Работа над романом возобновилась в 1931 году. Замысел произведения существенно изменяется и углубляется – появляется Маргарита и ее спутник – Поэт, который позднее будет назван мастером и займет центральное место. Но пока что это место принадлежит еще Воланду, и сам роман планируется назвать: «Консультант с копытом». Булгаков работает над одной из последних глав («Полет Воланда») и в правом верхнем углу листа с набросками этой главы пишет: «Помоги, Господи, кончить роман. 1931 г.» [3, с 83].
Эта редакция, вторая по счету, была продолжена Булгаковым осенью 1932 года в Ленинграде, куда писатель приехал без единого черновика – настолько продуман и выношен был к этому времени не только замысел, но и текст этого произведения. Почти через год, 2 августа 1933 года он сообщил писателю В. В. Вересаеву о возобновлении работы над романом: «В меня… вселился бес. Уже в Ленинграде и теперь здесь, задыхаясь в моих комнатенках, я стал марать страницу за страницей наново тот свой уничтоженный три года назад роман. Зачем? Не знаю. Я тешу себя сам! Пусть упадет в Лету! Впрочем, я, наверное, скоро брошу это». Однако Булгаков больше уже не бросил «Мастера и Маргариту», и с перерывами, вызванными необходимостью писать заказные пьесы, инсценировки, сценарии и либретто, продолжал свою работу над романом практически до конца жизни. К ноябрю 1933 года было написано 500 страниц рукописного текста, разбитого на 37 глав. Жанр определен самим автором как «фантастический роман» – так написано наверху листа с перечнем возможных заглавий: «Великий канцлер», « Сатана», « Вот и я», « Шляпа с пером», «Черный богослов», «Подкова иностранца», «Он явился», «Пришествие», «Черный маг», «Копыто консультанта», «Консультант с копытом», но ни на одном из них Булгаков не остановился. Все эти варианты заглавия как будто указывают по-прежнему на Воланда как на главное лицо. Однако Воланд уже значительно потеснен новым героем, который становится автором романа об Иешуа Га-Ноцри, причем этот внутренний роман разбивается надвое, а между главами, его образующими (главы 11 и 16), описывается любовь и злоключения «Поэта» (или «Фауста», как назван он в одном из черновиков) и Маргариты. К концу 1934 года эта редакция была вчерне закончена. К этому времени слово «мастер» уже трижды было употреблено в последних главах в обращении к «Поэту» Воланда, Азазелло и Коровьева (уже получивших постоянные имена). В последующие два года Булгаков вносит в рукопись многочисленные дополнения и композиционные изменения, в том числе он, наконец, пересекает линии мастера и Ивана Бездомного [3, с.90].
В июле 1936 года создается последняя и завершающая эту редакцию романа глава «Последний полет», в которой определялись судьбы мастера, Маргариты, Понтия Пилата. Третья по счету редакция романа была начата в конце 1936 – начале 1937 года. В первом, незаконченном варианте этой редакции, доведенной до пятой главы и занимающей 60 страниц, Булгаков, в отличие от второй редакции, историю Пилата и Иешуа вновь перенес в начало романа, составив единую вторую главу, названную «Золотое копье». В 1937 году был написан второй, также не законченный вариант этой редакции, доведенный до тринадцатой главы (299 страниц). Он датирован 1928–1937 годами и озаглавлен «Князь тьмы». Наконец, третий и единственно законченный вариант третьей редакции романа создавался в периодс ноября 1937 года до весны 1938 года. Эта редакция занимает 6 толстых тетрадей; текст разбит на тридцать глав. Во втором и третьем вариантах этой редакции ершалаимские сцены были введены в роман точно так же, как и в опубликованном тексте, а в третьем ее вариантепоявилось известное и окончательное название – «Мастер и Маргарита». С конца мая по 24 июня 1938 года эта редакция перепечатывалась на машинке под диктовку автора, который часто по ходу менял текст. Правка этой машинописи Булгаковым началась 19 сентября, причем отдельные главы переписывались.
Эпилог был написан 14 мая 1939 года сразу в том виде, который нам известен. Одновременно была написана сцена явления Левия Матвея к Воланду с решением о судьбе мастера. Когда Булгаков смертельно заболел, его жена Елена Сергеевна продолжала правку под диктовку мужа, при этом правка эта частично вносилась в машинопись, частично в отдельную тетрадь. 15 января 1940 года Е. С. Булгакова записала в дневнике: «Миша, сколько хватает сил, правит роман, я переписываю», – и были занесены эпизоды с профессором Кузьминым и чудесное перемещение Степы Лиходеева в Ялту (до этого директор Варьете был Гарасей Педулаевым, и Воланд его отправлял во Владикавказ). Правка была прекращена 13 февраля 1940 года, менее чем за четыре недели до смерти Булгакова, на фразе: «Так это, стало быть, литераторы за гробом идут?», на середине девятнадцатой главы романа[3, с 94].
