26 червня поляки почали з артилерії обстрілювати козацький табір. Козацька артилерія відповідала. Обидві сторони несли великі втрати. Почалися переговори. Польсько-шляхетське командування вимагало від козаків видачі полковників, прапорів і гармат. Богун, якого козаки обрали наказним гетьманом, вирішив не здаватися. Він поширив упольському таборі чутку, ніби хан з Хмельницьким повернулися і вночі нападуть на поляків. Щоб ворог упевнився в правдивості цієї чутки, Богун наказав козакам грати в сурми, бити в литаври. Ворог повірив і послав за річку великий корпус. Козаки під командуванням Богуна напали на поляків, що засіли в найближчих окопах, вибили їх звідти і розгромили.
30 червня козакам стало відомо, що шляхетське командування збирається обійти обложений табір з тилу і, збудувавши греблі на річці Пляшовій, підняти в ній воду і затопити табір козаків. Іван Богун організував вихід козаків з лещат облоги. Цей єдиний шлях відходу лежав тільки через болото. Завдяки воєнній винахідливості і рішучості Івана Богуна переправа була влаштована. За одну ніч загатили болото одягом, бочками, мішками, сідлами, возами і попонами. Так була зроблена переправа, по якій вийшла більша частина козаків. Але втрати козацького війська були великі. Майже третина війська не вийшла з оточення, козаки втратили обоз і артилерію.
Спроба польсько-шляхетського війська перешкодити переправі козаків зазнала невдачі. Посланий загін шляхетської кінноти був відігнаний козаками. Тоді шляхта вдається до провокації. Під впливом поширюваних ворогом брехливих чуток, що старшина почала тікати, серед козаків виникла паника. Всі кинулися до переправи. У цей час польсько-шляхетське військо пішло на штурм табору. Багато козаків загинуло. Козаки не встигли вивести майже весь обоз і більшу частину артилерії.
У битві під Берестечком українське військо виявило надзвичайну мужність. Козаки, що не встигли вийти з оточення, хоробро бились, вважаючи за краще загинути, ніж здатись в полон. 300 козаків влаштували засіки на острові, що утворився з одного боку злиттям рік Стиру і Пляшевої, а з другого - грузьким болотом, і мужньо захищались, намагаючись прикрити відступ своїх і затримати ворога. Польська піхота пішла в атаку, але козаки відійшли і продовжували захищатися. Козакам пропонували помилування, якщо вони складуть зброю. З презирством вони відкинули умови ворога і загинули всі до одного в нерівному бою смертю героїв. Останній з них, вскочивши в човен, довго відбивався косою, доки не був заколотий списом.
І все ж завдяки холоднокровності, залізній волі і енергії Івана Богуна основна частина збройних українських сил була врятована.
В результаті енергійної діяльності Богдана Хмельницького і його найближчих соратників згодом було відновлено і колишній кількісний склад козацького війська, що знову поповнилося за рахунок широких мас повсталого українського народу. Богун привів до Богдана Хмельницького десятитисячний корпус козаків, створений ним з населення Побужжя, піднятого Богуном на боротьбу з польською шляхтою. Таким чином, Берестецька битва стала важливою сторінкою з-поміж ратних справ полковника Івана Богуна, в якій він проявив себе розсудливим полководцем.
Внаслідок розколу, що стався в подільсько-шляхетському таборі, подальше просування на Східну Україну було припинено. Посполите рушення розвалювалось. У Яна Казимира залишилось лише наймане військо та загони тих магнатів, які мали володіння на Україні. Наміри Яна Казимира негайно переслідувати і знищити українське військо були зірвані.
Становище України ставало все небезпечнішим. У бою із з'єднаним польсько-литовським військом Радзивілла під Ріпками 26 червня 1651 року загинув смертю героя один з талановитих керівників повстанців полковник Мартин Небаба. Польсько-литовське військо, зломивши впертий опір загонів повстанців, захоплює 25 липня Київ. Військо Радзівіла, захопивши Київ, вчинило жорстоку розправу над населенням, піддало місто пограбуванню і спустошенню. Значна частина міста була спалена. Але український народ не скорився іноземним загарбникам. У тилу ворога піднімається нова хвиля повстань. Повстанці захоплюють ряд міст, облягають литовський гарнізон в місті Любечі. У війську Радзивілла через нестачу продовольства починається голод, ширяться хвороби.
Повернувшись з татарського полону, Богдан Хмельницький розгорнув енергійну діяльність, збираючи нові сили для продовження боротьби з ворогом. Українське військо, очолене Богданом Хмельницьким, організувало відсіч польсько-литовському війську. Просування з'єднаної польсько-литовської армії було зупинено. У цей час найближчим помічником Богдана Хмельницького в організації народної боротьби проти іноземних загарбників був Іван Богун, який особливо успішно діяв на Брацлавщині. Він закликає населення не коритися ворогові і допомагати всіма силами українському війську. До загонів Івана Богуна прибуває багато повстанців. Для українського війська були зібрані значні кошти. Козаки на чолі з Іваном Богуном проводять значні роботи з укріплення Білої Церкви й обороняють місто від ворога до приходу основних сил українського війська на чолі з Богданом Хмельницьким.
