Богомилы появились в Болгарии еще во времена правления Симеона. Они отвергали церковный культ и организацию: церковную иерархию, религиозные праздники, храмы, иконы, поклонение кресту. Богомилы не признавали государственную власть, социальное неравенство, отказывались выполнять феодальные повинности, служить в армии, воевать, а феодальные порядки считали делом сатаны. По примеру первых христиан богомилы были объединены в общины. Социальной основой богомильства в Первом Болгарском царстве являлось крестьянство, как свободное, так и феодально-зависимое.
Богомилы в Болгарии жестоко преследовались государством. Их идеи получили широкое распространение в период ослабления государственной власти Петра. Помимо Болгарии, оно было хорошо известно в Сербии, Хорватии, приняло специфичную национальную форму в Боснии. Болгарское богомильство оказало значительное влияние на формирование европейских христианских ересей: катаров, вальденсов во Франции и Италии, стригольников на Руси и др.
В конце правления Петра положение Болгарии значительно ухудшилось. Северо-восток страны грабили печенеги, отделилась Сербия, с севера стали нападать венгры, основавшие в середине X в. в Паннонии свое государство. Болгария вынуждена была заключить с венграми соглашение, по которому должна была беспрепятственно пропускать их через свою территорию для нападения на земли Византийской империи. Взамен венгры обязывались не грабить Болгарию. Этот договор вызвал обострение отношений с Византией, и в 967 г. она перестала платить болгарам дань полагающуюся им со времен царя Симеона. Византия натравила на Болгарию киевского князя Святослава, который в 968-971 гг. совершил два похода за Дунай и завоевал восточную часть страны, но не спешил передать ее Византии. Киевский князь хотел остаться на Балканах и перенести сюда центр своей завоевательной политики. Он разместил в Болгарии русские гарнизоны и сохранил номинальную власть за царем Борисом II (969-971.) при условии его участия в борьбе с Византией.
Совместное русско-болгарское войско начало боевые действия против войск империи. Обеспокоенный таким поворотом событий византийский император Иоанн Цимисхий в 971 г. невероятными усилиями изгнал русских из Восточной Болгарии и включил эти земли в состав империи. Борис II был пленен и увезен вместе со своим братом Романом в Константинополь.
Независимой оставалась Западная Болгария (современная Македония) с центром в городе Охриде. Сразу после смерти болгарского царя Петра (969) власть здесь захватили четыре брата-боярина, сыновья местного наместника-комитопула Николы: Давид, Моисей, Аарон и Самуил. Борис II не смог справиться с боярами-сепаратистами и фактически был вынужден признать их власть над Западной Болгарией, которая являлась преемницей Первого Болгарского царства и вела самостоятельную внешнюю политику. После завоевания империей Восточной Болгарии братья начали борьбу с Византией.
В 60-х гг. реальная власть в Болгарии оказалась в руках Самуила. Он сформировал боеспособную армию из свободных крестьян и благодаря успешным военным действиям, вернул все завоевания царя Симеона, кроме Фракии. Столицей Западно-Болгарского царства и резиденцией болгарского патриарха стал город Охрид.
В конце X в. византийский император Василий II развернул ожесточенные войны с Болгарией, направленные на полное завоевание страны. В результате его походов в плен к византийцам попал болгарский царь Роман, который умер в тюрьме в 997 г. Династия болгарских царей пресеклась, и это дало повод Самуилу в 997 (999?) г. венчаться на болгарский престол. Новый царь, стремясь упрочить свою власть, предоставлял своим родственникам посты в провинции с неограниченными военными и гражданскими полномочиями. Это привело к борьбе за власть между членами одного клана и ослабило государство Самуила. Крупные феодалы, располагавшие огромными земельными владениями, рассматривали зависимость от Самуила как временное явление.
В 1014 г. болгары были разгромлены императором Василием II у горы Беласица. Самуил умер, не пережив поражения, и престол занял его сын Гавриил Радомир (1014-1015). Вскоре он был убит двоюродным братом Иваном Владиславом, который стал последним царем Первого Болгарского царства. Против Ивана Владислава выступила часть болгарской знати. Чтобы справиться со смутами, он пытался заключить мир с Византией, но Василий II не пожелал мира. В 1015 г. византийские войска заняли город Охрид. Иван Владислав стремился расширить свои владения в албанских землях. В 1018 г. при осаде города Драч он погиб. Знать Западной Болгарии присягнула Византии. Первое Болгарское царство завершило свое существование.
Начиная с 1018 г., Византия предпринимала меры по укреплению своей власти в завоеванных болгарских землях. Для лучшего контроля Болгария была разделена на три части (капетаната): Западную, Северо-Восточную, Юго-Западную. Верхушка болгарских феодалов переселялась в Армению и Константинополь. Оставшиеся болгарские войска были переведены на границу империи с Ираном. Частично переселялось в Азию и простое болгарское население. На все посты византийской администрации в Болгарии назначались только греки или представители малоазиатских народов (армяне и др.).
