В Сербии на первых выборах на многопартийной основе в 1990 г. победу одержала Социалистическая партия Сербии (СПС). Ее лидер Слободан Милошевич (1941-2006), избранный председателем Президиума Сербии, был сторонником сохранения югославской федерации, а в случае невозможности этого - объединения в одном государстве земель с преимущественно сербским населением. Как и в других республиках, конкуренцию бывшим коммунистам составили правые и центристские партии. В Сербии к их числу относились прежде всего Сербское движение обновления и Демократическая партия.
Одной из острейших проблем, вставших перед сербским руководством в условиях начавшегося процесса распада федерации, были набиравшие силу сепаратистские устремления албанского населения Косово. В принятой в 1990 г. конституции Сербии Косово, а также Воеводина лишались атрибутов государственности, полученных ими по конституции СФРЮ 1974 г., они вновь становились лишь территориальными автономиями. После этого в Косово и Метохии (так вновь стал называться автономный край Косово) произошла вспышка никогда не прекращавшегося там албанского сепаратизма. В ответ сербские власти ввели на территорию края дополнительные полицейские и воинские подразделения. В условиях фактического военного положения в Косово лидеры албанцев, составлявших уже около 90% населения, провели несанкционированный Белградом референдум. Его участники высказались за независимость Косово от Югославии. "Подпольным" президентом края был избран литератор Ибрагим Ругова.
В Черногории, в отличие от других республик СФРЮ коммунисты шли на выборы 1990 г. под старым названием - Союз коммунистов Черногории (СКЧ). Им удалось добиться весьма убедительной победы и остаться у руля руководства республики. Председателем Президиума Черногории стал лидер СКЧ Момир Булатович. Лишь спустя два года СКЧ был переименован в Демократическую партию социалистов Черногории (ДПСЧ).
В условиях распада СФРЮ руководство Черногории приняло решение о проведении референдума о дальнейшей судьбе республики.1 марта 1992 г. черногорские избиратели в подавляющем большинстве проголосовали за то, чтобы остаться с Сербией в одном государстве. В конце апреля 1992 г. было объявлено о создании федерации Сербии и Черногории, претендовавшей на право быть правопреемницей распавшейся СФРЮ.27 апреля скупщины этих республик приняли конституцию нового государства ― Союзной Республики Югославии (СРЮ). Население СРЮ составляло 10 867 тыс. человек, в том числе в Черногории 654 тыс. Население двух автономных сербских краев составляло 3 700 тыс. человек, из них около 2 млн проживали в Воеводине.
На состоявшихся вскоре выборах в парламент СРЮ наибольшего успеха добились социалисты С. Милошевича и Сербская радикальная партия Воислава Шешеля. Ведущие демократические оппозиционные силы - Демократическая партия и Сербское движение обновления - выборы бойкотировали. Первым президентом СРЮ союзная скупщина избрала известного писателя Добрицу Чосича, премьер-министром стал американский бизнесмен сербского происхождения Милан Панич. Однако реальная власть в стране принадлежала президенту Сербии С. Милошевичу. Вскоре по его настоянию Д. Чосич был отстранен от должности. Новым президентом СРЮ стал послушный Милошевичу социалист Зоран Лилич.
Становление нового государства проходило с большим трудом, прежде всего из-за введенного против него в мае 1992 г. режима международных санкций. Они предусматривали запрет на международную торговлю, включая нефть и нефтепродукты, замораживание научно-технического сотрудничества и культурных обменов, сокращение штатов посольских и консульских представительств Югославии за рубежом, запрет на участие в международных спортивных состязаниях, блокирование воздушного сообщения и замораживание югославских авуаров в зарубежных банках. Вскоре было приостановлено членство СРЮ в ООН и других международных организациях. В 1993 г. в стране началась гиперинфляция, не имевшая аналогов в мире.
Давление западных стран и обрушившиеся на страну экономические трудности грозили превращением СРЮ в страну-изгоя. Милошевич стал постепенно отходить от прежней безоговорочной поддержки борьбы хорватских и боснийских сербов за их право на самоопределение вплоть до присоединения к Сербии. Поводом для решительного разрыва между ними стал отказ лидеров боснийских сербов от предложенного Контактной группой плана урегулирования межнационального конфликта 1994 г. Белград не только прервал все связи с Республикой Сербской, но и присоединился к ее экономической блокаде. Руководителям боснийских сербов был запрещен въезд в СРЮ.
На переговорах в Дейтоне в 1995 г. позиция С. Милошевича по вопросам урегулирования конфликта нередко не совпадала с мнением представителей боснийских сербов. Это ухудшило позицию Республики Сербской, но позволило разрядить обстановку вокруг Союзной Республики Югославия. В частности, с нее были сняты санкции. Однако западные и особенно американские политики и СМИ по-прежнему относились к Милошевичу с подозрением.
