Боснийское восстание начала 30-х гг. XIX в. было типичным для движения феодалов вплоть до 50-х гг. Борьба за автономию не имела здесь характера освободительного движения. Движущей силой были консервативные слои общества, защищавшие свои политические и экономические привилегии. Суть этих выступлений заключалась в неприятии какого бы то ни было реформирования строя. Прогрессивной чертой движения боснийского беговата была его антиосманская направленность.
С разгромом восстания Хусейна сопротивление реформам в Боснии и Герцеговине не прекратилось. Местные феодалы, опасавшиеся за свои права и земельные владения, ощущали настоятельную необходимость продолжать борьбу за сохранение своих политических и экономических привилегий. Особое недовольство беговата вызывало уменьшение его политической роли и влияния в местных диванах и меджлисах в связи с введением в систему управления института чиновников, назначавшихся Портой. Все это обусловило дальнейшее выступление против реформаторской деятельности турецкого правительства и порождало стремление добиться официального признания Портой широкой автономии пашалыка. В этот период в среде феодалов появились идеи об автономии Боснии и Герцеговины по образцу Египта или Сирии и перехода всей полноты власти в провинции в руки беговата.
Подавление восстания и восстановление власти султана повлекло за собой ряд перемен. В целях ослабления боснийских феодалов Герцеговина была выделена в особый округ. Столицей Боснийского эялета стал город Сараево — крупный торговый и ремесленный центр. Серьезным ударом по беговату со стороны султанской власти была ликвидация капетаний. Их заменили муселимлуки, административные и полицейские функции в которых вверялись государственным служащим — муселимам. Янычарский корпус был распущен, но создать регулярную армию султану не удалось.
Вторая волна сопротивления реформам прокатилась в 40-е гг. — после попыток проведения в жизнь Гюльханейского хатт-и-шерифа 1839 г., провозгласившего равенство всех подданных султана, как мусульман, так и «неверных». Так, в 1846 г. мусульманские аяны в районе Серебренницы под руководством Рустен-бега выступили против боснийского визиря и даже просили помощи княжества Сербии. Однако это выступление также закончилось безрезультатно.
Экономические отношения в боснийских землях не были затронуты реформами, что в конечном счете привело к резкому социальному обострению в деревне. Слабая центральная власть не могла защитить крестьян от самовластия землевладельцев. И это, в свою очередь, вызывало бесконечные жалобы местного населения, протесты разных форм, в том числе и вооруженные восстания крестьян. В Боснийском эялете эффективность реформ была крайне низкой, их проведение раждало упорное сопротивление, бунты и восстания феодалов.
Окончательно сломить противоборство боснийско-герцеговинских феодалов султану удалось лишь в начале 50-х гг., прибегнув к самым решительным мерам. В Боснию была направлена большая регулярная армия во главе с Омер-пашою Латасом. Вооруженные отряды бегов были разгромлены. В 1851 г. в Боснии и Герцеговине утвердилась власть центрального правительства. Энергичный политик Омер-паша в 1851 г. окончательно ликвидировал спахийскую систему и в последующие годы осуществил ряд административных преобразований.
Зарождение национального движения. Еще в начале XIX в. в Боснии и Герцеговине появились первые симптомы зарождения национально-освободительного движения христианского населения, на которое оказывала заметное влияние борьба за освобождение от турецкой власти в Черногории и Сербии. Активную роль в этом движении играли представители местного православного духовенства, пытавшиеся найти поддержку в России. Так, в 1803 г. архимандрит Арсений Гагович, прибыв в Петербург, говорил о том, что «народ герцеговинский» стремится войти в состав России. Эти заявления были увязаны с политическими замыслами черногорского митрополита Петра 1 Негоша и некоторых сербских деятелей. Заметное влияние на боснийско-герцеговинское население оказало и Первое сербское восстание.