Царские земли, земли выселенных феодалов и крестьян были включены в императорский фонд для дальнейшей раздачи византийским воинам, чиновникам и церкви. Охридская патриархия была низведена до положения автономного архиепископства. Болгарские епархии подчинялись Константинополю. Без санкции византийского императора архиепископ не мог рукополагать епископов и созывать церковные соборы. Вместе с тем византийцы считали церковь своей опорой в Болгарии и сохранили некоторые имущественные права и льготы духовенства. Первоначально во главе Охридской архиепископии был оставлен прежний патриарх, болгарин Иван Дербский. После его смерти в 1037 г. место архиепископа в городе Охриде занимали только греки. Официальным языком в Болгарии и в болгарской церкви стал греческий. На всей территории Болгарии были размещены византийские войска.
В первые годы византийского владычества в Болгарии сохранялись налоги времен Самуила, как по размерам, так и по форме (натуральные). В конце 30-х гг. XI в. поборы в Болгарии выросли и стали взиматься деньгами. Эта реформа послужила поводом к первому крупному восстанию в Болгарии против Византии под руководством боярина Петра Деляна (1040-1041). Восстание началось в районе города Скопье (Македония) и охватило всю территорию Первого Болгарского царства, кроме северо-востока страны, разоренного печенежскими набегами. К болгарам примкнули сербы, албанцы, влахи и греки района города Никополя. Восставшие ставили цель возродить Болгарское государство во главе с потомками Самуила. Петр Делян выдававший себя за внука Самуила был избран царем. Однако против самозванца выступил настоящий внук Самуила - Алусиан, претендовавший на титул царя. Петр Делян был предательски ослеплен и попал в плен к византийцам. Восстание потерпело поражение.
Второе крупное антивизантийское восстание в Болгарии произошло в 1072 г. Поводом к нему опять послужило увеличение налоговых сборов. Восстание, во главе которого стал Георгий Войтех, началось в городе Скопье. Так как потомков Самуила уже не было, восставшие обратились к правителю сербского княжества Дукля (Черногория) Михаилу, который был в далеком родстве с последней болгарской царской династией Самуила. Он прислал в Болгарию своего сына Константина Бодина с военным отрядом. Бодина короновали болгарским царем под именем Петра. Однако и это восстание, охватившее северную и среднюю Македонию, было разгромлено.
Значимую роль в борьбе болгар против Византии играли богомилы. В период ее господства социальная база болгарских богомилов несколько расширилась. В богомильство обращались некоторые мелкие феодалы, монахи, рядовое духовенство. Богомильство стало символом борьбы с византийцами, исповедовавшими официальное православие. На рубеже XII-XIII вв. богомилы неоднократно поднимали восстания против Византии, которые жестоко подавлялись.
В XII в. в юго-западной части бывшего Первого Болгарского царства (Македония) происходил рост византийского землевладения, уменьшался слой свободных крестьян - основы антивизантийских восстаний. Македонские феодалы стали придерживаться лояльных позиций по отношению к Византии. В конце XII в. они образовали собственные самостоятельные княжества, положившие начало средневековой македонской государственности.
Центр борьбы против Византии переместился из Македонии в собственно болгарские земли, в центр и северо-восток Первого Болгарского царства. В этой части страны не было сильной византийской администрации, сохранилось свободное крестьянство, принимавшее участие в освободительной борьбе. Местные феодалы, в основном мелкие, также были заинтересованы в восстановлении независимости болгарского государства.
Освободительное восстание братьев Асеней. Образование Второго Болгарского царства. В 80-е гг. XII в. на северо-востоке Болгарии началось крупное антивизантийское восстание. Внешнеполитическое положение Византийской империи было крайне тяжелым. В 1180 г. ее владычество сбросили сербы, в этом же году венгры захватили у империи значительную часть Боснии. В этих условиях весной 1186 г. в Болгарии вспыхнуло восстание во главе с братьями-боярами из города Тырново - Петром, Асенем и Иваном из рода Асеней. Византийский император Исаак II Ангел предпринял против восставших три похода, но сломить их не смог. В 1187 г. империя фактически признала существование независимого болгарского государства с центром в городе Тырново. В историографии это государство получило название Второго Болгарского царства. В Болгарии стали править два брата - Петр и Асень. Последний был коронован царем, а Петр признан его соправителем. Младший брат Иван отправился в Византию заложником и гарантом спокойствия в болгаро-византийских отношениях. Официально венчание на царство Асеня, как и власть братьев в целом, Византия не признала. Петр и Асень не являлись законными болгарскими царями, так как не принадлежали к царским династиям Первого Болгарского царства.