Архангельский, Благовещенский и другие соборы Кремля получали так же, как и придворные храмы, разные более или менее ценные вклады набожного царя Алексея Михайловича. Из дворцовых храмов особенной заботой его пользовалась церковь Екатерины великомученицы, "у царицы на сенях", где в это время был устроен придел в память матери царя (Евдокии Лукьяновны); здесь царицы брали молитву после родов и причащались постом. В церкви Распятия над жертвенником находится икона, на которой изображены св. Константин и Елена, а также Алексей Михайлович, его супруга Марья Ильинишна и патриарх Никон.
"Тишайший царь" не оставил без внимания и колокольню Ивана Великого. Находившаяся при нем звоница с громадным колоколом Годунова сгорела, и сам колокол разбился. Царь приказал воспользоваться его осколками и отлить новый. Барон Мейерберг, видевший его в 1661 году, говорил, что он был отлит русским литейщиком 24 лет, весит 8000 пудов и поставлен был на новой звонице. В пожар 1701 года он разбился, но при императрице Анне Иоанновне был отлит снова и сделался, следовательно, отцом царя-колокола; к осколкам этого произведения XVII века прибавлено было еще 2000 пудов меди. В память царя Алексея Михайловича сделано было на царь-колоколе его изображение рядом с изображением названной императрицы. Чудовская обитель св. Алексея митрополита, где восприял крещение Алексей Михайлович, и Вознесенский монастырь, где он сам хоронил свою первую супругу и дочерей, пользовались вкладами этого государя. В Вознесенском монастыре и до сих пор сохраняется большая серебряная водосвятная чаша, дар царя.
Заботясь о храмах и дворцах, государь под конец своего царствования обратил внимание и на приказы. К 1670 году кремлевские палаты разных приказов "обветшали гораздо и порушились во многих местах; сидеть в них было опасно". Поэтому приказы с их делами были переведены из Кремля в Китай и Белый город и размещены там в разных местах. В 1675 году Каменный (строительный) приказ начал постройку новых приказов в Кремле, по горе, начиная от Архангельского собора к Спасским воротам. По чертежу, который был прислан из Польского приказа, предполагалось выстроить: Разряд, Посольский приказ с четвертьми, Большую казну, Поместный и Стрелецкий приказы и Казанский дворец. Денег на постройку перечислено было 24 806 рублей 3 алтына 5 денег. Но эти стройки были закончены уже при Феодоре Алексеевиче.
Немало хлопот доставлял ему и Китай-город. В заботе о благообразии Красной площади было повелено сломать и убрать рассеянные на ней и ее перекрестках торговые шалаши и скамьи и было предписано "всякими товары торговать в рядех, в которых коим указано и где кому даны места". По Соборному уложению, оптовая торговля должна производиться только в Гостином ряду (между Ильинкой и Варваркой), а "в рознь товаров там не продавать". Розничная торговля была исключительно рядскою. Алексей Михайлович дал указ, чтобы Гостиный двор и ряды не торговали в субботу, как станут звонить к вечерне, и в воскресенье, до окончания литургии.
У Неглиненских (Воскресенских) ворот государь построил часовню для Иверской Божией Матери. В Казанском соборе он оставил по себе память вкладами. В Покровском - постройкой новых приделов. В Богоявленском монастыре, благодаря пожертвованию боярыней Репниной земли, выходившей на Никольскую улицу, построены существующие и теперь ворота с храмом Иоанна Предтечи. В Заиконоспасском монастыре построена была двухэтажная соборная церковь, освященная в 1661 году. Здесь в 1666 году поселен был западнорусский ученый Симеон Полоцкий и построено было за счет государя здание для него и учеников, которых он должен был учить "полатыням". Начали учиться здесь молодые подьячие из Приказа тайных дел. Из этой школы возникла знаменитая Славяно-греко-латинская академия. В 1653 году Алексей Михайлович дозволил в Никольском (Афонском) монастыре совершать богослужение на греческом языке.
В опустошительный пожар 1668 года сильно пострадал Знаменский монастырь. Царь и его родственники за свой счет возобновили его. Не только были восстановлены старинные Романовские палаты, но и были построены вновь другие здания, и вместо прежней деревянной ограды была возведена каменная. Сложена была новая церковь Знамения, а под нею теплая во имя Афанасия Афонского. Постройки продолжались и после смерти Алексея Михайловича.
Из приходских церквей Китай-города много забот этот государь посвятил Зачатию св. Анны, что в углу. Здесь, по случаю рождения дочери, он построил придел во имя св. Екатерины, а в 1668 году, после пожара, возобновил и украсил всю церковь.
Вообще царь любил эту церковь и в праздники со своим семейством слушал здесь литургию, которую совершал патриарх. Рядом с этим храмом в 1664 году построена была церковь Св. Николая, существовавшая до конца прошлого столетия. В 1657 году боярином Салтыковым построена была церковь Троицы на Полях, где раньше была церковь Св. Георгия.
Немало памятников это царствование оставило и в стенах Белого города. Алексей Михайлович в 1649 году приказал принести в Москву чудотворную икону Страстной Богоматери из вотчины князя Лыкова, в Нижегородской области (Палицы), и, встретив ее с крестным ходом, приказал построить для нее Страстной монастырь с двухэтажным в нем храмом.
Из приходских храмов Белого города особенно хорошо был обстроен в это царствование основанный еще при Михаиле Феодоровиче храм Св. Николая на Столпах, где был дом боярина Матвеева, где жила прежде Наталья Кирилловна Нарышкина и где после похоронен был убитый стрельцами Матвеев. Храм двухэтажный. Над нижнею церковью сделана галерея, кровля которой поддерживается каменными столбами наподобие кувшинов.
