21 мая 2006 г. на референдуме, предусмотренном еще в конституционной хартии государственного сообщества, большинство жителей Черногории (55,5%) выступило за полный суверенитет своей республики.3 июня парламент Черногории провозгласил ее независимым государством. Общая 88-летняя история Сербии и Черногории закончилась.
На первых после приобретения независимости черногорских парламентских выборах, состоявшихся в сентябре 2006 г., убедительную победу одержала правящая коалиция Демократической партии социалистов Черногории и Социал-демократической партии. М. Джуканович, оставшись лидером ДПСЧ, подал в отставку с поста премьер-министра. Его место занял Желько Штуранович.
28-29 октября 2006 г. на всенародном референдуме была одобрена новая конституция Сербии.
Экономическая ситуация в Сербии и Черногории крайне тяжелая. Заметно упал спрос на традиционные товары сербского экспорта на рынках Центральной и Восточной Европы, особенно на постсоветском пространстве. Все еще не преодолены последствия всеобъемлющих санкций против СРЮ и беспощадных натовских бомбардировок ее промышленных объектов. Предоставляемая сейчас иностранная помощь невелика по размеру. В Сербии она еще и обставлена всевозможными условиями, в том числе и сотрудничеством страны с Гаагским трибуналом по бывшей Югославии.
Время, последовавшее за распадом СФРЮ, оказалось тяжелейшим испытанием для внешней политики Белграда. Сербское руководство не могло безучастно относиться к тому факту, что во все конфликты на постюгославском пространстве оказались вовлеченными местные сербские общины. Оказывавшаяся им политическая, моральная и военная помощь, масштабы которой нередко завышались антисербской пропагандой на Западе, привели СРЮ к международной изоляции. Было приостановлено ее членство в ООН, Совещании по безопасности и сотрудничеству в Европе, Совете Европы и других международных и региональных организациях, против сербского руководства выдвигались обвинения в причастности к геноциду. Эпизодические попытки переориентации на Россию носили скорее демонстративный характер, как это было, например, с решением югославского парламента в 1999 г. о присоединении СРЮ к Союзу России и Белоруссии. К тому же усилия Белграда не находили соответствующего отклика в Москве. Российское руководство, не будучи в состоянии эффективно контролировать развитие ситуации даже в странах ближнего зарубежья, проявляло все меньше интереса к традиционным сферам влияния России на Балканах.
Позже черногорское руководство, а после "октябрьской революции" 2000 г. и сербское, приступили к изменению вектора своей внешней политики, пользуясь тем, что западные страны активно поддерживали оппозицию режиму Милошевича. Ими был взят курс на интеграцию в европейские и трансатлантические структуры, прежде всего на присоединение к натовской программе "Партнерство ради мира" и достижение соглашения об ассоциации с Евросоюзом. Отношения с Россией по-прежнему далеки от того достаточно высокого уровня, который они традиционно имели во внешней политике как Сербии, так и Черногории.
В Македонии на многопартийных выборах в сентябре 1990 г. борьба развернулась между тремя политическими блоками: левым, во главе с Союзом коммунистов Македонии - Партией демократических преобразований (СКМ-ПДП), национально ориентированным, во главе с Всемакедонской революционной организацией - Демократической партией македонского национального единства (ВМРО-ДПМНЕ) и албанским, возглавляемым Партией демократического процветания. Так как ни один из блоков не получил большинства голосов, было создано коалиционное правительство из их представителей. Президентом Македонии в январе 1991 г. парламент избрал Киро Глигорова - коммунистического функционера, работавшего еще в команде И. Броз Тито.
В сентябре 1991 г. на референдуме подавляющее большинство участников поддержало идею независимости, и 17 сентября парламент провозгласил Македонию самостоятельным государством. Спустя месяц была принята новая конституция.
Согласно конституции, главой государства является президент, который может занимать этот пост не более двух пятилетних сроков. Он является главнокомандующим вооруженными силами, представляет государство за рубежом, отвечает за проведение внешней политики. Президент обязан в течение 10 дней после учредительного заседания вновь избранного парламента вручить мандат на формирование правительства кандидату в премьер-министры от партии или блока партий, имеющих большинство. Премьер-министр представляет парламенту программу и персональный состав правительства для утверждения простым большинством голосов. Однопалатный парламент имеет право принимать все законы, включая конституцию, утверждать бюджет, устанавливать налоги, ратифицировать международные договоры, решать вопросы, связанные с изменением государственной границы и т.д.
