Начало царствования Годунова казалось на редкость благополучным. Но то была только видимость. Попытки навязать народу крепостнический режим наталкивались на глухое сопротивление масс, усиливавшееся от года к году. Признаки недовольства можно было заметить повсюду - в сельской местности и в городах. При вступлении на трон Борис обещал благоденствие, как дворянам, так и крестьянам. Льготы, предоставленные отдельным местностям, быстро исчерпали себя. Крестьяне стонали под тяжестью государевых податей. Налоговый гнет разорял деревню. В начале XVII века сельское хозяйство пришло в упадок под влиянием стихийных бедствий. В аграрной России сельскохозяйственное производство отличалось крайней неустойчивостью и в огромной мере зависело от погодных условий. Изучение климатических изменений привело ученых к выводу, что на протяжении последнего тысячелетия самое крупное похолодание произошло во второй половине XVI - начале XVII веков. В начале XVII века Россия испытала последствия похолодания и нарушения погодного цикла. Длительные дожди помешали созреванию хлебов во время холодного лета 1601 года. Ранние морозы довершили беду. В 1603 году деревне нечем было засевать поля. Наступил страшный голод. Правительство не жалело средств на борьбу с голодом. Борис провел розыск хлебных запасов по всему государству и приказал продавать народу зерно из царских житниц. Но запасы истощались довольно быстро. Немало хлеба, проданного по твердым ценам, все-таки попало в руки хлебных скупщиков. Новый царь, пытавшийся бороться с хлебной спекуляцией, даже велел казнить несколько столичных пекарей, мошенничавших на выпечке хлеба. Но все это не очень помогло. Деревня не знала бесплатной раздачи милостыни и хлеба. Крестьяне из года в год кормили государство, оброками наполняли царские житницы - однако, по феодальным меркам это не имело никакого значения. Голодавшие крестьяне если и получали хлеб, то не безвозмездно, а на условиях заемной кабалы. Обнищавшие и пришлые крестьяне не могли рассчитывать на заем и обречены были на мучительную смерть. Резкое усиление крепостного гнёта привело в начале XVII века к гражданской войне. Бедствия населения России усилились вследствие тяжёлого неурожая 1601 -1603 годов, страшного голода и разразившейся вслед за ним эпидемии чумы. В 1603 году вспыхнуло восстание Хлопка Косолапа, охватившее центр, уезды страны. В стране начались разбои. Под Москвой разыгралось настоящее сражение между воеводой Иоанном Басмановым и атаманом Хлопкой. В этом сражении Басманов погиб, а Хлопка был взят в плен. Вскоре он погиб от ран или пыток. Восстание с трудом удалось подавить. Несмотря на то, что во время тяжёлого голода Годунов закупал хлеб на свои личные деньги и раздавал голодавшему населению, недовольство народа росло. Когда при Грозном случился большой неурожай, тот не сделал ничего, чтобы спасти умиравший от голода народ. Борис действовал совсем иначе. Он не жалел казны, помогая голодающим. Он раскрыл перед народом царские житницы. И все же не Борис, а Иван оставил по себе добрую память в народе. Годунов имел все основания сетовать на черную неблагодарность своих подданных. Особенно, когда он узнавал о массовой поддержке народом объявившегося в 1603 году самозванца - Лжедмитрия I. Жестокость стала неизбежным спутником гражданской войны. Тысячи казаков и комарицких мужиков, попавших в плен к воеводам после битвы под Севском, были повешены. Множество мирных крестьян, их жен и детей в Комарицкой волости были перебиты без всякой вины с их стороны. По словам проживавшего в Москве Исаака Массы, стоило человеку произнести имя Дмитрия, как царские слуги хватали его и предавали смерти вместе с женой и детьми: «...и вот день и ночь не делали ничего иного, как только пытали, жгли, и прижигали каленым железом, и спускали людей в воду, под лед». Яков Маржарет обвинял Годунова в том, что после появления «Дмитрия» Борис “только и делал, что пытал и мучил по этому поводу, «…тайно множество людей было подвергнуто пытке, отправлены в ссылку, отравлены в дороге и бесконечное число утоплены”. Чем больше людей подвергалось гонениям, тем больше ожесточался народ. В конце концов, правительство утратило популярность и лишилось поддержки большинства народа. Несмотря на все репрессии, Борису не удавалось искоренить социальную утопию, все шире распространявшуюся в народе. Ждали пришествия «доброго» царя, и с этим ничего нельзя было поделать. Было создано сыскное ведомство, с большими политическими функциями. Сохранились сообщения о том, что глава этого ведомства Семен Годунов настаивал на казни заподозренных в измене руководителей Боярской думы.
