Кристаллографии активнее всего взаимодействует с минералогией, математикой, физикой и химией. Это те области знаний, с которыми кристаллография наиболее тесно связана как генетически, так и при обмене новой информацией.
Минералогия (буквально - рудознание), древняя наука о мире камня, была подлинной колыбелью, в которой зародилась и приобрела свои основные характерные черты кристаллография. Минералы, с их неисчерпаемым разнообразием свойств, и сейчас являются богатейшим источником новых данных и задач для кристаллографии. Изначально устанавливала законы огранения кристаллов.
Перед математикой со стороны кристаллографии были поставлены крайне интересные и глубокие теоретические вопросы. Бoльшую часть из них математика разрешила, создав фундамент структурной кристаллографии и теории симметрии. Основами математического аппарата кристаллографии помимо теории групп симметрии кристаллов является тензорное исчисление.
Из огранения и математики в первую очередь вышла геометрическая кристаллография, основным инструментом которой является гониометрия, а процесс исследования заключается в наблюдении и измерении огранения кристаллов, установлении законов огранения. На основе геометрической кристаллографии возникла гипотеза об упорядоченном, трёхмерно-периодическом расположении в кристалле составляющих его частиц, в современном понимании — атомов и молекул, которые образуют кристаллическую решетку. Геометрическая кристаллография изучает основные метрические характеристики кристаллической решетки, периоды повторяемости и углы элементарной ячейки, разрабатывает методы их описания и устанавливает закономерности их огранения.
Учение о симметрии кристаллов, получившее в последнее время интенсивное развитие, является теоретической основой кристаллографии. Симметрия — наиболее общая закономерность, присущая строению и свойствам кристаллического вещества, которое по своим макроскопическим признакам можно определить как однородную анизотропную симметричную среду.
Взаимодействие физики с кристаллографией имеет богатую и длительную историю. Достаточно вспомнить, что многие новые физические явления: разделение естественного света на две плоскополяризованные компоненты, пьезо- и пироэлектричество, электро- и магнитооптические эффекты и т. д., были открыты именно в кристаллах, а первый оптический квантовый генератор (лазер) был создан на кристалле рубина. О современном единении этих областей знания говорит название специального раздела науки - кристаллофизики.
С химией у кристаллографии также существуют давние и тесные связи. Закон Дальтона и закон Гаюи, одинаковые по форме, взаимно подкрепляли гипотезу о дискретном строении материи. Кристаллография является одной из надёжнейших основ стереохимии. Связь этих наук ярко иллюстрируется тем фактом, что дважды лауреат Нобелевской премии Лайнус Полинг был одновременно крупнейшим и химиком, и кристаллографом.