Митрополит Мануил умело старался наладить отношения и с властями, хотя это было очень непросто. В это время гонения на Церковь усиливались. Война с церковью велась на «выживание». Закрывались сотнями храмы, выворачивались из гробов святые мощи угодников Божьих. Были засыпаны многие святые источники, священники фактически удалены от руководства приходами. Было увеличено налоговое обложение духовенства, запрещены крестные ходы, запрещено священникам ходить в рясах вне пределах храмовой территории. Для того, чтобы уменьшить число церковных служб, был введен выходной день. При крещении детей установлен новый порядок: обязательное предоставление свидетельств о рождении и письменное согласие родителей. С 8 августа 1960 г. по постановлению горсовета у входа в храм начали дежурить дружинники – активисты из комсомольцев, которые не пускали в храм на богослужение подростков и родителей с детьми. Случалось, что верующие атаковали стражей со всех сторон так, что те не выдерживали и требовали на помощь милицию. Митрополит Мануил обратился с письмом к патриарху Алексию. Его ответ был быстрым и резким. Пожалуй, впервые патриарх Алексий поддержал и всецело стал на сторону митрополита. Вмешательство первосвятителя Русской Церкви возымело действие. В коридорах власти поняли, что перегнули палку и дали обратный ход. Рассосались пикеты возле куйбышевских храмов, родители вместе с детьми смогли беспрепятственно посещать церковь. А ведь тогда в Куйбышеве "шла обкатка нового приёма в борьбе с религией». В дальнейшем он непременно бы использовался богоборцами в других областях России. Таким образом, мы видим, что когда было возможно, отец Мануил шёл с властями на компромиссы, но когда появлялась угроза отсечения части прихожан от благодатных церковных таинств, ни о каких уступках речи быть не могло. В результате действий митрополита Мануила вопрос о доступности для всех верующих «таинства таинств» - епархии больше не поднимался.
И вновь появилась возможность лавировать, идти на уступки (хочется напомнить, что тогда и патриарх Тихон, и патриарх Сергий, и патриарх Алексий шли на компромиссы с властью, что спасло Русскую Православную Церковь от полного уничтожения и позволило ей выжить).
Вот каким было время, когда митрополиту Мануилу пришлось служить в Куйбышевской и Сызранской епархии. Бывало и так, что митрополит подписывал абсурдные распоряжения, но они, как и многие другие в те годы, зачастую принимались не для того, чтобы исполняться. И всё же, несмотря ни на какие перепитии, митрополит бился за каждый храм, доказывал местным властям и уполномоченным, что они действуют незаконно, что оскорбляют чувства верующих.
В ноябре 1965 года отец Мануил уходит на покой. Официально считается, что именно болезнь митрополита Мануила была главной причиной его добровольного ухода. Но это не совсем так. Рассекреченные в июне 1998 года архивные документы свидетельствуют немного о другом. Удалён был владыка Мануил под давлением спецорганов Совета по делам религии. Святитель был вынужден подать прошение патриарху об уходе на покой. Высокочтимый Мануил, уходя на покой, вверил самарскую епархию своему любимому ученику – владыке Иоанну (впоследствии митрополиту Петербургскому и Ладожскому). По рассказам очевидцев, во время Литургии митрополит Мануил, держа свечи в крепко сжатых руках, обратился к присутствующим: "Кого вам надо? Он молод, но строже меня". Затем вручил свечи владыке Иоанну со словами: "Отдаю всю свою силу к тебе".
Прошло уже несколько десятков лет со дня смерти митрополита Мануила, но до сих пор православные самарцы произносят его имя не просто с почтением, но с благоговением.
Митрополит Куйбышевский и Сызранский Мануил умер 12 августа 1968 года. 13 августа гроб с телом почившего был перенесён на руках из архиерейского дома в Покровский собор. На похороны приехали люди из Оренбурга, Чебоксар, Москвы. Чин погребения возглавлял митрополит Крутицкий и Коломенский Пимен (Извеков) как первенствующий член Синода. Митрополит Пимен дал яркое определение того глубокого значения, которое имела эта смерть: «Когда я уезжал сюда, Святейший Патриарх Алексий сказал мне: «На церковном небосклоне зажглась новая звезда праведника». Теперь я вам говорю от себя: "Нет ни одного церковного деятеля, которому не было бы известно имя митрополита МАНУИЛА как борца за православие, как архиерея-труженика и как человека, отличавшегося высоким личным благочестием".
Митрополит Санкт-Петербургский и Ладожский Иоанн в одном из интервью сказал: «С Божьей помощью мы прошли сквозь «огонь и воду» невероятных гонений, сохранили свою паству, сберегли и приумножили сокровища русского Православия. На крови мучеников и исповедников созидалась – исподволь, незаметно для постороннего взгляда, – Русь новая, очищенная огнём страданий и скорбей, неодолимая в своей стойкости и верности святыням. Да, были настроения, были расколы и провокации НКВД, были и потери, но главное – мы сберегли паству, мы сберегли веру».