В 1997 г. произошли некоторые кадровые перестановки в руководящих эшелонах СРЮ. Главой союзного государства стал сам С. Милошевич, который не мог больше баллотироваться в президенты Сербии. Президентом Сербии в конечном счете был избран социалист Милан Милутинович. На практике Милошевич сохранил за собой ведущие позиции и в союзном, и в сербском руководстве.
В Черногории в 90-е гг. ведущие позиции занимала Демократическая партия социалистов. Президентом республики был лидер этой партии М. Булатович. Ситуация изменилась в 1997 г., когда на главную роль в республике стал претендовать глава правительства Мило Джуканович. Борьба президента и премьера привела к расколу правящей партии: прежнее название - Демократическая партия социалистов - осталось за М. Джукановичем, сторонники М. Булатовича взяли себе новое - Социалистическая народная партия.
Президентские выборы в октябре 1997 г. раскололи черногорское общество. После первого тура М. Булатович опережал своего соперника на 2,3 тыс. голосов. Во втором туре с минимальным перевесом победил М. Джуканович. Союзные власти и Булатович (ставший в 1998 г. премьером правительства СРЮ) победу Джукановича не признали. В ответ новое руководство Черногории под предлогом того, что режим Милошевича тормозит необходимые реформы, повело политику, по существу направленную на выход республики из СРЮ. В качестве первого шага была введена в обращение "собственная" валюта ― немецкая марка.
С 1998 г. стал резко набирать обороты конфликт в Косово и Метохии. Относительно умеренные албанские политики во главе с И. Руговой были оттеснены от руководства албанской общиной лидерами так называемой Освободительной армии Косово (ОАК) во главе с полевым командиром Хашимом Тачи. ОАК, стремясь во что бы то ни стало добиться независимости Косово, фактически подняла вооруженный мятеж против центральной власти. Она активно использовала тактику партизанской борьбы, втягивала в свои действия и гражданское население.
Как в свое время хорваты и боснийские мусульмане, албанские сепаратисты сумели привлечь на свою сторону мировое общественное мнение. Ответные действия сербской полиции и спецназа, пытавшихся восстановить конституционный порядок в крае и защитить сербское население от преследований со стороны албанцев, расценивались на Западе как неоправданно жестокие и стали поводом для оказания нового давления на СРЮ. В октябре 1998 г. Белград после долгих переговоров был вынужден согласиться на патрулирование воздушного пространства над Косово натовскими самолетами-разведчиками, размещение в крае 2 тыс. наблюдателей ОБСЕ и вывод из него сербского спецназа. Эти решения не привели к стабилизации обстановки, а только облегчили и активизировали действия сепаратистов.
Поиску выхода из углубляющегося конфликта были посвящены навязанные Белграду переговоры с представителями косовских албанцев, начавшиеся в феврале 1999 г. во Франции в замке Рамбуйе под эгидой Контактной группы. Переговоры закончились безрезультатно, так как югославская сторона решительно возражала против ввода в Косово войск НАТО. Аналогичным образом завершился и второй тур переговоров в марте 1999 г.
Тем временем ситуация в Косово продолжала накаляться. В ответ на боевые действия косовских албанцев в край был введен 40-тысячный сербский воинский контингент. Военнослужащие совместно с полицией приступили к ликвидации баз ОАК. В ходе акции по умиротворению края были неизбежные в условиях борьбы с нерегулярными вооруженными формированиями жертвы среди мирного населения. Многие албанские семьи покинули край и перебрались в Албанию и Македонию, где были развернуты специальные лагеря беженцев, бежали в Италию. Не дожидаясь формального окончания переговоров в Рамбуйе, страны НАТО прежде всего США с целью сделать сербов сговорчивыми приступили к подготовке ракетно-бомбовых ударов по территории Союзной Республики Югославия.
Операция НАТО против СРЮ под кодовым названием "Союзническая сила" началась 24 марта 1999 г. и продолжалась 98 дней. Ударам с воздуха подвергалась вся территория страны, включая Белград и другие крупные города. Были разрушены многие предприятия, мосты, линии электропередач и др. объекты военного и гражданского назначения. Погибло более 2 тыс. югославских граждан, нанесен огромный материальный ущерб. Под угрозой дальнейшего разрушения страны руководство СРЮ было вынуждено вывести свои войска из Косово и дать согласие на ввод туда около 50 тыс. военнослужащих многонациональных международных сил, по преимуществу укомплектованных военнослужащими государств-членов НАТО. В состав этих сил до июля 2003 г. входил и российский контингент.