыкметна аслабела становішча яго мецэната біскупа Яна, якога ў 1536 г. перавялі з Вільні ў Познань. Цяжкія абставіны вымусілі Скарыну пакінуць родную краіну і шукаць прытулку на чужыне. У 1535 г. ён вярнуўся ў Прагу, дзе ўладкаваўся вучоным-садоўнікам у каралеўскім батанічным садзе, які тады закладваўся. У садзе чэшскага караля Фердынанда I Ф. Скарына прапрацаваў да лета 1539 г. Дзе ён жыў і чым займаўся пасля гэтага, мы не ведаем. У Чэхіі (магчыма, у Паўднёвай) беларускі гуманіст знайшоў свой вечны спачын. На жаль, нам невядомы ні дакладны час яго смерці, ні месца пахавання. Найбольш верагодна, ён памёр у 1551 г., бо ў пачатку наступнага года чэшскі кароль выдаў Скарынаваму сыну Сімяону спецыяльную грамату (ад 29 студзеня) на права адшукваць па ўсёй краіне і наследаваць маёмасць свайго бацькі, ужо нябожчыка. У тым жа 1552 г. справа аб нейкай частцы маёмасці беларускага асветніка разглядалася і ў Вільні, пра што сведчаць два нядаўна выяўленыя судовыя дэкрэты (ад 17 жніўня і 15 снежня) караля Жыгімонта Аўгуста. Сімяон Скарына ў 1570-я гг. жыў у Паўднёвай Чэхіі і таксама займаўся лекарствам і садоўніцтвам. Другі сын першадрукара Францішак загінуў у 1541 г. у Празе ў час пажару. Нашчадкі Сімяона Скарыны жылі ў Чэхіі і Славакіі. Відаць, з гэтай лініі паходзяць доктар медыцыны і філасофіі Станіслаў Стэнлі Скарына, які жыве ў Канадзе, і літаратар Юры (Ежы) Скарына, жыхар Мексікі.
Шматгранная асветніцкая дзейнасць Скарыны з'явілася найвышэйшым выяўленнем творчых сіл і духоўных імкненняў беларускага народа даўняй пары, адкрыла новую эпоху ў гісторыі беларускай літаратуры і культуры, праклала новыя шляхі ў іх развіцці. Самаадданая праца гэтага тытана эпохі Адраджэння дзеля культурнага прагрэсу свайго народа паслужыла прыкладам для многіх дзеячаў культуры не толькі Беларусі, але і Украіны, Расіі, Літвы, спрыяла пашырэнню кнігадрукарства, ідэй гуманізму, асветы ва Усходняй Еўропе. Дабратворны ўплыў першадрукара адчулі С. Будны і В. Цяпінскі, I. Фёдараў і П. Мсціславец, браты Мамонічы і іншыя прадаўжальнікі яго справы. Яго кнігі, хоць іх афіцыйна і не прыняла хрысціянская царква, шырока разышліся па Усходняй Еўропе і дайшлі да людскіх сэрцаў. У цяжкія часы гісторыі беларускага народа яго імя служыла стымулам і сцягам у барацьбе за родную мову і культуру, за нацыянальныя традыцыі, новае Адраджэнне. Спадчына Скарыны, выразна беларуская і адначасова агульначалавечая паводле свайго характару, мае ўсеславянскае і ўсееўрапейскае значэнне. Яго мудрыя думкі і глыбокія ідэі актуальныя і сёння, бо застаюцца надзённымі тыя важныя праблемы ўдасканалення чалавека і грамадства, якія ён узнімаў, бо вечныя ідэалы, да якіх ён імкнуўся.
Вывучэнне спадчыны Ф. Скарыны пачалося ў канцы 18 ст. Найбольшы ўклад у даследаванне жыцця і дзейнасці вялікага беларускага асветніка, яго выданняў, літаратурнай творчасці, поглядаў зрабілі рускія і беларускія скарыназнаўцы, асабліва У. Пічэта, В. Ластоўскі, П. Уладзіміраў, А. Флароўскі, М. Шчакаціхін, а ў наш час – М. Алексютовіч, У. Анічэнка, А. Булыка, Г. Галенчанка, В. Дарашкевіч, А. Жураўскі, У. Калеснік, У. Конан, А. Коршунаў, Ю. Лабынцаў, Я. Неміроўскі, С. Падокшын, В. Тумаш (С. Брага), В. Чамярыцкі, В. Шматаў і інш. Усяго Скарыніяна налічвае каля 4 тысяч розных публікацый, у тым ліку каля 100 кніг і брашур. Пра Скарыну даследчыкі адшукалі і апублікавалі больш за 50 дакументаў на лацінскай, чэшскай, старабеларускай і інш. мовах. Захавалася каля 320 экзэмпляраў Скарынавых выданняў і іх фрагментаў, якія зберагаюцца ў розных бібліятэках, архівах і музеях свету, найбольш у Маскве і Санкт-Пецярбургу.
