На решение начать широкую антиеврейскую чистку повлиял целый ряд факторов: война показала И. Сталину, что широкие круги населения страны отрицательно относятся к евреям; среди партаппарата также усилился антисемитизм; наконец, неудача СССР в его планах сделать зависимым Государство Израиль. И. Сталин, у которого в последние годы жизни наблюдалось тяжелое психическое расстройство, считал, что почти все еврейское население страны является сионистско-американской агентурой. Он говорил своей дочери: «Сионизмом заражено все старшее поколение, а они и молодежь учат... сионисты подбросили тебе твоего муженька» (в мае 1947 г. Светлана Сталина по настоянию отца развелась с мужем, Г. Морозовым). И. Сталин решил избавиться от «агентов сионизма» в своем ближайшем окружении. В начале 1948 г. по распоряжению И. Сталина Г. Маленков добился развода своей дочери с В. Шомбергом, внуком А. Лозовского. В начале 1948 г.была снята с поста заместителя наркома текстильной промышленности Д. Хазан, жена заместителя председателя Совета министров А. Андреева. 10 мая 1948 г. была снята с поста начальника Главтекстильгалантерейпрома П. Жемчужина (жена В. Молотова), обвиненная в причастности к «националистической деятельности Михоэлса и Лозовского», 30 декабря 1948 г. она была исключена из партии, а 21 января 1949 г. арестована. В. Молотов 4 марта 1949 г. был снят с поста министра иностранных дел. 8 февраля 1949 г. И. Сталин подписал подготовленное генеральным секретарем Союза советских писателей А. Фадеевым постановление Политбюро о роспуске объединений еврейских советских писателей в Москве, Киеве и Минске и закрытии альманахов «Геймланд» (Москва) и «Дер штерн» (Киев). В скором времени многие из еврейских писателей были арестованы: Дер Нистер, Ш. Галкин, И. Добрушин, Д. Стонов, Н. Лурье, Ш. Персов. Были арестованы журналисты, редакторы, готовившие материалы для Еврейского антифашистского комитета: Мирьям Айзенштадт-Железнова (1909–1950), С. Хайкин, Н. Левин (1905–50), А. Гонтарь (1908–81), управляющий делами Еврейского антифашистского комитета С. Котляр (1890–1967), М. Грубиян (1909–72); сотрудники газеты «Эйникайт»: С. Рабинович, Г. Жиц; сотрудники издательства «Дер эмес»: директор Л. Стронгин, главный редактор М. Беленький (1910–96; с 1991 г. в Израиле). Многие из арестованных писателей и журналистов были обвинены в шпионаже. По утверждению следствия, в статьях, которые они через Еврейский антифашистский комитет публиковали в США, содержались секретные сведения. 22 ноября 1950 г. Военная коллегия Верховного суда СССР приговорила к расстрелу М. Айзенштадт-Железнову и Ш. Персова.
Ликвидация учреждений еврейской культуры, аресты еврейских писателей, работников культуры проходили по всей стране. В Киеве были арестованы ответственный секретарь альманаха «Дер штерн» З. Аксельрод, директор кабинета еврейской культуры Э. Спивак, писатель М. Талалаевский. Были закрыты: еврейский музей в Вильнюсе, краеведческий музей в Биробиджане, историко-этнографический музей грузинского еврейства в Тбилиси, директором которого был А. Крихели (1906–74 гг., с 1973 гг. в Израиле). В середине февраля 1949 г. были прекращены передачи Московского международного радио на идиш; началась ликвидация еврейских театров. Комиссия ЦК партии в справке о ГОСЕТе утверждала: «Репертуар театра крайне неудовлетворителен по идейно-художественному качеству и ограничен узкими рамками национальной тематики». В марте 1949 г. был закрыт Белорусский государственный еврейский театр, в феврале 1949 г. было закрыто Московское государственное еврейское театральное училище имени Ш. Михоэлса, в сентябре 1949 г. — театр имени Шалом Алейхема в Черновцах, в октябре — Биробиджанский государственный еврейский театр имени Л. Кагановича, 1 декабря был закрыт ГОСЕТ. В СССР не осталось еврейских театров.