Прежде деятельный и энергичный, Борис в конце жизни все чаще устранялся от дел. Он почти не покидал дворец, и никто не мог его видеть. Прошло время, когда Годунов охотно благотворил сирым и убогим, помогал им найти справедливость и управу на сильных. Теперь он лишь по великим праздникам показывался на народе, а когда челобитчики пытались вручить ему свои жалобы, их разгоняли палками. Фатальные неудачи порождали подозрительность, столь чуждую Борису в лучшие времена. Царь перестал доверять своим боярам, подозревал в интригах и кознях своих придворных и все чаще обращался за советами к прорицателям, астрологам, юродивым. Еще Горсей отмечал склонность Бориса к чернокнижию. Один из членов польского посольства в Москве в 1600 году писал: «Годунов полон чар и без чародеек ничего не предпринимает, даже самого малого, живет их советами и наукой, их слушает...». Однажды Борис пригласил в Москву некоего немца-астролога из Ливонии. Когда в небе над Москвой появилась яркая комета, царь попросил составить ему гороскоп. Астролог посоветовал Борису «хорошенько открыть глаза и поглядеть, кому же он оказывает доверие, крепко стеречь рубежи». Годунов обращался к знаменитой в Москве юродивой Олене, предсказавшей ему близкую кончину. Царь приглашал во дворец для ворожбы и другую ведунью — Дарьицу. Члены английского посольства, видевшие Годунова в последние месяцы его жизни, отметили многие странности в его характере. Будучи обладателем несметных сокровищ, царь стал выказывать скупость, и даже скаредность в мелочах. Живя отшельником в кремлевском дворце, Борис по временам покидал хоромы, чтобы лично осмотреть, заперты ли и запечатаны входы в дворцовые погреба и в кладовые для съестных припасов. Скупость, по словам очевидцев, стала одной из причин утраты им популярности. Многие признаки в поведении Годунова указывали на его преждевременно наступившее одряхление. На торжественной аудиенции во дворце в честь посла английского короля Якова I царь, говоря об умершей королеве Елизавете, ударился в слезы. В конце жизни Годунов, тревожась за будущее сына, держал его при сe6e неотступно, при каждом случае хотел иметь его у себя перед глазами и крайне неохотно отказывался от его присутствия. Один из ученых иноземцев попытался убедить Годунова, что ради долголетия царевича и просвещения его ума ему надо предоставлять некоторую самостоятельность в занятиях. Однако Борис неизменно отклонял такие советы, говоря, что “один сын — все равно, что ни одного сына” и он не может и на миг расстаться с ним.
В последние дни Годунова более всего мучили два вопроса. Твердо зная, что младший сын Грозного мертв, царь по временам впадал в сомнение, «…почти лишался рассудка и не знал, верить ли ему, что Дмитрий жив или что он умер». Другой вопрос заключался в том, сподобится ли он вечного блаженства на том свете. По этому поводу он советовался не только со своим духовником, но и с учеными немцами. Невзирая на различие вер, царь просил их, «чтобы они за него молились, да сподобится он вечного блаженства». После таких бесед Борис нередко приходил к мысли, что для него в будущей жизни нет блаженства. Под влиянием неудач и тяжелой болезни Годунов все чаще погружался в состояние апатии и уныния. Физические и умственные силы его быстро угасали.
3) Начало Смуты
В 1603 году разнёсся слух, что якобы последний сын царя Ивана Грозного, Дмитрий жив. Россияне были поражены. Вскоре узнали, что имя мнимого царевича Юрий Отрепьев. Он был сыном бедного боярина из Галича, Богдана-Якова, стрелецкого сотника, убитого в Москве пьяным литовцем, когда Юрий был ещё ребёнком. Отрепьев – отец служил у князя Бориса Черкасского. Юрий был умён, знал грамоту, но имел мало благоразумия. Следуя примеру деда – Замятина-Отрепьева, он стал иноком. Постриженный вятским игуменом Трифоном, и названный Григорием, этот юный чернец скитался по России – жил в Суздале, в Галицкой области. Григорий был лучшим книжником того времени. Он часто ездил с патриархом Иовом в столицу, видел царскую пышность, которая его пленила. Григорий слышал об убийстве Дмитрия: семя пало на подготовленную почву. Он изучал русские летописи и нередко в шутку говорил своим друзьям – монахам: «Знаете ли вы, что я буду царём в Москве?». За ересь Григория хотели сослать в Белоозеро, но он вместе с двумя другими иноками Мисаилом и Леонидам сбежал из монастыря.