В 30—40-е гг. XIX в. в национальном движении появилось течение, представленное И. Ф. Юкичем, который выдвинул идею «бошняства». Он утверждал, что в Боснии и Герцеговине один народ — «бошняки», который является составной частью иллирийского народа. В 40-е гг. заметное влияние на национально-освободительное движение Боснии и Герцеговины стала оказывать пропаганда идей государственного объединения югославянских народов, начатая правящими кругами Сербского княжества и направляемая И. Гарашаниным. В связи с этим возникло несколько тайных организаций, просуществовавших до начала 70-х гг., которые ставили своей задачей реализацию планов И. Гарашанина.
На протяжении 50—60-х гг. XIX в. периодически вспыхивали восстания христианского населения. Особенно упорными были волнения в Герцеговине под руководством Луки Вукаловича. Другим очагом нараставшего освободительного движения была северо-западная окраина Боснии — Боснийская Крайна, где восстание началось в 1858 г. Во всех движениях выдвигались требования в основном аграрного характера, а также утверждавшие равенство мусульман и христиан в религиозных, имущественных и судебных правах. В адресах и меморандумах выработанных в ходе восстаний, была сформирована идея о необходимости введения административной автономии в пашалыке и присоединения Герцеговины к Черногории. Особенно остро этот вопрос был поставлен Вукаловичем во время восстания 1861—1862 гг. Другой лидер, Мичо Любибратич пытался поднять вооруженный мятеж под лозунгом совместной борьбы христиан и мусульман за социальное освобождение и автономию Боснии, однако оно потерпело поражение.
Босния и Герцеговина в планах Сербии и Черногории. Проблема политического будущего Боснии и Герцеговины в это время становится все более актуальной не только из-за расширения национально-освободительного движения, но и ввиду усилившегося стремления соседних государств — Сербии, Черногории и империи Габсбургов присоединить к своим владениям эту турецкую провинцию или хотя бы часть ее. Для Австрии, владевшей Адриатическим побережьем, продвижение таким образом в глубь Балкан было заветным желанием. Черногорцы откровенно стремились к присоединению части территории Герцеговины. Политические деятели молодого сербского государства своей внешнеполитической задачей также ставили присоединение этих территорий.
Так, судьба Боснии и Герцеговины стала спорной при заключении в 1866 г. союзнического договора между Сербией и Черногорией. Проект последней предполагал присоединение Боснии и части Старой Сербии к Сербскому княжеству, а Герцеговины и остальной части Старой Сербии — к Черногории. Но правящие сербские круги отвергли подобный вариант и открыто потребовали согласия Черногории на включение в состав Сербского княжества и Боснии и Герцеговины. Таким образом, складывалась ситуация, когда идеологи национально-освободительного движения должны были выбирать: или добиваться широкой административно-политической автономии под верховной властью султана, или идти на присоединение к другим государствам. При этом как Сербия, так и Черногория активно вмешивались и влияли на развитие этих двух альтернатив для Боснии и Герцеговины.
В южных и юго-восточных областях Герцеговины, где сохранилась система общинного самоуправления , начали создаваться местные органы власти под непосредственным влиянием черногорской государственной системы. Черногорский сенат стал для герцеговинцев пограничных областей высшим судебным и административным органом. В 1858 г. князь Данила присвоил Луке Вукаловичу титул воеводы. Несмотря на то, что Порте удалось подавить восстание в Черногории, часть территорий (Грахово, часть Банян, Дробняка и др.) вошли в состав фактически независимого Черногорского государства.
В 1867—1868 гг. в ходе подготовки и создания Балканского союза в Боснии и Герцеговине стала активизироваться сербская пропаганда, прилагались большие материальные и политические усилия для организации антитурецкого восстания в эялете. Массовое вооруженное восстание началось летом 1875 г. в Герцеговине, а затем охватило северные и юго-западные области Боснии, послужив причиной возникновения в международных отношениях Европы Восточного кризиса 1875—1878 гг.