В 1949 г. центральные власти начали осуществлять тотальную чистку в Еврейской автономной области. Руководство области обвинялось в национализме, проявления которого видели и в планах преобразования области в автономную республику, и в планах создания еврейского университета, и в том, что оно не обнаружило «националистической организации, окопавшейся в редакции «Биробиджанер штерн», и даже в том, что был создан еврейский детский дом. 25 июня 1949 г. Политбюро приняло решение «Об ошибках секретаря обкома Еврейской автономной области Бахмутского А. К. и председателя облисполкома Левитана М. С.», в котором наряду с прочим их обвинили в получении «подачек» от Американского Биробиджанского комитета, «чем способствовали распространению проамериканских и буржуазно-националистических настроений среди некоторой части населения области». Руководители области были сняты с работы и исключены из партии. В начале августа 1949 г. под руководством нового секретаря обкома партии П. Симонова состоялась областная партийная конференция, был избран новый состав обкома (42 русских, 16 евреев). В 1950–51 гг. были произведены многочисленные аресты: А. Бахмутский, М. Левитан, председатель облисполкома до 1947 г. М. Зильберштейн, редактор альманаха «Биробиджан» Х. Мальтинский и многие другие. Все они были в 1951–52 гг. приговорены к большим срокам заключения. Центральные власти решили расправиться не только с деятелями еврейской культуры, но и провести широкую чистку среди ассимилированной еврейской интеллигенции. С этой целью в стране была развернута идеологическая кампания против «низкопоклонства перед Западом», а после публикации 28 января 1949 г. редакционной статьи в газете «Правда» «Об одной антипатриотической группе театральных критиков» началась кампания борьбы против космополитов (подробнее см. «Космополиты»). Кампания сопровождалась массовым увольнением евреев из учреждений науки, культуры, из редакций газет, издательств, почти со всех руководящих постов в народном хозяйстве. Многие из уволенных были вскоре арестованы. Власти провоцировали многочисленные доносы. Так, в феврале 1949 г. в ЦК поступило письмо от работников Ленинградского института литературы (Пушкинский дом), в котором сообщалось об антипатриотической группе литературоведов и филологов, в которую входили крупнейшие ученые страны: Б. Эйхенбаум, В. Жирмунский, М. Азадовский (1888–1954), Г. Бялый, Г. Гуковский. Все перечисленные в доносе были уволены, лишились возможности преподавать, а Г. Гуковский был арестован. Весной 1949 г. из Института мировой литературы имени Горького были уволены В. Кирпотин (1898–?), Тамара Мотылева (1910–92) и другие ученые-евреи, зачисленные в космополиты.
Лозунг «разгромить буржуазных космополитов в киноискусстве» дал начало кампании против крупнейших режиссеров и сценаристов. Несколько лет были отстранены от работы в кино Л. Трауберг, Г. Козинцев, Е. Габрилович (1899–1993). Особенно жестоко велась кампания против евреев — литературных и театральных критиков (см. подробнее в статье «Космополиты»). Наряду со статьями в газетах, громящими космополитов, возрастал поток доносов, зачисляющих в космополиты всех творческих работников-евреев и многих русских. Так, главный редактор газеты «Советское искусство» В. Вдовиченко направил в Политбюро донос, в котором зачислил в сионисты 83 театральных критиков-евреев, а их покровителем объявил К. Симонова. Некоторые партийные деятели, например, редактор газеты «Правда» П. Поспелов, настаивали на прекращении кампании в газетах, так как она приобретает все более антисемитский характер и от этого может пострадать международный престиж СССР. Ожесточенным нападкам подвергались некоторые писатели, которым покровительствовал И. Сталин; так, перестали печатать И. Эренбурга, а высокопоставленный работник аппарата ЦК Ф. Головенченко заявил в конце марта, что «враг № 1» И. Эренбург разоблачен и арестован. С апреля 1949 г. публичная газетная кампания была смягчена, а наиболее усердствующие авторы антисемитских статей и выступлений, как В. Вдовиченко и Ф. Головенченко, были сняты со своих постов. Но тотальная чистка евреев усилилась.
1948 г. стал первым послевоенным годом, когда число принятых в партию было меньше числа исключенных из партии. Огромный процент от общего числа исключенных составляли евреи. Чистке подверглись редакции газет; из «Правды» были уволены многие сотрудники-евреи, суровой критике, понижению в должности подверглись журналисты-евреи; даже любимца И. Сталина Д. Заславского в 1949 г. отстранили от должности руководителя кафедры журналистики Высшей партийной школы. Чистка евреев прошла в редакции газеты «Комсомольская правда», откуда были уволены многие сотрудники и внештатные корреспонденты; в газете «Труд» в 1950–51 гг. было уволено более 40 сотрудников. Массовые увольнения евреев проводились в ведомственных изданиях армии, флота и МВД. Во время партийного собрания в редакции газеты «Красный флот» (органа Военно-морских сил) в марте 1949 г., посвященного «борьбе с буржуазным космополитизмом», нападки на евреев носили небывалый даже по понятиям тех лет характер. Так, капитан первого ранга Пащенко заявил: «Так же, как весь немецкий народ несет ответственность за гитлеровскую агрессию, так и весь еврейский народ должен нести ответственность за деятельность буржуазных космополитов». Многие евреи — сотрудники газет были уволены, некоторые из них арестованы, а С. Занде расстрелян. Евреи были уволены из редакций газеты «Сталинский сокол» и журнала «Пограничник». Чистка шла и в организации, занимающейся доставкой газет и журналов населению. Так, после проверки, которую проводил отдел пропаганды и агитации ЦК, было уволено десять евреев — начальников отделов и центральных контор Союзпечати. Из Телеграфного агентства СССР было уволено 60 евреев, а сотрудники редакции иностранной информации Гуревич, Эмдин и Кантер арестованы. Увольнения журналистов-евреев происходили и в союзных республиках.