Последние мысли и слова умирающего писателя были обращены к этому произведению, вместившему всю его творческую жизнь: «Когда в конце болезни он уже почти потерял речь, у него выходили иногда только концы и начала слов, – вспоминала Е. С. Булгакова. – Был случай, когда я сидела около него, как всегда, на подушке на полу, возле изголовья его кровати, он дал мне понять, что ему что-то нужно, что он что-то хочет от меня. Я предлагала ему лекарство, питье – лимонный сок, но поняла ясно, что не в этом дело. Тогда я догадалась и спросила: «Твои вещи?». Он кивнул с таким видом, что и «да» и «нет». Я сказала: «Мастер и Маргарита?». Он, страшно обрадованный, сделал знак головой, что «да, это». И выдавил из себя два слова: «Чтобы знали, чтобы знали…» [5, с. 147].
Но выполнить эту предсмертную волю Булгакова – напечатать и донести до людей, читателей написанный им роман – было тогда очень трудно. Один из ближайших друзей и первый биограф Булгакова П. С. Попов (1892–1964), перечитав роман после смерти его автора, написал Елене Сергеевне: «Гениальное мастерство всегда остается гениальным мастерством, но сейчас роман неприемлем. Должно будет пройти 50–100 лет…». Теперь же – он полагал – «чем будут меньше знать о романе, тем лучше» [5, с. 149].
К счастью, автор этих строк ошибся в сроках, но в ближайшие после смерти Булгакова 20 лет мы не находим в литературе никаких упоминаний о существовании в наследии писателя этого произведения, хотя Елена Сергеевна с 1946 до 1966 года предприняла шесть попыток пробиться через цензуру и напечатать роман. Только в первом издании книги Булгакова «Жизнь господина де Мольера» (1962 г.) В. А. Каверину удалось нарушить заговор молчания и упомянуть о существовании в рукописи романа «Мастер и Маргарита». Каверин твердо заявил, что «необъяснимое равнодушие к творчеству Михаила Булгакова, подчас внушавшее обманчивую надежду, что таких, как он, много и что, следовательно, его отсутствие в нашей литературе не составляет большой беды, это вредное равнодушие».
Через четыре года журнал «Москва» (№11 за 1966 г.) опубликовал роман в сокращенном варианте. Журнальный вариант книги с цензурными пропусками и искажениями и сокращениями, сделанными по инициативе руководства редакции «Москвы» (на все это была вынуждена соглашаться Е. С. Булгакова, лишь бы сдержать слово, данное умирающему автору, опубликовать это произведение), составил, таким образом, пятую редакцию, которую в виде отдельной книги выпустили за рубежом. Ответом на этот издательский произвол было появление в «самиздате» машинописного текста всех выпущенных или искаженных в журнальной публикации мест с точным указанием, куда следует вставить пропущенное или заменить искаженное. Автором этого «купюрного» издания была сама Елена Сергеевна и ее друзья. Такой текст, составивший один из вариантов четвертой (1940–1941 гг.) редакции романа был выпущен в 1969 году во Франкфурте-на-Майне издательством «Посев». Места, изъятые или «отредактированные» в журнальной публикации, были в издании 1969 года набраны курсивом. Что же представляло такое цензурирование и волюнтаристское «редактирование» романа? Какие цели оно преследовало? Сейчас это вполне ясно. Было сделано 159 купюр: 21 в 1-й части и 138 – во 2-й; изъято в общей сложности более 14000 слов (12% текста!) [5, с. 167-168].
Булгаковский текст грубейшим образом искажался, фразы с разных страниц произвольно соединялись, возникали подчас совершенно бессмысленные предложения. Причины, относящиеся к бытовавшим тогда литературно-идеологическим канонам, очевидны: всего более изъято мест, описывающих действия римской тайной полиции и работу «одного из московских учреждений», сходство древнего и современного мира. Далее ослаблялась «неадекватная» реакция «советских людей» на нашу действительность и некоторые уж очень непривлекательные их черты. Ослаблялась роль и нравственная сила Иешуа в духе вульгарной антирелигиозной пропаганды. Наконец, «цензор» во многих случаях проявил своеобразное «целомудрие»: сняты некоторые настойчивые упоминания о наготе Маргариты, Наташи и других женщин на бале у Воланда, ослаблена ведьмина грубость Маргариты и т. д. При подготовке полного нецензурированного отечественного издания, вышедшего в свет в 1973 году, была восстановлена редакция начала 1940-х годов с последующей ее текстологической доработкой, выполненной редактором издательства «Художественная литература» (где печатался роман) А. А. Саакянц. Вышедшая уже после смерти Е. С. Булгаковой (в 1970 г.) эта фактически шестая редакция романа надолго закрепилась как каноническая многочисленными переизданиями, и в этом качестве была введена в литературоведческий оборот 1970–1980 годов. К киевскому изданию 1989 года и к московскому собранию сочинений 1989–1990 годов была сделана седьмая и последняя к настоящему времени редакция текста романа с новой сверкой по всем сохранившимся авторским материалам, выполненная литературоведом Л. М. Яновской. При этом, тем не менее, следует помнить, что, как и во многих других случаях в истории литературы, когда не существует окончательно авторского текста, роман остается открытым для уточнений и новых прочтений. А случай такой с «Мастером и Маргаритой» является в своем роде почти классическим: Булгаков умер во время работы над отделкой текста романа, ему не удалось выполнить свою собственную текстологическую задачу по этому произведению [3, с.101].