В 1650 году на Лубянке, на месте старой церкви Софии-Премудрости, построена была новая и освящена патриархом Никоном. В 1657 году у Мясницких ворот построена была церковь Флора и Лавра. В 1649 году близ Покровских ворот построена была церковь Троицы на Грязях, как значится на одном из крестов, находящихся в церкви. В Охотном ряду в 1667 году построен храм Преподобной Парасковии-Пятницы.
В 1647 году Григорием Горихвостовым поставлено было на Успенском Вражке Успение Богоматери. На Большой Дмитровке в 1652 году- - Преподобного Сергия.
В стенах Земляного города были построены следующие храмы: в 1656 году Св. Николая на Берсеневке; в 1650 году деревянная церковь Троицы на Листах заменена каменной, которую достраивали стрельцы, усмирявшие бунт Стеньки Разина; в 1653 году Георгия Победоносца в Яндове; в 1649 году - Петра и Павла на Якиманке; в 1660 году Казанской Богоматери там же; в 1652 году - Харитония в Огородниках; в 1676 году - -Апостола Иакова в Казенной; в 1647 году - Введения в Барашах, в 1653 году Благовещения на Воронцовом поле (взамен старой); в 1657 году - Космы и Дамиана в Кузнецкой (взамен старой); в 1656 году того же имени, но в Таганской слободе; в 1654 году - Успения в Гончарах; в 1671 году - Воскресения в Таганке; в 1652 году - Филиппа митрополита на Мещанской; в 1650 году - Георгия на Всполье (деревянная); в 1653 году - Ржевской Пресвятой Богородицы на Поварской; в 1670 году - Николая Чудотворца в Плотниках; в 1650 году - Св. Николая на Щепах (здесь был царский дровяной двор); в 1658 году - Воздвижения на Вражке (Пометном); в 1647 году - Николая Чудотворца в Пыжах.
Чрезвычайно было бы полезно для истории Москвы этим, а равно и всем вообще приходским церквам нашим издать свои исторические описания, с видами и планами самих храмов, снимками иконографическими, археологическими, палеографическими и проч. Это значительно подвинуло бы дальнейшую разработку истории Москвы.
Из монастырей, находившихся на окраинах Москвы, три были построены при Алексее Михайловиче: Андреевский в Пленницах, Покровский на Убогих домах и Зосимо-Савватиевский у Красно-холмского моста.
В местности между Калужской заставой и Воробьевыми горами в 1648 году любимцем и окольничим царя Ф.М. Ртищевым восстановлен упраздненный древний Андреевский монастырь, ставший к этому времени богадельней. Строитель назвал его Преображенскою пустынью и основал здесь ученое общество и школу.
Он вызвал сюда из Киева ученых: Епифания Славинецкого, Арсения Сатановского, Дамаскина Птицкого и Феодосия Сафоновича, для перевода греческих книг и обучения русских людей свободным наукам. Труженики эти в три года изготовили огромные фолианты, и в 1649 году выпущена была из печати книга "Учение и хитрость ратного строения пехотных людей". Это учреждение Ф. М. Ртищева много сделало для исправления церковно-богослужебных книг и подготовило открытие Славяно-греко-латинской академии в Москве. Покровский монастырь построен был в 1655 году, по указу Алексея Михайловича, на комнатную царскую сумму. Место, на котором поставлена обитель, занято было прежде кладбищем для бедных, странников и умерших насильственною смертью. Здесь был так называемый "Убогий дом".
В Гончарной слободе, у Холма, царь основал третий монастырь во имя св. Зосимы и Савватия Соловецких. Но но случаю постоянного затопления этой местности разливами Москвы-реки, он был перенесен в Бронницы.
Старые монастыри в это царствование обстраивались новыми храмами, обогащались вкладами и жаловались землями. Особенное внимание царь обращал на Новоспасский монастырь, как придворный и как место погребения своей бабушки - царственной инокини Марфы и своих родственников - бояр Романовых. Мы воспроизвели вид находящейся в этом монастыре их усыпальницы. Царь со своей семьей, боярами и духовными властями, даже с восточными патриархами, нередко предпринимал сюда
богомольные походы. Государь достраивал здесь и богато украшал заложенный еще его отцом новый соборный храм ив 1673 году построил церковь Покрова Богородицы.
В Даниловском монастыре, при Алексее Михайловиче, совершилось открытие мощей св. благоверного князя Даниила и построена была Покровская церковь. В Донском монастыре построены два придела при трапезной церкви. Ризницы монастырей получили в это время немало богатых царских вкладов.
Русское зодчество в царствование Алексея Михайловича сделало еще шаг в дальнейшем своем самобытном развитии. Отличаясь от построек чисто византийского стиля, оно очень разнообразно и стройно разрабатывало русские мотивы в устройстве колоколен, глав, крыш, крылец, галерей, разнообразных украшений и т. д. Мотивы их взяты из чисто самобытных русских деревянных построек.
Скончался "тишайший царь" с 29 на 30 января 1676 года. Его тело, как и вдовствующую царицу, несли на следующий день в Архангельский собор стольники. За усопшим несли в кресле больного ногами царя Феодора Алексеевича. После отпевания, совершенного патриархом с Великим Собором, все присутствовавшие в смирных одеждах прощались с царем, целуя его руку. Народ, наполнявший Кремль, горючими слезами оплакал свое "Красное Солнышко", своего любимого самодержца, с которым жил душа в душу.