Жыццё і дзейнасць Ф. Скарыны, яго спадчына натхнялі і натхняюць пісьменнікаў, мастакоў, кампазітараў, дзеячаў тэатра і кіно. Яму прысвячалі свае вершы М. Багдановіч, З. Бядуля, У. Караткевіч, М. Танк, Л. Геніюш, Д. Бічэль-Загнетава, Р. Барадулін, Г. Бураўкін і інш. паэты. Пра яго напісалі п'есы В. Ластоўскі («Адзінокі»), М. Грамыка («Скарынін сын з Полацка»), Я. Дыла («Падуанскі студэнт»), А. Петрашкевіч («Напісанае застаецца», «Прарок для Айчыны»), драматычныя паэмы – М. Арочка («Судны дзень Скарыны»), і М. Клімковіч («Георгій Скарына»), раманы і аповесці – А. Лойка («Як агонь, як вада»), М. Садковіч, С. Хурсік. Цікавую спробу пераказаць асобныя яго прадмовы свабодным вершам зрабіў А. Разанаў. Вобраз Скарыны атрымаў увасабленне ў творах выяўленчага мастацтва З. Азгура, Э. Агуновіча, Э. Астаф'ева, М. Байрачнага, М. Басалыгі, А. Бразера, С. Вакара, Г. Вашчанкі, С. Геруса, А. Глебава, Я. Драздовіча, Я. Ждана, А. Дранца, А. Кашкурэвіча, А. Кішчанкі, Я. Куліка, М. Купавы, А. Марачкіна, Ю. Несцярука, Л. Рана, М. Селяшчука, П. Сергіевіча, П. Скрыпнічэнкі, У. Стальмашонка, Я. Ціхановіча, А. Цыркунова, В. Шаранговіча, М. Якуніна, В. Янушкевіча, італьянскага мастака Дж. Форна (фрэскавы партрэт у зале Сарака Падуанскага універсітэта), літоўскага графіка К. Тарабілды і інш. На беларускай тэатральнай сцэне ўпершыню вобраз Скарыны ўвасоблены ў 1926 г. у спектаклі «Скарына – сын з Полацка», пастаўленым БДТ-1 (тэатр імя Я. Купалы) па п'есе М. Грамыкі «Скарынін сын з Полацка», рэж. М. Папоў; у 1970-я гг. паводле п'есы А. Петрашкевіча «Напісанае застаецца. Францыск Скарына» пастаўлены спектакль у Гродзенскім абл. драм. тэатры (1978, рэж. У. Караткевіч) і ў бел. драм. тэатры імя Я. Купалы (1979, рэж. А. Шалыгін). Кампазітар Д. Смольскі напісаў оперу «Францыск Скарына» на лібрэта С. Клімковіч (экранізавана ў 1990). Па сцэнарыі М. Садковіча рэжысёр Б. Сцяпанаў зняў мастацкі фільм «Я, Францыск Скарына» (1970). Былі зняты таксама дакументальныя фільмы «Георгій Скарына» (сцэн. I. Барашкі, 1963), «Францыск, сын Скарынаў» (сцэн. А. Петрашкевіча, 1990), «Францішак Скарына» (сцэн. У. Коласа, 1990); тэлефільмы «Нашчадкі Скарыны» (сцэн. Э. Варашылава, 1968), «Скарына ў Падуі» (1991). Імя Ф. Скарыны прысвоена Гомельскаму дзяржаўнаму універсітэту, Полацкаму педвучылішчу, Мінскай гімназіі №1, друкарні выдавецтва «Навука і тэхніка» АН Беларусі, Барысаўскай цэнтральнай бібліятэцы, Таварыству беларускай мовы, Таварыству беларускай культуры ў Маскве, Нацыянальнаму навукова-асветнаму цэнтру, Беларускай бібліятэцы і музею ў Лондане. Беларускі студэнцкі гурток імя Ф. Скарыны дзейнічаў у даваеннай Празе, друкарня – у Вільні. Імя Скарыны ўвекавечана ў назвах вуліц у Полацку, Брэсце, Віцебску, Глыбокім, Мінску, Нясвіжы, Оршы, Слуцку, Жодзіне, Талачыне, Бельску-Падляшскім (Польшча). У 1974 г. у Полацку на плошчы, якая носіць яго імя, устаноўлены помнік (скульптары А.К. Глебаў, I.М. Глебаў, А.М. Заспіцкі). У 1917–1925 гг. і 1967 г. былі шырока адзначаны 400 і 450-годдзе беларускага кнігадрукавання, распачатага Ф. Скарынам. У 1990 г. 500-гадовы юбілей з часу яго нараджэння быў занесены ў каляндар памятных дат ЮНЕСКА, урачыста святкаваўся ва ўсім свеце. Да гэтага юбілею выдадзены энцыклапедычны даведнік «Францыск Скарына і яго час» (на бел. і рускай мовах); факсімільнае перавыданне Скарынавай Бібліі (у трох тамах) і іншыя кнігі, а таксама календары, паштоўкі, буклеты, плакаты, канверты, паштовая марка, памятныя медалі і манета.