У части еврейского населения и у руководителей Еврейского антифашистского комитета первое время после окончания войны оставались иллюзии о возможности создания еврейской автономной республики в Крыму. В июне 1945 г. Ш. Михоэлс, И. Фефер и Ш. Эпштейн добивались через А. Лозовского приема у В. Молотова, чтобы вновь поставить вопрос о Крыме. Во время чтения лекции «Палестинская проблема» в Политехническом музее в Москве 17 июля 1946 г. лектора спросили: «Почему бы не устроить в противовес Палестине автономное еврейское образование в СССР... Вот, например, Крымский полуостров или бывшая республика немцев — Поволжье».
В первые послевоенные годы наблюдался подъем еврейской религиозной жизни. В начале 1947 г. на территории СССР функционировали 162 синагоги. В полулегальных условиях в Самарканде в 1945–46 гг. действовали литовская иешива митнагдим под руководством раввина И. Копельмана и иешива хасидов Хабада под руководством раввина Н. Нейманова. Действующих синагог в стране было крайне мало, но советские власти не разрешали открывать синагоги (так, 11 октября 1945 г. группе верующих евреев из Киева, обратившейся в Совет по делам религиозных культов, было отказано в их просьбе о разрешении открыть в городе вторую синагогу). Однако в Биробиджане в 1947 г. была открыта синагога. В дни еврейских праздников или в связи с различными событиями еврейской истории в синагоги стали приходить тысячи советских евреев, многие из которых были далеки от религии (например, в марте 1945 и 1946 гг. на панихиду по жертвам нацизма в Московской синагоге, на торжественные богослужения в синагогах страны в честь создания Государства Израиль, и т. д.). В Еврейской автономной области также наблюдался рост религиозных настроений. В 1947 г. в синагоге Биробиджана на Рош ха-Шана присутствовало около 500 человек.
Несмотря на все ограничения еврейской культурной жизни, в некоторых городах функционировали еврейские театры, действовали еврейские издательства (в 1946 г. вышло в свет 18 наименований книг на идиш, в 1947 г. — 40, в 1948 г. — 41, в том числе произведения П. Маркиша, Л. Квитко, И. Фефера, Ш. Галкина). В Киеве в 1947–48 гг. было издано семь номеров альманаха «Штерн», в Москве — семь номеров альманаха «Хеймланд», в Биробиджане в 1946–48 гг. — три номера альманаха «Биробиджан». Из функционировавших перед войной научно-исследовательских учреждений возобновил работу только Кабинет еврейской культуры АН УССР. В феврале 1946 г. при Еврейском антифашистском комитете была создана историческая комиссия, за что комитет немедленно был обвинен в национализме. В Вильнюсе бывшим еврейским партизанам с большим трудом удалось добиться открытия Еврейского музея, основу которого составили фонды существовавшего до войны Еврейского этнографического музея имени С. Ан-ского (значительная часть музея была спасена еврейскими подпольщиками). В Тбилиси продолжал функционировать Историко-этнографический музей грузинского еврейства.
После войны власти не разрешали еврейским учебным заведениям возобновлять свою деятельность, за исключением двух начальных (четыре года) школ в Вильнюсе и Каунасе. В программу двух школ в Еврейской автономной области были включены идиш и еврейская литература. Но все попытки руководства области (за что позже оно было наказано) получить разрешение центральных властей на расширение еврейского образования, на создание в Биробиджане государственного еврейского университета и широкой сети политехнических учебных заведений на идиш были отвергнуты. В 1948–51 гг. все еврейские культурные учреждения, издания, альманахи были ликвидированы по всей стране.
В конце 1947 г. И. Сталин принял решение распустить Еврейский антифашистский комитет и провести широкую волну арестов среди представителей еврейской культурно-политической элиты страны. Министр ГБ В. Абакумов знал о все усиливающимся антисемитизме И. Сталина и о его ненависти к родственникам его второй жены Надежды Аллилуевой и составил сценарий американо-сионистского заговора, якобы направленного против И. Сталина и его семьи. Главной фигурой этого заговора стал И. Гольдштейн, знакомый с Е. Аллилуевой, женой брата Н. Аллилуевой, П. Аллилуева, погибшего при загадочных обстоятельствах в 1938 г. В конце декабря 1947 г. – начале января 1948 г. были арестованы родственники Н. Аллилуевой, а также их знакомые: театровед Л. Шатуновская (1906–88, в Израиле с 1972 г.), ее муж профессор физики Л. Тумерман (1898–1986 гг., в Израиле с 1972 г.), специалист по радиолокации генерал-майор Т. Угер (1905–72), Э. Горелик, жена первого заместителя министра обороны А. Хрулева, филолог З. Гринберг, помощник Ш. Михоэлса в Еврейском антифашистском комитете. По версии МГБ руководство Еврейского антифашистского комитета по заданию американской разведки добывало сведения о жизни И. Сталина и его семьи через И. Гольдштейна и З. Гринберга (1887 – после 1947). И. Гольдштейна заставили дать показания «о сионистской деятельности Михоэлса и о том, что он проявлял повышенный интерес к личной жизни главы советского правительства... Такими сведениями интересовались американцы». И. Сталин лично контролировал ход следствия и давал указания следователям. Видимо, И. Сталин в это время задумывал организацию большого открытого антиеврейского процесса, но это могло бы помешать планам СССР укрепить свое влияние на Ближнем Востоке, поддерживая борьбу еврейского населения Эрец-Исраэль за независимость. Поэтому И. Сталин в начале 1948 г. дал указание В. Абакумову срочно организовать ликвидацию Ш. Михоэлса силами МГБ. 13 января 1948 г. в Минске, куда Ш. Михоэлс и сопровождавший его В. Голубов-Потапов приехали по командировке Комитета по Сталинским премиям, их схватили, привезли на дачу министра государственной безопасности Белоруссии Л. Цанава; во дворе дачи они были раздавлены грузовой машиной. Затем их трупы отвезли на одну из улиц города для имитации случайного наезда. Ш. Михоэлсу власти организовали торжественные похороны, а Государственному еврейскому театру было присвоено его имя. Дело о «заговоре» Аллилуевых—Михоэлса было свернуто, проходившие по нему лица получили различные сроки заключения (так, Л. Шатуновская и Л. Тумерман — по 25 лет).