В феврале 1992 г. руководители Македонии и доживавшей последние недели СФРЮ подписали договор о выводе с территории республики частей Югославской народной армии. Македония удалось избежать военных столкновений при распаде федеративного государства. Однако появилась другая серьезная проблема. В апреле 1993 г. республика была принята в ООН под названием "Бывшая югославская республика Македония" (БЮРМ). Это стало следствием протестов Греции, настаивавшей на том, что использование названия "Македония" равнозначно завуалированным территориальным претензиям соседнего государства, поскольку существует одноименная греческая провинция. Еще более острой являлась проблема албанского национального меньшинства, по официальным данным составляющего четверть от 2-миллионного населения Македонии. Сами македонские албанцы считают, что их значительно больше. Учитывая традиционно высокую рождаемость в албанских семьях, албанский вопрос в перспективе способен превратиться в реальную угрозу для существования единого македонского государства.
В декабре 1993 г. на территории Македонии вдоль границы с Сербией был размещен воинский контингент ООН в составе 1500 человек. Его мандат продлевался несколько раз вплоть до 1998 г. В 1999 г. силы ООН были заменены 14-тысячным контингентом сил быстрого реагирования НАТО, первоначально для обеспечения эвакуации персонала ОБСЕ из Косово.
Состоявшиеся осенью 1994 г. парламентские выборы принесли абсолютное большинство мандатов в законодательном собрании правящему блоку "Союз за Македонию", ведущую роль в котором играл Социал-демократический союз Македонии. Коалиционное правительство составили представители "Союза за Македонию" и Партии демократического процветания албанцев. Премьер-министром остался лидер социал-демократов Бранко Црвенковский, занимавший этот пост с 1992 г.
На президентских выборах в 1999 г. президентом Македонии был избран кандидат от ВМРО-ДПМНЕ Борис Трайковский, которого поддержало и албанское население, в частности оппозиционная Демократическая партия албанцев. Премьер-министром Македонии стал основатель ВМРО-ДПМНЕ Любчо Георгиевский.
Таким образом, в 1990-е гг. в Македонии попеременно правили то СДСМ, то ВМРО-ДПМНЕ. Правительственную коалицию с ними составляла также попеременно одна из двух ведущих албанских партий. Так, в правительстве Л. Георгиевского албанцы получили 5 из 14 министерских кресел (труда и социальной политики, экономики, юстиции, местного самоуправления и министра без портфеля). Албанцы занимали также посты первых заместителей министров так называемого "силового блока".
В начале 2001 г. Македония перестала быть единственным "оазисом стабильности" на пространстве бывшей Югославии. На северо-западе страны начались столкновения между албанцами и правительственными войсками. Албанскими сепаратистами, часть которых проникла в Македонию из Косово, была сформирована так называемая Объединенная народная армия. "Повстанцы" выступали за албанскую автономию в Македонии и даже за объединение всех населенных албанцами территорий Балкан (Албания, Косово, Западная Македония, Северная Греция).
Пытаясь справиться с ростом терроризма и сепаратизма, македонское руководство в мае 2001 г. пошло на создание "правительства политического единства", в которое впервые вошли представители всех основных партий, в частности, ВМРО-ДПМНЕ, Социал-демократического союза Македонии и албанских Демократической партии и Партии демократического процветания. Албанцы согласились войти в правительство под нажимом США и Великобритании, а также представителя ОБСЕ в Македонии. Во главе "правительства политического единства" остался прежний премьер-министр Л. Георгиевский.
Однако этот политический маневр не удовлетворил сепаратистов, военные действия продолжались. Президент страны Б. Трайковский под сильнейшим давлением Запада пошел на переговоры с албанцами.13 августа 2001 г. в курортном городе Охрид лидеры основных политических партий Македонии, включая и албанские, а также президент страны Б. Трайковский в присутствии международных посредников (США, НАТО, ЕС, ОБСЕ) подписали рамочный договор о политическом разрешении кризиса.
Согласно этому документу, из конституции Македонии устранялось упоминание о македонцах как титульной нации. Особое внимание в соглашении уделялось албанскому языку: он получал статус официального языка во всех общинах, где проживает 20 и более процентов этнических албанцев. Значительно увеличивалось представительство албанцев в органах судебной и государственной власти, в том числе в полиции. Албанские сепаратисты, в случае добровольного разоружения, попадали под амнистию. Для контроля над процессом разоружения в Македонию было направлено около 3,5 тыс. военнослужащих НАТО. В декабре 2003 г. вместо предыдущих военных контингентов в Македонии была создана гражданско-полицейская миссия Евросоюза.