Виснажене в боях з козаками і численними загонами повстанців, польско-литовське військо не могло вже продовжувати далі наступ. Нові сутички з козаками не принесли успіху ворогу. Польсько- шляхетське командування було змушене розпочати переговори. Ці переговори, що тривали майже два тижні, закінчилися 18 вересня 1651 року укладенням так званого Білоцерківського договору, умови якого були значно важчі від умов зборівського договору 1649 року. Тимчасові тяжкі невдачі й відсутність належної кількості збройних сил змусили українського гетьмана піти на підписання цієї мирної угоди.
За нею на території України відновлювалася влада магнатів. Козацький реєстр із 40 тисяч зменшувався до 20 тисяч чоловік. Козацька територія із своїм самоуправлінням охоплювала тепер лише Київське воєводство, а козаки Брацлавського і Чернігівського воєводства мали бути переселені в межі Київського воєводства. Згідно з договором, польська шляхта діставала повернутися в свої маєтки. Головному керівнику повстання категорично заборонялося мати самостійні дипломатичні відносини з іноземними державами. Укладення Білоцерківського договору давало передих українському війську, необхідний для підготовки до подальшої боротьби. Про додержання умов договору не могло бути й мови. Умови Білоцерківського договору викликали величезне незадоволення і протест народних мас. Польську шляхту і магнатів, які намагалися повернутися до своїх маєтків, зустрічали повсталі селяни із зброєю в руках.
Як свідчать польські джерела, Іван Богун на чолі п'ятнадцятитисячного загону у той період, принаймні напередодні підписання угоди, знаходився в Білій Церкві. Проте його підпис під договором відсутній. Очевидно через те, що останній звів фактично нанівець попередні суспільно-полетичні й економічні здобутки повсталого люду. Відтоді знову активізується опозиційна діяльність полковника.
Особливо гостра боротьба точилася на Брацлавщині, де повстанцями керував Іван Богун. Один із шляхтичів свідчив, що «найбільш вперті хвилювання та заколоти самовільних хлопів відбувалися на Брацлавщині внаслідок підбурювання Богуна; тут, на берегах Дністра, великі загони опришків не дозволили повернутись нікому з наших».[34]
Богдан Хмельницький закликав народні маси почекати до весни, для того щоб організувати і озброїти армію і потім з новими силами розгорнути боротьбу за знищення іноземного гніту.
Тяжке становище, в якому опинився український народ, не зломило його волі до боротьби за своє визволення. Всю зиму 1651-1652 рр. відбувалися повстання. Український народ не корився іноземним поневолювачам.
Після поразки українського війська під Берестечком молдавський господар Лупул знову став союзником панської Польщі. Тому Богдан Хмельницький весною 1652 року організував похід у Молдавію з метою примусити Лупула відмовитися від союзу з панською Польщею і виконати своє зобов'язання – видати свою дочку за сина Богдана Хмельницького Тимоша. Лупул знову став союзником Богдана Хмельницького.
Довідавшись про цей похід українського війська, польський уряд вирішив будь-якою ціною не допустити здійснення намірів Богдана Хмельницького. На Поділля було послано двадцятитисячне шляхетське військо на чолі з Калиновським з тим, щоб перетяти українському війську шлях на Молдавію.Українське військо отчило табір Калиновського.
Бій спалахнув уранці 22 травня 1652 р. біля гори Батіг поблизу сучасного села Четвертинівки й закінчився під вечір другого дня повним розгромом ворожих сил. Козаки зломили опір шляхетської кінноти та найманих військ і прорвалися у ворожій табір. Загинуло майже все польське військо і його верхівка. Безладною втечею із 40 тис. жовнірів і шляхти врятувалося лише кілька тисяч чоловік. "У боях під Батогом, - пише В. Замлинський, - особливо відзначилася козацька кіннота, очолювана І. Богуном, який завершив вдалий окільний маневр і завдав нищівного удару полякам з тилу".[35] В результаті битви під Батогом Правобережна Україна була повністю очищена від польських військ. І ця битва започаткувала новий етап Визвольної війни українського народу проти панської Польщі.
Батозька битва була зразком мужності і воєнного мистецтва повсталих народних мас, а також вершиною воєнного таланту і полководської майстерності Богдана Хмельницького. Перемогу на Батозькому полі сучасники порівнювали з перемогою карфагенського полководця Ганнібала над римлянами під Каннами (216 р. до н.е.). У цю перемогу вклав чималу частку й Іван Богун. Після цієї блискучої перемоги народні маси з новою силою піднімаються на боротьбу проти гнобителів. Шляхта і магнати знову в паніці тікають з України.