В это время еще не была решена судьба Еврейского антифашистского комитета. Так, отдел внешней политики ЦК в докладной записке секретарям ЦК А. Кузнецову и М. Суслову предложил «с целью оздоровления обстановки в Еврейском антифашистском комитете» вывести из его состава И. Фефера, Лину Штерн, Л. Квитко и других и ввести в состав Президиума С. Маршака, Б. Иофана (1891–1971), И. Дунаевского, Д. Ойстраха, Майю Плисецкую. Но Министерство государственной безопасности продолжало фабриковать дело об американо-сионистском центре в СССР. По сценарию органов руководство центром было приписано А. Лозовскому; арестованных по делу некоторых работников Совинформбюро заставили давать показания о «националистических устремлениях Лозовского». 26 марта В. Абакумов направил руководству страны записку, в которой утверждал, «что руководители Еврейского антифашистского комитета, являясь активными националистами и ориентируясь на американцев, по существу проводят антисоветскую националистическую работу». Но И. Сталин считал, что время для широкой антиеврейской чистки еще не наступило, так как борьба на Ближнем Востоке вступала в решающую фазу. СССР первым в мире признал образованное 14 мая 1948 г. Государство Израиль де-юре и вторым — де-факто. И. Сталин надеялся, что новое государство присоединится к «социалистическому лагерю» и станет форпостом СССР на Ближнем Востоке. Советские руководители даже предлагали свою помощь в решении еврейско-арабского конфликта. Так, представитель Украины в Совете Безопасности ООН Д. Мануильский осенью 1948 г. предлагал поселить палестинских беженцев (свыше пятисот тысяч человек) на территории советской Средней Азии и создать там автономную арабскую республику. Но после того, как осенью 1948 г. стало ясно, что мечтам о создании нового социалистического государства не суждено осуществиться, а советские евреи воспринимают Израиль как свою родину и многие из них даже хотят туда переехать, И. Сталин решил, что настало время для проведения широкой антиеврейской чистки.
В сентябре 1948 г. был арестован ряд лиц после того, как в руки советских властей попали списки желающих выехать в Израиль. Среди арестованных был А. Фейг (1915–81), одним из первых получивший израильский паспорт и приговоренный за это к 5 годам лишения свободы. 12 сентября 1948 г. был арестован И. Каганов. В январе 1950 г. он был приговорен к 25 годам заключения по обвинению в принадлежности к «антисоветской националистической группе»; к ней были причислены арестованные в 1948–49 гг. Ц. Плоткин, Ц. Прейгерзон и М. Баазов (1915–70 гг.; сын Д. Баазова). В 1948–53 гг. в СССР были арестованы тысячи евреев по обвинению в сионистской деятельности («еврейском буржуазном национализме»).
Представители еврейской общественности, которых поддерживала часть высшего партийного руководства, пытались убедить И. Сталина в лояльности советских евреев. В сентябре 1948 г. в газета «Эйникайт» была опубликована статья Л. Гольдберга (1892–1955) с критикой сионизма и руководителей Израиля; И. Эренбург по заданию властей опубликовал 21 сентября 1948 г. в «Правде» статью «По поводу одного письма», в которой дал понять советским евреям, что Израиль создан как убежище от антисемитизма для евреев из капиталистических стран, а не из СССР, где антисемитизма не существует. Но И. Сталин был непреклонен в своем решении.
16 сентября 1948 г. был арестован член Еврейского антифашистского комитета Д. Гофштейн. 20 ноября Политбюро и Совет министров приняли решение «О Еврейском антифашистском комитете»: МГБ поручалось «немедленно распустить Еврейский антифашистский комитет, так как факты свидетельствуют, что этот комитет является центром антисоветской пропаганды и регулярно поставляет антисоветскую информацию органам иностранной разведки». 21 ноября 1948 г. помещение Еврейского антифашистского комитета было закрыто и в нем проведен обыск. В тот же день был прекращен выпуск газеты «Эйникайт». 25 ноября было принято постановление Политбюро о закрытии издательства «Дер эмес». Набор книг, находившихся в издательстве, был рассыпан. 24 декабря были арестованы В. Зускин, возглавивший после смерти Ш. Михоэлса ГОСЕТ, и И. Фефер. 18 января 1949 г. было принято постановление Политбюро, в котором А. Лозовский обвинялся в том, что под его руководством Еврейский антифашистский комитет «проводил враждебную партии и правительству националистическую работу». 26 января он был арестован. В январе были арестованы руководители и рядовые члены Еврейского антифашистского комитета: Б. Шимелиович, Л. Квитко, П. Маркиш, Д. Бергельсон, Лина Штерн, Эмилия Теумин (1905–52), И. Ватенберг (1887–1952), Чайка Ватенберг-Островская (1901–52). Шли аресты представителей еврейской интеллигенции, в том числе был арестован И. Юзефович (1890–1952), историк, близкий друг А. Лозовского.