По благословению архиепископа Самарского и Сызранского Сергия в Самарской епархии была создана комиссия по канонизации митрополита Мануила (Лемешевского). Эта комиссия предоставила Синодальной комиссии по канонизации многочисленные свидетельства чудесной помощи при обращении с молитвами к митрополиту Мануилу уже после его смерти в 1968 году. Официально зарегистрировано шестнадцать случаев чудесной помощи самарского архиерея. Его «святая могилка» (как называют её в народе) в Покровском кафедральном соборе г. Самары давно стала центром паломничества православных не только Самарской епархии, но и других епархий России. Научную ценность его церковно-исторических трудов признают все. И все же комиссия по канонизации дала отрицательное заключение. По данным члена Синодальной комиссии по канонизации святых Русской православной церкви, профессора-протоиерея Георгия Митрофанова, владыка Мануил был в конце 1920-х годов завербован органами государственной безопасности. С конца 20-х годов он являлся секретным сотрудником ГПУ, а потом НКВД. Но это сотрудничество не спасало его даже от арестов, и всякий раз, выходя на свободу, он боялся снова оказаться в лагере. Возможно, этот страх побуждал его предавать людей, и он ужасно страдал от этого, будучи глубоко верующим священнослужителем и аскетичным монахом. «Когда встал вопрос о его канонизации, - писал Г. Митрофанов, - начали исследовать этот вопрос, для нас стало большим потрясением то, какие доносы он писал, мечтая только об одном — не быть арестованным в очередной раз. Вы знаете, это было настолько тяжело, что ничего кроме сострадания к нему мы не испытали. Для нас это открытие было совершенно неожиданным, потому что авторитет митрополита Мануила для любого церковного историка был безусловен».
Сотрудничество владыки Мануила с карательными органами привело к отказу в его канонизации. Однако документы о его работе на органы госбезопасности до сих пор не опубликованы. Что бы мы ни думали по поводу всего вышесказанного, одно можно сказать точно: власти реагировали на деятельность подвижника чередой арестов, ссылок, тюрем, через которые ему пришлось пройти в двадцатые, тридцатые, сороковые и даже пятидесятые годы. В лагерях, на пересыльных пунктах владыка при всей тяжести своего положения находил возможность не только для молитвы, но и для научных работ. А что такое лагеря, знает только тот, кто прошёл через них. Каково приходилось там владыке Мануилу, мы узнаем из отрывочных, скупых воспоминаний людей, которым он рассказывал об этом.
Из воспоминаний протоирея Александра Телегина: "Он много сидел в лагерях, и он сам мне рассказывал, как однажды уголовники играли на него в карты. Тот, кто проиграет, должен был его зарезать. И вот один из воров приходит к нему и говорит: «Я тебя проиграл и должен зарезать». Он спрашивает, можно ли ему откупиться. Можно, говорит тот, если у вас есть деньги. Денег у меня сейчас нет, ответил Владыка, но я могу сделать то, что вам надо. Вор пошел посоветоваться с другими ворами, потом пришел и говорит: «Вы нам должны посылку махорки». А тогда махорка была в пачках. «Ну вот, я тогда написал письмо своим прихожанам, - вспоминал Владыка Мануил, – просил их прислать мне махорки. Они недоумевали: зачем мне понадобилась махорка, ведь я никогда не курил, но ослушаться не решились. Прислали не одну, а две пачки махорки. После этого меня «блатные» зауважали и уже не трогали»…
Для нас особенно интересно то, что думали по этому поводу люди, лично знавшие Владыку Мануила. Все они уже слышали об истории с лубянскими документами.
Протоиерей Александр Телегин, настоятель Вознесенского храма р.п. Кинель-Черкассы Самарской области, вспоминал: «Однажды я говорю Владыке Мануилу: вот вы Архиерей, монах, у вас нет родственников, никого. Как монах вы должны жить исключительно для Церкви. Но почему вы, Владыко, подчиняетесь уполномоченному? Он ответил так: «Если я не буду делать уступок, не буду выполнять их требований, то на мое место поставят другого человека, и он сам будет предлагать им свои услуги…» Вот почему я думаю, что никаких порочащих поступков со стороны Владыки Мануила не было. Все это предпринято, чтобы не канонизировать человека, унизить его в глазах людей… Владыка Мануил все равно будет прославлен. Ну разве он не святой? Я сам видел, как к нему присылали письма, а он на них отвечал не раскрывая: знал всё содержание. Сидит он на кресле, подержит письмо в руках, дремать начнет прямо в кресле. А потом проснется, встряхнётся и начнет писать ответ».
Из воспоминаний Андрея Андреевича Савина, старосты Вознесенского собора г. Самары: «Я ничего не могу сказать по этому делу. Может, что и сказал он… для пользы Церкви… Много тогда перипетий-то было, так сразу не разберешься. Но если он был осведомителем, зачем же его тогда все время сажали? И срок давали большой! Если он даже и сотрудничал с органами, то не больше, а, может, гораздо меньше многих других иерархов в то тяжелое время. Надо, чтобы документы нам показали, а пока документов не видел, не могу поверить… Владыка ничего конкретно против власти не говорил. Скорбели мы, конечно, когда церкви закрывали. Но он у власти был на плохом счету. Если уж его последователя, Митрополита Иоанна, записали в «неблагонадежную группу» архиереев, что тогда о нём говорить! Один Бог все точно знает. А мы-то ведь не знаем, какие там обстоятельства были».